我国科学家完成普通野生稻全基因组框架图谱绘制
2010年8月，中国科学院昆明植物研究所植物种质资源与基因组学研究中心中科院“百人计划”和云南省首届高端科技人才入选者研究员带领的植物种质资源、基因组学与生物信息学团队，历时一年，运用新一代高通量测序技术以及基于高性能超算的生物信息学分析，对野生稻全基因组测序取得了阶段性重大成果。日前已经完成了普通野生稻基因组高覆盖的序列测定、拼接和组装工作，获得了普通野生稻全基因组从头测序的框架图，基因组图谱已达到国际领先的基因组图谱标准。这是我国科学家自主完成的第一个野生稻全基因组测序计划，也是世界上第一个完成的高杂合度野生稻全基因组框架图谱。 本项目的完成主要依托于2009年底顺利通过了国家验收的国家大科学工程中国西南野生生物种质资源库先进的基因组学与生物信息学平台。测序工作主要由第二代高通量测序仪Solexa GA II完成，生物信息学分析则依托于种质资源库建成的“中国科学院超算中心西南分中心”10万亿次/秒的计算能力、......阅读全文
罗氏454测序用于野生双峰驼基因组图谱绘制
中国及中亚细亚温带荒漠地区的骆驼均为双峰骆驼(Bactrian camel)，中国的双峰驼集中分布于内蒙古西部、宁夏、新疆、甘肃的温带荒漠和荒漠草原区，占全国总驼数的95%。且中国尚有数量比大熊猫还少的世界珍稀濒危动物―野生双峰驼存在。内蒙古阿拉善盟是中国骆驼最多的地区，拥有双峰驼10万峰以
中国科学家完成水稻5个“近亲”基因组测序
中国科学家３日说，他们完成了亚洲栽培稻（一般称为水稻）５个“近亲”的全基因组测序，获得了高质量的基因组参考序列。这有望进一步推动水稻品种的改良。 中国科学家在美国《国家科学院学报》上报告说，他们从２００７年至今，自主完成了尼瓦拉野生稻、非洲栽培稻、短舌野生稻、展颖野生稻和南方野生
我国科学家完成普通野生稻全基因组框架图谱绘制
2010年8月，中国科学院昆明植物研究所植物种质资源与基因组学研究中心中科院“百人计划”和云南省首届高端科技人才入选者研究员带领的植物种质资源、基因组学与生物信息学团队，历时一年，运用新一代高通量测序技术以及基于高性能超算的生物信息学分析，对野生稻全基因组测序取得了阶段性重大成果。日前
昆明植物所破译稻属植物5个物种全基因组
亚洲栽培稻（一般称为水稻）是世界上最重要的粮食作物之一，是中国第一大粮食作物，养活了80％以上的中国人口。在水稻与其它约23个物种共同组成的稻属植物中，它和7个稻种（普通野生稻、尼瓦拉野生稻、非洲栽培稻、短舌野生稻、展颖野生稻、长雄蕊野生稻和南方野生稻）都是AA基因组类型，这些水稻近缘物种间断分
科学家揭示水稻“编码基因集”－有助提升产量
北京时间1月16日，《自然-遗传学》杂志在线发表了中国科学家题为“泛基因组分析揭示栽培稻和野生稻中基因组变异”的研究论文，该研究首次绘制了栽培稻-野生稻的泛基因组图谱，有助于育种家充分利用各类群水稻丰富的遗传变异，进一步提升中国水稻的产量潜力等。 这项研究由中科院分子植物科学卓越创新中心/植物
高通量测序技术实现绘制人类视网膜高精度发育细胞图谱
人类胚胎发育从受精卵开始，经过着床前胚胎发育（胚内和胚外组织的产生），原肠胚产生（三胚层的特化）和器官发生等阶段，最终新生儿出生。人类胚胎发育从单个细胞到上万亿个细胞，历时二百八十天，整个过程的基因表达受到多种因素的精细调控，其中很多机制尚未明确。 为了解析人类胚胎发育各个阶段的基因表达调控网
迄今分辨率最高的野生稻栽培稻泛基因组图谱绘就
亚洲栽培稻驯化历史可追溯至一万年前的普通野生稻。 面对全球人口增长和气候变化加剧的双重压力，如何将野生稻历经万年锤炼的“生存智慧”注入现代品种，培育出兼具高产潜力与抗病抗逆特性的“超级水稻”已成为重要研究课题。然而，传统依赖单一参考基因组的研究模式譬如以管窥天，仅能捕捉水稻遗传多样性的冰山一角。
遗传发育所等完成短花药野生稻基因组测序及分析
稻属是从事植物比较、进化和功能基因组学研究的理想系统。野生稻蕴含着宝贵的基因资源。为了更好地利用稻属的野生资源，美国亚利桑那大学的Rod Wing教授在2009年发起了国际稻属基因组计划(I-OMAP)，旨在构建稻属所有物种的全基因组序列图谱，并在此基础上开展比较、进化和功能基因组学研究。
上海生科所Nature基因组研究新成果
近日来自中科院上海生命科学研究院、日本国立遗传学研究所和中国农业科学院的研究人员通过绘制水稻基因组变异图谱揭示栽培稻(cultivated rice)的起源，相关论文“A map of rice genome variation reveals the origin of cultivate
中科院，上海师范大学Nature－Genetics发文：
来自中科院植物生理生态研究所，上海师范大学生命与环境科学学院等处的研究人员发表了题为“Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wild rice”的文章，通过泛基因组分析揭示
小麦野生远祖基因组测序完成
11月15日出版的《自然》杂志刊登了一篇研究论文称，美国加州大学戴维斯分校科学家领导的国际团队，成功为小麦的一种野生远祖——节节麦（Aegilops tauschii）进行了基因组测序，向破解小麦基因组难题迈进了一步。 作为全球主要粮食作物，小麦为人类提供了超过20%碳水化合物和23%蛋白质等
PNAS：单细胞测序绘制大脑的细胞图谱
斯坦福大学的著名学者Stephen Quake及其同事本周在《美国科学院院刊》（PNAS）上发表文章，介绍了人类脑细胞的单细胞转录组测序研究成果。 研究小组对近500个成人或胎儿脑细胞进行了单细胞RNA测序。利用这种方法，他们能够鉴定出大脑中所有主要的细胞类型，并确定神经元的亚型。他们还观察了
基因组高通量测序的原理
测序方案建立在双脱氧测序法(Sanger等，1977)的基础上。为了从每一克隆插入片段两端成对地进行测序，每一个质粒模板DNA板应配备两个384孔循环测序反应板。测序反应采用Big Dye Terminator chemistry version 3．1(AppliedBiosystems)和标准M
作物基因组学研究进展
摘要：农作物基因组学研究的发展，对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展，已经实现对重要农作物，如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序，在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了２０１７年度主要农作物基因组
我国学者成功完成小麦A基因组的测序和精细图谱绘制
小麦是全球最重要的粮食作物，养活了世界上40%的人口，提供了人类所需热能和蛋白质的20%。我国是世界上小麦生产和消费大国，常年种植面积为2,400万公顷左右，年产量近1.3亿吨。生产上广泛种植的普通小麦是一个经两次自然杂交而形成异源六倍体，含有A、B和D三个亚基因组，其基因组大（约17 Gb，是
作物基因组学研究进展（一）
作物基因组学研究进展农作物基因组学研究的发展，对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展，已经实现对重要农作物，如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序，在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了２０１8年度主要农
中科院、华大基因Nature子刊测序新成果
来自中科院遗传与发育生物学研究所、深圳华大基因研究院和亚利桑那大学等机构的研究人员完成了对短花药野生稻(Oryza brachyantha)的全基因组测序，并揭示出了稻属基因组进化的机制。相关成果发表在3月12日的《自然通讯》(Nature Communications)杂志上。
我科学家参与完成非洲稻基因组测序
最近，美国亚利桑那大学（UA）研究人员带领的一个国际研究小组，完成了非洲稻（Oryza glaberrima）的全基因组测序。中科院遗传与发育生物学研究所的陈明生（Mingsheng Chen）和Jinfeng Chen也参与了此项研究工作。相关研究结果，以“The genome sequenc
高通量测序
高通量测序技术又称“下一代”测序技术，以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序包括：大规模平行签名测序、聚合酶克隆、454焦磷酸测序、离子半导体测序和DNA 纳米球测序等技术。 高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DN
超级泛基因组助水稻种质资源遗传变异挖掘利用
水稻泛NLRs家族基因的共线性位点（左）；基于全基因组SNPs的水稻系统发生树（右）。中国农科院供图 近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所与国内多家高校、科研单位合作，组装了251份高质量的水稻基因组，构建了目前植物中群体规模最大、基因组充分注释、稻属中最为系统的超级泛基因组。该图谱
我国学者在野生稻基因解析和种质资源利用领域取得进展
图普通野生稻和亚洲栽培稻泛基因组及进化分析 在国家自然科学基金项目（批准号：32388201）等资助下，中国科学院分子植物科学卓越创新中心韩斌院士团队完成了145份亚洲栽培稻及普通野生稻的参考基因组级别的基因组组装，绘制了高质量“野生稻-栽培稻泛基因组图谱”，系统挖掘了普通野生稻广泛的遗传多样
《2022中国农业科学重大进展》报告发布
12月16日，2022中国农业农村科技发展高峰论坛暨中国现代农业发展论坛在北京召开。论坛上发布了《2022中国农业科学重大进展》报告，该报告由中国农业科学院科技管理局和农业信息研究所科技情报分析与评估创新团队研制，遴选了10项能够充分代表2021年我国农业科技前沿研究水平、取得重大突破性进展的基础科
植生生态所等在水稻驯化起源研究中取得新突破
最近，中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所国家基因研究中心韩斌课题组与中国水稻研究所及日本国立遗传所等单位合作，于10月4日在《自然》杂志在线发表了题为“水稻全基因组遗传变异图谱的构建及驯化起源”的论文。 水稻、小麦等农作物的驯化、栽培对人类文明的进程产生过重大的影响，
Cell：单细胞测序绘制骨髓基质细胞全景图谱
最新发布在Cell上的一项研究表明，单细胞测序可以绘制骨髓基质细胞的完整类群，并为白血病研究提供新的视角。这一新研究由美国哈佛大学的David T. Scadden教授和马萨诸塞州综合医院Broad研究所的Aviv Regev团队合作而成。他们创新地使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术
关于基因组高通量测序的基本介绍
高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(
高通量测序原理
高通量测序原理是将基因组 DNA 片断化，然后克隆到质粒载体上，再转化大肠杆菌。对于每个测序反应，挑出单克隆，并纯化质粒 DNA。高通量是相对于第一代测序的，第一代测序只能一次测1个样品的1段序列，产生的数据量相对来说很小，而高通量测序一次能够产生的数据量在几十G上百G，可以一次测很多的样本。高通量
高通量测序原理
高通量测序原理是将基因组 DNA 片断化，然后克隆到质粒载体上，再转化大肠杆菌。对于每个测序反应，挑出单克隆，并纯化质粒 DNA。高通量是相对于第一代测序的，第一代测序只能一次测1个样品的1段序列，产生的数据量相对来说很小，而高通量测序一次能够产生的数据量在几十G上百G，可以一次测很多的样本。高通量
高通量测序原理
高通量测序原理是将基因组 DNA 片断化，然后克隆到质粒载体上，再转化大肠杆菌。对于每个测序反应，挑出单克隆，并纯化质粒 DNA。高通量是相对于第一代测序的，第一代测序只能一次测1个样品的1段序列，产生的数据量相对来说很小，而高通量测序一次能够产生的数据量在几十G上百G，可以一次测很多的样本。高通量
高通量测序技术
没有测序的癌症诊断是不完整的，完整的癌症诊断应该包括一系列基于细胞遗传学技术、荧光原位杂交技术、标准分子技术以及NGS的预后与预测性分析。对于早期癌症患者来说，NGS序列分析在多种癌症的筛查技术中具有不容忽视的代表性;而对于晚期癌症患者，大量的侵入性测试往往只能筛查出少数几个药物靶点。 随
高通量DNA测序法可绘制全脑神经连线图
美国神经科学家团队提出了一种全新的革命性方法，以获得小鼠的全脑神经元连接图。相关研究成果刊载于10月23日《公共科学图书馆·生物学》杂志上。