刘小乐教授连发多项研究成果
华人女学者、哈佛大学公共卫生学院Dana-Farber癌症研究所的刘小乐(X Shirley Liu)教授，也是教育部“长江学者”讲座教授、中组部“千人计划”入选者，是国际生物信息学界的领军人物。其带领的课题组长期致力于生物大数据的收集和信息挖掘、筛选治疗癌症药物的有效靶点，以及开发个性化癌症诊断和治疗的新方法。近期，刘小乐教授带领的研究小组先后在《Genome Research》、《PLOS Computational Biology》和《Genome Biology》等国际著名学术期刊发表多项研究成果。 今年六月份，刘小乐教授与CRISPR/Cas9技术先驱之一、麻省理工学院-哈佛大学布罗德研究所的张锋博士，在国际基因组研究权威期刊《Genome Research》发表题为“Sequence determinants of improved CRISPR sgRNA design”的学术论文。在这项研究中，研究人员系统......阅读全文
刘小乐、张锋CRISPR最新论文
最近，来自哈佛大学医学院Dana-Farber癌症研究院、哈佛大学统计系和麻省理工学院-哈佛大学布罗德研究所的研究人员，在国际基因组研究权威期刊《Genome Research》发表题为“Sequence determinants of improved CRISPR sgRNA design”
刘小乐教授发布CRISPR实用工具
必需基因是指细胞生存的关键基因。近年来，研究基因重要性（gene essentiality）的功能基因组技术发展很快。举例来说，大规模shRNA筛选已经被用于多个细胞系，帮助人们寻找必需基因。如果一个转录因子使细胞在特定条件下存活，就可以用ChIP-seq鉴定其调控靶标，进而找出必需基因。最近，
刘小乐教授：CRISPR高通量筛选的新算法
高通量的CRISPR筛选，已在功能基因组学研究中显示出巨大的潜力。12月16日，华人女学者、哈佛大学公共卫生学院Dana-Farber癌症研究所的刘小乐教授，在国际著名学术期刊《Genome Biology》发表题为“Quality control, modeling, and visualiz
魏文胜、刘小乐携手发表CRISPR新成果
CRISPRCCas9筛选已被广泛用于分析编码基因功能，但是，用这种方法对非编码元件进行高通量筛选，是更具挑战性的，因为非编码区域中单次切割所引起的缺失，不可能产生一次功能性的基因敲除。因此，非常需要一种高通量的方法，来产生非编码DNA的缺失。10月31日在《Nature Biotechnology
刘小乐教授：CRISPR高通量筛选的新算法
高通量的CRISPR筛选，已在功能基因组学研究中显示出巨大的潜力。12月16日，华人女学者、哈佛大学公共卫生学院Dana-Farber癌症研究所的刘小乐教授，在国际著名学术期刊《Genome Biology》发表题为“Quality control, modeling, and visualiz
Nature－Biotechnology：魏文胜、刘小乐携手发表CRISPR新成果
CRISPR–Cas9筛选已被广泛用于分析编码基因功能，但是，用这种方法对非编码元件进行高通量筛选，是更具挑战性的，因为非编码区域中单次切割所引起的缺失，不可能产生一次功能性的基因敲除。因此，非常需要一种高通量的方法，来产生非编码DNA的缺失。10月31日在《Nature Biotechnolo
刘小乐教授连发多项研究成果
华人女学者、哈佛大学公共卫生学院Dana-Farber癌症研究所的刘小乐(X Shirley Liu)教授，也是教育部“长江学者”讲座教授、中组部“千人计划”入选者，是国际生物信息学界的领军人物。其带领的课题组长期致力于生物大数据的收集和信息挖掘、筛选治疗癌症药物的有效靶点，以及开发个性化癌症诊
刘小乐教授发布癌症综合分析法
理解肿瘤与免疫系统的相互作用，是发现预后指标、降低药物抗性和开发新药的关键。为此，哈佛大学的研究人员开发了一种能够综合性分析肿瘤免疫的计算方法。该方法可以对肿瘤浸润免疫细胞进行评估，帮助人们理解癌症中的肿瘤-免疫互作。这项研究于八月二十二日发表在Genome Biology杂志上，文章通讯作者是
刘小乐教授：肿瘤免疫治疗的未来
近年来，癌症的发生率和死亡率一直在节节攀升，它不仅带给患者本人及家庭无限痛苦，更造成了严重的社会与经济问题。“我不是药神”这部电影没上映即被大众冠以“零差评”恰恰从侧面折射出其受关注的程度。 癌症从治疗方法上来说，传统一般使用手术“切”、化疗“毒”、放疗“烧”，后来，科学家根据肿瘤变异位点，研
CRISPR的前世今生：酸奶中的CRISPR
两年前，一个缩写为CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，规律间隔成簇短回文重复序列）的基因编辑工具横空出世，席卷了许多实验室。而在这一系统被开发的数亿年前，细菌和古细菌就利用其非常精确的对几乎每个基因组中
CRISPR的前世今生：酸奶中的CRISPR
两年前，一个缩写为CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，规律间隔成簇短回文重复序列）的基因编辑工具横空出世，席卷了许多实验室。而在这一系统被开发的数亿年前，细菌和古细菌就利用其非常精确的对几乎每个基因组中
CRISPR女王：她的生命被CRISPR照亮
一位多年来埋头于实验室枯燥生活的微生物学家，突然有一天由于基因编辑技术站在了聚光灯下 现年48岁的Emmanuelle Charpentier在过去二十年学术生涯中辗转去过了5个国家九所不同的研究院，“我总是不得不从零开始，亲自构建新的实验室，”她说。45岁之前Charpentier还无法雇
NatureMethods发布CRISPR新技术：CRISPRX
斯坦福大学遗传学系，药理学系的几位学者合作，开发出了一种为原位蛋白质工程重利用体细胞超突变的新技术―― CRISPR-X ，这将能帮助科学家们创建复杂的原始遗传突变文库，分析完善蛋白质工程。这一研究成果在线公布在10月31日的Nature Methods杂志上，文章的通讯作者是斯坦福大学Micha
CRISPR专家发表CRISPR/Cas9综述
CRISPR技术的确在科学界掀起了基因组编辑的狂潮。在Pubmed中快速检索“CRISPR”，目前已有1400多项结果。也相继有专家为该技术撰写了综述论文，例如：Science综述：CRISPR-Cas9系统的历史和未来；北大魏文胜最新发表CRISPR综述。 最近，来自美国加州大学伯克利分校和
刘小乐教授Nature－Genetics发布癌症研究新工具
哈佛大学研究团队五月三十日在Nature Genetics杂志上发布了一种新的计算方法，该方法可以帮助人们用RNA-seq数据从头组装肿瘤浸润T细胞的CDR3序列。这篇文章的通讯作者是哈佛大学的刘小乐 (X. Shirley Liu)教授和刘军（Jun S. Liu）教授。 肿瘤浸润T细胞是从
刘光慧研究员Cell－Res发表CRISPR新文章
CRISPR/Cas系统已被证实一种可应用于体内外的强大的基因编辑工具。1月30日，来自中科院生物物理研究所、Salk生物科学研究所等处的研究人员，在《细胞研究》（Cell Research）杂志上发表了题为“Regenerative medicine: targeted genome edit
Nature－Methods发布CRISPR新技术：CRISPRX
斯坦福大学遗传学系，药理学系的几位学者合作，开发出了一种为原位蛋白质工程重利用体细胞超突变的新技术—— CRISPR-X ，这将能帮助科学家们创建复杂的原始遗传突变文库，分析完善蛋白质工程。 这一研究成果在线公布在10月31日的Nature Methods杂志上，文章的通讯作者是斯坦福大学Mi
CRISPR实验指南：如何检测CRISPR脱靶突变（一）
张锋实验室的一位研究生：Winston Yan的项目就是利用CRISPR-Cas9基因组编辑系统的一个突变来敲除调控小鼠胆固醇的基因。“最终的目的是为治疗应用铺平道路，”Yan说，他最近完成了他的研究生工作，同时也第一次遇到CRISPR脱靶效应的问题。 CRISPR能帮助研究人员快速有效地对基
SpCas9，首个抗CRISPR小分子抑制剂
自2012年“魔剪”技术出道以来，该技术一直备受争议。一些专家指出，基因编辑在很多层面上难以实现控制。近年来，科学家一直致力于开发“抗CRISPR”系统，来干扰细胞中的Cas核酸酶功能，以此来给CRISPR基因编辑技术带上一定程度的“镣铐”，规范该技术的使用操作。 如今，在美国Broad研究所
反CRISPR噬菌体合作克服CRISPRCas免疫
英国埃克塞特大学的研究人员发现，一种被称为噬菌体的病毒在面对迎面而来的攻击时，首先削弱细菌的防御力，然后再杀死细菌。 这一发现是一个关键性突破，它将有助于改善噬菌体疗法，治疗危机生命的细菌感染。 细菌有防御系统，例如众所周知的CRISPR-Cas，以保护自身免受病毒侵袭。像军备竞赛一样，噬菌
CRISPR/Cas9抗体—CRISPR/Cas9研究
能够方便而精确的对DNA和核苷酸序列进行编辑，是科研工作者们长期以来的梦想。CRISPR/Cas9系统的诞生和成熟标志这这一梦想逐渐变为现实。CRISPR/Cas9系统，作为第三代基因编辑技术，它的本质其实是细菌中一种对付诸如病毒等外来DNA的防御系统。此系统的工作原理是 成簇的、规律间隔的短回
Cell：重磅！揭示抗CRISPR蛋白阻断CRISPR系统机制
想象一下细菌和病毒一直处于军备竞赛之中。对很多细菌而言，一种抵抗病毒感染的防御线是一种复杂的RNA引导的“免疫系统”，即CRISPR-Cas。这个免疫系统的核心是一种识别病毒DNA和触发它破坏的监视复合物。然而，病毒能够反击，利用抗CRISPR蛋白让这种监视复合物不能够发挥功能。但是，在此之前，
CRISPR先驱Nature解析新一代CRISPR系统
在4月20日《自然》（Nature）杂志上的一篇新研究论文中，科学家们描绘了一种新型细菌CRISPR-Cpf1系统的分子细节，这为实现其他的基因编辑应用，如平行靶向多个基因打开了可能的途径。 领导这一研究的任职于德国马克思普朗克感染生物学研究所和瑞典于默奥大学的Emmanuelle Charp
安捷伦推出CRISPR－激活和干扰－(CRISPR－a/i)－的混合文库
安捷伦通过基于 CRISPR 的产品扩展了 SureGuide 产品系列，从而加速疾病研究 基于 CRISPR 的全新转录激活和干扰 (a/i) 文库 2017年10月20日，北京——安捷伦科技公司（纽约证交所： A）今日宣布首次将 SureGuide 混合 CRISPR 文库扩展到功能基因
吴志坚发布CRISPR重要成果：CRISPR敲除治疗疾病
美国国立卫生研究院眼科研究所的一组研究人员报道了最新成果：他们通过一种病毒载体直接向眼睛输送了基于CRISPR-as9的治疗元件，成功在视网膜变性小鼠中阻止了视网膜色素变性。这一研究成果公布在3月14日的Nature Communications杂志上，文章的通讯作者是美国国立卫生研究院眼科研究
张锋、庄小威发表新的CRISPR标记系统
5月27日，Nature子刊《Scientific Reports》在线刊登了美国霍华德休斯医学研究所、哈佛大学、麻省理工大学（MIT）-哈佛Broad研究所、MIT McGovern脑研究所的一项最新研究成果，题为“An RNA-aptamer-based two-color CRISPR l
“希望之光”——CRISPR技术
2020年4月17日早晨，“STAT”网站发布了一篇新闻报道，该报道指出科学家正在测试将CRISPR技术应用于新冠肺炎的快速检测。作为近几年大热的一个全新的基因编辑技术，CRISPR与中国也颇有渊源。拥有“CRISPR之父”之称的著名科学家张锋是出生于中国河北石家庄的华裔科学家，更是当今最受关注的华
当ChatGPT遇上CRISPR
在探索CRISPR基因编辑系统的过程中，研究人员从温泉、泥炭沼泽、粪便甚至酸奶中搜寻各种微生物。现在，由于生成式人工智能的进步，他们可能只需按一下按钮就能设计出这些系统。 据《自然》报道，日前，研究人员公布了他们使用一种名为蛋白质语言模型的生成式人工智能工具，设计CRISPR基因编辑蛋白质的细
CRISPR的优势分析
前言时至今日，很多研究者仍着迷于研究细菌CRISPR系统的功能，以及如何借助对相关机制的理解来产生新的技术。CRISPR系统目前在临床诊断与基因疗法中的研究成果也在不断涌出。近日，Sherlock Biosciences公司宣布其基于CRISPR技术的新冠病毒试剂盒已获得美国FDA的紧急使用
基因编辑crispr原理
ZFNZFN，即锌指核糖核酸酶，由一个 DNA 识别域和一个非特异性核酸内切酶构成。DNA 识别域是由一系列 Cys2-His2锌指蛋白（zinc-fingers）串联组成（一般 3~4 个），每个锌指蛋白识别并结合一个特异的三联体碱基。锌指蛋白源自转录调控因子家族（transcription fa