我国学者成功挖掘和识别哺乳动物环形RNA功能
2019年3月19日，国际学术期刊Cell Reports 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为“Expanded expression landscape and prioritization of circular RNAs in mammals”的最新研究成果。该研究从人、猴和小鼠三个物种的44个正常组织中鉴定出大量环形RNA，其中超过70%的环形转录本实现了全长重建。利用这些数据，研究人员对环形RNA的多样性、保守性、剪接模式以及与线性RNA的成环比差异进行了多方位深入分析。研究人员还通过构建物种特异和保守的环形RNA和mRNA共表达网络，筛选具有潜在生物学功能的环形RNA。该研究为环形RNA领域的研究者提供了丰富的数据资源和高效筛选功能环形RNA的方法，对进一步深入了解环形RNA的功能和作用机制具有重要意义。 作为一类新型的内源性非编码RNA分子，环形RNA已经成为RNA研究中的......阅读全文
我国学者成功挖掘和识别哺乳动物环形RNA功能
2019年3月19日，国际学术期刊Cell Reports 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为“Expanded expression landscape and prioritization of circular RNAs in mammals”的最新研究
环形RNA获新研究进展
9月18日，国际著名学术期刊《细胞》在线发表了中科院上海生命科学研究院计算生物学伙伴研究所杨力课题组和生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲课题组关于环形RNA研究的最新进展。该研究成果首次阐明了互补序列对外显子来源环形RNA产生的调节机制，并进一步揭示了互补序列竞争性配对介导的可变环化调控，以全新的
环形RNA与线性RNA定量比较分析新系统CLEAR发布
1月15日，国际学术期刊Genomics,Proteomics & Bioinformatics在线发表了中国科学院－德国马普计算生物学伙伴研究所杨力研究组关于环形RNA研究的最新进展“CIRCexplorer3: A CLEAR Pipeline for Direct Comparison o
我国科学家发现环形RNA新功能
基因“暗物质”间接参与免疫调节 人类基因“暗物质”环形RNA (核糖核酸)又被“发掘”一项新功能。中科院生物化学与细胞生物学研究所与中科院—马普计算生物学研究所科研人员，合作研究发现了环形RNA及其生成调控过程参与抗病毒免疫反应，为环形RNA的功能和抗病毒免疫相关研究提供了新视角。日前，相关成
哺乳动物RNAi技术－Mammalian－RNA－Interference
Mammalian RNA InterferenceThomas TuschlLaboratory for RNA Molecular BiologyThe Rockefeller University, New York Excerpted from RNAi: A Guide To Gene S
北京生科院发表环形非编码RNA识别新技术
2月28日，国际学术期刊Briefings in Bioinformatics 发表了中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队题为Circular RNA identification based on multiple seed matching 的最新研究成果。因为目前在环形RNA识别方面存
北京生科院提出环形RNA全长转录本解析技术
4月12日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长
环形RNA：从“无名之辈”到“明日之星”
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516892.shtm动植物体内存在种类繁多的环形核糖核酸（circular RNA），其中以反向剪接产生的环形RNA含量最为丰富，因其具有独特的闭环结构，近期引发全世界科学家的关注。在国家自然科学基金重大
科研家提出环形RNA全长转录本解析技术
近日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长转录本解析
研究开发出高效环形RNA检测与定量工具
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）高远团队与动物研究所赵方庆团队，开发出面向TB级转录组数据的高效环形RNA检测与定量工具CIRI3，通过反向剪接序列比对与跨样本整合算法设计，实现了TB级数据的超高速处理，并可高灵敏识别低丰度及非传统剪接信号的新型环形RNA，突破了环形RNA大规模
北京生科院提出环形RNA识别的新方法
环形RNA是一类新报道的结构特殊的非编码RNA。近两年的研究发现，环形RNA在动物细胞内广泛存在，且大多位于基因的外显子区域。另有研究表明，少数环形RNA分子可以充当microRNA“海绵”，在转录后水平对基因表达进行调控。然而，目前绝大多数的环形RNA功能仍不明确，科学家们推测其可能与蛋白质及
哺乳动物细胞总RNA快速分离
试剂、试剂盒 尤钙镁离子磷酸缓冲盐溶液 EDTASDS 乙酸钠水平衡的苯酚 乙醇 Tris-Cl NaCL实验步骤 一 材料与设备1)尤钙镁离子磷酸缓冲盐溶液 (PBS) 2)10 mmol/L EDTA (pH8.0 ) 3)0.5% SDS 4)0. l mol/L 乙酸钠（p
哺乳动物细胞总RNA的分离
实验概要本实验介绍了从培养的单层哺乳动物细胞中分离RNA的实验程序，该程序同样适用于从悬浮培养的哺乳动物细胞中或从易于分散成单个细胞的哺乳动物组织中分离RNA。但不适用于从固体组织中提取RNA，因为用这种裂解细胞的方法（在SDS存在的条件下用蛋白酶K消化)去消化组织速度很慢，导致内源性RNA酶在被蛋
哺乳动物组织样品RNA的抽提
哺乳动物组织样品RNA的抽提最基本的要素是防止RNA在抽提过程中降解，以及尽可能得到最高的RNA抽提效率。以下介绍我们实验室认为最符合以上两个要素的抽提方法。一、实验材料：Trizol试剂（Invitrogen公司）研钵，匀浆器，镊子，铝箔都高温灭菌即可；二、具体过程：1、样品在离体后应迅速冷冻在液
哺乳动物细胞总RNA快速分离
试剂、试剂盒 尤钙镁离子磷酸缓冲盐溶液 EDTA SDS 乙酸钠 水平衡的苯酚 乙醇 Tris-Cl NaCL
哺乳动物细胞总RNA的分离
哺乳动物细胞总ＲＮＡ的分离细胞的裂解提取步骤注意事项 这一从培养的单层哺乳动物细胞中分离RNA的实验程序系为Favaloro 等（1980）所介绍程序的改良。该程序同样适用于从悬浮培养的哺乳动物细胞中或从易于分散成单个细胞的哺乳动物组织中分离RNA。但不适用于从固体组织中提取RNA，因为用这种裂解
分子细胞卓越中心发表关于环形RNA的综述文章
5月17日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲团队在Cell上，在线发表了题为Circular RNAs: characterization, cellular roles and applications的综述论文。该论文系统梳理了针对环形RNA研究的生物学技术手段，总结了其以非编码RN
北京生科院在环形RNA研究领域取得新进展
6月28日，国际学术期刊Nature Communications 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组实验室赵方庆团队题为Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing even
哺乳动物细胞胞质RNA的分离
试剂、试剂盒 冰冷的磷酸盐缓冲液 NaCl KCl Na2HP04•7H20 KH2PO4 冰冷的裂解缓冲液： LTris-HCl
2.1.2－哺乳动物细胞总RNA快速分离
利用 SDS 裂解细胞 ，并用酸性苯酚分级提取细胞总 RNA, 这是一种适合于处理 mRNA 含量相对较低、内源性 RNase 活性较髙的细胞的方法，该方法 RNA 损失极少，简便易行 ，可同时处理多个样品。对大多数细胞株来说，在一个直径 90mm 培养皿中培养细胞 ，其 RNA 收率为 100〜2
哺乳动物细胞胞质RNA的分离
试剂、试剂盒 冰冷的磷酸盐缓冲液 NaClKCl Na2HP04•7H20 KH2PO4 冰冷的裂解缓冲液： LTris-HCl NaCl MgCL2 NkmidetP-40 胎盘 RNase 抑制剂 SDS 蛋白酶 K 酚 氯 仿 异戊醇 乙酸钠 (DEPC 处理） 无水乙醇 乙醇 乙酸钠
研究揭示环形RNA促进相分离调控肿瘤发展分子机制
环形RNA是由pre-mRNA通过反向剪接形成的闭合环状RNA分子，在生物体内可发挥miRNA海绵、结合蛋白以及翻译成短肽等分子功能来调控各种生理和病理过程。与线性mRNA相比，环形RNA独特的环状结构使其具有更高的稳定性，在细胞内可更稳定地存在。因此，环形RNA更适合作为肿瘤的分子标志物及治疗
北京生科院建立单细胞环形RNA分析技术及表达图谱
环形RNA是一类在真核细胞中广泛存在的内源性非编码RNA分子，在生物体发育过程中发挥重要作用。之前研究已在不同物种中鉴定出数百万个环形RNA分子，并产生了大量用于揭示生物体组织表达模式的环形RNA数据资源。然而，由于大多数环形RNA表达量较低，传统的转录组测序方法无法表征单个细胞环形RNA表达谱
2.1.3－哺乳动物细胞胞质RNA的分离
下述方法是纯化组织培养细胞胞质 RNA 的 简便并行之冇效的方法 ，此方法出现在 RNA 分离的较早阶段，主要步骤即离心去除细胞核试剂、试剂盒冰冷的磷酸盐缓冲液NaClKClNa2HP04•7H20KH2PO4冰冷的裂解缓冲液： LTris-HClNaClMgCL2NkmidetP-40胎盘RNas
生科院提出环形RNA内部序列结构可视化新方法
1月18日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队于Bioinformatics 杂志上在线刊发了题为Visualization of circular RNAs and their internal splicing events from transcriptomic data 的研究。该研
中国科学院动物所团队综述环形RNA药物设计
环形 RNA（circular RNA,circRNA）是一类广泛存在于真核细胞中的内源性非编码 RNA 分子，在生物体发育过程中发挥着重要作用。其独特的环状结构使其免受外切酶降解，因此比线性 RNA 更加稳定。自 2010 年代初以来，circRNA 在 RNA 适配体、 guide RNA 等领
上海生科院发表关于神经系统环形RNA研究的专评
6月4日，国际学术期刊《分子细胞》（Molecular Cell）在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所研究员陈玲玲和计算生物学研究所研究员杨力题为Gear up in circles的专评，对当期Molecular Cell 和4月刊Nature Neuroscien
哺乳动物细胞(mammalian－cell)总RNA的分离1
哺乳动物细胞总ＲＮＡ的分离细胞的裂解提取步骤注意事项这一从培养的单层哺乳动物细胞中分离RNA的实验程序系为Favaloro 等（1980）所介绍程序的改良。该程序同样适用于从悬浮培养的哺乳动物细胞中或从易于分散成单个细胞的哺乳动物组织中分离 RNA。但不适用于从固体组织中提取RNA，因为用这
哺乳动物细胞(mammalian－cell)总RNA的分离2
3）于0℃以5000g离心10分钟沉淀RNA，弃上清，用含0.1mol/L 乙酸钠（pH5.2）的70％乙酸洗涤沉淀，用自动微量移液器尽可能将乙醇吸尽， 随后于室温放置几分钟，晾干沉淀。切勿抽干沉淀，因为干的核酸沉淀很难溶解。4）每个直径为90mm的培养皿或每107细胞加 200μl 50mmol/
哺乳动物毕竟也能用RNA来对抗病毒
关于哺乳动物是否使用抗病毒的RNA干扰(RNAi)来防御病毒一直备受争议。 哺乳动物是否会如同植物那样用一种叫做RNA干扰的通路来制服病毒一直饱受争议，现在，2项研究显示，某些哺乳动物细胞确实是这样做的。这一发现可为研究哺乳动物宿主中病毒性病原体的控制提供一种崭新的方法。RNA干扰或RNA