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数据平台让水稻更易“读懂”以水稻为研究对象的数据库

水稻生物学数据库众多、信息量大,但大多是生物学原始数据;国内传统种质资源数据库鲜有二次开发功能;国内缺少整合多学科数据的集成性数据库……如何从海量数据中挖掘有用信息提供给农业科研工作者,一直是个难题。中国水稻研究所鄂志国、王磊、庄杰云等创建了“国家水稻数据中心”(http://www.ricedata.cn/),让难题迎刃而解。 经过10多年的建设,该平台已发展成为一个以水稻为研究对象,融贯多学科的综合性数据库。其所载内容已被他人引用超过350次,它以网站形式为用户提供信息,日访问IP数超过500个,在国内外农学类信息系统中,访问量名列前茅。 据悉,研究人员开发系谱数,创建中国水稻品种及其系谱数据库,收录国内外水稻品种和育种材料等数据近1.5万份;构建优异稻种资源数据集和大品种指纹数据集,收集优异稻种资源数据共计5379份。 “本数据库是国内有关水稻品种资料最全,且唯一带有系谱追溯功能的数据库。”中国水稻研究所教授鄂志......阅读全文

lncRNA在农业领域的研究成果

  miRNA的好Homie,非编码RNA界的NewStar --没想到在农业上大展身手啦   你没看错!不是标题党。说到miRNA的好Homie,非编码RNA界的NewStar,想必聪明博学的你就已经猜到了是lncRNA。今天大阅哥要给大家挖一挖lncRNA在农业上的研究进展。为了写这篇主题

植物生物学研究数据库

实验概要植物生物学研究数据库实验步骤http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英国 Top 植物种的snoRNA基因数据库。 综合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webt

常用生物软件(windows)全面介绍

常用生物软件(windows)全面介绍一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。 Arraypro 4.0

lncRNA在农业领域的研究成果(一)

miRNA的好Homie,非编码RNA界的NewStar --没想到在农业上大展身手啦 你没看错!不是标题党。说到miRNA的好Homie,非编码RNA界的NewStar,想必聪明博学的你就已经猜到了是lncRNA。今天大阅哥要给大家挖一挖lncRNA在农业上的研究进展。为了写这篇主题,大阅哥呕心沥

记中国科学院基因组科学与信息重点实验室

随着多种高通量DNA分析技术的不断发展和高性能计算能力的持续提高,基因组科学正在以前所未有的速度产生着大量的基因组数据和生物学信息,为科学研究提 供了大量宝贵的原始数据。由数据到信息再到知识,它正在革命性地改变着基因学研究思想和方法论。中国科学院基因组科学与信息重点实验室也因此应运而生。

科技部发布《“十三五”中医药科技创新专项规划》

  分析测试百科网讯 近日,按照《中华人民共和国国民经济和社会发展第十三个五年规划纲要》、《“十三五”国家科技创新规划》、《“健康中国2030”规划纲要》等总体部署,为加快推进中医药科技创新发展,科技部特制定《“十三五”中医药科技创新专项规划》:   “十三五”中医药科技创新专项规划  中医药蕴含着

《PNAS》八大热点文章

  PNAS》(美国国家科学院院刊)是与Nature、Science齐名,被引用次数最多的综合学科文献之一,PNAS收录的文献涵盖生物、物理和社 科学,主要内容包括具有高水平的前沿研究报告、学术评论、学科回顾及前瞻、学术论文以及美国国家科学学会学术动态的报道和出版。近期其最受关注的文章(生物类)如下

作物基因组学研究进展

  摘要:农作物基因组学研究的发展,对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展,已经实现对重要农作物,如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序,在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了2017年度主要农作物基因组

中科院发布改革开放四十年40项标志性重大科技成果

  12月19日,中国科学院发布改革开放四十年40项标志性重大科技成果。  中科院以“三个面向”为线索,在系统梳理改革开放40年来广大科研人员取得的众多重大科技成果基础上,发布面向世界科技前沿成果15项、面向国家重大需求成果15项、面向国民经济主战场成果10项。  习近平总书记在庆祝改革开放40周年

蛋白质组学在植物科学研究中的应用

1 植物群体遗传蛋白质组学 1.l 遗传多样性蛋白质研究基于基因组学的一些遗传标记,如RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA)、RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism)、SSR(Simple Sequen

2019年中国学者86篇Cell,Nature及Science文章汇总

  2019年上半年很快就结束了,iNature盘点了中国学者在Cell,Nature及Science发表的成果,我们发现总共有86篇(截至2019年6月24日),具体介绍如下:  4-6月发表的文章  【1】2019年6月21日,西北工业大学王文,中科院昆明动物研究所/BGI 张国捷及丹麦哥本哈根

基因组所完成开发RiceWiki数据库

  近日,中国科学院北京基因组研究所章张研究员课题组与北京理工大学、中国林业科学研究院及华中农业大学合作开发完成RiceWiki数据库。该数据库是基于维基百科的水稻基因信息平台,是可编辑且内容公开的公众注释系统。研究成果在Nucleic Acids Research杂志发表。   水稻是人类重

“舌尖上的革命”登上国家科技最高领奖台

  1月8日,一个和“吃”有关的科学研究登上了我国科技的最高领奖台,项目全称听上去略有些拗口:“水稻高产优质性状形成的分子机理及品种设计”(以下简称分子设计育种),但研究的问题却很接地气,即破解粮食生产“优质不高产,高产不优质”矛盾难题,说白了不仅让老百姓吃饱,而且要吃好。2017年10月31日,江

DNA microarray相关的基因表达数据处理攻略

基因表达谱 的发展有助于科研工作人员进一步的理论知识充实及应用到研发等领域中。基因芯片是最近几年发展起来的基因表达重要工具,本文主要对这种技术的数据分析和管理方法作具体介绍。一、引言DNA微阵列(DNA microarray),也叫基因芯片,是近几年发展起来的一种能快速、高效检测DNA片段序列、基因

“未来水稻”:你在多远的未来?

  “未来水稻”时代,是个增加了分子生物学技术“工具”的育种时代,能促使水稻产量、品质、抗性等的全方位、大幅度提升。  不久前,第19届国际植物学大会活动之一的“2017年国家自然科学基金委员会与国际水稻研究所联合研讨会”,在深圳举办。一种基于生物分子育种技术的“未来水稻”,受到广泛关注。  据称,

彼昂院士团队探明植物响应重金属27个关键蛋白

   谈到重金属污染,公众首先想起的就是镉大米及其危害,而这只是科学家们研究的起点。他们想搞清楚,受到重金属污染时,植物内部到底发生了什么变化、植物的哪些响应机制与重金属污染有关。更现实一点,有没可能让重金属污染集中在蔬菜或水稻的非食用部位,从而减少其对人体的影响?  这些正是广东省首批领军人才、华

徐光宪院士:第六次科技革命有四大核心内涵

  邓小平同志指出“科学技术是第一生产力”。所以,解决当前世界经济危机的根本出路,在于紧紧抓住第六次科技革命。  现在国内外对第六次科技革命的核心内涵都正在讨论探索之中,没有达成共识。如果我们能准确预言新科技革命的核心内涵,我们就在勇做领头羊的进程中走了关键性的第一步。■徐光宪  邓

2006年中国植物科学若干领域重要研究进展

4  光合作用与碳循环 光系统Ⅱ (PSⅡ)是叶绿体类囊体膜中的一个色素蛋白复合体,在光合作用 光反应过程中起重要作用。为了阐明 PSⅡ 的组装过程,中国科学院植物研究所张立新研究组对 PSⅡ 低 含量的拟南芥突变体(lpa1)进行了研究。结果表明,体外蛋白质标记实验显示 lpa1

生物信息学—促动BT与IT双赢

  无论是与结构基因组学对应的“基因时代”,还是与功能基因组学、蛋白质组学相应的“后基因时代”;无论你称呼21世纪是“信息时代”、“后信息时代”,还是“生物时代”,所有这一切,都将BT(生物技术)与IT(信息技术)紧密结合起来。而这其中,无疑“生物信息学”占据了天时地利、出尽了风头,虽然它

再次飞跃 | 短短2天,中国学者连续发表11篇CNS

  摘要:  【1】中国科学技术大学薛天,初宝进及马萨诸塞大学医学院Han Gang共同通讯在Cell在线发表题为“Mammalian Near-Infrared Image Vision through Injectable and Self-Powered Retinal Nanoantenna

哺乳类实验动物的遗传质量控制(三)

2.3 杂交群 hybrids2..3.1 定义杂交群:由不同品系或种群之间杂交产生的后代。2.3.2 命名杂交群应按以下方式命名:此雌性亲代名称在前,雄性亲代名称居后,二者之间以大写英文字母"X"相连表示杂交。将以上部分用括号括起,再在其后标明杂交的代数(如F1、F2等)。对品

哺乳类实验动物的遗传质量控制(国家标准信息发布)

GB 14923-2001                      哺乳类实验动物的遗传质量控制            &nbs

袁隆平:对转基因不能一概而论

  袁隆平说,“我们也不能听到转基因就害怕,要谨慎对待转基因,而很多转基因还是好的”   已逾耄耋之年,84岁高龄的“中国杂交水稻之父”袁隆平仍是“老骥伏枥,志在千里”;近日接受媒体采访时表示,他正在研究“转基因水稻”,并力挺“转基因”,称其为“今后的发展方向”。   转基因食品一直饱受争议,甚

产研结合的典范:苦味素----从科学发现到产业转化之路

  《韩非子·外储说左上》有云 :“夫良药苦于口,而智者劝而饮之,知其入而已己疾也”,良药苦口由此而来。最近,国内研究团队揭开了这类“苦口良药”的神秘面纱,成果相继发表在Nature Genetics(2013)、Science(2014)和Nature Plants(2016)等国际知名学术期刊上

2006年中国植物科学若干领域重要研究进展

3  蛋白质组学、功能基因组学与基因进化 蛋白质组学分析  北京大学朱玉贤研究组利用 2-DE、 MALDI-TOF MS 和 ESI-MS/MS 等蛋白质组学的方法研究了拟南芥中的 cp29A 和 cp29B 蛋白。cp29A 和 cp29B 是拟南芥8个叶绿体核糖核蛋白

再次飞跃 | 短短2天,中国学者连续发表11篇CNS

3.杨辉/李亦学/Lars M. Steinmetz等团队建立新型脱靶检测技术,基因编辑工具安全性评估或迎来新突破  CRISPR/Cas9是广泛关注的新一代基因编辑工具,自从2012年被发明以来,它一直以其高效性和特异性备受世人的期待,然而值得注意的是,CRISPR/Cas9从问世以来,其脱靶风险

李金英理事长在2010年全国质谱大会上的致辞

中国质谱学会理事长 李金英研究员  尊敬的各位代表、各位专家,女士们、先生们:大家上午好!   今天我们非常高兴的在这里相聚,共同迎来了“2010年全国质谱大会暨第三届世界华人质谱研讨会”的隆重召开。这是全体质谱工作者的一件大事,同时也是继第一届、第二届世界华人质谱会以来的一次盛大的聚会,

遗传发育所开发水稻分子育种整合组学知识库

  10月18日,中国科学院遗传与发育生物学研究所植物基因组学国家重点实验室梁承志研究组开发的分子育种整合组学知识库水稻子库在线发表于学术期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)。文章题目为MBKbase for rice: an integrated omics knowl

海洋所科研人员绘制完成牡蛎全基因组序列图谱

  近日,牡蛎基因组计划(Oyster Genome Project,OGP)项目组宣布,历时两年的牡蛎基因组序列图谱终于绘制完成。这是世界上第一张养殖贝类的全基因组序列图谱,标志着基于短序列的高杂合度基因组拼接和组装技术获得了重大突破。据悉,目前的基因组图谱已达到国际领先的基因组图

大大加速基因组分析的新软件

  最近,新加坡科技研究局(A*STAR)基因组研究所(GIS)和生物信息学研究所(BII)的科学家带领的一个国际研究小组,开发出了一种可以加快基因组分析的软件——SIFT 4G(SIFT for Genomes)。这项研究结果发表在《Nature Protocols》杂志。  基因组测序可帮助我们