于洋博士等发现基因组长片段DNA插入的新机制
我们身体中每个细胞的基因组DNA每天都会面临成千上万次的损伤。所幸的是，细胞中有一套能够修复各种类型损伤的机器来保证基因组的完整性（genome integrity）。修复DNA损伤的机器在从酵母到人所有的真核生物中都是非常保守的，因此酵母作为模式生物被广泛应用于DNA修复（DNA repair）方面的研究。在所有类型的DNA损伤中，DNA双链断裂（DNA double-strand breaks，DSBs）是最严重的。DNA双链断裂如果得不到正确的修复往往会引发癌症。对DNA双链断裂修复机制进行研究不仅关系到人类健康，还有助于对一些基本的生物学问题如基因组的突变、重组和进化的理解。DNA双链断裂主要通过两种途径进行修复：同源重组（homologous recombination, HR）和非同源末端连接（nonhomologous end-joining, NHEJ）。同源重组依赖于完整的同源序列进行修复，因此保真性高。而......阅读全文
染色体DNA的片段化
实验概要琼脂糖(agarose)或聚丙烯酰胺(PAGE)电泳是分离、鉴定和纯化DNA的标准方法。琼脂糖凝胶的分辨率比聚丙烯酰胺电泳低，但分离范围广，可以分离200 bp一50 kb的DNA。细胞凋亡时染色体从核小体间断裂形成大小为180-200bp整数倍的片段，在琼脂糖凝胶中电泳后可呈现出规
长片段DNA如何设计测序引物
如果是测序引物的话，因为目前的测序技术一端只能到800bp左右，所以一对引物差不多能测1.5kb左右的片段，超出这个范围测出来的也不太可信了。所以如果你的目的片段在这个范围内，设计1对引物就行了，如果超出这个范围，比如说有6k左右，那就要设计四对引物，设计方法跟常规的一样，只是把握这个间隔就好了。1
大片段DNA测序(>50KB)
大片段DNA的测序: 通过鸟枪法 (Shot Gun Sequencing) 测序 鸟枪法测序的操作方法1. 用限制酶切下目的片段的大片段Insert DNA, 并用Agarose凝胶电泳进行回收。2. 对回收的大片段DNA用物理方法 (如超声波等) 进行切断处理，然后用T4 DNA Polymer
长读长测序技术：拯救基因组组装项目
随着高精度长读长测序技术的出现，基因组难以组装的状态正在改变。《Nature Methods》杂志上近日发表了一篇文章，介绍了基因组组装项目如何受益于这种技术。 自测序技术问世以来，利用DNA序列的片段来组装人类、动植物或微生物的基因组就一直是难题。许多参考基因组都存在缺陷，如组装错误或存在缺
DNA片段的亚克隆实验——凝胶块中DNA连接
实验材料DNA试剂、试剂盒TAE琼脂糖仪器、耗材电泳仪离心机实验步骤1. 重复基本方案中的步骤1~5。 2. 在高质量的低融点胶中分离久DNA（0.7%，TAE缓冲液），切下体积尽可能小的所需DNA条带（20~50 μl ）至小离心管中。3. 在70℃融化低融点胶10 min 以上，每个连接反
PCR扩增样本DNA的HLA基因片段
一、PCR扩增体系1. 1.0uM 引物2. 300ng待测样本基因组DNA3. 2.0U Taq多聚酶4. 200uM 各种dNTP5. 用1 X PCR缓冲液（10mM Tris-HCl，pH8.3，50mM KCl，1.5mM MgCl2，0.01%明胶）调至总体积100ul，并用50ul矿物
分子克隆化DNA片段的制备介绍
常用以下方法获得DNA片段： ①用限制性核酸内切酶将高分子量DNA切成一定大小的DNA片段； ②用物理方法(如超声波)取得DNA随机片段； ③在已知蛋白质的氨基酸顺序情况下，用人工方法合成对应的基因片段； ④从mRNA反转录产生cDNA。
体外连接DNA片段的方式有哪些？
第一种方法是，用DNA连接酶连接具有互补粘性末端的DNA片段;第二种方法是，用T4DNA连接酶直接将平末端的DNA片段连接起来，或是用末端脱氧核苷酸转移酶给具平末端的DNA片段加上poly(dA)-poly(dT)尾巴之后，再用DNA连接酶将它们连接起来;第三种方法是，先在DNA片段末端加上化学合成
DNA片段的回收实验——树脂回收法
目的DNA片段的回收技术是重组DNA中的关键技术，回收是指从电泳介质中纯化出目的片断。实验方法原理本方法特别适合于PCR片段的回收，具有纯度高、操作简洁等特点，经此方法回收的片段可有效的用于重组载体构建。通过15分钟的纯化过程，PCR产物即能被有效地从含引物二聚体、非特异性扩增引物片断等混合物中分离
DNA片段的回收实验——微量柱法
实验材料DNA片段试剂、试剂盒纯化试剂盒异丙醇仪器、耗材离心机电泳仪电泳槽取液器微量真空装置抽滤装置实验步骤1. 紫外灯下从胶上切下目的片段，放入一Epphendof管中。2. 离心管在－20℃冷却5~10分钟。3. 将微量柱下套上一Epphendof管，将冷却的胶条装进微量柱中，4℃12 0
如何提高DNA片段的转化率
一、克隆分析原理克隆分析用于将DNA片段从一个载体（质粒、黏粒或噬菌体）转移到另一个载体上。它们通常用于构建表达系统，或是将DNA片段转移到特殊的载体上以制备杂交探针或是制备测序用的单链模板。典型的载体含有三个必要的元件：一个抗生素抗性标记、一个复制起点（以便选择转化了的大肠杆菌宿主）以及一个或多个
体外连接DNA片段的具体方式介绍
平末端DNA片段的连接常用的平末端DNA片段连接法，主要有同聚物加尾法、衔接物连接法及接头连接法。同聚物加尾法这种方法的核心部分是，利用末端脱氧核苷酸转移酶转移核苷酸的特殊功能。末端脱氧核苷酸转移酶是从动物组织中分离出来的一种异常的DNA聚合酶，它能够将核苷酸(通过脱氧核苷三磷酸前体)加到DNA分子
深圳罗湖首次截获人体组织DNA片段
深圳市出入境检验检疫局罗湖局日前在一名旅客携带入境行李中截获人体组织DNA片段，这是罗湖口岸首次截获该类物品。 据相关工作人员介绍，当日在该旅客行李中发现一批离心管样品，共36支。经查，该批样品为人体组织DNA片段，用离心管装载并包裹于牛皮纸盒中放置于填充干冰的保温箱内，离心管及纸盒外无任何标
体外连接DNA片段的具体方式介绍
平末端DNA片段的连接常用的平末端DNA片段连接法，主要有同聚物加尾法、衔接物连接法及接头连接法。同聚物加尾法这种方法的核心部分是，利用末端脱氧核苷酸转移酶转移核苷酸的特殊功能。末端脱氧核苷酸转移酶是从动物组织中分离出来的一种异常的DNA聚合酶，它能够将核苷酸(通过脱氧核苷三磷酸前体)加到DNA分子
DNA酶解及DNA片段琼脂糖凝胶电泳
【目的要求】1.掌握限制性核酸内切酶概念、特点及作用原理，DNA酶解技术的应用2.掌握琼脂糖凝胶电泳分离DNA片段原理及其操作3.熟悉电泳基本原理及其影响因素【教学内容】1．限制性核酸内切酶概念、特点及作用原理，DNA酶解技术的应用2．DNA片段琼脂糖凝胶电泳3．电泳概念、分类、应用、基本原理及其影
DNA核苷酸序列冈崎片段的介绍
冈崎片段是相对较短的DNA核苷酸序列（真核生物中大约有150到200个碱基对长），它们的合成是不连续的，并随后通过DNA连接酶连接在一起，形成DNA复制过程中的滞后链。冈崎片段是20世纪60年代两位日本分子生物学家、名古屋大学的一对校友夫妇冈崎令治和冈崎恒子共同发现的。
DNA片段的回收实验——液氮冻融法
实验材料DNA片段试剂、试剂盒纯化试剂盒异丙醇仪器、耗材离心机电泳仪电泳槽取液器微量真空装置抽滤装置实验步骤1. 紫外灯下从胶上切下目的片段，放入一Epphendof管中。2. 离心1 min，加入500 ul TE，200 ul 酚/氯仿混匀。3. 离心管放入液氮中10~15 min，再室温
研究实现大片段DNA染色体整合
近期，中国科学院分子植物科学卓越创新中心开发了创新的、基于可重复利用靶点的大片段DNA染色体整合策略，构建了首株能够脱离质粒、稳定合成红霉素A的大肠杆菌菌株，并提升了产量。红霉素是临床重要的广谱大环内酯类抗生素。传统研究多采用多质粒系统进行表达，但质粒的不稳定性、抗生素的使用及细胞代谢负担过重，限制
“垃圾DNA”片段是如何开启或关闭基因？
普林斯顿大学的研究人员近日捕捉到一段视频，显示曾被认为是“垃圾DNA”的片段如何开启或关闭基因。这段视频和成果于周一发表在《Nature Genetics》上。 在人类基因组中，未编码基因的DNA片段占90%以上。过去，它们被认为是“垃圾DNA”，但是后续的研究证实，这些片段包含了开启或关闭基
脉冲场凝胶中浓缩DNA片段的回收
低熔点琼脂糖切片中的 DNA 首先通过电泳浓缩进入高百分比琼脂糖凝胶中，然后用琼脂糖酶处理而分离。最终 DNA 制备通过微透析纯化。这种方法在把分离的 DNA 注入小鼠受精卵（Schedl et al. 1993) 或转染鼠胚胎干细胞（Choi et al. 1993) 时是非常有效的。本实验来源「
分子克隆化DNA片段与载体连接介绍
DNA分子与载体分子连接是克隆过程中的重要环节之一，方法有： ①粘性末端连接，DNA片段两端的互补碱基顺序称之为粘性末端，用同一种限制性内切酶消化DNA可产生相同的粘性末端。在连接酶的作用下可恢复原样，有些限制性内切酶虽然识别不同顺序，却能产生相同末端。 ②平头末端连接，用物理方法制备的DN
新型DNA测序算法让“重复片段”不再神秘
美国华盛顿大学的一个研究小组称，他们使用了一种被称为“mrFAST”的新型DNA测序算法，可对基因的重复片段进行精确统计并对其作用作出初步判断。相关研究发表在8月30日出版的《自然·遗传学》杂志上。 据了解，截至2003年底，绝大部分的人类基因组已获得测定。但基因组中仍有许多的区域未获得测
脉冲场凝胶中浓缩DNA片段的回收
实验方法原理 低熔点琼脂糖切片中的 DNA 首先通过电泳浓缩进入高百分比琼脂糖凝胶中，然后用琼脂糖酶处理而分离。最终 DNA 制备通过微透析纯化。这种方法在把分离的 DNA 注入小鼠受精卵（Schedl et al. 1993) 或转染鼠
脉冲场凝胶中浓缩DNA片段的回收
实验方法原理 低熔点琼脂糖切片中的 DNA 首先通过电泳浓缩进入高百分比琼脂糖凝胶中，然后用琼脂糖酶处理而分离。最终 DNA 制备通过微透析纯化。这种方法在把分离的 DNA 注入小鼠受精卵（Schedl et al. 1993) 或转染鼠胚胎干细胞（Choi et al. 1993) 时是非
凋亡细胞核DNA片段检测方法进展
细胞凋亡（apoptosis）又称细胞凋谢或称程序性细胞死亡（Programmed cell death，PCD），是有别于细胞坏死而受基因控制的一种主动性细胞自杀过程。对细胞凋亡的研究已成为当今生物学领域的热点之一。开展对细胞凋亡的研究，首先要解决的是方法学问题。根据凋亡细胞的生化特征检测组织或培
DNA片段的亚克隆实验——基本方案
所谓亚克隆就是对已经获得的目的DNA片段进行重新克隆，其目的在于对目的DNA进行进一步分析，或者进行重组改造等。亚克隆的基本过程包括：(1)目的DNA片段和载体的制备；(2)目的DNA片段和载体的连接；(3)连接产物的转化；(4)重组子筛选。实验材料DNA试剂、试剂盒CIPdNTPDNA聚合酶T4聚
DNA片段探针的应用实验——甲酰胺法
所谓探针，一般是指用来检测某一特定核苷酸序列或基因序列的DNA片段或RNA片段。但要使探针DNA片段能实际应用，必须使DNA或RNA分子带上可识别的信号标志，以便跟踪观察探针与其同源的核苷酸序列发生杂交反应的位置，被探测DNA或RNA片段上的大小、杂交信号的强弱等。目前应用最多的是核素标记方法或非核
研究实现大片段DNA染色体整合
近期，中国科学院分子植物科学卓越创新中心开发了创新的、基于可重复利用靶点的大片段DNA染色体整合策略，构建了首株能够脱离质粒、稳定合成红霉素A的大肠杆菌菌株，并提升了产量。红霉素是临床重要的广谱大环内酯类抗生素。传统研究多采用多质粒系统进行表达，但质粒的不稳定性、抗生素的使用及细胞代谢负担过重，限制
DNA片段纯化与回收常见问题分析
Q：利用凝胶回收试剂盒DNA回收效率较低或者未回收到目的片段？A：可能有以下几个原因： 1. 胶块未完全溶解，可适当延长水浴时间，并增加上下颠倒次数辅助溶解； 2. 胶块体积太大，应先将其切为小块，分多次回收； 3. 电泳缓冲液pH太高，硅基质膜在高盐低pH结合DNA，如pH太高，应作适
Nature子刊：长读长DNA分析会导致错误
研究表明，读取长串DNA的先进技术会产生有缺陷的数据，这些数据可能影响基因研究。 新方法可以读取很长的“遗传密码”，准确率高达99.8%，然而，如果样本是超过30亿碱基的基因组，这相当于数百万个错误。 这些错误可能错误地表明一个人的基因差异会增加某种疾病的风险。研究员说，这些技术产生的数据应