基于深度学习的RNA多类型修饰解析算法
中国科学院动物研究所研究员赵方庆团队开发基于纳米孔RNA直接测序技术与深度学习策略的RNA修饰图谱解析算法ORCA。相关研究发表于《自然-通讯》。基于深度学习的RNA修饰系统识别与注释模型 论文作者供图RNA修饰对RNA的剪接加工、出核转运、以及RNA的稳定性和翻译效率有着重要的调控作用。但现有研究难以实现多种RNA修饰的同时检测。如何在同一转录本上系统解析不同修饰的分布模式，探究修饰间的协同或竞争关系，并阐明它们如何共同调控RNA剪接加工等关键生物学过程，仍是该领域面临的重要挑战。近年来，新兴的纳米孔RNA直接测序技术为系统检测RNA修饰等核酸化学结构变化提供了重要技术基础。然而，现有基于纳米孔RNA直接测序的修饰识别算法多依赖于体外转录合成的修饰训练集，仅能识别有限修饰类型；或基于不同样本间电信号水平变化进行修饰差异比较，难以实现对RNA修饰图谱及其互作模式的全景检测，极大限制了RNA修饰研究的深入开展。ORCA......阅读全文
基于深度学习的RNA多类型修饰解析算法
中国科学院动物研究所研究员赵方庆团队开发基于纳米孔RNA直接测序技术与深度学习策略的RNA修饰图谱解析算法ORCA。相关研究发表于《自然-通讯》。基于深度学习的RNA修饰系统识别与注释模型 论文作者供图RNA修饰对RNA的剪接加工、出核转运、以及RNA的稳定性和翻译效率有着重要的调控作用。但现有研
RNA加工修饰
中文名RNA加工修饰所属领域生物学定义RNA加工修饰，主要加工方式是切断和碱基修饰，真核生物tRNA前体一般无生物学特性，需要进行加工修饰。
中大学子与学术牛人解析RNA修饰与癌症干细胞
N6-methyladenosine（m6A）是真核生物mRNA上最常见的一种转录后修饰，这种可逆的RNA甲基化修饰与人类疾病有关。研究者们已经陆续定位了哺乳动物转录组中的m6A，鉴定了这种动态修饰所需的“读”、“写”和“擦除”蛋白。不过，人们还对m6A起到的具体作用还知之甚少。 约翰霍普金斯
筛选或验证RNA修饰直接靶点，研究RNA修饰靶基因的调控...
筛选或验证RNA修饰直接靶点，研究RNA修饰靶基因的调控机制技术简介用体外转录法标记生物素RNA探针，然后与胞浆蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链霉亲和素标记的磁珠结合，从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后，通过Western Blot检测特定的RNA结合蛋白是否与R
RNA修饰相关酶PCR芯片
应用场景：通过关键酶/蛋白的RNA表达变化，确定样品表型与特定RNA 修饰的联系 优势：预制的PCR板,覆盖68个针对不同RNA修饰的Writers/Erasers/Readers基因。精心优化的引物Tm值均一，并经过了严格的预实验验证，无须摸索引物设计和测试。工业化生产的高度均一的PCR
Cell综述：RNA修饰的新作用
迄今为止，科学家们已经发现了上百种RNA修饰类型，但是其中大多数在mRNA和调控非编码RNAs中还是很罕见的。近期的一些研究发现指出，这些修饰中有至少有一些含量丰富，且保守性强。本期Cell杂志以此为中心，介绍了两种RNA修饰方式的分子机制，和生物学功能。 这两种RNA修饰方式分别是N6-甲基
RNA足迹和修饰干扰分析实验
RNA 足迹和修饰干扰分析（RNA footprinting and modification interference analysis）是用来研究 RNA 与蛋白质相互作用的技术。RNA 测序及其结构分析的原理是 RNA 足迹试验的理论基础，它们都是建立在变性、半变性或自然条件下采用碱基特异性
RNA足迹和修饰干扰分析实验
实验方法原理 RNA 足迹和修饰干扰分析（RNA footprinting and modification interference analysis）是用来研究 RNA 与蛋白质相互作用的技术。RNA 测序及其结构分析的原理是 RNA
RNA足迹和修饰干扰分析实验
实验方法原理 RNA 足迹和修饰干扰分析（RNA footprinting and modification interference analysis）是用来研究 RNA 与蛋白质相互作用的技术。RNA 测序及其结构分析的原理是 RNA 足迹试验的理论基础，它们都是建立在变性、半变性或
AI算法自动解析脑干白质神经束
美国麻省理工学院、哈佛大学及麻省总医院的科研团队开发出一款人工智能（AI）软件，能够利用算法自动解析脑干中以往难以清晰成像的白质神经束。这一成果打开了研究脑干的新窗口，也为研究神经系统疾病与脑损伤提供了新工具。该研究发表于《美国国家科学院院刊》。该软件名为“脑干束工具”（BSBT），基于扩散磁共振成
RNA表观修饰能够影响天然免疫研究
前言 DDX46是RNA解旋酶DDX家族成员，对于细胞核内mRNA前体的剪接具有重要的调控作用。《Nature Immunology》杂志8月29日发表了中国医学科学院院长、中国工程院院士曹雪涛研究团队的论文，揭示了RNA解旋酶DDX46通过结合RNA去甲基化酶ALKBH改变细胞
RNA表观修饰居然能够影响天然免疫
DDX46是RNA解旋酶DDX家族成员，对于细胞核内mRNA前体的剪接具有重要的调控作用。《Nature Immunology》杂志8月29日发表了中国医学科学院院长、中国工程院院士曹雪涛研究团队的论文，揭示了RNA解旋酶DDX46通过结合RNA去甲基化酶ALKBH改变细胞核内RNA修饰的新方
m5C－RNA修饰靶基因验证
技术简介 RIP(RNA Immunoprecipitation)是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络的有力工具。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行分析。RIP-Seq将RIP技
LCMS/MS检测整体RNA修饰水平
核酸修饰概要 ： DNA/RNA 修饰是表观遗传修饰的重要层面，指的是在 DNA、RNA 碱基 A\T\G\C\U 及核糖上的各种修饰。目前己发现的 DNA 修饰有十几种，而 RNA修饰有 100 多种，其中甲基化修饰占大部分，目前研究也较为普遍，并且可能具有重要生物调控作用。 实
研究提出空间细胞类型组分解析新算法
中国科学院动物研究所翟巍巍/马亮团队在《自然-通讯》（Nature Communications）上，发表了题为SONAR enables cell type deconvolution with spatially weighted Poisson-Gamma model for spatia
空间细胞类型组分解析新算法被提出！
8月7日，中国科学院动物研究所翟巍巍/马亮团队在《自然-通讯》（Nature Communications）上，发表了题为SONAR enables cell type deconvolution with spatially weighted Poisson-Gamma model for s
解析糖基化修饰及位点分析
经常听到糖基化修饰，今天带大家一探究竟。什么是糖基化修饰呢？糖基化是在糖基转移酶的控制下，蛋白质或脂质附加上糖类的过程，发生于内质网和高尔基体。糖基化修饰是一类非常重要的翻译后修饰，大部分膜蛋白和分泌蛋白均为糖蛋白，糖基化修饰不仅影响蛋白质的空间构象、活性、运输和定位，同时在信号转导、分子识别，
中国科大揭示小RNA表观修饰新机制
日前，中国科学技术大学教授光寿红课题组研究揭示小RNA介导组蛋白3 赖氨酸27 的三甲基修饰机制，研究成果发表在近期的Current Biology 上，中国科大生命科学学院博士生毛慧和朱成明为论文的共同第一作者。 小RNA介导染色体修饰在植物和酵母中有着广泛的研究，然而在动物中小RNA指导的
Cell新文章解析RNA降解机制
如同我们利用碎纸机来销毁不再有用或是包含潜在破坏性信息的文件一样，细胞利用分子机器来降解不需要或有缺陷的大分子。来自马克思普朗克生物化学研究所的科学家们现在解码了在降解核糖核酸(RNA)过程中起至关重要作用的一个蛋白质复合物(Ski复合物)的结构。这项研究发表在8月15日的《细胞》(Cell)杂
Nature解析癌症与非编码RNA
人类基因组可生成1万多种长链非编码RNA(lncRNA) 分子，但人们至今却只知道其中几十种转录物的功能。在发表在8月14日《自然》(Nature)杂志上的一篇新研究中，来自加州大学的杨柳青(Liuqing Yang，音译)等研究人员揭示，两种lncRNAs结合并控制了雄激素受体的功能。
今日技术解析RNA点杂交实验
实验步骤纯化的RNA的点杂交和狭线杂交：1. 安装印迹装置 1) 切一张合适大小的带正电荷尼龙膜。用铅笔标上表示方向的记号。用水把膜简单弄湿，在20×SSC中室温泡1 h。 2) 在膜浸泡期间，先用0.1 mol/L NaOH小心清洗印迹装置，再用无菌水洗干净。 3) 把两片厚滤纸用20
Nature：线粒体中的RNA修饰能促进癌症的扩散
肿瘤细胞在转移过程中会消耗远超正常细胞需要的能量，德国癌症研究中心的研究团队发现了与能量代谢相关的新型癌细胞转移的促进因素，相关成果在《Nature》发表，论文的标题为：Mitochondrial RNA modifications shape metabolic plasticity in met
RNA修饰过程中重要化学步骤揭示
项新的研究揭示了为一些RNA添加化学标签的重要细胞修饰过程中的化学步骤。这一过程被干扰可能会导致人类患神经元疾病、糖尿病和癌症。由美国宾夕法尼亚州立大学化学家领导的一个研究小组已经对一种促进细菌RNA修饰的蛋白质进行了成像，从而重建这一过程。相关论文15日发表在《自然》杂志上。 转运RNA（t
Nature：线粒体中的RNA修饰能促进癌症的扩散
肿瘤细胞在转移过程中会消耗远超正常细胞需要的能量，德国癌症研究中心的研究团队发现了与能量代谢相关的新型癌细胞转移的促进因素，相关成果在《Nature》发表，论文的标题为：Mitochondrial RNA modifications shape metabolic plasticity in met
Nature：线粒体中的RNA修饰能促进癌症的扩散
肿瘤细胞在转移过程中会消耗远超正常细胞需要的能量，德国癌症研究中心的研究团队发现了与能量代谢相关的新型癌细胞转移的促进因素，相关成果在《Nature》发表，论文的标题为：Mitochondrial RNA modifications shape metabolic plasticity in met
拟南芥RNA核糖甲基化修饰研究方面获进展
3月30日，中国科学院生物物理研究所研究员叶克穷课题组、北京大学现代农学院博士王玉秋和中科院遗传与发育研究所研究员李家洋课题组合作在Nucleic Acids Research上发表了题为Profiling of RNA ribose methylation in Arabidopsis tha
揭示RNA－m6A修饰调控抗肿瘤免疫机制
免疫治疗是对抗肿瘤的前沿阵地，其治疗成功的关键是引发针对肿瘤抗原的自发性T细胞反应。许多病人的免疫系统无法有效识别肿瘤抗原，难以引发持续性的T细胞应答并清除肿瘤。研究免疫系统识别肿瘤抗原的分子机制有望发现新型药物靶点，提高免疫治疗效果。 中国科学院北京基因组研究所韩大力团队与清华大学徐萌团队、
RNA测序解析白血病转录组
巴塞罗那基因组调控中心Dr. Roderic Guigó领导研究团队，对慢性淋巴细胞白血病进行了转录组分析，获得了CLL相关基因和突变的功能图谱。这项工作发表在Genome Research杂志上。 这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果，该联盟曾鉴定了涉及CLL发展的
Nature新文章解析小RNA调控机制
来自波士顿儿童医院和哈佛大学医学院的研究人员，在新研究中揭示了在Lin28介导的let-7选择性调控中起关键作用的一种核酸酶，相关论文“A role for the Perlman syndrome exonuclease Dis3l2 in the Lin28–let-7 pathwa
浙大Nature子刊解析RNA剪切调控
近日来自浙江大学生命科学学院的研究人员在新研究中揭示了一个与Dscam互斥剪切有关RNA结构性基因座控制区域(locus control region)，相关论文“An RNA architectural locus control region involved in Dscam mu