浙江大学携手华裔牛人发表表观遗传学新技术
理解染色质修饰在发育和疾病中的调控作用是非常重要的，不过这样的研究往往会受到样本量的限制。基于染色质免疫共沉淀的深度测序（ChIP-seq）近来在这一领域取得了一定进展，但要实现高质量的图谱分析还面临着不少挑战。 浙江大学和卡内基科学研究所的研究人员开发了两项新技术，RP-ChIP-seq（recovery via protection -ChIP-seq）和FARP-ChIP-seq（favored amplification RP-ChIP-seq）。这两项技术只需500个细胞就能进行可靠的表观基因组分析。这一成果发表在十一月五日的Cell Reports杂志上，文章的通讯作者是浙江大学生命科学研究院的贾俊岭教授和卡内基科学研究所的著名华人学者郑诣先( Yixian Zheng)教授。 研究显示，RP-ChIP-seq可以在一个小鼠晶状体中检测衰老相关的表观遗传学改变。而FARP-ChIP-seq能够在小鼠的长期造血......阅读全文
何川、贾桂芳研究组发文：植物mRNA化学修饰m6A去甲基酶
近期，北京大学化学学院的何川、贾桂芳课题组在在高等植物N6-甲基腺嘌呤（m6A）动态可逆调控的研究中取得重要进展，相关工作以“ALKBH10B is An RNA N6-Methyladenosine Demethylase Affecting Arabidopsis Floral Transi
浙江大学最新评述：深度测序技术发掘植物病毒资源
科学通报，中国科学C辑:生命科学，这两份期刊均是由中国科学院和国家自然科学基金委员会共同主办的，我国学术期刊中的知名品牌，被国内外各主要检索系统收录，如国内的《中国科学论文与引文数据库》(CSTPCD)、《中国科学引文数据库》(CSCD)等；美国的SCI、CA、EI，英国的SA，日本的《科技文献
吴立刚研究组研发微量小RNA深度测序技术
中科院上海生科院生物化学与细胞生物学研究所国家蛋白质科学中心（上海）吴立刚研究组与上海市计划生育研究所施惠娟研究组合作，优化建立了适用于微量样本的小RNA深度测序文库构建方法，并系统解析了小鼠早期胚胎发育过程中小RNA的动态变化及其生物学功能。相关研究成果日前在线发表于《科学进展》。 目前小
Science：定向深度测序技术让致病突变无处可逃
今年8月，美国波士顿儿童医院的科研人员在一项研究中深入检测了临床基因测试无法确认病因的158名脑畸形患者的DNA。在高灵敏度测序的帮助下，研究团队发现了只在每个人很少一部分细胞中发生的8个致病基因突变。对于传统基因诊断测试来说，它们实在是太过于微小。 这类细胞基因变异又称嵌合突变，存在于每个人
研究证明增强子活性的维持不依赖H3K27乙酰化修饰
2月21日，Genome Biology 在线发表了中国科学院生物物理研究所朱冰课题组的研究论文“Histone H3K27 acetylation is dispensable for enhancer activity in mouse embryonic stem cells”。组蛋白H3
利用纳米孔测序技术揭示基因表达的染色质调控基础
作为染色质的基本单元，核小体由大约147 bp的DNA和组蛋白八聚体（H2A, H2B, H3和H4）组成。核小体的动态定位和折叠组织会产生两种不同的染色质状态：“开放”（open）和“闭合”（closed）。核小体的定位和染色质状态的动态变化对以DNA为模板的生物学过程（比如，转录、DNA复制
亚硫酸氢盐修饰后测序法检测甲基化
实验材料 DNA试剂、试剂盒 NaOH苯二酚（氢醌）亚硫酸氢钠石蜡油仪器、耗材 离心管恒温水浴锅铝箔纸实验步骤 1.将约2ugDNA于1.5mlEP管中使用DDW稀释至50ul； 2.加5.5ul新鲜配制的3M NaOH； 3. 42℃水浴30min； 水浴期间配制： 4.10mM对苯二酚（氢醌）
亚硫酸氢盐修饰后测序法检测甲基化
实验方法原理重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，用PCR扩增（引物设计时尽量避免有CpG，以免受甲基化因素的影响）所需片段，则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。最后对PCR产物进行测序，并且与未经处理的序列比较，判断是否CpG位点的甲基化状态。实验材料DNA
PacBio单分子测序揭示丹参叶绿体DNA修饰的相互作用
2014年6月10日，中科院药用植物研究所（IMPLAD）刘昶团队在《PLOS ONE》杂志上发表了利用PacBio测序技术揭示丹参（Salvia miltiorrhiza）叶绿体DNA修饰之间复杂相互作用的相关文章，该文章报道了丹参叶绿体中编码及非编码RNA的表达情况。这也是国内PacBio第
亚硫酸氢盐修饰后测序法甲基化检测
第一部分 基因组DNA的提取这一步没有悬念，完全可以购买供细胞或组织使用的DNA提取试剂盒，如果实验室条件成熟，自己配试剂提取完全可以。DNA比较稳定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因组DNA应该是完整的。此步重点在于DNA的纯度，即减少或避免RNA、蛋白的污染很重要。因此在提取过程中需使用蛋白
亚硫酸氢盐修饰后测序法检测甲基化
DNA甲基化 实验方法原理 重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，用PCR扩增（引物设计时尽量避免有CpG，以
Cell综述探讨表观遗传检测：一张图解析四种方法
11月17日Cell杂志SnapShot专栏介绍了表观遗传研究的检测方法，这四种方法包括：亚硫酸氢钠测序法 （bisulfite sequencing）、染色质免疫沉淀测序技术（chromatin immunoprecipiation sequencing）、开放染色质测定（determina
深度测序！这些基因的变体还大量存在于血浆中？
公布于今年ASCO年会上的一项新研究显示，深度测序技术在乳腺癌，肺癌和前列腺癌患者的早期诊断与干预中显示出了巨大的前景，深度测序能够在早期癌症患者的血液中检测到与肿瘤组织高度一致的DNA。 最新的深度测序技术能够对具体的基因组区域扫描60万次以上，产生的数据比其他技术高出100倍，能够有效地帮
RNAseq综述（七）
动态RNA-seq分析(Beyond steady-state RNA analysis)DGE分析是使用RNA-seq来检测稳态下的mRNA表达水平，这一表达水平是通过mRNA的转录，加工和降解速度来决定的。但是，RNA-seq也可以用于研究涉及转录，翻译所涉及的过程与动力学特征，这些研究为基因表
一种新型染色质免疫共沉淀测序技术研发成功
近日，华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室油菜遗传改良创新团队赵伦课题组在国际学术期刊《自然—植物》（Nature Plants）发表了研究论文。该研究开发了一种新型染色质免疫共沉淀测序技术——aChIP技术，可普遍适用于植物经济器官。研究以油菜为例，首次解析了作物种子休眠和萌发过程中组蛋白修饰景
朱冰研究组揭示脊椎动物中旁着丝粒异染色质的从头建立机制
2024年7月4日，中国科学院生物物理研究所朱冰研究组在《Nature》杂志上发表题为"Targeting pericentric non-consecutive motifs for heterochromatin initiation"的研究性论文，该论文揭示了脊椎动物中旁着丝粒异染色质的从头建
基因测序四强同台共话NGS未来：金唯智贾延凯博士的展望
2016年6月3日，GENEWIZ（金唯智）中国副总裁贾延凯博士在受邀参加的“精准医疗之基因系列：基因检测四强同台共话NGS未来（北京站）”上表示，单分子大片段和单细胞测序技术的进步，将在未来几年对基因组学的研究起到强大的推动作用。 由火石创造发起的一场连接投资人与创业者的沙龙“基因检测四强同
云序生物为你解密ATACseq研究方案
ATAC-seq最近几年是比较火的一种测序技术。那ATAC-seq技术到底什么呢？ATAC-seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某
Nature子刊发布大脑表观遗传学重要图谱
表观遗传修饰的重要性越来越被人们所认识，但在人类大脑中的作用并不是很清楚，实际上在胚胎和成人大脑中，神经干细胞增殖并通过一些受到高度调控的过程生成神经元和神经胶质，包括DNA和组蛋白修饰以及非编码RNAs调控在内的表观遗传学机制在神经发生的不同阶段发挥至关重要的作用。另一方面异常的表观遗传调控也
必备技能！云序生物教你巧用IGV轻松实现基因组的可视化
Itegrative Genomics Viewer (IGV)是由Broad研究院的研究人员开发的一款功能强大的综合性基因组学可视化工具，借助于此工具，从事生物信息的科研工作者就可以轻松的分析查看多种基因组数据。除了直观的查看序列信息及遗传密码中的序列变化或突变外，还可以查看拷贝数变化、染色质
甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）
甲基化是目前的研究热点，就我所做的一点工作并其中一点心得，与大家分享。希望能够对大家有所帮助。 第一部分 基因组DNA的提取。 这一步没有悬念，完全可以购买供细胞或组织使用的DNA提取试剂盒，如果实验室条件成熟，自己配试剂提取完全可以。DNA比较稳定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因组DNA应
亲生儿子另有其人－是DNA亲子鉴定惹的祸？
7月12日，重庆朱晓娟一家终于等来了河南省人民高级法院（简称“省高院”）的一纸道歉和经济赔偿。不久前，她被告知自己养了22年的儿子不是亲生的。 这个儿子曾经“失而复得”。26年前，朱晓娟的儿子被保姆拐卖，整个家庭陷入失子之痛。没想到4年后，省高院受兰考县公安局委托，进行法医学鉴定后判定，被拐卖
华大智造携手安捷伦：－推动测序与实验信息化深度结合
2019年11月12日，北京——安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布与华大智造在高通量测序领域展开进一步的深入合作，充分发挥各自在测序平台和实验室信息管理方面的优势，为行业提供更加高效可靠的高通量测序整体解决方案。 近日，在深圳举行的第14届国际基因组学大会上，安捷伦与华大智造与举行了“华
北京大学Cell－Res获染色质免疫沉淀测序技术突破
生物动态光学成像中心黄岩谊课题组与汤富酬课题组合作，发展了一种基于微流控芯片的微量细胞样品处理与核酸俘获方法，成功实现了针对1000个细胞的染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq），大幅减少了这类实验中对样品起始量的要求，并利用这一方法研究了组蛋白H3第4位赖氨酸的3甲基化修饰（H3K4me3）在
教你巧用IGV轻松实现基因组的可视化
Itegrative Genomics Viewer (IGV)是由Broad研究院的研究人员开发的一款功能强大的综合性基因组学可视化工具，借助于此工具，从事生物信息的科研工作者就可以轻松的分析查看多种基因组数据。除了直观的查看序列信息及遗传密码中的序列变化或突变外，还可以查看拷贝数变化、染
贾第虫病的鉴别
鉴别诊断应考虑阿米巴痢疾，细菌性痢疾或其他原因引起的胃肠炎，以上腹部疼痛，肝大压痛，肝功能受损者则考虑胆囊炎，胆道感染和病毒性肝炎，反复查找蓝氏贾第鞭毛虫是鉴别的重要步骤。
如何诊断贾第虫病？
本病根据患者有腹泻，腹胀，上腹部疼痛或不适感，粪便恶臭，并可发现蓝氏贾第鞭毛虫等一般诊断不困难。在粪中发现具有特征性的滋养体或包囊就可作出诊断。这些虫体在急性期很易找到，但在慢性感染期则以低水平间歇性排出虫体，因此需反复多次粪检或用尼龙线法或内镜法获取上段小肠内容物检查虫体，还可用免疫荧光试验和
怎样预防贾第虫病？
加强水源卫生管理，注意饮食卫生，彻底治疗患者和无症状包囊携带者，消灭蟑螂，苍蝇等传播媒介，做好粪便无害化处理，保持正常免疫功能等，都是预防本病发生或流行的重要措施。水煮沸或加热到70℃保持10分钟可达到消毒的目的。
贾第虫病的诊断
本病根据患者有腹泻，腹胀，上腹部疼痛或不适感，粪便恶臭，并可发现蓝氏贾第鞭毛虫等一般诊断不困难。在粪中发现具有特征性的滋养体或包囊就可作出诊断。这些虫体在急性期很易找到，但在慢性感染期则以低水平间歇性排出虫体，因此需反复多次粪检或用尼龙线法或内镜法获取上段小肠内容物检查虫体，还可用免疫荧光试验和
贾第虫病的症状
潜伏期一般1～3周，平均9～15天，临床表现以胃肠道症状为主，急性期典型症状为暴发性腹泻，水样大便并有恶臭，可有少量黏液，但多无脓血，患者常伴有恶心，呕吐，腹胀，嗳气，腹痛常见，多在中上腹，绞痛，部分患者有低热，发冷，头痛，乏力，食欲减退等全身症状。 急性期持续数天，如治疗不及时，即可能转为亚