赵方庆团队提出环形RNA转录本重建和定量新方法
在以往的研究中，环形RNA的识别方法主要是利用环形RNA特有结构——反向剪接序列特征进行识别。然而，由于二代测序的读长普遍较短，研究者们虽然可以获得大量的反向剪接位点，却无法高通量获得环形RNA的完整内部结构信息，也无法对不同可变剪接产物进行精确定量。 2018年1月19日，Genome Medicine 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification的最新研究成果。该研究提出全新的环形转录本重构与定量的方法 (CIRI-full)，通过环形转录本测序中的反向重叠区特征获得全长序列，既有效解决了环形转录本内部结构的重构难题，也为环形转录本中不同剪切产物的定量提供了新思路。 为了解决围绕环状RNA识别的问题，赵方庆团队首先提出一个新的环形RN......阅读全文
科学家成功解码鱼类胚胎中的新生转录本
上海海洋大学教授陈良标、胡鹏团队，在活体鱼类胚胎中实现了单细胞新生RNA测序技术的系统优化和应用，首次实现对“合子激活”阶段新转录基因的高灵敏度、高准确性检测，打开了研究生命起源奥秘的新窗口，也为水产育种的基因精准设计提供了重要工具。相关研究近日发表于《自然-通讯》。每个新生命的开始都经历过一次“主
RNA－光谱分析与定量
试剂、试剂盒 DEPC 无核酸酶的水仪器、耗材 紫外分光光度计 石英比色杯实验步骤 一、材料与设备1）紫外分光光度计。2) 石英比色杯。3)DEPC4) 无核酸酶的水。二、操作方法(一）准备分光光度计用 0.1%DEPC 水浸泡比色皿至少 15 min。2) 用水或无 UV 吸收的缓冲掖设置基线。
RNA－光谱分析与定量
试剂、试剂盒 DEPC 无核酸酶的水 仪器、耗材 紫外分光光度计 石英比色杯
DNA和RNA定量利器：Qubit－4
新一代测序（NGS）实验中，我们需要将精确量的DNA文库分子上样到测序仪中。如果测序运行时的文库分子过多或过少，都会使数据质量受损。这不仅浪费宝贵的样本和试剂，也浪费我们和仪器的时间。对于芯片分析（Microarray）和实时定量PCR（qPCR）而言，精确测定样本中的DNA或RNA也是必需的。以往
荧光定量PCR实验中的反转录对照
可以使用提取好的RNA内参基因，RNA假病毒混合基质，灭活RNA病毒混合基质来监控反转录到扩增的流程。无反转录对照（no-RT control）含有除反转录酶以外的所有成分。
环形RNA与线性RNA定量比较分析新系统CLEAR发布
1月15日，国际学术期刊Genomics,Proteomics & Bioinformatics在线发表了中国科学院－德国马普计算生物学伙伴研究所杨力研究组关于环形RNA研究的最新进展“CIRCexplorer3: A CLEAR Pipeline for Direct Comparison o
黄土10Be定量重建亚洲季风降水变化研究取得突破
5月25日，美国《科学》（Science）杂志以研究论文形式（Research Article）刊登了美国亚利桑那大学教授Warren Beck和中国科学院地球环境研究所研究员、中国科学院院士周卫健共同领导的团队在利用中国黄土10Be重建古降水研究中取得的最新成果：《黄土10Be记录的55万年以
外源性RNA的转录反应预测RNA病毒的广谱抗病毒药
所有RNA病毒都通过与正常运输细胞RNA转录本不同的过程将其基因组传递到目标宿主细胞中。来自正常的细胞RNA转录的运输。病毒RNA的传递最多。进入大多数细胞的病毒DNA的运输因此触发了先天的抗病毒防御机制，将病毒RNA识别为异物。反过来，病毒已经进化出了破坏这些防御的机制，让它们在其中茁壮成长。
基因组所小鼠组织新转录本鉴定研究取得进展
近日，中国科学院北京基因组研究所胡松年项目组利用新一代测序数据，运用生物信息学方法，在小鼠的几个组织中发现了几千个新的转录本。该研究成果的完成拓宽了转录组数据分析的思路，有利于更全面地认识小鼠的转录组组成，并进一步补充了其基因组的注释，相关成果论文在frontiers in genetics
体外转录rna后用dnaase消化多少时间
v如果从细胞或者组织提取RNA，有可能看不见pellet。但是体外转录的RNA看不见pellet，着实奇怪。你入等体积的异丙醇/1ul Glycoblue，或者3倍体积的无水乙醇/0.1体积醋酸钠/1ul Glycoblue，-80C沉淀过夜。次日高速离心30min，吸取液体时小小心。
提取RNA－和反转录的操作注意事项
你按照买的反转录试剂盒来做就行.（1）、从细胞中提取细胞总RNA用GIBCO公司的Trizol试剂提取细胞总RNA.按试剂使用说明操作:离心收集细胞,倾去细胞液,向沉淀中加1 ml Trizo1(每106-107细胞),混匀至室温5分钟,用1 ml加样器反复吹打,直至细胞完全裂解成均一溶液,不粘稠时
Nat－Catalysis：RNA是如何保证被准确转录的？
生命的信息通过信使RNA的转录和蛋白质的翻译在我们的基因组DNA中编码以执行细胞功能。为了确保准确的转录， RNA聚合酶II将合成并校正信使RNA以去除任何不匹配的错误。 虽然已知RNA聚合酶II对于确保转录的准确性至关重要，但对于这种酶如何完成这项艰巨的任务而言，这是一个长期存在的难题。科学
Thogoto病毒的RNA转录和复制机制获揭示
近日，中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员熊晓犁团队与广州国家实验室研究员陈新文团队合作，在国家重点研发计划、国家自然科学基金等项目的资助下，研究揭示了正黏病毒科Thogoto病毒的RNA转录和复制机制。相关成果发表于《自然-通讯》。 RNA的转录和复制是RNA病毒生命周期中至关重要的步骤
Thogoto病毒的RNA转录和复制机制获揭示
近日，中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员熊晓犁团队与广州国家实验室研究员陈新文团队合作，在国家重点研发计划、国家自然科学基金等项目的资助下，研究揭示了正黏病毒科Thogoto病毒的RNA转录和复制机制。相关成果发表于《自然-通讯》。THOV 聚合酶在RNA合成过程中呈现不同的构象。研究团队供图
信使RNA的检测、分析及定量介绍
对mRNA的检测、分析及定量方法目标RNA的类型同时定量的目标RNA的数量用途缺点Northern杂交mRNA通常为一个，最多几个。主要用于估测不同组织、细胞中目标mRNA的分子质量，可用于mRNA的粗略定量。需要大量RNA；只可同时检测一个或最多几个mRNA；与PCR方法相比，灵敏度差、耗时。RN
RNA的定量和完整性分析
RNA的完整性可以通过琼脂糖变性电泳分析检测,而含量则通过紫外分光光度计确定。常见的变性电泳有甲醛变性电泳，戊二醛变性电泳等。甲醛变性电泳检测RNA完整性一、材料、试剂和仪器1 材料: 植物总RNA 5-10μg2 试剂:1）加样运载缓冲液（Loading buffer），50% 甘油，1mmol/
5.1－RNA－光谱分析与定量
采用分光光度法对核酸进行精确定量，因为这种方法不破坏结构，并且还能回收样品.。RNA 有吸收紫外光的性质，吸收高峰在 260nm 波长处，这是单个核糖核甘酸在 256nm 和 281nm 之间吸收值的平均值。试剂、试剂盒DEPC无核酸酶的水仪器、耗材紫外分光光度计石英比色杯实验步骤一、材料与设备1）
上海生科院揭示反向剪接RNA成环与RNA转录的偶联机制
4月19日，国际学术期刊Cell Reports 发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组与计算生物学研究所杨力研究组最新合作研究论文。此工作深入研究了环形RNA生成与RNA转录的偶联机制，揭示了环形RNA在神经分化过程中表达上调原理。 环形RNA是一类通过反向
利用蜗牛壳体定量重建陆地天气尺度极端降水事件
近日，中国科学院地球环境研究所气候变化集成-模拟-同化-预测团队在" 7.20 "特大暴雨中心之一的郑州-荥阳地区采集了四只现代蜗牛，利用包埋制片和二次离子质谱结合的方法，突破传统古气候研究分辨率上限，获得了2021年6月至9月天分辨率蜗牛壳体氧同位素（δ18Oshell）记录，相关研究成果发表在S
抑制细菌转录终止检测技术筛选RNA结合蛋白实验
实验方法原理 一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。实验材料 N-表达质粒E.coil N567 感受态细菌试剂、试剂盒 储存液缓冲液仪器、耗材 蛋白胨培养基蛋白胨平板N-表达质粒组合文库培养板实验步骤 ―、材料与设备1. 通过比较 β-半乳糖苷酶表达
抑制细菌转录终止检测技术筛选RNA结合蛋白实验
一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编：郑晓飞。实验方法原理一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。实验材料N-表达质粒E.coil N567 感受态细菌试剂、试剂盒储
体外转录测序揭示RNAseq的终极误差
高通量RNA测序（RNA-seq）是了解转录调控的一种强大技术。利用RNA-seq，我们不仅可以更好地进行传统的基因差异表达分析，而且还可以全面地研究可变剪接、RNA编辑、等位基因特异性表达和确定新的转录本（编码RNA和非编码RNA）。 与更成熟的、以RNA表达分析为基础的微阵列相反，RNA-
抑制细菌转录终止检测技术筛选RNA结合蛋白实验
实验方法原理 一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。 实验材料 N-表达质粒 E.coi
RNA干涉实验——体外转录合成siRNA分子实验
实验方法原理采用噬菌体 RNA 聚合酶（T7、T3 或 SP6 RNA 聚合酶）可以很方便地在体外合成 siRNA 分子的正义与反义 RNA 链，然后再通过退火形成双链的 siRNA 分子。体外转录合成 siRNA 分子与化学合成双链 RNA 分子相比，其成本相对要低得多，而且有研究报道前者对靶基因
体外转录测序揭示RNAseq的终极误差
高通量RNA测序（RNA-seq）是了解转录调控的一种强大技术。利用RNA-seq，我们不仅可以更好地进行传统的基因差异表达分析，而且还可以全面地研究可变剪接、RNA编辑、等位基因特异性表达和确定新的转录本（编码RNA和非编码RNA）。 与更成熟的、以RNA表达分析为基础的微阵列相反，RNA-
RNA测序技术如何绘制全基因组转录终止？
近日，南方科技大学生命科学学院翟继先团队利用纳米孔单分子RNA测序技术绘制了拟南芥全基因组水平转录终止图谱。该方法能同时捕获包括已转录过polyA位点的 readthrough转录本、完成3’末端切割的5’或3’切割产物、以及已完成或正在进行多腺苷酸化（polyadenylation）的转录本在
DNA芯片技术和RNA测序有啥不同？
日本推理小说家东野圭吾的作品《白金数据》中描述了这样一个未来世界：日本政府秘密建立名为“白金数据”的数据库。该库搜集了全国人民的DNA数据，通过对犯罪分子留在现场的毛发、体液等证物进行比对，警方可以高效、快速、准确锁定真凶。借助“白金数据”的帮助，一个检举率100%、冤案率0%的理想法制社会构建完
超高分辨成像技术实现纳米尺度的活细胞核内动态观测
近日，在国家自然科学基金国家重大科研仪器研制项目（31327901）、面上项目（31271423、21573013）等资助下，北京大学研究人员首次应用新型超分辨成像技术实现了活细胞单 个转录工厂(RNA Pol II cluster)的动态过程观测和定量分析，研究成果以“Study of RNA
Nature：新研究让mRNA转录本上的m6A标记不再神秘
在一项新的研究中，来自美国康奈尔大学和密歇根大学的研究人员发现在一些mRNA转录本上出现的化学修饰可能在一定程度上有助于细胞在遭受损伤后进行自我修复，并且也可能是了解重要的人类疾病的关键。相关研究结果近期发表在Nature期刊上，论文标题为“m6A enhances the phase sepa
中山大学RNA团队开发PolⅢ转录的非编码RNA功能网络信息库
中山大学生命科学学院RNA组学团队杨建华教授等开发了Pol3Base数据和信息库，系统鉴定RNA聚合酶III（PolⅢ）转录的非编码RNA(P3RNA)，全面解析P3RNA的互作组、表达、进化、表观转录组、疾病变异及调控网络。 Pol3Base 网站整合了由不同转录因子调控的数千个 RNA 聚