中科院学者NatureProtocols：空间转录组测序新技术
在真核细胞中，转录组的空间组织已经成为调节RNA转录后命运的一种有力手段，但是一般研究采用的是原位杂交或者原位的荧光染色，这项技术操作困难且通量低。近期来自中科院生物化学与细胞生物学研究所细胞生物学国家重点实验室等处的研究人员作建立了一种可以获得具有空间位置信息的少量细胞转录组图谱的技术方法：Geo-seq，这种方法不仅能解析少量细胞转录组信息，而且还能保留细胞原有位置信息。 这一研究成果公布在2月16日的Nature Protocols杂志上，Nature Protocols杂志虽然影响因子不是特别高，但是作为描述详细的实验步骤及注意事项的技术手册，近年来越来越受到广泛的关注。 文章的通讯作者分别为细胞生物学国家重点实验室景乃禾研究员与彭广敦副研究员，第一作者为陈军博士。去年景乃禾研究员与中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组合作，结合了激光显微切割以及单细胞测序等先进技术，绘制了小鼠早期发育原肠运动中期精细......阅读全文
《科学》：深度测序带来人类转录组“空前”全貌
德国科学家最近利用下一代测序技术和分析方法，得到了对于人类转录组（transcriptome）的崭新认识。相关论文7月3日在线发表于《科学》杂志。 到目前为止，人类转录组的功能复杂性尚未完全阐明。在最新研究中，通过对源自人类两大细胞系——胚肾和B细胞系的转录子（本）进行“鸟枪法测序”（shotgun
高通量单细胞转录组测序发展与展望
单细胞转录组测序技术这几年的发展之快，运用之广已众所周知。为更好的在国内推广该技术，也为更好的将该技术运用到广大科研工作者的实际工作中，上海生物芯片有限公司生物信息团队通过对该技术的整理和归纳，在《生命科学》杂志上发表了名为“高通量单细胞转录组测序发展与展望”综述文章，希望能进一步提升科研工作者对该
技术前沿空间转录组测序技术的展望
对生命过程的理解不光限于对组成个体的单个细胞的研究，更需要对细胞和细胞之间怎么样的互作协调来完成一个整体的生物学功能的研究。空间组学技术的兴起，使得在保留样本空间位置信息的同时，检测细胞中的基因表达等分子信息来勾勒出空间中的细胞表达特征。在2019年《Nature Reviews G
【技术前沿】空间转录组测序技术的展望
对生命过程的理解不光限于对组成个体的单个细胞的研究，更需要对细胞和细胞之间怎么样的互作协调来完成一个整体的生物学功能的研究。空间组学技术的兴起，使得在保留样本空间位置信息的同时，检测细胞中的基因表达等分子信息来勾勒出空间中的细胞表达特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
技术前沿空间转录组测序技术的展望
对生命过程的理解不光限于对组成个体的单个细胞的研究，更需要对细胞和细胞之间怎么样的互作协调来完成一个整体的生物学功能的研究。空间组学技术的兴起，使得在保留样本空间位置信息的同时，检测细胞中的基因表达等分子信息来勾勒出空间中的细胞表达特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
科学家构建空间转录组测序新方法
中科院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾课题组新近创立了一种技术方法，可以获得具有空间位置信息的少量细胞转录组图谱。相关研究成果日前在线发表于《自然—实验室指南》。 无论是体内组织还是体外细胞系，不同细胞之间都存在着差异性，即细胞的异质性。细胞的异质性对解释肿瘤的发生、干细胞或前体细胞的多能性与
RNA测序技术如何绘制全基因组转录终止？
近日，南方科技大学生命科学学院翟继先团队利用纳米孔单分子RNA测序技术绘制了拟南芥全基因组水平转录终止图谱。该方法能同时捕获包括已转录过polyA位点的 readthrough转录本、完成3’末端切割的5’或3’切割产物、以及已完成或正在进行多腺苷酸化（polyadenylation）的转录本在
单细胞转录组测序研究热点和发文锦囊
从Top50期刊2000余篇文献统计： 在刚刚发布的“十四五”规划中，“基因与生物技术”作为前沿科技攻关领域之一。而在这个领域，近年来最具里程碑的技术突破必然不能忽略“单细胞转录组测序”。本文通过对PubMed数据库中Top50期刊的共计2357篇单细胞转录组测序的引文进行数据分析，帮助读者了
单细胞测序新技术：同时分析转录组和甲基化组
单细胞转录组和甲基化组分析已经成为了单细胞研究的强大工具。然而，在单细胞中揭示DNA甲基化与基因表达的直接关联还比较困难。这是因为细胞之间存在较大的差异，又不能同时检测一个细胞的转录组和甲基化组。加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授领导团队解决了这个问题。他们在Genome Biology杂志上发
转录组测序“指证”老年性黄斑变性更多遗传线索
AMD是65岁以上人群视力丧失和失明的主要原因。2月11日发表在Nature Genetics杂志上的这篇文章提供了一幅更广泛和深入的了解AMD遗传贡献的图片，并为治疗提出了新途径。 “在刑事调查中，不同的罪犯被锁定在34个邮政编码的52条街道中，”本研究主要作者、美国国立卫生研究院神经生物学
空间转录组测序技术在肿瘤研究进展的应用
空间转录组测序技术是一种基于组织空间结构进行高通量转录组测序的技术。通过该技术，可以得到组织空间位置的基因表达图谱。因此，空间转录组技术是现阶段可实现空间二维基因表达检测的高通量技术。该技术为基于空间的发育研究和疾病异质性问题提供了一个解决方案。 空间转录组测序运用方向（Trends Bi
全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制（一）
2月7日，加拿大多伦多大学的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授团队对144例前列腺癌样本进行全转录组测序，结合后续的功能机制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的调控机制！该研究成果以题为“Widespread and Functional RNA Circ
单细胞转录组测序构建胸腺器官发生的分子图谱
2019年10月8日，四川大学胡洪波研究组、解放军总医院第五医学中心刘兵研究组与暨南大学基础医学院兰雨研究组合作在Immunity杂志在线发表了题为“Single-cell RNA Sequencing Resolves Spatiotemporal Development of Pre-thy
空间转录组测序技术在肿瘤研究进展的应用
空间转录组测序技术是一种基于组织空间结构进行高通量转录组测序的技术。通过该技术，可以得到组织空间位置的基因表达图谱。因此，空间转录组技术是现阶段可实现空间二维基因表达检测的高通量技术。该技术为基于空间的发育研究和疾病异质性问题提供了一个解决方案。空间转录组测序运用方向（Trends Biotechn
全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制（二）
3. 环状RNA的差异表达与前列腺癌的进展有关研究者对144个前列腺癌进行了聚类分析，与线性RNA相比，环状RNA最强模式与它们在每个样本中的总体丰度相一致。另外，极端circRNA分布的患者的预后明显较circRNA分布稳定的患者差，同时极端circRNA index组也与更高的转移发生率
中科院学者Nature－Protocols：空间转录组测序新技术
在真核细胞中，转录组的空间组织已经成为调节RNA转录后命运的一种有力手段，但是一般研究采用的是原位杂交或者原位的荧光染色，这项技术操作困难且通量低。近期来自中科院生物化学与细胞生物学研究所细胞生物学国家重点实验室等处的研究人员作建立了一种可以获得具有空间位置信息的少量细胞转录组图谱的技术方法：G
人类脑细胞的单细胞转录组测序研究成果
人脑是由多种不同类别细胞组成的极其复杂的器官。传统的细胞分类方法只能根据少数已知的细胞的标记分子（marker）对细胞进行分类，对每一类细胞的认识也非常有限。斯坦福大学的著名学者Stephen Quake及其团队利用单细胞测序技术，对466个人大脑皮层的单细胞进行了转录组测序，通过数据分析发
全转录组测序的“一箭三雕”：circRNA，lncRNA，mRNA
1. 文章主题：环状RNA通过靶向miRNA调控的信号传导促进结直肠癌的转移发表期刊：Journal of pathology影响因子：5.942发表时间：201906实验方法：全转录组测序实验样本：结直肠癌组织肝转移是结直肠癌（CRC）患者的主要死亡原因。作者使用全转录组测序在CRC肝转移的小鼠模
直接RNA测序、串联质谱法揭示新冠转录组和蛋白质组特征
此前，南开大学高山、阮吉寿等在中国预印本ChinaXiv网站发表论文，称新冠病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点。近日，发表在预印本网站bioRxiv上的一篇论文使用直接RNA测序和串联质谱法表明了SARS-CoV-2的转录组和蛋白质组的特征，揭示了细胞通道在去除了疑似Furin 蛋白酶切位点的
科学家开发单细胞全转录组测序新技术
北京大学生物动态光学成像中心黄岩谊、汤富酬课题组在《美国科学院院刊》（PNAS）上发表题为“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的论文。该研究利用微流控芯片技术实现了高质量单细胞的全转录组测序样品准备，全面提高了单细胞全
新型微流控芯片可提高单细胞转录组测序效率
近日，中国科学院深圳先进技术研究院医工所微纳系统与仿生医学研究中心研究员陈艳和南加州大学教授钟江帆合作，在针对稀有细胞样本的单细胞测序技术方面取得新进展。相关研究成果以Improving single-cell tranome sequencing efficiency with a microfl
《Cell》重磅！全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制
2月7日，加拿大多伦多大学的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授团队对144例前列腺癌样本进行全转录组测序，结合后续的功能机制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的调控机制！该研究成果以题为“Widespread and Functional RNA Ci
Cell》重磅！全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制！
2月7日，加拿大多伦多大学的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授团队对144例前列腺癌样本进行全转录组测序，结合后续的功能机制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的调控机制！该研究成果以题为“Widespread and Functional RNA Ci
花生转录组denovo测序揭示果针发育相关的功能基因
近日，由广东省农业科学院作物研究所梁炫强研究员、陈小平博士，山东省农业科学院花生研究所所长禹山林研究员及国际半干旱热带作物研究所(ICRISAT)基因组中心负责人Rajeev Kumar Varshney等完成的花生转录组de novo测序的结果发表于Plant Biotechnology
安诺开年力作：单细胞转录组测序登陆Nature子刊
X染色体失活（XCI）是指雌性哺乳类细胞中，两条X染色体的其中之一失去活性的现象，过程中X染色体会被包装成异染色质，进而因功能受抑制而沉默化。Xist RNA是能引发X染色体沉默的长片段ncRNA，尽管Xist对XCI是必要的，但其对胚胎植入前的印记XCI的精确作用尚存争议。近日，安诺优达与法国
单细胞转录组测序（scRNAseq）的十个问答解惑
高通量组学研究已经发展了快20年，从最开始的基因芯片到二代测序，从编码基因到lncRNA，circRNA，从三代测序的出现到单细胞组学研究的火热，相信在这个领域中共事的小伙伴们都深有感触。大家都知道高通量单细胞测序现在很火，但是不是所有的研究都适用，是不是所有的样本都能进行单细胞测序呢？本期小编
单细胞转录组测序（scRNAseq）的十个问答解惑
高通量组学研究已经发展了快20年，从最开始的基因芯片到二代测序，从编码基因到lncRNA，circRNA，从三代测序的出现到单细胞组学研究的火热，相信在这个领域中共事的小伙伴们都深有感触。大家都知道高通量单细胞测序现在很火，但是不是所有的研究都适用，是不是所有的样本都能进行单细胞测序呢？本期小编带来
伯豪生物客户全转录组测序文章在Nature－Cell－Biology发表
研究背景 长链非编码RNA（Long noncoding RNA，lncRNA）普遍被认为是一类不能编码蛋白的长链RNA。由于其序列较长，所以可以有较大的潜力形成多种复杂构象，从而通过不同生物学途径发挥其作用。此外，由于其不具备蛋白编码能力，因此此类RNA也主要由其碱基序列形成的高级结构来执行生
针对稀有样本——新方法提高单细胞转录组测序的效率
近日，中国科学院深圳先进技术研究院医工所微纳系统与仿生医学研究中心研究员陈艳和南加州大学教授钟江帆合作，在针对稀有细胞样本的单细胞测序技术方面取得新进展。相关研究成果以Improving single-cell transcriptome sequencing efficiency with a
研究发现RNA测序新方法：检测亚细胞水平转录组空间分布
斯坦福大学研究团队在RNA测序方面取得突破性进展，发明了一种亚细胞水平转录组空间分布的RNA测序新方法，研究论文于近日在线发表于国际期刊Cell，论文标题为“Atlas of subcellular RNA localization revealed by APEX-Seq”。 该研究发明了一