赵方庆团队提出环形RNA转录本重建和定量新方法
在以往的研究中，环形RNA的识别方法主要是利用环形RNA特有结构——反向剪接序列特征进行识别。然而，由于二代测序的读长普遍较短，研究者们虽然可以获得大量的反向剪接位点，却无法高通量获得环形RNA的完整内部结构信息，也无法对不同可变剪接产物进行精确定量。 2018年1月19日，Genome Medicine 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification的最新研究成果。该研究提出全新的环形转录本重构与定量的方法 (CIRI-full)，通过环形转录本测序中的反向重叠区特征获得全长序列，既有效解决了环形转录本内部结构的重构难题，也为环形转录本中不同剪切产物的定量提供了新思路。 为了解决围绕环状RNA识别的问题，赵方庆团队首先提出一个新的环形RN......阅读全文
rna浓度太低能反转录么
要看你的rna浓度有多低，一般20ng/ul。rna浓度太低可能反转不出来或者反转不是目的产物，浓度太低建议不做。
转录组的重编写：RNA编辑
基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外， DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用，且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此，对RNA进行功能研究和错误RNA的纠正，成为了
原核细胞的RNA转录过程
原核细胞的RNA转录：原核细胞的RNA聚合酶全酶(a2Bβ'σ)是由4条多肽链组成的核心酶加σ因子构成转录过程可划分为开始、延伸和终止三个阶段。①开始：σ因子识别DNA分子上的启动子并与之结合，将DNA双链局部解开，RNA合成开始，σ因子与核心酶分离。②延伸：RNA聚合酶沿模板链向前移动，使
如何证明RNA反转录是否成功？
如何证明RNA反转录是否成功？因为cDNA 是长短不一的 DNA 片断混合物，所以电泳的结果大多是模糊一片的，如果 RNA 丰度较低，电泳也可能是无产物，但是这种情况并不代表 PCR 会无结果。检测 cDNA 可以用定量的方法首先看一下内参有没有扩增出来，内参有结果，cDNA 的质量基本上可
简述信使RNA的转录过程
分为起始、延长和终止三个阶段。起始包括对双链DNA特定部位的识别、局部（17bp）解链以及在最初两个核苷酸间形成磷酸二酯键。第一个核苷酸掺入的位置称为转录起点。 起始后起始因子离开，核心酶构象改变，沿模板移动，转录生成杂交双链（12bp）。随后DNA互补链取代RNA链，恢复DNA双螺旋结构。延
转录组的重编写：RNA编辑
前 言基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外， DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用，且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此，对RNA进行功能研究和错误RNA的纠
转录组的重编写：RNA编辑
前 言 基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外， DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用，且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此，对RNA进行功能研究和错误RNA
体外转录合成单链RNA探针:体外转录法
体外转录法l 体外转录合成单链RNA探针1. 用适当的限制酶消化超螺旋质粒DNA制备5 pmol的线性模板DNA。取一小份消化的DNA（100ng）进行琼脂糖凝胶电泳分析。如有必要，再补加限制性酶进行温育，直至不再残存痕量的未消化DNA。2. 如必须用产生3’突出端
RNA聚合酶Ⅱ的基本转录因子
RNA聚合酶Ⅱ的基本转录因子转录因子分子量(kD)功能TBP30与TATA盒结合TFⅡ-B33介导RNA聚合酶Ⅱ的结合TFⅡ-F30,74解旋酶TFⅡ-E34,37ATP酶TFⅡ-H62,89解旋酶TFⅡ-A12,19,35稳定TFⅡ-D的结合TFⅡ-I120促进TFⅡ-D的结合
RNA测序解析白血病转录组
巴塞罗那基因组调控中心Dr. Roderic Guigó领导研究团队，对慢性淋巴细胞白血病进行了转录组分析，获得了CLL相关基因和突变的功能图谱。这项工作发表在Genome Research杂志上。 这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果，该联盟曾鉴定了涉及CLL发展的
体外转录合成单链RNA探针
实验方法原理 制备特异性的单链 RNA 探针不仅比 DNA 探针更容易，在杂交反应中一般也比具相同比活性的 DNA 探针产生更强的信号，这可能是由于含有 RNA 的杂合链固有的更高稳定性的缘故（Casey and Davidson 1977)。虽然 DNA 探针仍普遍地应用于 Norther
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物不
体外转录合成单链RNA探针
实验方法原理 制备特异性的单链 RNA 探针不仅比 DNA 探针更容易，在杂交反应中一般也比具相同比活性的 DNA 探针产生更强的信号，这可能是由于含有 RNA 的杂合链固有的更高稳定性的缘故（Casey and Davidson 197
RNA聚合酶转录终止子
中文名终止子外文名terminator T定义终止子(terminator T)是给予RNA聚合酶转录终止信号的DNA序列。在一个操纵元中至少在结构基因群最后一个基因的后面有一个终止子。作 用转录终止信号
RNA聚合酶Ⅱ的基本转录因子
RNA聚合酶Ⅱ的基本转录因子转录因子分子量(kD)功能TBP30与TATA盒结合TFⅡ-B33介导RNA聚合酶Ⅱ的结合TFⅡ-F30,74解旋酶TFⅡ-E34,37ATP酶TFⅡ-H62,89解旋酶TFⅡ-A12,19,35稳定TFⅡ-D的结合TFⅡ-I120促进TFⅡ-D的结合
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物
RNA聚合酶Ⅱ的基本转录因子
RNA聚合酶Ⅱ的基本转录因子转录因子分子量（kD）功能TBP30与TATA盒结合TFⅡ-B33介导RNA聚合酶Ⅱ的结合TFⅡ-F30,74解旋酶TFⅡ-E34,37ATP酶TFⅡ-H62,89解旋酶TFⅡ-A12,19,35稳定TFⅡ-D的结合TFⅡ-I120促进TFⅡ-D的结合
分子植物卓越中心揭示天然反义转录本调控机制
近期，中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所研究员何玉科研究组在Nature Communications上，发表题为Natural antisense transcripts of MIR398 genes suppress microR398 processing and a
通过记录RNA聚合酶观察早期RNA转录动力学
科学家们通过记录RNA聚合酶在何时何地通过与DNA序列结合启动转录，观察了早期RNA转录动力学。 生命的活动是通过蛋白质的制造而发生的，蛋白质赋予我们的细胞结构和功能。细胞蛋白质从DNA编码的基因指令中获得行进顺序，他们的序列首先被复制并在一个叫做转录的多步骤过程中被制造成RNA。 科罗拉多
科研人员定量重建晚全新世早春水温
中国科学院地球环境研究所气候变化集成-模拟-同化-预测科研团队赵家驹副研究员等联合兰州大学和中国科学院青藏高原研究所在岱海湖开展长链烯酮和长链烯酸酯研究，排除物种因素的影响，定量重建了晚全新世早春水温。近日该研究成果发表在Quaternary Science Reviews上。研究重建了岱海湖中冷季
科研人员定量重建晚全新世早春水温
中国科学院地球环境研究所气候变化集成-模拟-同化-预测科研团队赵家驹副研究员等联合兰州大学和中国科学院青藏高原研究所在岱海湖开展长链烯酮和长链烯酸酯研究，排除物种因素的影响，定量重建了晚全新世早春水温。近日该研究成果发表在Quaternary Science Reviews上。研究重建了岱海湖中冷季
科研人员定量重建晚全新世早春水温
中国科学院地球环境研究所气候变化集成-模拟-同化-预测科研团队赵家驹副研究员等联合兰州大学和中国科学院青藏高原研究所在岱海湖开展长链烯酮和长链烯酸酯研究，排除物种因素的影响，定量重建了晚全新世早春水温。近日该研究成果发表在Quaternary Science Reviews上。 研究重建了岱海
南京地理所等利用湖泊沉积定量重建古温度
过去2000年来地球气候系统经历了由单一自然变化到自然和人类活动共同作用的过程。定量化重建这一阶段的气候变化序列，有助于实现器测资料与古气候记录的对接，从而进一步理解自然因素和人为因素对气候系统的影响。目前已有的古气候重建序列覆盖区域较少，定性重建较多而定量化研究较少。特别是对气候环境变化较为敏
RNA－光谱分析与定量
试剂、试剂盒 DEPC 无核酸酶的水 仪器、耗材 紫外分光光度计 石英比色杯
DNA和RNA定量利器：Qubit－4
新一代测序（NGS）实验中，我们需要将精确量的DNA文库分子上样到测序仪中。如果测序运行时的文库分子过多或过少，都会使数据质量受损。这不仅浪费宝贵的样本和试剂，也浪费我们和仪器的时间。对于芯片分析（Microarray）和实时定量PCR（qPCR）而言，精确测定样本中的DNA或RNA也是必需的。以往
RNA－光谱分析与定量
试剂、试剂盒 DEPC 无核酸酶的水仪器、耗材 紫外分光光度计 石英比色杯实验步骤 一、材料与设备1）紫外分光光度计。2) 石英比色杯。3)DEPC4) 无核酸酶的水。二、操作方法(一）准备分光光度计用 0.1%DEPC 水浸泡比色皿至少 15 min。2) 用水或无 UV 吸收的缓冲掖设置基线。
信使RNA反转录的生物学意义
1．对分子生物学的中心法则进行了修正和补充，修正后的中心法则表示为： 2．在致癌病毒的研究中发现了癌基因，在人类一些癌细胞如膀胱癌、小细胞肺癌等细胞中，也分离出与病毒癌基因相同的碱基序列，称为细胞癌基因或原癌基因。癌基因的发现为肿瘤发病机理的研究提供了很有前途的线索。 3．在实际工作中有助于
新RNA转录变体可简化生物线路
近年来，合成生物学发展迅速，研究人员给微生物设计的功能也越来越复杂，但在细胞行为的可预测性、安全性和高效性方面仍有很多难以解决的问题。据每日科学网站5月30日（北京时间）报道，美国能源部劳伦斯伯克利国家实验室生物学家创造出一种能放大RNA（核糖核酸）转录信号的变体，可大大简化控制细胞行为的生物线
捕获早期RNA转录动力学的关键
生命的活动是通过蛋白质的制造而发生的，蛋白质赋予我们的细胞结构和功能。细胞蛋白质从DNA编码的基因指令中获得行进顺序，他们的序列首先被复制并在一个叫做转录的多步骤过程中被制造成RNA。 科罗拉多州立大学的一个研究合作项目专门研究高分辨率荧光显微镜和计算模型，以实时、精细地可视化和描述这类生命过
小干扰RNA转录后基因沉默的介绍
siRNA诱导的转录后基因沉默始于RNA诱导的沉默复合物（RISC）的组装。该复合物通过切割编码靶基因的mRNA分子来沉默某些基因表达。为了开始该过程，两条siRNA链中的一条（引导链）将被装载到RISC中，而另一条链即过客链被降解。某些Dicer酶可能负责将引导链加载到RISC中。然后，siR