中国科学院：生物组学数据库获国际认可
记者12月20日从中国科学院北京基因组研究所获悉，该所生命与健康大数据中心(BIGD)建成的生物组学数据库首次获得国际认可。 BIGD团队近日在国际学术期刊《核酸研究》上发表研究论文《北京基因组研究所生命与健康大数据中心：从存储到整合、再到转化》，这是中国首次以数据中心的模式，整体发布中国生物组学数据资源的建设情况。 论文作者之一、中科院北京基因组研究所研究员章张解释，“组学”是指将基因、蛋白及代谢物等生物分子，以整体为单位进行系统性研究。相较于以个体为单位的研究，组学最主要特征是大数据。 “搭建组学数据库，实现海量信息的存储、整合及共享成为一项重要任务。”章张说，目前在国际上被认可的生物组学数据中心主要有三家，分别是美国国立生物技术信息中心、欧洲生物信息研究所和日本DNA数据库，“要想在国际期刊发表论文，需要先将自己的原始数据提交到这三个官方指定的数据库”。 专家指出，中国的生物组学数据产量约占全球的40%，却没有......阅读全文
北京基因组所开发系列特色科学数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心（BIG Data Center，BIGD）有七篇数据库文章在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表，并将于该刊2019年1月出版的数据库专刊中集中刊发。包括表观组关联分析知识库EWAS Atlas
基因组学：将数字信息转化为生物学功能
优势 · 同时检测克隆和定量荧光标记---使用表现型筛选克隆 · 从加样、涂布到挑取完全自动化工作流程 · 从样品涂布到挑取、复制和重排记录并追踪样品数据 · 每天准确挑取超过30000个筛选到的克隆，效率>98% 美国能源部联合基因组研究所（
非靶向代谢组学更适宜选用哪些代谢组学通路数据库？
据相关介绍表明非靶向代谢组学的研究成果为众多的药物靶学、疾病机理研究以及疾病诊断提供有力依据。它还推动了免疫组化以及免疫荧光等技术的发展，事实上长期供应非靶向代谢组学更是由此迅速推进了研究步伐，现在就非靶向代谢组学更适宜选用哪些代谢组学通路数据库作简要阐述：1.HMDB非靶向代谢组学的代谢通路必须借
《基因组生物学》：中外猪种骨骼肌研究
8月6日出版的英国《基因组生物学》（Genome Biology）期刊发表了中国农业科学院北京畜牧兽医研究所李奎教授课题组唐中林博士、李勇硕士等关于中外猪种骨骼肌生长发育生长差异分子机制的重要研究成果。 猪肉是人类动物蛋白的主要来源，我国是世界上生猪生产和猪肉消费的第一大国。我国种猪长期依赖进口，西
宏基因组学：查明微生物身份新手段
背景 《美国医学会杂志》(JAMA)近期刊发了一篇题为《利用不需培养的宏基因组学测序技术研究产志贺毒素大肠杆菌O104∶H4暴发株》的研究论文，引起了学界和社会的广泛关注。这篇论文中应用了一种称为“宏基因组学”的技术方法，不通过培养，直接从病人样品中检测分析其携带的病原微生物，甚至可以
基因组研究：揭示偏头痛的生物学根源
在偏头痛的研究中，研究人员第一次发现了新的5个遗传区域与偏头痛相关。这项研究为理解偏头痛的原因和生物因素打开了新的研究大门。 研究人员发现了12个与偏头痛相关的遗传区域。其中8个区域在控制脑电路中发挥着重要的作用，其中2个区域的相关基因主要作用为维持健康脑组织。这些信号通路的调节对于遗传易感性
分子生物学篇之基因组DNA纯化
2007年刚过，各种年终汇总琳琅满目，生物通也将于未来一个多月里大摆生物技术饕餮盛宴，为读者带来前沿技术和信息的思维享受和满足--每日密集精选各厂家及经销商过去一年在中国大陆地区着力推广的重点产品文章或者上市的新产品新技术文章，将2007年当中生物通倍受瞩目的产品和技术一一呈递，打造精彩纷呈的生物技
整合基因组和组织学信息－基因组学公司联手开拓新前沿
10x Genomics公司宣布收购位于瑞典斯德哥尔摩的Spatial Transcriptomics公司。Spatial Transcriptomics公司是空间基因组学（spatial genomics）领域的领先公司。空间基因组学是一个新兴领域，它不但让研究人员可以获得单细胞内的基因组数据
美印药物基因组学与癌症基因组学检测商业化
美国Companiondx实验室拟与健康信息技术服务商Enable Healthcare合作，向医生推广药物基因组学检测；印度癌症医学公司HCG宣布建立一个新的肿瘤基因中心，旨在下代测序技术能够帮助定位肿瘤，从而提高化疗和放疗的效率和响应率 美国药物基因组学检测商业化 Companiondx实验
宏基因组学技术测序木乃伊的肺结核基因组
来自华威大学的研究者使用宏基因组学技术发现215年之久的木乃伊的肺结核基因组。 由Mark Pallen带领的研究团队试图用技术来发现组织学标本中的肺结核的DNA。 宏基因组学是一种从样本中检测DNA序列的技术，并且样本不需要培养或扩增。这种方法避免了与细菌培养或DNA扩增
毒理基因组学的定义
毒理基因组学(toxicogenomics)是从多基因、全基因组水平研究毒物作用与基因表达的相互影响。其研究内容主要包括3个方面:促进环境应激原与疾病易感性关系的理解、阐明毒性分子机制、筛选和确认与疾病和毒物暴露相关的生物标志物(biomarkers)。
Science专题：癌症基因组学
在2001年完成人类基因组测序后，许多的研究人员立即将目光放到了利用这些信息来更好地了解遗传学上。最近，越来越多的研究确定了表观遗传学在癌症的发生、形成及发展过程中起效应。从鉴别与遗传性癌症相关的单基因变异的前基因组时代转向，测序技术的进步使得研究人员能够利用全基因组方法来检测基因组间的差异，以
药物基因组学的定义
药物基因组学(pharmacogenomics),又称基因组药物学或基因组药理学,是药理学的一个分支,定义为在基因组学的基础上,通过将基因表达或单核苷酸的多态性与药物的疗效或毒性联系起来,研究药物如何由于遗传变异而产生不同的作用。
科学家呼吁关注全球基因组数据库污染
样品处理有可能是导致DNA数据库广泛污染的最主要原因 2月16日发表在《公共科学图书馆·综合》（PLoS ONE）期刊上的一份研究报告称康涅狄格大学的遗传学家Mark Longo及同事发现由顶级公共测序机构提供的测序结果构建的基因组数据库中的大约1/5的细菌、植物和非灵长类动物基因
世界最大的自闭症基因组数据库公布
自闭症，或称为自闭症谱系障碍，是指包括了社会技能、重复行为、语言和非语言交流、以及与众不同的优势或差异等多表征型障碍。我们现在得知，自闭症分好多亚型，大多数由遗传和环境共同作用造成。据估计，每68名儿童中就有一人患有自闭症。虽然，目前自闭症的干预方法很多。但是大多数缺乏循证医学的证据。尚无最优治
基因组多样性和祖源信息数据库
11月3日，中国科学院上海生命科学研究院（人口健康领域）计算生物学研究所徐书华课题组的研究成果，以PGG.Population: a database for understanding genomic diversity and genetic ancestry of human popul
武汉科研团队破译并公布莲基因组数据库
近日，武汉市园林科学研究院和中科院武汉植物园携手研发出破译荷花遗传密码的莲基因组数据库。日前，该数据库在国际知名学术期刊公布，供各国荷花研究人员免费共享。 据介绍，水生植物莲是地球上最早出现的开花植物之一。研究发现，早在约1.4亿年前蕨类植物和恐龙称霸地球的时代，在北半球许多水域已有莲的分布。
橡胶树HeveaDB基因组数据库平台完成测试
日前，中国热带农业科学院“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队负责搭建的橡胶树HeveaDB基因组数据库平台（hevea。catas。cn）上线运行，并在国际橡胶研究与发展委员会（IRRDB）各成员国间开展测试工作。经过1个月的测试，数据库平台各项指标保持稳定，运行可靠，达到预期效果。
橡胶树HeveaDB基因组数据库平台完成测试
本报讯 日前，中国热带农业科学院“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队负责搭建的橡胶树HeveaDB基因组数据库平台（hevea.catas.cn）上线运行，并在国际橡胶研究与发展委员会（IRRDB）各成员国间开展测试工作。经过1个月的测试，数据库平台各项指标保持稳定，运行可靠，达到
研究构建绵羊和山羊肠道高质量微生物基因组数据库
近日，西北农林科技大学羊遗传改良与生物育种团队携手国内外多家科研机构，在绵羊和山羊肠道微生物基因组数据库构建及肠道粘蛋白和多糖代谢功能菌种挖掘方面取得进展，研究成果发表在Microbiome上。研究团队在全国范围内的32个羊场收集了来自21个绵羊和山羊品种共计320个肠道样本，分别构建了包含1.6亿
《基因组生物学》—夏庆友小组—家蚕基因表达研究
日前，国际生物学权威期刊《基因组生物学》在线发表了西南大学蚕学与系统生物学研究所夏庆友教授领衔的课题组关于利用家蚕全基因组芯片分析家蚕多种组织基因表达特征的最新研究成果。 家蚕是重要的经济昆虫，既能用于蚕丝的生产、也能作为生物反应器生产外源蛋白；同时，家蚕也是鳞翅目昆虫生化、分子遗传以及基因组研究的
《基因组生物学》：慢性孤独会降低人体免疫功能
美国科学家最近研究发现，孤独可能会改变体内基因的表达，慢性孤独（chronically lonely）的人体内免疫系统的防御功能会因此降低。这一研究一旦确证，将有助于医生更好地防治那些会因孤独而恶化的疾病，比如心脏病、感染、与年龄有关的痴呆以及某些种类的癌症等。相关论文发表在《基因组生物学》上。 生
真核生物基因组3
第二节 基因组结构与疾病一、人类染色体的结构与疾病（一） 人体染色体数目、结构和形态人类体细胞中有46条染色体，其中44条（22对）为常染色体，另两条为性染色体（女性为XX，男性为XY）。生殖细胞中卵细胞和精子各有23条染色体，卵细胞为22＋X，精子为22＋X或22＋Y。为便于鉴别人类的每一条染色体
真核生物基因组1
真核生物的基因组比较庞大，并且不同生物种间差异很大，例如人的单倍体基因组由3.16×109 bp组成。在人细胞的整个基因组中实际上只有很少一部份（约占2%~3％）的DNA序列用以编码蛋白质。 第一节 真核生物基因组特点 真核生物体细胞内的基因组分细胞核基因组与细胞质基因组，细胞核基因
真核生物基因组4
（2） 苯丙酮尿症 苯丙酮尿症（PKU）的病因是患者肝细胞缺乏苯丙氨酸羟化酶，使体内的苯丙氨酸不能正常代谢为酪氨酸，导致血清中苯丙酮酸浓度升高。现已知苯丙氨酸羟化酶基因定位于12q24.1，此基因全长约90kb，含13个外显子，在中国人中已发现10余种点突变，这是造成酶活性缺乏的原因。 2．
真核生物基因组2
（二） 中度重复序列中度重复序列是指在真核基因组中重复数十至数万次（
合成基因组学公司推出DNA生物打印的数字生物转换器
2017年8月，合成基因组学公司（Synthetic Genomics，SG）研究团队发布了一款数字生物转换器（digital-to-biological converter），能够将描述DNA、RNA或蛋白质的数字化信息发送到设备，并将其打印成原始生物材料的合成版本。该项研究发表在最新出版的《
北京基因组所开发出比较群体基因组学新算法
随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为在基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了机遇。然而，目前的分析方法面临着技术瓶颈和挑战。其中，关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。同时，能够高效、高性能地分析多物种大样本数据，成为方法学方面的迫切要求。
基于八大基因组学数据库－构建迄今最完整的癌症eRNA图谱
增强子RNA（eRNA）是一种从增强子转录的非编码RNA。目前，科学家已经在人类细胞中鉴定出数以万计的eRNA，其中许多都在RNA转录过程中发挥重要作用，以介导靶基因的激活。在人类癌症中，癌基因或致癌信号通路的激活通常引起增强子的激活和eRNA的产生。例如，ESR1的激活可以整体上增加乳腺癌中e
蛋白质组学常用数据库一览
一蛋白质数据库 1.UniProt (The Universal Protein Resource) 网址：http://www.uniprot.org/ http://www.ebi.ac.uk/uniprot/ 简介：由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞