BioTechniques：从外周血中分离cfDNA的高通量方法
传统的ctDNA纯化方法首先要通过离心，从全血中分离出血浆，这一步妨碍了自动化的实施。为此，加拿大迈克•史密斯基因组科学中心的研究人员开发出一种方法，能够高通量地分离ctDNA。 在液体活检中，人们通常需要对游离的循环肿瘤DNA（ctDNA）进行分析。传统的ctDNA纯化方法首先要通过离心，从全血中分离出血浆，这一步妨碍了自动化的实施。为此，加拿大迈克•史密斯基因组科学中心的研究人员开发出一种方法，能够高通量地分离ctDNA。这项成果发表在《BioTechniques》二月刊上。 液体活检，这种新兴技术有望改变癌症检测和疾病监控。ctDNA是片段化的DNA，由癌细胞在凋亡或坏死过程中释放到血浆。通过检测ctDNA，医生有望发现癌症复发或转移的线索。目前，基于ctDNA的新一代测序检测已引入科研和临床实验室。 对于这些检测而言，第一步当然是纯化ctDNA。传统的方法需要先通过离心从全血中分离出血浆。不过，离心不仅是耗时费......阅读全文
BioTechniques：从外周血中分离cfDNA的高通量方法
传统的ctDNA纯化方法首先要通过离心，从全血中分离出血浆，这一步妨碍了自动化的实施。为此，加拿大迈克•史密斯基因组科学中心的研究人员开发出一种方法，能够高通量地分离ctDNA。 在液体活检中，人们通常需要对游离的循环肿瘤DNA（ctDNA）进行分析。传统的ctDNA纯化方法首先要通过离心，从
高效构建60120－bp－短片段－cfDNA－文库的方法
简介：从血浆中分离的cfDNA（游离DNA）能够在创新式的非入侵条件下提供极具价值的基因组信息。cfDNA片段的大小主要集中于170bp，即缠绕一个核小体的DNA片段。越来越多的研究认为更短的cfDNA片段（40-170bp）保留着关于胎儿、肿瘤相关拷贝数变异和细胞起源的基因组信息（Jiang
Solexa高通量测序方法
高通量测序发展的背景基因决定了一个人的相貌、身高甚至疾病，它存在于每个人体细胞的ＤＮＡ中。而组成ＤＮＡ的基本物质则是由Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ表示的４种碱基，一个人的基因组测序就是排列出其ＤＮＡ上所有碱基的顺序。如果每个人都能拥有一份属于自己的基因组图谱，那么科学家们长期以来期待的“个性化医疗时代”就会可能成
如何有效分离提取cfDNA用于检测？
说起肿瘤、癌症，已经不再像多年前一样让谈癌色变，但仍旧为人们所恐惧。成功治疗肿瘤还是以早发现早治疗为主。那么尽早检测和发现肿瘤便是首当其冲的核心。液体活检(Liquid biopsy)的检测方法，可以捕获到进入血液的其它细胞或DNA，从而替代了疾病的诊断，例如肿瘤。最近比较火热的液体活检有：cf
追踪血液足迹，新方法有望利用血液cfDNA准确诊断癌症
尽管组织活检仍然是确诊癌症的金标准，但是来自血浆的侵入性较低的液体活检正成为越来越可靠的癌症筛查和分期工具。液体活检性能的基础是伴随正常细胞更新的DNA脱落。在癌症患者中，无细胞DNA（cell-free DNA, cfDNA）的数量会随着肿瘤负荷的增加而增加，这是因为起源于癌症的DNA代表了最
液态活检的“当家花旦”：cfDNA和CTC
液态活检（liquid biopsy）已经成为临床肿瘤学的一门“显学”，其学术意义和临床应用前景也越来越明朗。液态活检按照检测对象分类，主要可以分为核酸层面的ctDNA和细胞层面的循环肿瘤细胞（CTC）。 胰腺导管腺癌（pancreatic ductal adenocarcinoma, P
GRAIL癌症早筛：利用cfDNA甲基化分析方法可溯源20余种癌症
2019年9月27日，欧洲肿瘤内科学会（ESMO）年会在西班牙巴塞罗那拉开帷幕。ESMO是欧洲最负盛名和最具影响力的肿瘤学会议，众多临床机构及领先企业在本届年会上公布了肿瘤领域的最新转化研究及临床实践数据。 9月28日，美国癌症早筛公司GRAIL在ESMO年会上重磅发布了该公司基于cfDNA的
华大智造测序平台占比首次超过illumina！
近日，国家卫生健康委临床检验中心向参加血液mNGS室间质评的实验室公布了“2023年全国血液微生物cfDNA宏基因组高通量测序室间质量评价预研活动结果报告”。医业观察从多家机构证实此事。报告显示，参加血液mNGS室间质评的实验室中，采用华大智造测序平台的数量是使用illumina（因美纳）测序平
TILLING高通量点突变筛选方法
TILLING-高通量点突变筛选方法 反向遗传学方法是功能基因组研究的重要方法。为了克服传统的基因敲除方法的局限性，TILLING（Targeting Induced Local Lesions In Genomes）技术通过化学诱变的方法产生的大量点突变个体，可以对部分功能缺失的基因及基因
敏感检测癌症DNA甲基化技术，有望改进非侵入式癌症检测
检测肿瘤释放进入血液中的游离DNA（cfDNA，cell-free DNA）的突变是一种极具潜力的癌症检测方法。然而这类检测的敏感性和准确性及其检测早期癌症的能力目前仍然处于低水平。一种潜在的替代方法是检测cfDNA上的甲基化水平，因为在肿瘤中，DNA甲基化水平会发生显着的变化。 早期的全基因
基因是否表达：cfDNA全基因组测序可揭晓
《Nature Genetics》杂志上的研究表明，血循环游离DNA（cfDNA）可提供线索来预测基因的表达。 全基因组测序就能知道基因是否表达 基因表达(gene expression)是指细胞在生命过程中，把储存在DNA顺序中的遗传信息经过转录和翻译，最后转变成具有生物活性的蛋白质分子的
用于肝癌特异性筛查的全基因组cfDNA片段化特征检测方法
肝癌的发病率和死亡率在癌症中位居前列，全世界每年新增病例超过90万，死亡病例超80万。在所有肝癌病例中，肝细胞癌 (HCC)占比约90%，对肝细胞癌高危人群进行有效、高灵敏度的筛查显得尤为重要。目前对肝癌高危人群早筛的方法是肝脏超声检查和血清甲胎蛋白（AFP）监测，其筛查灵敏度从47%-84%不
用于肝癌特异性筛查的全基因组cfDNA片段化特征检测方法
肝癌的发病率和死亡率在癌症中位居前列，全世界每年新增病例超过90万，死亡病例超80万。在所有肝癌病例中，肝细胞癌 (HCC)占比约90%，对肝细胞癌高危人群进行有效、高灵敏度的筛查显得尤为重要。目前对肝癌高危人群早筛的方法是肝脏超声检查和血清甲胎蛋白（AFP）监测，其筛查灵敏度从47%-84%不
高通量筛选技术的实验方法介绍
高通量筛选的实验方法分子水平和细胞水平的实验方法（或称筛选模型）是实现药物高通量筛选的技术基础。由于药物高通量筛选要求同时处理大量样品，实验体系必须微量化，而这些微量化的实验方法应根据新的科研成果来建立。第四军医大学周四元研究认为，药物高通量筛选模型的实验方法，根据其生物学特点，可分为以下几类：
高通量组织研磨仪的使用方法
1、将仪器放置在干燥通风的环境中，插上电源，观察仪器控制显示器是否正常亮灯。打开仪器，测试控制按钮是否能正常使用，仪器空载运行时是否有异响。 2、将适量样品和研磨球放入球磨罐中，注意不要装满，要预留一定的研磨空间。初次研磨建议保持样品和研磨球各占球磨罐容积的三分之一。 3、若需要预冷冻，可将
关于高通量筛选的实验方法介绍
高通量筛选的实验方法分子水平和细胞水平的实验方法（或称筛选模型）是实现药物高通量筛选的技术基础。由于药物高通量筛选要求同时处理大量样品，实验体系必须微量化，而这些微量化的实验方法应根据新的科研成果来建立。第四军医大学周四元研究认为，药物高通量筛选模型的实验方法，根据其生物学特点，可分为以下几类：
运用高通量种子研磨仪水稻叶片方法
水稻叶片研磨方法如下： 1）将离心管编号，对应编号将相应的水稻叶片截成1cm左右的小段，每个离心管中放3段，用镊子夹住中间位置，放入管底。 2）分装珠子：内侧两排装2颗5mm珠子和5颗3mm珠子；外侧两排装1颗5毫米珠子和6颗3mm珠子。 3）冷冻：将摆好的夹具（确定好内外
高通量测序中植物样本的制备方法
高通量测序技术已广泛应用于植物研究中，但植物材料中较多的蛋白质、多糖以及酚、脂类等次生代谢物质，提取核酸的难度往往比动物或原核生物样本大，因此如何从植物样本中得到高质量的核酸进行后续的测序，成为在植物高通量测序应用中的首要因素。根据核酸类型，可有如下制备方法可参考： 1. 植物基因组 DNA
质谱法进行高通量蛋白鉴定的主要方法
蛋白质组（Proteome）指由一个基因组或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。蛋白质全谱分析目的在于鉴定样本中尽可能多的肽和蛋白质混合物的组分。基于质谱技术的全谱鉴定，可为蛋白高通量的定量和修饰分析提供参考信息。传统的方法如蛋白质微量测序、氨基酸组成分析（如Edman降解法）费时费力、通量低，存在不容
单链DNA测序技术助力获取游离核酸多组学数据
游离DNA（cfDNA）是指游离在细胞外的DNA，存在于血浆、血清或尿液等体液中。cfDNA的片段组学特征可用于微创、实时、动态地监测生理和病理状态，在肿瘤早筛与复发监测、母婴健康、器官移植、感染疾病等领域具有广阔的应用前景。高通量测序技术是表征cfDNA片段组学特征的主要手段，其中，双链DNA文库
基因是否表达，做个cfDNA全基因组测序就可揭晓
8月29日，《Nature Genetics》杂志上的研究表明，血循环游离DNA（cfDNA）可提供线索来预测基因的表达。 全基因组测序就能知道基因是否表达 基因表达(gene expression)是指细胞在生命过程中，把储存在DNA顺序中的遗传信息经过转录和翻译，最后转变成具有生物活性的
好消息！胃癌可早期无创检测了
中新社合肥8月4日电 (记者 吴兰)记者4日从中国科学院合肥肿瘤医院获悉，该院王宏志、聂金福、洪波课题组与中国医学科学院肿瘤医院山西医院(山西省肿瘤医院)生物样本库团队近日在肿瘤早筛领域取得新进展，研发了一种胃癌早期无创检测技术。 据介绍，这种基于血液游离DNA(cfDNA)甲基化和人工智能(
我国团队研发出一种胃癌早期无创检测技术
中新社合肥8月4日电(记者吴兰)记者4日从中国科学院合肥肿瘤医院获悉，该院王宏志、聂金福、洪波课题组与中国医学科学院肿瘤医院山西医院(山西省肿瘤医院)生物样本库团队近日在肿瘤早筛领域取得新进展，研发了一种胃癌早期无创检测技术。据介绍，这种基于血液游离DNA(cfDNA)甲基化和人工智能(AI)识别技
高通量元素定量方法揭示健康人群元素表型
元素是生命体的基本组成成分，具有重要的生物学功能。元素组学通常关注元素组及其对外源性或内源性刺激的动态响应，以此来探究元素的功能。基于大型人群队列的多元素研究可以有效地揭示元素稳态失衡和人体病理状态间的密切关系，但生物样品数量大、可用体积小的特点对多元素定量方法提出了更高的要求。复旦大学人类表型组研
－高通量miRNA药物精准筛选的新方法
高通量的药物筛选是具有挑战性的。信息化处理的基因网络过程能够对应这个挑战。它能将多个药物候选的潜在目标整合，处理成信息化的可读数据，同时报告特异性和非特异性的效果。在2月16日的Nature Communication中报告了基于细胞检验miRNA药物靶点的这样的基因网络。 该研究采取细胞内遗
新型整合酶抑制剂高通量筛选方法
随着HIV-1病毒耐药性的不断升级，抗艾滋病药物的研发远远滞后，抗HIV-1药物新靶点的发现和创新药物的研发已成为燃眉之急。HIV-1整合酶催化病毒cDNA与宿主细胞基因组的整合，是HIV病毒复制周期中必需的关键酶。人体内无整合酶功能类似物。因此，整合酶是抗艾滋病药物研发的理想靶点。近年来，北京工业
运用高通量种子研磨仪研磨玉米叶片方法
玉米叶片研磨方法如下： 1）取样：取新鲜玉米幼苗叶片，剪成直径6~8mm大小碎片； 2）将3-5片叶片碎片置于2ml离心管中，同时加入1颗5mm和2颗3mm不锈钢研磨钢珠。 3）将加入叶片和研磨钢珠的EP管关盖密封，放入高通量种子研磨仪研磨玉米叶方法的2ml研磨适配器中，然
模式生物高通量多维表型研究方法概述（一）
摘要：动物个体内，多数由基因突变与生物活性分子所引发的复杂生理应答机制，无法使用细胞培养模型进行预测，而动物水平研究却进展缓慢。本研究中，我们利用微米分辨率的高通量光学投影层析成像系统，结合高效的大颗粒流式分选系统（Union Biometrica），实现了脊椎动物的整体多维度扫描。系统以前
模式生物高通量多维表型研究方法概述（二）
3.颅面畸形三维重建与评估：每条斑马鱼幼体，记录高达320帧的图像，通过三维重构技术，形象化展示了斑马鱼幼体软骨复杂表型。图像显示的层析效果图充分显示了三种不同药物处理后的5dpf斑马鱼幼体的颅面骨骼变化。三种药物是：retinoic acid（视黄酸）、cyclopamine（环巴胺）和flu
质谱法进行高通量蛋白鉴定的主要方法介绍
蛋白质组（Proteome）指由一个基因组或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。蛋白质全谱分析目的在于鉴定样本中尽可能多的肽和蛋白质混合物的组分。基于质谱技术的全谱鉴定，可为蛋白高通量的定量和修饰分析提供参考信息。传统的方法如蛋白质微量测序、氨基酸组成分析（如Edman降解法）费时费力、通量低，存