版纳园提出基于稀疏图结构的基因组组装改进方法
全基因组组装工作是生物信息领域最基础也是最难的课题之一。长久以来，这项工作的实现需要耗用极大量计算机内存。 曾在中科院西双版纳热带植物园动植物关系研究组工作的叶承羲（现为美国马里兰大学计算机系计算生物方向博士研究生）在该园工作期间内，提出一新颖简洁的算法解决了这一难题。2012年4月，叶承羲在生物信息大会Recomb-seq国际会议上报告了该成果，其方法实现的高效性和组装结果的高质量，获得与会专家的一致肯定。 叶承羲在他的全基因组装工作中提出了一种新颖的稀疏k-mer图结构，该结构是叶承羲针对目前生物信息领域广泛采用的de Bruijn图的稀疏的改进。相对de Bruijn图，稀疏k-mer图略去了以往储存在de Bruijn图中的绝大多数冗余信息，节省了90-95%的计算资源，同时达到更好的效果。 这项技术有望将以往仅仅能在超级计算机上进行的人类基因组组装任务在个人计算机上就......阅读全文
－美公司开发检测技术，999美元了解个人完整基因组信息
在美国马塞诸塞省的剑桥市，一家叫做Veritas的遗传信息公司，近日宣布了一项让消费者更方便了解自己基因组的服务。通过智能手机应用以及与遗传学咨询师的视频电话咨询就能深入了解他们的遗传信息。 这家公司将在今年4月开展一项前所未有的基因组测试，这项测试可以一次性提供所有答案。它包括60亿个字母的
PNAS打开基因组生物学的黑盒子
最近，美国佛罗里达州立大学、贝勒医学院和哈佛大学-麻省理工学院Broad研究所的科学家们，开辟了人类遗传学中一个鲜为人知的领域。相关研究结果发表在7月18日的《PNAS》杂志。 在这项研究中，研究人员表明，一条不活跃的X染色体上的一段不寻常的DNA重复序列，实际上对于这种女性特有的遗传现象的整
生物学术语基因组复杂度的概念
中文名称基因组复杂度英文名称genome complexity定 义衡量基因组所含信息量的参数，由单一序列的核苷酸数目表示。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
《PLoS生物学》：乳齿象线粒体基因组测定完成
这的确有些不可思议。德国科学家利用一颗远古牙齿化石，成功确定了乳齿象完整的线粒体基因组，这也是迄今为止科学家得到的最古老的线粒体基因组。该研究成果有望加深科学家对于象类分化的理解。相关论文发表在的7月24日的《PLoS生物学》上。 2800万年前出现的乳齿象是现代大象的近亲，它们大约有3米高，有和猛
《基因组生物学》：孤独是一个分子
已经知道一个人的社交环境能够影响他的健康。与社会隔离的人往往死亡率较高。在最新一期的《Genome Biology》杂志上发表的首项此类研究中，来自美国加州大学洛杉矶分校的研究人员从慢性、严重孤独者的免疫细胞中发现了一种不同的基因表达模式。 这些发现揭示出社会孤立感与驱动炎症的基因活性改变有关。
阿里联合生物技术公司打造基因组数据云
本报讯 近日，北京贝瑞和康生物技术有限公司与阿里云共同向外界宣布，双方将共同打造以海量的中国人群基因组数据为核心的数据云，实现对个人基因组数据的精准解读。此次，双方共同合作的“神州基因组数据云项目”将首先聚焦于基因组大数据在云平台上的批量计算、分析、存储，进而在基因大数据领域共同进行前沿探索。
《PLoS生物学》：老鼠全基因组测序图公布
最新一期的开放存取的《公共科学图书馆·生物学》(PLoS Biology)杂志上，美国、英国和瑞典的研究人员公布了老鼠的全基因组测序图。老鼠成为继人类之后第二个完成全基因组测序的哺乳动物。 在对人类和老鼠的基因测序图进行综合性比较后，研究人员发现两者之间的遗传差异要比人们预想的大得多。老鼠
华大基因完成肠道微生物基因组关联分析
从物种、功能及生态群落上展示肠道微生物与结直肠腺瘤及结直肠癌的关联特征，这是深圳华大基因研究院、奥地利因斯布鲁克医科大学、奥本多夫医院、丹麦哥本哈根大学、华南理工大学等多家单位最新的联合取得的科研进展。3月11日，国际学术期刊《自然通讯》杂志发表了这项研究成果。该研究对结直肠腺瘤、结直肠癌的早期
生物物理所女娲基因组资源研究取得进展
遗传变异图谱是研究人群演化史、医学遗传学、基因型-表型关联的基础。此前，大多数全基因组测序相关研究主要集中在欧洲血统人群。已有研究表明，罕见和低频的变异往往特定于人群或样本，尤其是与疾病相关的变异。针对特定人群的基因组数据可以为全基因组关联研究、区域适应性研究、用药指导等提供更准确的参考。 单
Biological Reviews:探明IgY基因组成和生物学功能
近日，西北农林科技大学张小莺教授领衔，与英国伦敦大学国王学院Sutton教授团队的一项国际合作成果《IgY： a key isotype in antibody evolution》在Biological Reviews期刊（IF=10.75）发表。 IgY，由两条重链（H）和轻链（L）组成，
全球生物库荟萃分析推动全基因组关联研究
历史上，人类基因的相关发现主要源自欧洲血统的人身上，如何将这些发现很好地转移到其他非欧洲人身上，仍然是一个悬而未决的问题。 目前，一个由来自四大洲的23个生物资料库组成的合作项目，正在揭示这种多样性的缺乏所造成的差距，如遗漏的致病突变等。该项目拥有超过200万志愿者的基因组数据。 近日，发表
新算法TRFill解决生物基因组重复序列组装难题
近日，中国农业科学院农业基因组研究所农业基因组学技术研发与应用创新团队开发出了一种新算法——TRFill，解决了现有工具无法完全填补基因组间隙的难题，显著提升了基因组质量。相关研究成果发表在《基因组生物学》（Genome Biology）上。 动植物基因组的许多区域存在大量高度重复的DNA片段
快速基因组进化法促进酵母工业生物技术
中国科学院深圳先进技术研究所（SIAT）戴俊彪课题组与曼切斯特生物技术研究所的Patrick Cai教授合作开发了一种“快速、高效和通用”的酵母分子水平转化方法，这种方法被命名为“合成染色体重排和LoxP介导的进化修饰（Synthetic Chromosome Rearrangement and
攻克基因组测序难题－探究茶树生物学奥秘
我国现存最早的中医医药典籍《本草经》记载：“神农尝百草，日遇七十二毒，得荼（茶）而解之。”这说明了茶的神奇功效。茶树起源于我国的云南、四川等地，在从中国向世界各地数千年漫长传播历程里，与全球多元文化邂逅交融，发展形成了今天地球上复杂而美妙的茶文化。茶之所以广受欢迎，除了有迷人的香气和令人愉悦的滋
全球微生物模式基因组测序计划获进展
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在线发表了国家微生物科学数据中心（中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心）关于全球模式微生物基因组数据库gcType的论文。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。 模式菌株（t
关于生物反应器—乳腺生物的基本信息介绍
将所需目的基因构建入载体，加上适当的调控序列，转入动物胚胎细胞，使转基因动物分泌的乳汁中含有所需要药用蛋白。从融合基因转入胚胎细胞到收集蛋白质有一个过程，包括胚胎植入、分娩和转基因动物的生长。转基因动物从出生到第一次泌乳，猪、羊、牛各需12、14、16个月；并且只有雌性动物泌乳且不连续，一般可持
化石扫描揭示古生物重要生长信息
研究人员利用X射线断层扫描技术对化石牙根中的生长环进行成像。图片来源：《科学进展》 科技日报北京8月13日电（记者张梦然）《科学进展》杂志最新发表了一项研究，揭示了早期哺乳动物在漫长“生命史”的关键时期是如何生长和发育的。包括英国伦敦玛丽女王大学在内的研究团队此次利用同步加速器X射线断层扫描技术，对
微生物降解的相关信息介绍
微生物降解是指微生物把有机物质转化成为简单无机物的现象。自然界中各种生物的排泄物及死体经微生物的分解作用转化为简单无机物。微生物还可降解人工合成有机化合物。如通过脱卤素作用，把DDT转化为DDE和DDD；通过氧化作用，把艾氏剂转化为狄氏剂；通过还原作用，把含硝基的除虫剂还原为胺；芳香基的环裂现象
关于生物发酵工程的基本信息介绍
生物发酵工程是生物工程的一个重要组成部分，微生物利用碳水化合物发酵生产各种工业溶剂和化工原料。乙醇、丙酮-丁醇、丁醇-异丙醇、丙酮-乙醇、2,3-丁二醇和甘油发酵是微生物进行溶剂发酵的几种形式。 所谓生物工程，一般认为是以生物学（特别是其中的微生物学、遗传学、生物化学和细胞学）的理论和技术为基
化石扫描揭示古生物重要生长信息
《科学进展》杂志最新发表了一项研究，揭示了早期哺乳动物在漫长“生命史”的关键时期是如何生长和发育的。包括英国伦敦玛丽女王大学在内的研究团队此次利用同步加速器X射线断层扫描技术，对化石牙根中的生长环进行成像，从而推测出这些古代生物的寿命、生长速度，甚至性成熟的时间。这是第一次如此详细地重建这些早期哺乳
生物技术与信息技术的融合
编者按：5月，美国国立卫生研究院（NIH）准备了十年内约200亿美元的“Chief Information Officer-Commodity Solutions Contract”的采购计划，采购信息技术、云服务等领域的服务，以提升其在信息服务方面的能力。本文就这一政策行动，结合近期一些信息
类固醇生物碱的基本信息
中文名称类固醇生物碱英文名称steroid alkaloid定 义存在于植物中的一类含氮类固醇化合物。在藜芦及龙葵内含有几种类固醇生物碱，其中最重要的是异茹碧芥类碱和水解龙葵碱。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），脂质（二级学科）
生物信息学技术的技术原理
生物信息学在生命科学研究中起着越来越重要的作用。利用生物信息学对蛋白质组的各种数据进行处理和分析，也是蛋白质组研究的重要内容。生物信息学是蛋白质组学研究中不可缺少的一部分。生物信息学的发展，已不仅是单纯的对基因组、蛋白质组数据的分析，而且可以对已知的或新的基因产物进行全面分析。在蛋白质组数据库中储存
关于微生物的基本信息介绍
微生物包括：细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体，它个体微小，与人类关系密切。涵盖了有益跟有害的众多种类，广泛涉及食品、医药、工农业、环保、体育等诸多领域。在中国大陆地区及台湾的教科书中，均将微生物划分为以下8大类：细菌、病毒、真菌、放线菌、立克次氏体、支原体、
英国加大生物信息基础设施建设投资
认识到海量数据的处理、储存和解释在生物科学研究成果转化中发挥着重要作用，英国加大投资生物信息基础设施建设。日前，英国投资7500万英磅启动建设一个新的生物信息技术中心，资助资金主要由英国生物技术与生物科学研究理事会(BBSRC)、医学研究理事会(MRC)、自然环境研究理事会(NERC)和维康信托
农田生物宏观形态结构信息提取技术
对于农田生物宏观结构信息的数字图像，宜采用计算机图像处理技术提取。所谓数字图像就是图像各点的灰度值的二维数组。根据灰度层次、光谱轴和时间轴上的组合方式的不同，数字图像可分为二值图像、浓淡图像、彩色图像、多光谱图像、立体图像、动态图像等。农田生物色度信息就是用RGB三基色不同数量级的合成来表示。数字图
关于生物糖酵解的基本信息介绍
生物糖酵解(glycolysis)是指在无氧条件下，葡萄糖在细胞质中被分解成为丙酮酸的过程，期间每分解一分子葡萄糖产生两分子丙酮酸以及两分子ATP，属于糖代谢的一种类型。一共十步反应，包括三种关键酶(限速酶):己糖激酶、6-磷酸果糖激酶、丙酮酸激酶。根据糖代谢是否有氧参与，可以将丙酮酸进行柠檬酸
四氢生物蝶呤的基本信息介绍
四氢生物蝶呤 [sì qīng shēng wù dié lìng] [生物化学] tetrahydrobiopterin 分子式：C9H15N5O3 分子量：241.25 CAS号：17528-72-2概述 “BH4缺乏症是当今少数的几种可控制的遗传性疾病之一。 首个治疗四氢生物蝶
生物信息学—促动BT与IT双赢
无论是与结构基因组学对应的“基因时代”，还是与功能基因组学、蛋白质组学相应的“后基因时代”；无论你称呼21世纪是“信息时代”、“后信息时代”，还是“生物时代”，所有这一切，都将BT(生物技术)与IT(信息技术)紧密结合起来。而这其中，无疑“生物信息学”占据了天时地利、出尽了风头，虽然它自身及其相
信息化学物质生物测定的定义
中文名称信息化学物质生物测定英文名称bioassay of semiochemicals定 义测量信息化学物质引起动植物靶标的生物效应的大小与强度。应用学科生态学（一级学科），化学生态学（二级学科）