PacBio技术助力两种水生生物的基因组组装
对于吃货而言，水生动物是餐桌上的美味。对于科学家而言，它们则具有重要的研究价值。了解它们如何适应不同的环境条件，对水产养殖业而言具有重大意义。为此，科学家们近日对两种水生动物进行了基因组组装。 章鱼一向给人一种聪明的感觉。凭借其复杂的大脑、感觉器官和神经系统，章鱼可以带给我们一些关于学习、记忆和适应性的知识。不过，尽管它们具有进化和经济意义，但它们的基因组信息仍局限于少数物种。 为了填补这一空白，韩国多个机构的研究人员利用PacBio技术对长臂章鱼（Octopus minor）的DNA和RNA进行测序，组装了这个新兴模式物种的基因组，并将结果发表在《GigaScience》杂志上。 长臂章鱼出现在韩国、日本和中国的海滩上，已经成为年产量最高的渔业产品。它们通常处于恶劣的环境条件中，面临温度变化、盐度变化、不同的氧气供应和潮汐变化。如何适应不同的环境条件，这成为研究人员感兴趣的课题。 于是，韩国海洋生物多样性研究所的H......阅读全文
植物线粒体基因组组装新工具研发成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494540.shtm近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所绿色轻简超级稻遗传解析与分子育种创新团队开发出一套新型植物线粒体基因组组装工具GSAT。该工具能够快速组装图形化植物线粒体基因组，更好地评估其泛
中国农大玉米基因组组装取得重大突破
玉米是一种重要的作物，具有高水平的基因组多样性和杂种优势。先前发布了典型雌性系B73的基因组序列。7月30日，中国农业大学教授赖锦盛研究组在Nature Genetics在线发表研究论文，报告了相应的雄性代表系Mo17的从头基因组装配。图片源自网络 B73/Mo17是许多遗传和分子研究中最常见
中国科研人员“组装”基因－破解水稻高产、好吃矛盾
记者1月18日从中科院合肥物质科学研究院获悉，该院科研人员通过8年攻关，将水稻中的高产和优质基因筛出，重新“组装”改良水稻品种，破解了水稻“高产不好吃、好吃不高产”的难题。 中科院合肥物质科学研究院技术生物所刘斌美副研究员介绍，品种是影响稻米口感最关键的内因，生长环境、气候条件以及栽培技术等是
Nature：胚胎发育早期基因组的组装特征
最新研究表明，卵母细胞受精后立即会出现DNA活性和非活性区域的分化，该现象甚至在基因被激活之前就已经出现。该研究将有助于更好地了解单个受精卵母细胞发育成由许多不同细胞类型组成的完整生物体的机制。相关结果发表在Nature杂志上。受精卵最终会发育成一个完整的，由数万亿个具有多种功能的细胞组成的有机
希望组自主三代组装软件NextDenovo最新版本全球学术开源
希望组面向全球释放三代测序数据高效纠错、组装软件NextDenovo最新版本V2.0-beta.1 （https://github.com/Nextomics/NextDenovo），并免费开放用于学术和其他非商业用途。据悉，本次希望组发布的最新版本NextDenovo是专为三代测序数据开发的纠
美国研究人员成功解码学习能力相关基因
生物探索网站报道 据外媒报道，有科学家称，他们组合了一条更完整的基因链条，这个基因链条可以控制鹦鹉模仿主人和其他声音的能力。 研究者用一种新技术分解了鹦鹉的基因组中的某个区域，进行了单分子测序，并用来自较早的DNA解码设备的数据对其进行了纠错。研究者还解码了来自玉米和细菌的难以测序的基因物
首个三倍体栽培香蕉T2T参考基因组发布
近日，中国科学院华南植物园、热带作物生物育种全国实验室–中国农业科学院深圳农业基因组研究所和广西民族大学合作，首次报道了三倍体栽培香蕉的高质量分型参考基因组。相关成果在线发表于《园艺研究》。 香蕉是当今世界产量最高的水果。三倍体香蕉是全球栽培香蕉的主力军，其中Cavendish香蕉因为易于运输
甘蓝型油菜黄籽性状遗传基础被揭示
记者黄汉鑫、张国圣日前从西南大学油菜分子生物学研究团队获悉，该团队通过甘蓝型油菜黄籽GH06和黑籽中油821高质量基因组的组装，围绕控制种皮色泽主效QTL区间，成功克隆了一个控制油菜种皮色泽重要基因，并解析了其参与调控种皮色泽形成和类黄酮代谢的分子机制，为油菜品质性状改良提供了新的分子策略。
茄子基因组研究迈入高清时代
10月31日，由广西农业科学院蔬菜研究所研究员王益奎领衔的研究团队，于生物学论文预印本服务器BioRxiv在线发布了染色体级别的高质量茄子基因组序列。该团队采用PacBio测序技术，结合Dovetail Hi-C建库技术与HiRise组装算法，获得了目前连续性最好的茄科作物基因组，标志着茄子基
茄子基因组研究迈入高清时代
10月31日，由广西农业科学院蔬菜研究所研究员王益奎领衔的研究团队，于生物学论文预印本服务器BioRxiv在线发布了染色体级别的高质量茄子基因组序列。该团队采用PacBio测序技术，结合Dovetail Hi-C建库技术与HiRise组装算法，获得了目前连续性最好的茄科作物基因组，标志着茄子基因
“鹦鹉学舌”基因被解码亦有望解释癌细胞
据外媒报道，有科学家称，他们组合了一条更完整的基因链条，这个基因链条可以控制鹦鹉模仿主人和其他声音的能力。 研究者用一种新技术分解了鹦鹉的基因组中的某个区域，进行了单分子测序，并用来自较早的DNA解码设备的数据对其进行了纠错。研究者还解码了来自玉米和细菌的难以测序的基因物质，以此来证明他们
金唯智引入Illumina－X10及PacBio测序平台－深化基因组领域业务
近日，金唯智宣布引进全球最高通量的测序平台Illumina HiSeq X-10及最新的单分子基因测序系统PacBio Sequel。这些新平台的加入使得金唯智拥有市场上最先进的高通量测序平台，从而全面加强金唯智在基因组学研究、精准医疗与其它应用领域里的服务范围和能力。 新平台能为客户减低成本
DNA测序40周年：DNA测序的过去、现在和未来（上篇）
在DNA测序过去的40年中，我们见证了诸多技术的变革和测序规模的极度增长。从几千个碱基到第一个人体基因组，乃至当前数以万计的人体和无数其它的基因组。包括作为大量分子现象的“计数器”在内，DNA测序被广泛和创造性地应用于各个领域。从长远来看，我们可以预测DNA测序技术所带来的影响将会与显微镜的使用
三款热门新一代测序仪的比较
生物通报道 来自英国Wellcome Trust Sanger研究院的研究人员对市场上三款热门测序仪(Ion PGM、PacBio RS、MiSeq)的性能进行了比较。该成果发表在7月24日的《BMC Genomics》上。 蓬勃发展的新一代测序(NGS)技术彻底改变了基因组学和遗传学
蒲瓜基因组组装和果实生长发育调控研究获进展
广东省农业科学院蔬菜研究所瓜类研究一室与北京市农林科学院研究员左进华团队合作，在广东省农业科学院科技创新战略专项资金（高水平农科院建设）项目等的资助下，研究揭示了蒲瓜基因组组成和进化关系及果实生长发育的分子调控机制。相关成果近日在线发表于《园艺研究》（Horticulture Research）。广
农科院种质资源所解析绿豆基因组及驯化机制
种质资源所农作物种质资源收集保护和评价创新团队在绿豆（Vigna radiata）基因组组装及驯化机制研究上取得新进展。研究论文“Telomere-to-telomere, gap-free genome of mung bean （Vigna radiata） provides insights
单分子测序助力细菌甲基化组的分析
New England Biolabs联合Pacific Biosciences的研究人员利用PacBio RS系统对6种细菌基因组进行了重测序，不仅鉴定出细菌基因组中新的胞嘧啶和腺嘌呤甲基化位点，还鉴定出介导这些表观遗传学标志的甲基转移酶。该研究成果近日发表在《Nucleic Acid
PacBio如何获得又长又准确的reads
Pacific Biosciences公司近日以单分子环形一致性测序（CCS）为基础开发出一种方案，能够在Sequel测序平台上生成高度准确的长reads。这种方法有望克服短读长测序的读长不足以及长读长测序的准确性有限的问题。 这篇题为“Highly-accurate long-read se
20－年前人类基因组测序时遗漏的－8％－的基因组被补全！
人类基因组计划（Human Genome Project, HGP）被誉为生命科学的 “登月计划”。2001 年，由 HGP 和 Celera 公司之间相互竞争而又各自独立完成发表了人类基因组草图，被认为是一大里程碑。 而现在，这项成就可能即将被超越，因为以前的所有草案都遗漏了约 8% 的基因
节瓜基因组组装和强雌性状基因挖掘研究获新进展
近日，广东省农业科学院蔬菜研究所瓜类研究一室与中国水稻研究所副研究员鲁宏伟合作，在节瓜基因组组装和强雌性状基因挖掘研究方面取得新进展。相关成果发表于《园艺研究》（Horticulture Research）。节瓜A36基因组组装。研究团队供图节瓜属葫芦科冬瓜属冬瓜种，是华南特色蔬菜作物，其营养丰富，
细菌微生物检测真空抽滤系统使用组装指南
L400-S1微生物检测真空抽滤系统是适合用于进行细菌、微生物限度检测的一款辅助工具，可以通过滤膜法将微生物和细菌截留在滤膜上，以便进行下一步的培养和计数。下面介绍该设备的具体操作和使用方法：将黑色的防溢逆止阀插入真空抽吸集液接收瓶内的接口，逆止阀可以防止废液瓶满忘记倾倒时大量液体涌出吸入泵内的情况
《应用化学》－中科院化学所－生物分子马达组装
近日，在中国科学院、科技部和国家自然科学基金委的支持下，胶体、界面与化学热力学院重点实验室的研究人员与德国马普胶体界面研究所合作在生物分子马达的分子组装方面取得新进展，研究工作发表在近期出版的德国《应用化学》（Angew. Chem. Int. Ed. (2007, 46, 6996-7000)）
体内原位自组装的新型生物纳米材料助力肿瘤治疗
随着纳米生物技术和纳米医药的发展，生物活性分子体内原位构筑超分子组装体的概念越来越受人们的重视。实现对聚合物的可控组装调控，对改进材料在体内的生物效应和安全性，具有重大意义。但是，由于生物医用材料在体内的生物过程极其复杂，如何实现聚合物在病生理条件下的组装调控，是医用高分子领域极具挑战性的科学问
新研究揭示微生物群落组装机制
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/11/511972.shtm中山大学中山医学院教授丁涛团队研究揭示了人类口腔生物被膜（OBM）菌群过程中的纵向时序群体感应网络，并通过实验验证了细菌群体感应网络在预测和操纵菌群装配过程中的有效性。近日，相关成果
细菌微生物检测真空抽滤系统使用组装指南
L400-S1微生物检测真空抽滤系统是适合用于进行细菌、微生物限度检测的一款辅助工具，可以通过滤膜法将微生物和细菌截留在滤膜上，以便进行下一步的培养和计数。下面介绍该设备的具体操作和使用方法：1.将黑色的防溢逆止阀插入真空抽吸集液接收瓶内的接口，逆止阀可以防止废液瓶满忘记倾倒时大量液体涌出吸入
百迈客PacBio基因公司联合实验室建立开启三代测序新布局
12月27日，北京百迈客生物科技有限公司与PacBio、基因有限公司举行了联合实验室揭牌仪式。北京百迈客生物科技有限公司创始人、董事长兼CEO郑洪坤先生，PacBio公司 Senior Director of Sales -North Asia（北亚区高级销售总监）牟德宜女士；基因有限公司仪器事
第三代测序技术：PacBio单分子测序最新科研动态
DNA基因测序技术从上世纪70年代起，历经三代技术后，目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域，并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计，2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿，按最近几年增长
北京生科院提出基因组重复区域组装新算法
2016年12月，国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为The combination of direct and paired link graphs can boost repetitive
真核基因组的组装，有纳米孔就够了
生物通报道 农业生物技术公司KeyGene近日只利用纳米孔测序仪MinION生成的序列，组装了立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）的基因组。立枯丝核菌是一种农业害虫，感染一些重要的经济作物，包括玉米、水稻和大豆。 在BioRxiv网站的预印本上，KeyGene的Martin de
国家纳米中心利用核酸自组装结构实现基因药物递送
基因治疗是一类在疾病发生的最根本层面上实现相关治疗的研究策略。现已上市的基因治疗药物大多是以病毒为载体实现基因递送的。病毒载体的引入无疑会引起人们对该类治疗体系的生物安全性产生顾虑。因此，发展生物相容的基因递送载体就显得越来越重要，并且成为具有挑战性的前沿课题之一。近年来发展起来的DNA折纸纳米