PacBio技术助力两种水生生物的基因组组装
对于吃货而言，水生动物是餐桌上的美味。对于科学家而言，它们则具有重要的研究价值。了解它们如何适应不同的环境条件，对水产养殖业而言具有重大意义。为此，科学家们近日对两种水生动物进行了基因组组装。 章鱼一向给人一种聪明的感觉。凭借其复杂的大脑、感觉器官和神经系统，章鱼可以带给我们一些关于学习、记忆和适应性的知识。不过，尽管它们具有进化和经济意义，但它们的基因组信息仍局限于少数物种。 为了填补这一空白，韩国多个机构的研究人员利用PacBio技术对长臂章鱼（Octopus minor）的DNA和RNA进行测序，组装了这个新兴模式物种的基因组，并将结果发表在《GigaScience》杂志上。 长臂章鱼出现在韩国、日本和中国的海滩上，已经成为年产量最高的渔业产品。它们通常处于恶劣的环境条件中，面临温度变化、盐度变化、不同的氧气供应和潮汐变化。如何适应不同的环境条件，这成为研究人员感兴趣的课题。 于是，韩国海洋生物多样性研究所的H......阅读全文
Nature－Methods：De－Novo基因组序列组装的新方法
对于de novo人类基因组序列组装而言，短读长简直意味着不可能的任务。不过，加州大学旧金山分校、BioNano Genomics和10X Genomics的研究人员近日开发出一种新的组装方法，它将short-read测序与10X的linked-read测序相结合。这项成果于近日发表在《Natu
解析四倍体攸茶（Camellia－meiocarpa－Hu）单倍型基因组
在植物的奇妙世界里，油茶作为重要的木本食用油料植物，有着超 2300 年的栽培历史，其用途广泛，在全球粮食危机的大背景下愈发受到关注。攸茶（Camellia meiocarpa Hu）是其中一员，它叶茂花大果丰，极具农业利用潜力。然而，四倍体攸茶的染色体水平基因组数据匮乏，且多倍体油茶物种高质量基因
纳米孔测序技术
测序长度和准确率的快速提升使得纳米孔测序有望颠覆DNA测序市场。纽约威尔康奈尔医学院的计算生物学家Christopher Mason喜欢在会议上表演一个“绝活”：他和同事先从志愿者手机上收集DNA样本，然后就能在一个小时内现场进行谱系分析，甚至叙述志愿者一天的生活细节。“我们能从留在手机上的DNA信
单分子实时测序技术的三大优势
Biosciences的单分子实时测序技术(SMRT)因其出色的读长而引人注目。然而，因通量较低，且一直被错误率高的流言所困扰，SMRT技术似乎有些被忽视。近日，几位著名科学家在《Genome Biology》杂志上发表文章，试图消除这些误解，为SMRT正名。 这篇文章的通讯
动物性染色体起源新假说，首个鱼类Y染色体整图谱出炉
2021年7月12日，福建省淡水水产研究所薛凌展团队联合福建师范大学、华中农业大学和维也纳大学等单位，在Genome Biology 在线发表题为“ Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin o
2018年基因组测序盘点——各种新鲜的植物
作为人类的主要食物，植物在我们的生活中扮演着重要角色。然而，由于植物基因组比较大，表现出多种倍性，还存在着大量的重复区域，故植物基因组的测序工作一直进展缓慢。 如今，得益于新型的测序技术，比如PacBio和Oxford Nanopore的长读长测序技术，许多植物在2018年收获了基因组，或者说
Illumina与PacBio测序数据帮助质体基因组多样性演化机制
近日，中科院植物研究所研究员张宪春、副研究员向巧萍等揭示了自养维管植物中目前已知最特异的质体基因组。相关研究成果发表于《植物学报》。近年来质体基因组研究揭示了复杂多样的结构和序列变异，对教科书上经典的四分体结构提出了挑战。质体基因组多样性演化的机制常被笼统地诉诸于DNA修复系统可能存在缺陷。科研人员
－Pacbio单分子实时测序技术于药用植物基因组研究应用
药源短缺成为限制临床治疗和新药研发的最大瓶颈，因此，开发新的药物来源途径是迫切需要解决的问题。利用现代生物技术和次生代谢工程手段是未来生产药物最有潜力的发展方向。我国药用植物有1 万多种，大多数药用植物遗传背景不清楚，基因组信息缺乏，遗传信息和功能基因的研究亦极为薄弱。例如人参属（Panax）
我国科学家发布海带高质量染色体水平参考基因组
近日，中国科学院海洋研究所海藻种质库团队在大型海藻基因组学研究方面取得重要突破，成功构建了海带的高质量染色体水平参考基因组。该成果发表在国际期刊《科学数据》。这是该团队在海洋经济藻类基因组研究领域取得的又一重要成果，为海带的遗传改良和基因组学研究提供了关键资源。海带孤雌生殖孢子体基因组组装 海洋
如何精准检测评估基因组组装质量？
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510594.shtm
无缺口组装！水稻完整参考基因组发布
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合海南崖州湾实验室、中国水稻研究所、中国农科院作物科学研究所和扬州大学等多个单位发布完整的水稻参考基因组，实现了全基因组所有染色体端粒到端粒无缺口组装，为水稻育种研究提供了新的有力工具和重要大数据基础。相关研究成果发表在《分子植物》（Molecular
基因组组装可缩短至几分钟？
当今，研究人员通常依赖新一代测序仪，将独特的DNA碱基序列（只有四个）翻译成字母：A，G，C和T。而DNA链长达数十亿个碱基，这些机器可产生非常短的读数，一次大约50至300个字符。为了从这些字母中提取信息，科学家们需要重建基因组的位置——这个过程类似于重建一本书中文本片段的句子和段落。 但
新篇章：单细胞基因组从头组装
随着单碱基精度和读取长度的提高，利用批量样本的单分子长读测序技术已广泛应用于基因组组装。通常，长读测序组装需要大量的DNA(通常来自数百万个细胞的几微克)，因此大多数人类基因组组装被限制在批量基因组测序数据集，而没有保持单个细胞之间潜在的遗传异质性。然而，这在许多情况下是不切实际的。相比之下，单细胞
首个野生大豆高质量参考基因组被解析
近日，香港中文大学林汉明教授团队及华大基因等多家国内外机构合作完成了全球首个野生大豆高质量参考基因组解析，该成果为挖掘野生大豆遗传资源和改良、优化栽培大豆品种提供了重要工具。相关研究成果近日在线发表于《自然-通讯》。图片来源于网络 基因组信息是当前作物改良计划的重要基础。过往大豆基因组研究主要
马里兰大学获FDA合同－通过两种NGS技术测序病原体
美国马里兰大学医学院基因组科学研究所(IGS)近日获得美国FDA的一份研究项目合同，利用两种高通量测序技术对细菌病原体进行测序、组装和注释，以支持公共参考数据库的扩展。 据介绍，这个项目将持续两年，目标是产生序列草图，让其他研究人员能够用来开发和评估基于NGS的体外诊断，以鉴定病
鱼和熊掌兼得，PacBio获得高度准确的长reads
如今，人类基因组的测序已经达到群体规模，但仍需要结合不同的测序技术（短读长和长读长），才能覆盖各种类型的遗传变异。这无疑增加了测序项目的成本和复杂度。为此，Pacific Biosciences公司的研究人员开发出一种方案，能够在Sequel测序平台上产生高度准确的长reads。 如今，人类基
张启发院士Nature子刊发表水稻基因组成果
9月13日，在Nature旗下的开放获取杂志《Scientific Data》发表的一项研究中，来自华中农业大学和美国亚利桑那州大学的研究人员，用PacBio的long read测序数据和Illumina双末端测序数据，构建了两个籼稻参考基因组。 我国著名的植物遗传和分子生物学家，华中农业大学
生物大分子纳米结构工程：从精确组装到精准生物传感
生物传感器是一类集成生物识别元件（如酶、抗体或核酸等）和物理、化学换能模块的器件（信号转导易与细胞中的信号转导混淆）。生物传感器已经广泛用于家庭监护和现场检测，目前的穿戴式和床边检测（POCT）生物传感研究可能对疾病监控模式产生深刻影响。然而，有别于均相反应体系，生物传感器本质上是一个异相界面反应过
北大汤富酬团队首次在单细胞水平上从头组装人类基因组
基因组组装受益于具有更高准确性和更高连续性的长读长测序技术。然而，大多数人类基因组组装需要来自同质细胞系的大量 DNA，而不会保持细胞异质性，因为细胞异质性会严重影响单倍型组装结果。 2022年7月12日，北京大学汤富酬团队在Nucleic Acids Research （IF=19）在线发表
萝卜基因组组装与抽薹性状遗传调控机理解析研究新进展
近日，南京农业大学作物遗传与种质创新利用全国重点实验室、园艺学院萝卜遗传育种团队在植物学领域权威期刊Plant Biotechnology Journal 在线发表了题为“A chromosome-level genome assembly of radish （Raphanus sativus
PacBio单分子测序最新科研动态
DNA基因测序技术从上世纪70年代起，历经三代技术后，目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域，并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计，2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿，按最近几年增长
PacBio单分子测序最新科研动态
DNA基因测序技术从上世纪70年代起，历经三代技术后，目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域，并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计，2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿，按最近几年增长速度
罗氏联手PacBio打造NGS诊断产品
美国Pacific Biosciences公司周三宣布与罗氏诊断签订一项协议，以PacBio的SMRT技术为基础开发诊断产品。包括前期、里程碑和供应付款在内，罗氏将向PacBio支付7500万美元。 罗氏选择了PacBio公司的SMRT技术 去年，罗氏曾向 Illumina发起收
分析比产生更快？中国“智”造全基因组组装算法
10年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 12月10日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 论文作者、中国农业科学院农业
《自然—方法学》发表媲美基因组测序速度的组装算法。
10年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 12月10日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 论文作者、中国农业科学院农业
PacBio－RS－II测序仪革新HLA检测分型技术[创新技巧]
PacBio RS II测序系统一经推出，其长读长、单分子碱基分辨率及无GC偏好性的特征即受到广大研究者的推崇，尤其是在HLA检测分型领域，国际上权威HLA检测分型机构相继引进PacBio RS II测序技术进行相关服务或试剂盒的研发，推起了PacBio在HLA研究应用领域的高潮。 His
Nature－Genetics：多种技术解析草莓基因组
近日，美国密歇根州立大学和加州大学戴维斯分校的研究人员组装出近乎完整的栽培草莓基因组，并揭示了这种复杂的异源多倍体的起源和进化过程。 一转眼又到了草莓上市的季节。这种小巧可爱的果实有着酸甜可口的味道，可搭配出各种各样的美妙滋味。不过，对于草莓的基因组，你又了解多少？ 世界各地广泛种植的凤梨草
我国科学家公布世界首个藏羚染色体水平高质量基因组
14日，记者从中国科学院西北高原生物研究所获悉，该研究所张同作研究员联合青海大学魏青副教授等团队，成功组装了藏羚染色体级别的基因组，首次获得藏羚染色体水平的高质量基因组和注释信息，为藏羚的适应进化遗传机制、保护遗传学研究及进一步探索物种迁徙行为的遗传机制提供了重要基因组资源。相关结果发表在《自然》旗
研究人员完成枣和酸枣单倍型基因组组装
近日，西北农林科技大学林学院红枣团队黄建研究员课题组以我国制干枣主栽品种‘骏枣’和著名“秦药”代表清涧酸枣为研究材料，整合了PacBio HiFi、ONT ultra-long和Hi-C等多种先进测序技术以及多种组装策略完成了枣和酸枣T2T gap-free和T2T gap-free单倍型基因组的组
植物线粒体基因组组装新工具研发成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494540.shtm近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所绿色轻简超级稻遗传解析与分子育种创新团队开发出一套新型植物线粒体基因组组装工具GSAT。该工具能够快速组装图形化植物线粒体基因组，更好地评估其泛