NatureMethods公布2018年度技术
岁末，Nature Methods年度技术出炉——无限制行为动物成像（Imaging in freely behaving animals）。 入选理由为：成像技术和荧光传感器的技术进步帮助科学家们更加详细分析动物各种行为背后的神经元活动，这些动物包括大鼠，小鼠，鱼，果蝇和线虫。 一般来说，受限制动物有利于实验人员对其受试动物的感觉环境进行精确控制，例如研究视觉引导或嗅觉引导的行为。然而，受限制动物对于研究更复杂的行为，特别是社会行为方面就会有局限性。近年来的技术发展实现了在自由行为的动物中对神经元活动成像，这能帮助科学家研究细胞，神经环路和全脑水平下的自然行为的神经元基础机制，因此被选为2018年度技术。 人脑包含了百亿级神经元和百万亿级的神经突触，其结构和功能上极其复杂精密的连接，涌现出意识和思想。目前各国脑科学计划的一个核心方向就是打造用于解析脑连接图谱和功能动态图谱的研究工具。其中，如何整合微观神经元和神经突触......阅读全文
Nature－Methods：超快速的基因组分析工具
近年来，测序市场呈现出百花齐放的美好局面。这使得测序的成本不断下降，但同时也带来了数据分析的难题。经济而又高效地处理全基因组测序的数据，相信是每个人的愿望。如今，一个开源的基因组分析平台也许能满足你的愿望。 这个平台被称为SpeedSeq，由华盛顿大学医学院等机构的研究人员开发。它利用低成本的
Nature－Methods：测量细胞力的最新方法
就像很小的建筑工人一样，细胞在3D空间中“构建”胚胎组织和器官。这是一项复杂的任务，需要细胞之间进行不断的沟通，协调它们的动作，产生形成复杂组织形态的机械力。 长期以来，生物学家一直在研究，这些结构形成时细胞和它们的行为之间的联系，但是直到现在，还没有发现细胞产生用来形成这些结构的力。目前
Nature－Methods发布宏基因组测序新工具
微生物几乎是无所不在的，它们对生态环境和人体健康起到了不容忽视的作用。然而人们对微生物的了解还相当匮乏，因为许多微生物是无法在实验室中培养的。宏基因组学是了解这些微生物的重要途径，但宏基因组测序并不是一件容易的事儿，就像是把许多拼图拆散混在一起，然后在毫无参考的情况下拼接。 最近Nature
华东理工大学再发Nature－Methods文章：细胞代谢研究新技术
来自华东理工大学，中国科学技术大学等处的研究人员发表了题为“Genetically encoded fluorescent sensors reveal dynamic regulation of NADPH metabolism”的文章，开发了一系列特异性检测NADPH的高性能遗传编码荧光探针
Nature－Methods：超越NGS的基因组分析新策略
来自西奈山Icahn医学院的科学家们开发了一种新方法，通过结合高通量的DNA测序及基因组作图构建出几近完整的基因组。这一方法使得研究人员能够检测复杂的基因组变异形式――由于与人类疾病有关联这些基因组变异极为重要，然而以往却难以检测到它们。这项研究发布在6月29日的《自然方法》（Nature M
华人学者Nature－Methods发布单细胞测序重要工具
新一代测序技术（NGS）大大增进了我们对疾病（比如癌症）的理解。不过NGS的研究对象是细胞群体，会掩盖细胞之间的异质性。正因如此，单细胞测序（SCS）技术受到了越来越多的关注。 德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员开发了首个用于单细胞DNA测序的突变检出程序，Monovar。这一重要成果发
华人学者Nature－Methods发布单细胞测序重要工具
新一代测序技术（NGS）大大增进了我们对疾病（比如癌症）的理解。不过NGS的研究对象是细胞群体，会掩盖细胞之间的异质性。正因如此，单细胞测序（SCS）技术受到了越来越多的关注。 德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员开发了首个用于单细胞DNA测序的突变检出程序，Monovar。这一重要成果发
北京大学Nature－Methods发布表观遗传重要成果
尽管几乎到处（食物、土壤、牙膏、尤其是自来水中）都存在有氟离子，其对于微生物和细胞具有很强的毒性作用。为了避免死亡，细胞必须清除掉在它们内部累积的氟离子，这一过程是通过离子通道来实现。离子通道指的是穿过细胞膜的一种蛋白质通道，其只允许特异的物质通过。 氟离子通道直到最近才被人发现，一些研究暗示
Nature－Methods介绍细胞生物学新研究工具
来自阿尔伯塔大学的研究人员开发出了一种使用光控制生物细胞水平的新方法。这种工具被称为光可切割蛋白（photocleavable protein）：PhoCl，也就是当暴露于光线时，蛋白会裂解开来，这样科学家们就能以新的方式来研究和操纵细胞内活性。 这一研究成果公布在3月的Nature Meth
三篇Nature－Methods：定位基因组的调控序列
科学家们利用染色质对DNase消化和Tn5转座的敏感性，对基因组的调控序列进行定位和解读。 近来越来越多的证据显示，许多遗传学差异并非直接影响基因，而是改变控制基因开/关的调控序列。近期Nature Methods杂志上发表了三篇文章，介绍了在基因组中定位调控序列的新技术，阐述了进行数
Nature－methods：利用微芯片捕获循环系统癌细胞
近日，国际学术期刊nature methods发表了美国科学家的一项最新研究进展，他们开发出一种微芯片（cluster-chip），能够捕获血液中的循环肿瘤细胞群体，对于研究循环肿瘤细胞在肿瘤发展和转移中的作用非常重要，是一项具有重要意义的技术突破。 癌细胞可以突破肿瘤限制通过血液进行转移，或
董梦秋、贺思敏Nature－Methods发表重要成果
蛋白交联是一种特殊的翻译后修饰，在所有生命中起到了基础性的作用，包括建立细胞外基质、调控蛋白在细胞内外的功能或半衰期等。内源蛋白质交联有很多种形式，从相当普遍的二硫键或异肽键，到胶原和弹力蛋白中的特殊连接。 二硫键是许多分泌蛋白必不可少的部分，比如激素、生长因子和细胞表面受体。但分析二硫键一直
华人先锋《Nature－Methods》利用CRISPRi绘制遗传互作图谱
斯坦福大学亓磊（Lei Stanley Qi）教授早年毕业于清华大学，现任斯坦福大学生物工程学、化学和系统生物学系的助理教授，近年来他在CRISPR研究领域取得了一系列突破性进展，比如第一次采用CRISPR-Cas9系统的变种技术，改变了读取诱导多能干细胞(iPSCs)基因组的方式（由此入选了生
潘滔教授Nature－Methods发布RNA测序重大突破
来自芝加哥大学、德克萨斯大学奥斯汀分校的研究人员报告称，他们开发出了一种新方法实现高效定量高通量tRNA测序。这种叫做DM-tRNA-seq的技术适用于在所有生物体中开展tRNA研究。这一重要的研究成果发布在7月27日的《自然方法》（Nature Methods）杂志上。 芝加哥大学生物化学和
Nature－Methods发布高通量细胞脂质检测新工具
脂类，是一种复杂的物质，除了主要成分脂肪酸还包括许多其他成分。在生命体中，脂质构成细胞壁，储存能量，在必要时释放能量，并在细胞信号转导中起重要作用。有关脂类的很多知识都还没有答案，用质谱测绘大量样本的高通量脂质分子结构检测方法研究还处于初级探索阶段。 越来越多证据表明，脂质成分变化在癌症、脂肪
Nature－Methods：科学家成功使用AI预测癌症进化
一个来自英国和美国的联合研究团队已经开发出了一种使用人工智能预测肿瘤可能如何改变以及如何在病人体内传播的方法，相关研究成果于近日发表在《Nature Methods》上，题为“Detecting repeated cancer evolution from multi-region tumor
Nature－Methods－|－朝思暮想：单细胞蛋白质组测序之梦
近期，Nature Methods 杂志技术编辑Vivien Marx发表文章 A dream of single-cell proteomics，探讨了单细胞蛋白组学的发展，提出了该技术有可能会面对的问题和潜在解决方案。单细胞蛋白质组测序的梦想并不遥远（Credit: S. Larochell
Nature－Methods“修图”技术遭质疑：低分辨率变成高分辨率
科学家们利用一种人工智能技术，将低分辨率的细胞显微照片转化为使用超高分辨率技术才能得到的高质量图像。 这一研究成果公布在12月17日的Nature Methods杂志上，新技术有助于研究人员利用标准台式显微镜获得高质量的图像。文章作者，加州大学洛杉矶分校Aydogan Ozcan表示， “（超
华中科技大学发表Nature－Methods新文章
来自华中科技大学的研究人员报告称，他们利用称作为NeuroGPS-Tree的软件自动重建了具有密集神经突起的大规模神经元群体。这一研究成果发布在11月23日的《自然方法》（Nature Methods）杂志上。 华中科技大学的曾绍群（Shaoqun Zeng）博士和龚辉（Hui Gong）教授
Nature Methods：两种新型 CRISPR 脱靶效应的分析方法
昨日，在 Nature Methods 同时刊登的两篇研究中，发表了两种分析 CRISPR/Cas -9 基因组编辑脱靶效应的新方法。其中一种方法可以鉴定细胞类型特异性 SNP 相关的脱靶突变，另一种则可以检测潜在脱靶切割位点。 第一项研究中，来自麻省综合医院（MGH）和哈弗大学的研究人员开发
Nature－Methods：新型光片超分辨显微成像实现精细观测
华中科技大学课题组3月12日在Nature Methods在线发表研究论文，提出了一种基于深度学习的超分辨荧光显微镜，实现对活细胞的精细动态和相互作用进行快速、三维、长时程地观测。 细胞的稳态离不开内部多种亚细胞结构的精确分工和协同合作，洞悉细胞内细胞器/蛋白分子的精密运转是一项重要的生命科学
Nat－Methods发布新的DNA测序技术
最近，英国诺丁汉大学的科学家们首次证明，我们有可能实时地、有选择性地测定DNA序列片段，从而大大减少了分析生物样品所需的时间。 在Nature子刊《Nature Methods》上发表的一篇论文，描述了一种新的技术，可高度选择性的进行DNA测序，这种技术被称为“'Read Until”。这种方
Nature－Methods：新方法测定基因组中的足印
科学家们发明一种新方法，可以在活体中测量蛋白质在整个线虫基因组中的占有量，新成果发表在日前在线出版的《自然·方法学》期刊上。新技术将提供基因被调控的新细节。 这种方法背后的思想很简单：捆绑着蛋白质的基因组DNA被脱氧核糖核酸屏蔽，脱氧核糖核酸是一种消化DNA的酶，产生出一个完整无缺的DNA
Nature－Methods－可在体内大规模研究基因互作新方法
肿瘤转移是一个复杂的过程，受到多基因的调控，也是实体瘤患者死亡的主要原因之一【1】。目前系统性理解影响肿瘤转移的基因间相互作用仍是一个挑战。相比于Cas9系统，CRISPR-Cas12a（Cpf1）不需要tracrRNA（trans-activating CRISPR RNA），可同时在多位点进
Nature－Methods：De－Novo基因组序列组装的新方法
对于de novo人类基因组序列组装而言，短读长简直意味着不可能的任务。不过，加州大学旧金山分校、BioNano Genomics和10X Genomics的研究人员近日开发出一种新的组装方法，它将short-read测序与10X的linked-read测序相结合。这项成果于近日发表在《Natu
Nat－Methods:－2014年值得关注的技术
单细胞测序被评为2013年年度技术 2014 年首刊，《Nature Methods》杂志将2013年度技术(Method of the Year 2013)授予了单细胞测序(single-cell sequencing)。同时，杂志还介绍了2014年值得关注的技术，包括
Nature－Methods：两轮捕获+双重测序－成就史上最精准的测序！
传统的高通量测序会产生不少错误，掩盖基因组中的罕见突变。前不久科学家们开发了一种新测序法，能够成功从背景噪音中分离出信号，实现极为准确的测序。 肿瘤是异质性细胞的混合体，测序可以检测其中的罕见突变，但成本较高而且容易出现错误。华盛顿大学的研究团队为此开发了新测序技术，将靶序列纯化与高精度的DN
Nature－Methods：这个蛋白－能可视化活细胞发育周期的“盲区”
G1期（first gap）：从有丝分裂到DNA复制前的一段时期，又称合成前期，此期主要合成RNA和核糖体。该期特点是物质代谢活跃，迅速合成RNA和蛋白质，细胞体积显著增大。这一期的主要意义在于为下阶段S期的DNA复制作好物质和能量的准备。 S期（synthesis）：即DNA合成期，在此期，
Nature－Methods发表张新荣教授单细胞分析领域合作研究成果
——提出一种在单核分辨率下进行单细胞空间代谢异质性分析的新方法 近日，清华大学化学系张新荣教授课题组与清华大学北京信息国家研究中心/医学院张奇伟教授合作，在Nature Methods上发表论文：SEAM is a spatial single nuclear metabolomics met
Nature－Methods－|－深度学习：二维图片到三维的变换
荧光显微镜在生命科学等学科中有重要作用。通过激发样本的特异性荧光标记，荧光显微镜可以准确揭示生物内部特定的组织，结构和活动。 2019年11月4日，来自UCLA的Aydogan Ozcan教授科研团队在Nature Methods上发表题为“Three-dimensional virtual