赵方庆团队提出环形RNA转录本重建和定量新方法
在以往的研究中，环形RNA的识别方法主要是利用环形RNA特有结构——反向剪接序列特征进行识别。然而，由于二代测序的读长普遍较短，研究者们虽然可以获得大量的反向剪接位点，却无法高通量获得环形RNA的完整内部结构信息，也无法对不同可变剪接产物进行精确定量。 2018年1月19日，Genome Medicine 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification的最新研究成果。该研究提出全新的环形转录本重构与定量的方法 (CIRI-full)，通过环形转录本测序中的反向重叠区特征获得全长序列，既有效解决了环形转录本内部结构的重构难题，也为环形转录本中不同剪切产物的定量提供了新思路。 为了解决围绕环状RNA识别的问题，赵方庆团队首先提出一个新的环形RN......阅读全文
分卓中心发现长非编码RNA对细胞核仁和RNA转录的调控机制
7月30日，《科学》（Science）以Research Article形式发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）研究员陈玲玲研究组和研究员刘珈泉研究组的合作研究成果——lncRNA SLERT controls phase separation of FC/DF
eRNA与Super－Enhancer－RNA在转录调控中扮演的角色
增强子是真核生物中关键的顺式作用基因调控元件，能有效地促进基因表达。它们可以通过作为转录因子和辅助因子的结合平台来维持转录的精确控制。超级增强子是由一簇典型增强子串联组成的具有更强转录调控能力的顺式元件。而全基因组分析发现增强子和超级增强子可以普遍进行转录，产生eRNA和SE-lncRNA。它们都具
2微克RNA反转录后的cDNA浓度大约为多少
2微克RNA反转录后的cDNA浓度大约为多少可以大概估算。考虑一下几个因素：1. 大多数RNA是28s，16s ，5s等rRNA，mRNA其实占少数。他们都会反转录为cDNA.。你若估计mRNA反转为cDNA的量较难。2、反转录和你添加的引物量有关。假设你加了1份引物，那就只能转录1分cDNA，按1
研究开发出高效环形RNA检测与定量工具
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）高远团队与动物研究所赵方庆团队，开发出面向TB级转录组数据的高效环形RNA检测与定量工具CIRI3，通过反向剪接序列比对与跨样本整合算法设计，实现了TB级数据的超高速处理，并可高灵敏识别低丰度及非传统剪接信号的新型环形RNA，突破了环形RNA大规模
荧光定量pcr仪是怎样测试dna，rna的
荧光定量pcr仪是怎样测试dna，rna的普通的基因扩增仪（PCR仪）只能够定性地分析是否存在目标片段。但是价格要低很多，而且运行成本也要低很多。不过不能直接得到扩增结果，还需要做电泳检测。实际中检测遗传疾病，品种分子标记筛选，甚至亲自鉴定等都可以由普通PCR仪完成。但是，某些需要定量的实验就必须用
RNA质量不好－请问能继续做定量PCR吗
RNA质量不好 请问能继续做定量PCR1.其实反转录要求不是很高,所有器具消毒操作带手套口罩就行,没必要加RNaseInhibitor2.OD260/280实际上反应的是蛋白质杂质的比例,可以间接的反应有没有RNA酶污染,所以这个比值低了有可能是RNA酶污染,也可能是提取操作或者试剂问题导致蛋白质残
地球环境所在四醚膜脂温度定量重建方法方面取得进展
生物标志物brGDGTs是由异养细菌合成的一类微生物四醚脂类化合物。它们分布广泛、不易降解，且其组成对环境温度非常敏感，因而是定量示踪过去陆地温度变化颇有潜力的工具。目前，brGDGTs被广泛应用于黄土、湖泊、泥炭和海洋等沉积环境的古温度重建工作，拓展了科学家对不同时间尺度陆地温度变化历史的认识
深圳先进院等建立单细胞轨迹推断技术
7月31日，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所胡政课题组与厦门大学数学科学学院周达课题组合作，在《自然-生物技术》（Nature Biotechnology）上，发表了题为PhyloVelo enhances transcriptomic velocity field mapping
深圳先进院等建立单细胞轨迹推断技术
7月31日，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所胡政课题组与厦门大学数学科学学院周达课题组合作，在《自然-生物技术》（Nature Biotechnology）上，发表了题为PhyloVelo enhances transcriptomic velocity field mapping
我国学者成功挖掘和识别哺乳动物环形RNA功能
2019年3月19日，国际学术期刊Cell Reports 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为“Expanded expression landscape and prioritization of circular RNAs in mammals”的最新研究
RNAseq综述（二）
短读长cDNA测序短读长已经成了在整个转录组范围内对基因进行检测和定量的事实方法(de facto method)，部分原因是这种方法比芯片成本更低，操作更方便，但是其主要原因还是因为这种方法能生成更全面，更高质量的数据，这种方法能够 对整个转录组中的基因表达水平进行定量。使用Illumina短读长
定量PCR方法对水源中细菌RNA进行精确定量－人elisa试剂盒
定量PCR方法对水源中细菌RNA进行精确定量 人elisa试剂盒前 言水源中病源微生物的存在情况与人类健康息息相关（21，28）。传统的细菌培养检测方法不仅耗时，而且无法确定细菌的存活情况；PCR方法的应用便使上述问题得到了解决，并由此发展出多种针对水体病源微生物的检测方法（7，9，13）。但由于
HIV－RNA定量测定标准操作规程SOP文件
1、范围本章规定了测定HIV病毒载量常用方法的实验室条件、方法、结果判定以及应用,适用于血浆中HIV病毒载量的测定。2 、规范性引用文件Guidelines for the Use of Antiretroviral HIV-Infected Adults and Adolescents MMWR
中国科学院团队等建立单细胞轨迹推断技术
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/8/505899.shtm 7月31日，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所胡政课题组与厦门大学数学科学学院周达课题组合作，在国际学术期刊Nature Biotechnology（自然生物技术）发表
赵方庆团队开发环形RNA定量和差异表达分析新方法
2020年1月3日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-通讯》（Nature Communications）杂志上发表题为Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
**重建术概述
单侧或双侧**切除术后患者可以进行**重建术。**重建改善**切除术后的心理，社交，情感和功能障碍。对改善心理健康，自尊，**和身体形象具有积极作用。虽然进行**重建的总体数量在增加，但**切除术后接受重建的女性人数仍然很少。**重建率低的部分原因是患者治疗意愿不足以及外科医生只注重于乳腺疾病的治疗
前叉韧带重建
1963年，Jones 带骨的髌腱移植重建ACL。 1966，H.Brukner 首次使用胫骨骨道技术。 1980，Dandy 首次报道关节镜下重建ACL，Clancy进一步发展了关节镜下ACL自体移植技术。 过去20年，关节镜下ACL重建发生了一场***性进步。 微创、 ACL功
科学家揭示RNA聚合酶III转录起始动态过程
复旦大学研究员徐彦辉、青年研究员陈曦子团队，重建了人源RNA聚合酶Pol III转录起始的完整动态过程，揭示了转录因子与聚合酶催化活性协同驱动Pol III由转录起始向延伸过渡的分子机制，为理解真核短链非编码RNA合成的调控提供了关键结构基础。6月4日，相关研究发表于《自然》。RNA聚合酶（RNAP
传统反转录PCR法对mRNA的检测、分析及定量的方法
方法：传统反转录PCR目标RNA的类型：mRNA同时定量的目标RNA的数量：通常为一个，但是也可努力做到多重检测系统。用途：是检测目标RNA的高灵敏度方法，即使目标RNA在细胞中拷贝数很低也可检测。主要用于检测不同细胞和组织中mRNA的相对丰度。缺点：由于反转录PCR取决于反转录步骤和扩增步骤所使用
RNAseq综述（五）
第1阶段-测序读长的比对(alignment)与组装(assembly)测序完成后，分析的起点就是数据文件，这个数据文件包含了测序计数的碱基，这些数据文件通常是以FASTQ文件的格式存在。处理这些FASTQ文件最常见的第一步操作就是将测序读长回贴到已知的转录组上（或已经注释的基因组上），将每个测序读
RNA荧光（RiboGreen）定量检测试剂盒使用说明
主要用途 RNA荧光（RiboGreen）定量检测试剂是一种旨在通过使用RiboGreen荧光染料与样品中RNA的高度结合而产生荧光信号来精确定量样品中RNA含量的权威而经典的技术方法。该技术经过精心研制、成功实验证明的。其适用于各种分子生物学实验，例如体外转录RNA、Northern Bo
曹博团队联合MIT开创RNA绝对定量测序新技术
RNA高通量测序技术（RNA-seq）是研究基因表达与调控领域的重要技术手段。然而目前RNA测序技术只能实现相对定量，以及无法检测含表观遗传修饰或复杂高级结构的RNA分子，阻碍了RNA组学研究的进一步发展。 2021年4月15日，Nature Biotechnology 在线发表了曲阜师范大学
研究人员开发环形RNA定量和剪接体转换识别新方法
2020年1月3日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-通讯》（Nature Communications）杂志上发表题为Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
核酸扩增—转录介导的扩增技术(TMA)
TMA是一种利用RNA聚合酶和逆转录酶在约42℃等温条件下来扩增RNA或DNA的技术，其原理是带有T7 RNA聚合酶识别的启动子序列的启动子引物与模板退火经反转录形成RNA-DNA杂交分子，被反转录酶的RNase H活性水解形成单链RNA，然后与引物2退火，通过反转录合成双链DNA，在T7 RN
简述获得性免疫缺陷综合征(AIDS)的基因治疗
对于AIDS的基因治 疗方案，基本上是以逆转录病毒载体介导的方式，将抗病毒基因体外导入CD4+T淋巴细胞或CD34+的造血祖细胞，再回输体内。常用的抗病毒基因包括自杀基因、反义RNA、核酶、RNA诱饵的相应DNA序列以及调节蛋白或结构蛋白的突变体基因等。由于这些治疗基因不能到达巨噬细胞和多能干细
如何研究lncRNA？三位科学家现身说法
人生如戏，相信长链非编码RNA（lncRNA）也体会到了。之前一直遭冷遇，如今却是万人迷。其实，人类及其他哺乳动物的基因组转录了数万条lncRNA。根据GenCode数据库中最新版本的数据，人类基因组中包含16,000条lncRNA，产生了近28,000条转录本。再加上其他数据库的数据，目前已知
于军研究组：首次利用RNAseq解析小鼠乳腺转录组学
乳腺是哺乳动物特有的器官, 90%的发育过程集中在出生之后。近期来自中科院北京基因组研究所，中国科学院大学等处的研究人员首次利用RNA-seq技术对小鼠乳腺发育进行转录组学研究, 包括怀孕期、哺乳期和退化期小鼠乳腺的基因表达情况，并解析了怀孕哺乳周期乳腺的关键调控基因。 作为哺乳动
武汉植物园等长链非编码RNA调控基因转录研究获进展
长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)一般指长度大于200个核苷酸的非编码RNA，目前已在多种生物中发现了大量lncRNA，然而只有少数lncRNA的精细作用机理被阐明。 中国科学院武汉植物园汪志伟博士在植物种群遗传学科组王艇研究员支持和中国科学院留学
研究发现RNA测序新方法：检测亚细胞水平转录组空间分布
斯坦福大学研究团队在RNA测序方面取得突破性进展，发明了一种亚细胞水平转录组空间分布的RNA测序新方法，研究论文于近日在线发表于国际期刊Cell，论文标题为“Atlas of subcellular RNA localization revealed by APEX-Seq”。 该研究发明了一
Nature：RNA－修饰研究有助表观转录组学进一步发展
这是一个与 mRNA 结合的细菌核糖体的分子模式图，该核酸蛋白复合体正在合成蛋白质。 随着科研人员逐渐揭开 RNA 修饰的奥秘，帮助我们了解表观转录组学（epitranscriptomics）的工具也变得越来越多了。 2004 年，以色列特拉维夫大学（Tel Aviv University