AACR：“GENIE”呼之欲出，志在共享癌症基因组临床数据
11月6日，Genomeweb报道，美国癌症研究协会（AACR）推出了一项叫做“GENIE”的国际基因组和临床数据共享项目，旨在将不同癌症中心的基因组和结果数据汇总起来。 该项目中的“GENIE”寓意Genomics（基因组学）、Evidence（证据）、Neoplasia（肿瘤）Information（信息）Exchange（交换），是这5个单词的首字母缩写。 “GENIE”项目的启动阶段由来自美国，加拿大和欧洲的七个创始成员和两个信息合作伙伴参与，共享他们拥有的肿瘤患者临床测序数据。 这个联盟的创始成员包括： 荷兰乌德勒支个性化癌症治疗中心（the Center for Personalized Cancer Treatment in Utrecht, the Netherlands）；波士顿Dana-Farber癌症研究所（Dana-Farber Cancer Institute in Boston）；法国维勒瑞......阅读全文
863计划“特色果树功能基因组学研究与应用”通过中期检查
我国是世界桃起源中心，保存有世界上份数最多的桃种质，桃在我国的栽培面积和产量远高于其他国家，在果品生产中具有重要地位。为进一步发掘优异桃种质资源，建立桃分子育种平台，十二五期间，国家863计划启动了“特色果树功能基因组学研究与应用”课题。6月5日863计划领域办组织相关专家对课题进行了中期检查
比较分子生理基因组学－—cDNA阵列的异种杂交实验（二）
二、方法在开始任何微阵列实验之前，必须要选定合适的对照和时间点，这样获得的数据才有生物学意义。关于如何选择合适的对照，参见注释 1 和 2。1 总 R N A 的提取2 R N A 变性凝胶电泳（1）制备一块 1 % 的琼脂糖甲醛变性胶，浸没在 IXM OPS 缓冲液中，胶上的孔应被溶液完全没过。将
三代测序的DNA提取和宏基因组学分析（二）
优势与局限这种DNA提取方法已被优化用于从人类粪便样本中提取高分子量(HMW)DNA，但也已在模拟微生物群落和细菌分离株上得到验证。我们希望该方案可以适用于其他样品类型，尽管可能需要对裂解前和裂解后步骤进行修改以解释特定于样品的制备和污染物清除的问题是必要的。机械裂解方法（如珠子击打）仍然是连续裂解
现代玉米杂种优势群遗传演化基因组学基础获揭示
玉米种质资源的杂种优势群划分。中国农科院供图 近日，中国农业科学院作物科学研究所玉米优异种质资源发掘与创新利用团队联合华南农业大学、中国农业科学院生物技术研究所等单位研究揭示了玉米父、母本杂种优势群趋同与趋异选择的遗传规律，解析了玉米基因组分化特征及其对杂种优势的贡献。该团队通过总结过去，将玉
基因组学研究成果让斑马鱼研究“快马加鞭”
基因组学研究成果让斑马鱼研究快马加鞭（Genomics: Zebrafish earns its stripes）作者：谢训卫人类发育，生理功能及疾病发生的过程涉及到成千上万的基因和其变异体，但是大部分的基因和其变异体的功能依然是未知的。过去的20年里，斑马鱼逐渐成为研究人类基因功能的重要模式动物。
第七届国际基因组学大会在香港成功召开
2012年11月29日至12月1日，为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办，《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港，共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展，并深入探
北大特聘教授探讨破解癌症耐药性的基因组学方法
近日，北京大学的张泽民教授在Trends in Genetics杂志上发表文章，探讨了破解癌症耐药性机制的基因组学方法。 癌症精确医疗面临的主要障碍是，靶向性治疗总是会遇到抵抗。因此了解和克服癌症耐药性，成为研究的焦点。 癌症耐药性背后的生化和遗传机制非常复杂。为了克服这一巨大的挑战，近年来人
揭示玉米杂种优势群遗传改良与分化基因组学基础
近日，华南农业大学生命科学学院教授王海洋团队联合中国农业科学院作物科学研究所玉米优异种质资源发掘与创新利用团队和中国农业科学院生物技术研究所玉米功能基因组创新团队揭示了玉米父、母本杂种优势群趋同与趋异选择的遗传规律，解析了玉米基因组分化特征及其对杂种优势的贡献，为新时期玉米自交系创制和杂种优势利用提
基因组学：将数字信息转化为生物学功能
优势 · 同时检测克隆和定量荧光标记---使用表现型筛选克隆 · 从加样、涂布到挑取完全自动化工作流程 · 从样品涂布到挑取、复制和重排记录并追踪样品数据 · 每天准确挑取超过30000个筛选到的克隆，效率>98% 美国能源部联合基因组研究所（
中信湘雅与华大基因携手促基因组学等前沿研究
7月3日，中信湘雅生殖与遗传专科医院和深圳华大基因科技有限公司签署战略合作协议，双方将共建“中信湘雅-华大DCSlab”科研实验平台，推动基因组学、基因检测、辅助生殖技术及精准医疗等领域的科学研究。签约仪式现场。中信湘雅医院 供图双方将共建以高通量测序仪、串联质谱仪等平台为基础的精准医学检验平台，该
三代测序的DNA提取和宏基因组学分析（一）
改进的人类肠道微生物组的高分子量DNA提取，纳米孔测序和宏基因组学装配Improved high-molecular-weight DNA extraction,nanopore sequencing and metagenomicassembly from the human gut microb
Geneformics联手明码生物科技为全球基因组学大数据“瘦身”
美国加州森尼韦尔市，2017年2月14日——Geneformics数据系统有限公司（以下简称“Geneformics”）宣布携手药明康德集团企业明码（上海）生物科技有限公司（以下简称“明码生物科技”），正式将Geneformics世界领先的基因测序数据技术融入到明码生物科技的工作流程。Genef
新型基因组学工具ECCITEseq扩展多模态单细胞分析
单细胞RNA测序是基因组研究的重要领域之一。其能够帮助研究人员深入探索单细胞的特性，有效区分不同的细胞类型，并在单细胞水平下研究多种人类疾病的发病机制。随着对复杂人体组织甚至整个生物体的研究进展，研究人员越来越认识到需要大规模并行技术及数据集才能更加深入地揭示微妙的细胞状态。 近日，一种新型单
Nature发布大规模癌症蛋白质基因组学研究重要成果
基于来自癌症基因组图谱(TCGA)计划的数据，一个多机构科学家小组完成了首个大规模的乳腺癌“蛋白质基因组学”（ proteogenomic）研究，将一些DNA突变与蛋白质信号联系到一起，并帮助确定了一些驱动癌症的基因。 这项研究旨在通过蛋白质和它们的修饰来更好地认识癌症。发表在5月25日《自然
核酸纯化仪在基因组学、CDC和分子诊断方面的应用
基因组学 天隆 NP968磁珠提取纯化系统，非常适合于基因组学的研究。无论提取样本的来源是微生物、动物、植物或是病毒，结合特别针对TIANLONG NP968磁珠提取纯化系统优化的TIANLONG全血基因组DNA提取试剂盒、白细胞层全血基因组提取试剂盒、动物组织/细胞基因组DNA提取试剂盒，可
10x－Genomics收购空间基因组学领先者Spatial－Transcriptomics
近日，10x Genomics公司宣布收购位于瑞典斯德哥尔摩的Spatial Transcriptomics公司。Spatial Transcriptomics公司是空间基因组学(spatial genomics)领域的领先公司。空间基因组学是一个新兴领域，它不但让研究人员可以获得单细胞内的基因
Deep－Genomics：融资1670万美元，它将深度学习带到基因组学
基因组学正在探索DNA变异如何影响特定疾病，使用机器深度学习对DNA和细胞中关键分子的关系进行建模，从而让基因组学的研究更有效。 在用深度学习研究基因组学的时代，Deep Genomics推开了第一扇窗。Deep Genomics，即“Deep Learning + Genomics”，是
利用真实世界数据，验证癌基因组学特征与临床结果联系
近日，在一项发表在《美国医学会杂志》（JAMA）上的最新研究中，来自美国Flatiron Health和Foundation Medicine公司的研究人员利用大型临床基因组学数据库，证实了以前已知的非小细胞肺癌（NSCLC）患者基因组学特征与临床结果的联系，并证明了利用病人日常护理过程中获得的
“葫芦科作物功能基因组学”获国家杰青基金资助
日前，国家自然科学基金委员会正式公布了2022年国家杰出青年科学基金资助立项，青岛农业大学园艺学院教授张忠华“葫芦科作物功能基因组学”项目获国家自然科学基金杰出青年科学基金资助。这实现了青岛农业大学自主培养国家级科技人才队伍的重大突破。张忠华，现任青岛农业大学园艺学院院长，国家杰出青年科学基金获得者
昆明动物所等家养动物线粒体DNA基因组学研究取得进展
近年来，家养动物线粒体DNA（mtDNA）基因组学得到了迅速发展，积累了大量的mtDNA序列数据。与此同时，一些问题随之浮现出来。除了数据质量存在缺陷（Shi, et al. 2014. Mol Ecol）之外，mtDNA世系划分标准不一，世系命名混乱的问题也已开始干扰家养动物mtDNA的研究工
武汉病毒所在蝙蝠飞行和免疫适应进化基因组学研究获进展
近期，由5个国家9个实验室组成的联合研究团队解析了2种蝙蝠的全基因组序列。这2种蝙蝠分别来自澳大利亚的大蝙蝠狐蝠(Pteropus.alecto)和中国的小蝙蝠大卫鼠耳蝠(Myotis.davidii)。分析结果提供了蝙蝠飞行、免疫系统及其它独特生物学特性的适应性进化的生物信息学证据。相关成果发
2012国际热带生物多样性及基因组学研讨会开幕
6月4日，“2012国际热带生物多样性及基因组学专题研讨会”（Workshop on Tropical Biodiversity and Genomics at Xishuangbanna Tropical Botanical Garden）在中国科学院西双版纳热带植物园举行。会议
天津工生所丝状真菌戊糖代谢功能基因组学研究获进展
生物质酶解后主要成分包括葡萄糖、木糖和阿拉伯糖，如何使微生物高效完全利用这三种糖类是生物炼制的关键。目前，相关葡萄糖和木糖代谢的研究已有较多的报道，但是对阿拉伯糖代谢及调控的研究却很少，特别是从功能基因组学水平研究微生物对阿拉伯糖的代谢。 近日，中国科学院天津工业生物技术研究所田朝光研究组
个人基因组学令人担忧：如果一个突变不致病呢？
美国遗传学家Heidi Rehm进行的一个夏季科学项目，很快变成了一场家庭医疗危机。今年七月，她做了一个测试，对她14岁女儿的进行DNA测序，希望对“为什么女儿的一颗成年齿没有出现”找到一个遗传解释。但是，这名母亲和女儿发现，她们都携带了一种与扩张型心肌病相关的基因突变，这是一种心脏肌肉异常，可
合成基因组学公司推出DNA生物打印的数字生物转换器
2017年8月，合成基因组学公司（Synthetic Genomics，SG）研究团队发布了一款数字生物转换器（digital-to-biological converter），能够将描述DNA、RNA或蛋白质的数字化信息发送到设备，并将其打印成原始生物材料的合成版本。该项研究发表在最新出版的《
基因组学与蛋白质组学两大巨头建立合作
AB Sciex和Illumina公司近日联手推出OneOmics™ 计划，其目的是在云计算环境中结合新一代蛋白质组学（NGP）和新一代测序（NGS）的工具。作为此计划的一部分，Illumina的应用商店BaseSpace将托管AB Sciex的SWATH™ 蛋白质组学云工具，这使得BaseSp
于军：中国基因组学需加快自主研发和科普教育
“10年前，我们参与人类基因组计划，完成了1%的工作，其实是‘搭了别人的车’。现在，面对即将到来的基因组学新时代，我们不能再搭别人的车了。”当年曾参与人类基因组计划承接1%测序工作、如今已是中科院北京基因组研究所副所长的，对中国未来基因组学的发展和应用前途有点担心。 2010年6月2
高密度光纤芯片技术及其在功能基因组学中的应用
DNA微阵列技术的发展[1]带来了基因表达研究方法上的一场革命。传统的Northern blots或RT-PCR方法只能逐一地研究单个基因的表达，而DNA微阵列技术可以同时例行检测成千上万个基因表达水平的变化，在微芯片上置入寡核苷酸探针或相应于mRNA序列的cDNA，与细胞cDNA或cRNA进行杂交
李辉教授PNAS:融合基因组学揭示横纹肌肉瘤细胞起源
基因融合一直被认为是肿瘤独有的特征。弗吉尼亚大学的一组研究人员从干细胞肌肉分化发生的融合基因事件入手，分析了横纹肌肉瘤细胞的起源，这是首次从融合基因的角度来研究肿瘤细胞的起源。这项研究在线发表于10月31日《美国国家科学院院刊》（PNAS）杂志上，文章的第一作者谢仲秋博士毕业于湖南大学，博士期间从事
广州地化所发展出单细胞SIP反向基因组学技术
微生物是地球上丰富且分布广泛的生命形式，在生态系统中对有机物的生物地球化学循环发挥着关键作用。微生物降解是有机污染物分解过程中的重要环节。其中，降解功能微生物可将污染物转化为无毒化合物，是有机污染物降解的执行者。因此，研究原位降解功能微生物的种类和代谢特性，并从复杂环境微生物群落中发掘具有“特定