Nature重磅！PacBio三代测序技术又一重大应用
近期，《Nature Biotechnology》上在线发表了一篇由西奈山伊坎医学院，生物信息学公司Sema4，纽约大学和佛罗里达大学的科学家们联合开展的研究结果。在这项新工作中，科学家使用PacBio长读长单分子实时测序技术(SMRT 测序技术)和新型算法进行微生物组菌株鉴定，提出不同种的微生物中广泛存在自己独特的DNA甲基化修饰模式，能被看成是一个天然的“条形码”，结合表观遗传标签和碱基序列信息获得更高分辨率的微生物组菌种分型。 微生物在我们的生活中无所不在，从键盘和手机的表面到我们身上和体内，例如我们的口腔或肠道，都可以找到它们。越来越多的研究表明，微生物的异常已经极大程度的影响了我们的健康情况，涉及包括传染病，癌症和诸如克罗恩病，溃疡性结肠炎和糖尿病等复杂疾病。高分辨率鉴定微生物组中的菌株类别，确定群落是否处于异常状态，就显得至关重要。 目前大多数微生物组菌种分型的技术如16S rRNA 测序或短读长测序技术提供......阅读全文
DNA甲基化——表现遗传学中DNA的修饰
DNA甲基化是哺乳动物DNA最常见的复制后调节方式之一，是正常发育、分化所必需的，具有重要的生物学意义。在DNA甲基转移酶 (DNAmethyltransferase，DNMT)的作用下，以S—腺苷甲硫氨酸(SAM)为甲基供体，可以将甲基基团转移到基因组DNA胞嘧啶第 5位碳原子(C5)
组蛋白修饰与DNA甲基化之间的关系
在引起基因沉默的过程中，沉默信号(DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重新装配)是如何进行的?谁先谁后?这是一个“鸡和蛋”的问题，目前仍处于研究阶段，还没有定论。研究发现DNA甲基化和组蛋白乙酰化是一个相互促进、加强的过程，如许多HDAC可以和DNMTl、3a、3b相互作用；而甲基化CpG结合蛋白—
亚硫酸氢盐修饰后测序法检测甲基化——DNA甲基化
亚硫酸氢盐修饰后测序法主要可用来检测甲基化。基化实验方法原理重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，用PCR扩增（引物设计时尽量避免有CpG，以免受甲基化因素的影响）所需片段，则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。最后对PCR产物进行测序，并且与未经处理的序列比较
PacBio推出首款检测DNA碱基修饰的软件
美国第三代测序公司Pacific Biosciences近日宣布推出一个独特的解决方案，可利用PacBio® RS测序仪检测与表观遗传学调控和DNA损伤相关的DNA碱基修饰。 DNA碱基修饰(如甲基化)在多个生物进程中扮演了重要角色，包括生长和衰老、免疫、细菌致病性以及疾病发展。Pac
单分子实时测序技术的三大优势
Biosciences的单分子实时测序技术(SMRT)因其出色的读长而引人注目。然而，因通量较低，且一直被错误率高的流言所困扰，SMRT技术似乎有些被忽视。近日，几位著名科学家在《Genome Biology》杂志上发表文章，试图消除这些误解，为SMRT正名。 这篇文章的通讯
关于第三代测序技术的应用—甲基化研究的介绍
SMRT技术采用的是对DNA聚合酶的工作状态进行实时监测的方法，聚合酶合成每一个碱基，都有一个时间段，而当模板碱基带有修饰时，聚合酶会慢下来，使带有修饰的碱基两个相邻的脉冲峰之间的距离和参考序列的距离之间的比值结果大于1，由此就可以推断这个位置有修饰。甲基化研究中关于5mC和5hmC（5m
Nature子刊：突破性测序技术绘制甲基化图谱
通过一种新的DNA测序技术，研究人员首次绘制了致病菌全基因组甲基化标记图谱。通过比较相关菌株之间的甲基化模式，他们发现了称作噬菌体的病毒感染细菌显著改变宿主的一种方式。 布莱根妇女医院(Brigham and Women"s Hospital)、霍华德休斯医学研究所研究员Matthew K
研究发现DNA甲基化修饰精准调控植物生物钟周期
生物钟通过协调细胞内代谢和生理活动的节律性以适应由地球自转而产生的昼夜光温周期性变化，为植物生长发育提供适应性优势。在多种真核生物中均已发现组蛋白修饰可参与调控生物钟周期，但DNA甲基化作为表观修饰的另一重要类型，是否参与以及如何调控真核生物的生物钟尚不清楚。 中国科学院植物研究所研究员王雷研
单分子测序助力细菌甲基化组的分析
New England Biolabs联合Pacific Biosciences的研究人员利用PacBio RS系统对6种细菌基因组进行了重测序，不仅鉴定出细菌基因组中新的胞嘧啶和腺嘌呤甲基化位点，还鉴定出介导这些表观遗传学标志的甲基转移酶。该研究成果近日发表在《Nucleic Acid
Nature－Genetics：全基因组测序领域的开拓性进展
当我们提到DNA的甲基化，通常是指胞嘧啶(C)碳环上5号碳原子的甲基化，5-甲基胞嘧啶(5mC)。实际上，在原核生物中存在着3种DNA甲基化型式，5mC、4mC（4-甲基胞嘧啶）和6mA（6-甲基腺嘌呤），6mA起主导作用，缺乏6mA可导致一些细菌的死亡。科学家们曾经以为具有重要生理功能的DNA
DNA修饰的概念
中文名称DNA修饰英文名称DNA modification定 义DNA合成后，通过一系列化学加工使其结构发生某些改变。如DNA的甲基化等。应用学科遗传学（一级学科），分子遗传学（二级学科）
Nature：剖析重要的疾病蛋白
找到某种疾病的致病突变，往往只是理解疾病的第一步。而Rett综合症的情况更加复杂，因为该疾病中的突变基因控制着一系列其他基因。Rett综合症属于孤独症谱系障碍，是主要影响女孩的单基因神经性疾病。 爱丁堡大学的Adrian Bird教授与哈佛医学院的Michael Greenberg教授
DNA甲基化预测
实验概要本实验分别对DNA片段、基因、启动子和外显子进行了甲基化的计算预测，并且随机选择了1000甲基化的和1000未甲基化的个体进行预测。用于甲基化预测的特征有：GC相关特征、四联体频率、转录因子结合位点(TFBSs)。所有预测方法均采用Weka提供的软件进行。实验步骤1. DNA甲基化数据本研究
DNA甲基化分析
The influence of methylation on the promoter activity and gene expression and the involvement of DNA methylation in carcinogenesis caused an extensive
细胞化学词汇DNA修饰
中文名称：DNA修饰英文名称：DNA modification定 义：DNA合成后，通过一系列化学加工使其结构发生某些改变。如DNA的甲基化等。应用学科：遗传学（一级学科），分子遗传学（二级学科）
第三代DNA测序技术
测序技术在近两三年中又有新的里程碑。以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies纳米孔单分子测序技术，被称之为第三代测序技术。与前两代相比，他们最大的特点就是单分子测序，测序过程无需进行PCR扩增。其中PacBio SMRT技术其实也应用了边合成边测序的思想
组蛋白甲基化修饰研究再获突破
日前，复旦大学徐彦辉课题组在组蛋白甲基化修饰研究领域获得新进展，相关成果发布在《分子细胞》上，该项研究得到了国家自然科学基金面上项目的资助。 组蛋白甲基化修饰是一种非常重要的表观遗传修饰，参与调节异染色质形成、X染色体失活、基因印记及DNA的损伤修复等多种生命过程。关于组蛋白去甲基化酶的研究是
DNA甲基化的原理
DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的DNA甲基化是指DNA序列上特定的碱基在DNA甲基转移酶（DNA methyltransferase，DNMT）的催化作用下，以S—腺苷甲硫氨酸（S—adenosyl methionine，SAM）作为甲基供体，通过共价键结合的
什么是DNA甲基化？
DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性
DNA甲基化技术介绍
DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。介绍DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的DNA甲基化是指DNA序列上特定的碱基在DNA甲基转移酶（DN
什么是DNA甲基化？
DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性
dna甲基化与rna甲基化的区别
DNA甲基化和组蛋白修饰的相同点：都有包含甲基化修饰；不同点：修饰对象不同，一个是对DNA修饰，一个是对蛋白：组蛋白修饰。而RNA干扰是对RNA的降解，与前两者差异较大。
看表观新修饰6mA甲基化如何助力IF飙升!
DNA甲基化修饰是表观遗传研究的热点之一，我们通常认为DNA甲基化就是胞嘧啶甲基化（5-methylcytosine, 5mC），却不知道随着测序技术的快速发展，科研者们已经在真核生物中（果蝇 、真菌、莱茵衣藻、秀丽隐杆线虫等）发现了一种新的DNA甲基化修饰—DNA-6mA甲基化，且DNA-6m
Map－Kinase－Inactivation－of－SMRT－Corepressor
Corepressors are coregulators that interact with transcriptional silencers in a variety of pathways such as cell proliferation, differentiation and ap
表观新修饰6mA甲基化助力IF飙升（一）
DNA甲基化修饰是表观遗传研究的热点之一，我们通常认为DNA甲基化就是胞嘧啶甲基化（5-methylcytosine, 5mC），却不知道随着测序技术的快速发展，科研者们已经在真核生物中（果蝇 、真菌、莱茵衣藻、秀丽隐杆线虫等）发现了一种新的DNA甲基化修饰—DNA-6mA甲基化，且DNA-
最新进展：RNA的甲基化与去甲基化修饰
德国慕尼黑的路德维希-马克西米利安大学（LMU）研究人员发现了细菌RNA中一种新型的化学修饰形式。显然，只有当细胞处于应激状态时，这种修饰才会附着在分子上，并且在恢复过程中会迅速去除。 核糖核酸（RNA）在化学形式上与DNA密切相关，而DNA是所有细胞中遗传信息的载体。实际上，RNA本身在将遗
北京基因组所等首次精准解析结核分枝杆菌复合群甲基化
结核病是全球最常见的传染病之一，据WTO“2015年全球结核病年报”报告，2014年全球新增感染人数960万，死亡150万，新增耐多药结核（MDR）病例48万（其中我国新增结核感染病例93万，居全球第三位），其目前仍是全球第二大传染病。结核分枝杆菌复合群（Mycobacterium tuberc
研究人员首次精准解析结核分枝杆菌复合群甲基化图谱
结核病是全球最常见的传染病之一，据WTO“2015年全球结核病年报”报告，2014年全球新增感染人数960万，死亡150万，新增耐多药结核（MDR）病例48万（其中我国新增结核感染病例93万，居全球第三位），其目前仍是全球第二大传染病。结核分枝杆菌复合群（Mycobacterium tuberc
基因测序“摩尔定律”初现，“三代测序”要革“二代”的命？
在“二代测序”（NGS）尚未迎来投资热潮的情况下，技术突破捷报连连的“三代测序”（3GS）又进入到了投资人的视野中。1986年，第一台商用基因测序设备正式出现，到第二代测序设备出现，期间间隔了19年时间。而第二代设备问世，到第三代设备的诞生，仅仅用了5年，基因测序设备的更新换代速度正在不断加快。
组蛋白的合成修饰的相关介绍
这是形成组蛋白各组分微不均一性的主要原因。修饰的方式有： ①乙酰化。有两种： 一种是H1、H2A、H4组蛋白的氨基末端乙酰化,形成α-乙酰丝氨酸,组蛋白在细胞质内合成后输入细胞核之前发生这一修饰。 另一种是在H2A、H2B、H3、H4的氨基末端区域的某些专一位置形成N6-乙酰赖氨酸。 ②