浙江大学携手华裔牛人发表表观遗传学新技术
理解染色质修饰在发育和疾病中的调控作用是非常重要的，不过这样的研究往往会受到样本量的限制。基于染色质免疫共沉淀的深度测序（ChIP-seq）近来在这一领域取得了一定进展，但要实现高质量的图谱分析还面临着不少挑战。 浙江大学和卡内基科学研究所的研究人员开发了两项新技术，RP-ChIP-seq（recovery via protection -ChIP-seq）和FARP-ChIP-seq（favored amplification RP-ChIP-seq）。这两项技术只需500个细胞就能进行可靠的表观基因组分析。这一成果发表在十一月五日的Cell Reports杂志上，文章的通讯作者是浙江大学生命科学研究院的贾俊岭教授和卡内基科学研究所的著名华人学者郑诣先( Yixian Zheng)教授。 研究显示，RP-ChIP-seq可以在一个小鼠晶状体中检测衰老相关的表观遗传学改变。而FARP-ChIP-seq能够在小鼠的长期造血......阅读全文
教你巧用IGV轻松实现基因组的可视化
Itegrative Genomics Viewer (IGV)是由Broad研究院的研究人员开发的一款功能强大的综合性基因组学可视化工具，借助于此工具，从事生物信息的科研工作者就可以轻松的分析查看多种基因组数据。除了直观的查看序列信息及遗传密码中的序列变化或突变外，还可以查看拷贝数变化、染
三全食品高管股份转让被叫停公告尚未披露具体原因
商报讯(实习记者 陈维)随着老一辈创业者逐渐退出舞台，家族控股上市企业的股权分配问题再度凸显。日前，三全食品发布公告称，取消此前公布的高管股权转让事宜。公告中并未披露其具体原因，但有业内人士猜测，这与家庭成员或投资者对此调整不满有关。 据了解，早在9月5日，三全食品曾发布《权益变动提示
快速了解染色质免疫共沉淀技术（ChIP）
ChIP技术的原理 在生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起，通过超声或酶处理将染色质切为小片段后，利用抗原抗体的特异性识别反应，将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来，以富集存在组蛋白修饰或者转录调控的DNA片段，再通过多种下游检测技术（定量PCR、基因芯片、测序等）来检测此富集片
甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）1
第一部分 基因组DNA的提取。这一步没有悬念，完全可以购买供细胞或组织使用的DNA提取试剂盒，如果实验室条件成熟，自己配试剂提取完全可以。DNA比较稳定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因组DNA应该是完整的。此步重点在于DNA的纯度，即减少或避免RNA、蛋白的污染很重要。因此在提取过程中需使用蛋
甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）2
此步细节：1：在使用注射器时，一定要用力均匀且轻，如使用暴力，会将小柱内的薄膜挤破，失去作用。2：乙酸铵、糖原不需新鲜配制，糖原配好后放在-20度保存，乙酸铵室温即可，因为这样浓度的乙酸铵非常难溶，一旦放在4度，取出用时也会有很多溶质析出。3：异丙醇、70%乙醇都不需要新鲜配制，但如果用量大，现场配
甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）（2）
第三部分 修饰后DNA纯化回收EP管如无特别说明均为高压蒸汽灭菌的。1. 将移液器枪头伸入石蜡油层下，先轻轻加压使其中一小段石蜡油排出，然后吸取混合液至一洁净1.5mlEP管中。2：以下使用Promega Wizard Cleanup DNA纯化回收系统（Promega，A7280）1）70℃水浴预
快速了解染色质免疫共沉淀技术（ChIP）
ChIP技术的原理在生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起，通过超声或酶处理将染色质切为小片段后，利用抗原抗体的特异性识别反应，将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来，以富集存在组蛋白修饰或者转录调控的DNA片段，再通过多种下游检测技术（定量PCR、基因芯片、测序等）来检测此富集片段的DNA序
【ASMS新品】timsOmni™质谱仪开启“蛋白质变体组学”研究新纪元
timsOmni™同时具备timsTOF的速度和性能以及新型Omnitrap的功能。以前所未有的深度和速度助力完整蛋白的深度测序和翻译后修饰的精准鉴定与定位，助力突破蛋白质组学限制，解锁蛋白变体世界奥秘，以全新科学视角点亮功能性、治疗性及病理性蛋白质异构体的探索之路。A． timsOmni™提供“瑞
新方法：超低细胞数表观基因组研究
日本九州大学和东京理工学院的科学家们研发了一种使用非常少量的细胞，范围从100到1000的细胞，来分析DNA-蛋白质相互作用的新技术。他们的方法可以捕获前所未有的细胞内表观遗传组信息，该技术奖促进生物标记的发现并为精准医学开辟新道路。 这项被称为染色质整合标记测序（Chromatin Inte
贾弟虫病的症状概述
寄生虫病是小儿时期最常见的多发病，对小儿危害大，重者可致生长发育障碍。人体寄生虫病对全球人类健康危害严重，广大发展中国家寄生虫病广泛流行，在经济发展的国家，继承虫病也是公共卫生的重要问题。1988年—1992年在我国首次寄生虫病流行病学调动显示：我国寄生虫平均感染率为62.5％，0—15岁儿童寄
胆道贾第虫病的诊断
1.胃肠道炎症、胆囊炎、胆管炎症状，血嗜酸性粒细胞增多。 2.十二指肠引流液检测到贾第虫。 3.贾第虫抗原及抗体检测阳性。 4.影像学检查见胆道系统炎症。
胆道贾第虫病的检查
1.病原体检查 粪便或小肠内容物可见包囊或滋养体，十二指肠引流液或内镜下十二指肠黏膜活检可检测出滋养体。 2.免疫学试验 分为血清抗体和粪抗原检测两类。 （1）抗体检测：可用酶联免疫吸附试验（ELISA）和间接荧光抗体试验（IFA）检查患者血清抗体。 （2）抗原检测：可用酶联免疫吸附试
研究揭示启动胚胎干细胞分化的表观遗传调控机制
cJUN启动胚胎干细胞分化的表观遗传调控机制示意图。课题组 供图 中国科学院广州生物医药与健康研究院（以下简称广州健康院）研究员刘晶课题组与西湖大学研究员裴端卿课题组合作揭示了染色质重塑复合物BAF和组蛋白修饰H3K27ac通过调控染色质可及性变化启动胚胎干细胞分化的分子机制。相关研究6月16日在
李俊贤院士逝世
李俊贤院士据“洛阳发布”微信公众号消息，中国工程院院士、著名化工合成专家、黎明化工研究设计院有限责任公司原院长兼总工程师李俊贤，因突发心脏衰竭于2024年3月20日5时17分在洛阳市去世，享年96岁。资料显示，李俊贤院士1928年3月出生于四川省眉山市。1950年毕业于国立中央技艺高等专科学校。化
李俊贤院士逝世
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519412.shtm 李俊贤院士据“洛阳发布”微信公众号消息，中国工程院院士、著名化工合成专家、黎明化工研究设计院有限责任公司原院长兼总工程师李俊贤，因突发心脏衰竭于2024年3月20日5时17分
科学家首次解析肿瘤染色体外DNA的环状结构与功能
早期研究认为肿瘤中大量扩增的原癌基因存在于染色体上。2017年，来自美国加州大学圣迭戈分校的Paul Mischel教授团队在Nature杂志上指出，它们是以染色体外DNA（extrachromosomal DNA，ecDNA）的形式存在的，但ecDNA的结构和功能一直缺乏直接的证据。 201
中国科学家发现新的白血病抑癌基因
我国科学家主导研究发现了一个在急性白血病病人中有较常见突变的抑癌基因，且揭示其功能异常与多种不同致癌基因之间的协同作用，为研发白血病新的治疗方法提供了重要基础。该成果2月10日在学术期刊《自然—遗传学》上发表。 该研究是在国家自然科学基金委、科技部、中科院以及天津市科委多个重点基金资助下，
研究发现去甲基化酶REF6是基因组中靶向的重要因素
核小体是真核生物染色质的基本单位，由DNA缠绕组蛋白八聚体构成。组蛋白翻译后共价修饰是表观遗传调控的重要方式之一，通过影响染色质的状态而调控基因表达等过程。组蛋白H3第27位赖氨酸的三甲基化修饰(H3K27me3)通过维持基因的沉默状态，在动植物细胞命运决定以及生长发育中发挥重要的调控作用。基因
中科院Nature子刊表观遗传新成果
来自中国科学院动物研究所、北京大学的研究人员在新研究中，解析了小鼠精子发生过程中5-羟甲基胞嘧(5-hydroxymethylcytosine，5hmC)的动态机制，相关论文“Dynamics of 5-hydroxymethylcytosine during mouse spermatog
我国学者采用混合组装策略和软件技术大幅降低测序深度
近日，中国科学院昆明动物研究所张亚平院士和马占山研究员领导的团队发布了以“10x Genomics测序”辅助“三代测序”的混合组装策略和软件技术。研究人员采用美国加州大学Jain等人2018年发表在 Nature Biotechnology（doi: 10.1038/nbt.4060.）的人类基
低深度高通量全基因组测序在产前诊断中的意义
胎儿染色体核型分析常被用于高危妊娠的产前检查中，随着技术的发展，染色体微阵列分析（chromosomal microarray analysis，CMA）在产前诊断中的应用也逐步推进，并成为检测高危妊娠中显微和亚显微水平染色体结构变异的一线技术。高深度全基因组测序（whole genome se
衰老的先兆是“松弛”的染色质结构？
5月24日，中国科学院动物研究所研究员刘光慧课题组、研究员曲静课题组同中国科学院北京基因组研究所研究员张维绮课题组合作，于《发育细胞》杂志在线发表研究论文。该研究通过深度解析人类干细胞衰老的表观基因组图谱，解码了衰老过程中不同层次表观基因组重塑的规律，发现染色质的“熵增”和胎盘相关基因的异常表达是细
研究开发单细胞测序分析TEs表达的工具包
中国科学院广州生物医药与健康研究院（以下简称广州健康院）陈捷凯课题组和南方科技大学Andrew Hutchins课题组合作开发出单细胞测序分析转座元件表达的工具包scTE。相关研究3月5日发表于《自然—通讯》。据悉，生物岛实验室副研究员何江平为该论文第一作者，陈捷凯、Andrew Hutchin
测序技术再现新进展，已开发基于单分子测序平台的单细胞多组学测序技术
单细胞多组学测序技术是指对一个单细胞同时检测多个组学层面（例如基因组、表观基因组和转录组）的测序技术。这类技术可以更系统、全面地探索细胞异质性以及同一个细胞内的不同组学层面之间的互动关系，有利于更深入地解析复杂的生理、病理过程中细胞类型特异性的分子调控机制1, 2。2019年，Nature Me
深度分析
目的是获得深度-成分分布曲线或深度方向元素的化学态变化情况。常用离子溅射法：用惰性气体离子束轰击样品，逐层剥离样品表面，然后对表面进行分析。
科学家发明少量细胞多层次图谱绘制新方法
解析正常和病态生理过程的有力工具是全基因组分子遗传和表观遗传图谱。其中获得细胞机能完整图谱最主要的挑战之一，就是开发出一种能够描述少量细胞多层次图谱特征的技术。最新一期《自然―方法学》(Nature Methods)发表的两篇文章解决了这个问题。 在过去的15年里，出现了许多研
陈捷凯课题组发现RNA－m6A修饰调控异染色质形成的新机制
近日，中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员陈捷凯课题组发现了RNA m6A修饰调控异染色质形成的新机制，阐明了RNA m6A阅读器YTHDC1在这一机制中的关键作用：抑制基因组中广泛分布的ERVK、IAP、LINE1等转座元件限制胚胎干细胞向全能性干细胞转化，相关研究成果以The RNA m
单细胞基因组，一个新时代的到来
单细胞基因组旨在通过组学方法研究单个细胞。近年来随着技术的发展，这一年轻的领域正在迅速成熟起来。单细胞基因组研究的前身可以追溯到用芯片检测单细胞的基因表达。不过，新一代DNA测序才是单细胞基因组学的大功臣，这些技术的出现让单细胞基因组研究最终一飞冲天。 2012年7月，Nature Biote
ChIPSeq分析常见问题集锦
染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq）是指对染色质免疫共沉淀（ChIP）获得的DNA片段进行大规模测序，并能把所研究蛋白的DNA结合位点精确定位到基因组上。Roche GS FLX Titanium 、Illumina Hiseq2000和AB SOLID 4 这3种测序技术均可以用于ChIP-
常染色质与异染色质的功能差异
常染色质区域的基因可以被转录为信使RNA。常染色质区域非折叠的结构允许基因调控蛋白和RNA聚合酶与其上的DNA序列结合，从而开启转录过程。在转录过程中，并非所有的常染色质都会被转录，但基本上非转录的部分会折叠为异染色质以保护暂时其上不用的基因。因此细胞的活性与细胞核中的常染色质数目有直接关系。常染色