RNA干扰实验技术

实验概要本文介绍了RNA干扰的原理及基本实验方法,包括了siRNA的设计、siRNA的制备和siRNA的转染等方法,及RNA干扰实验中的注意事项。实验原理近年来的研究表明,将与mRNA对应的正义RNA和反义RNA组成的双链RNA(dsRNA)导入细胞,可以使mRNA发生特异性的降解,导致其相应的基因沉默。这种转录后基因沉默机制(post-transcriptional gene silencing, PTGS)被称为RNA干扰(RNAi)。通过生化和遗传学研究表明,RNA干扰包括起始阶段和效应阶段(inititation and effector steps)。在起始阶段,加入的小分子RNA被切割为21-23核苷酸长的小分子干扰RNA片段(small interfering RNAs, siRNAs)。证据表明;一个称为Dicer的酶,是RNase III家族中特异识别双链RNA的一员,它能以一种ATP依赖的方式......阅读全文

RNA干扰的详细实验步骤

步骤包括:(一)siRNA的设计1. 在设计RNAi实验时,可以先在以下网站进行目标序列的筛选:GenesilAmbion2. RNAi目标序列的选取原则:(1)从转录本(mRNA)的AUG起始密码开始,寻找“AA”二连序列,并记下其3'端的19个碱基序列,作为潜在的siRNA靶位点。有研究

RNA干扰用于肿瘤病的治疗

肿瘤是多个基因相互作用的基因网络调控的结果,传统技术诱发的单一癌基因的阻断不可能完全抑制或逆转肿瘤的生长,而RNAi可以利用同一基因家族的多个基因具有一段同源性很高的保守序列这一特性,设计针对这一区段序列的dsRNA分子,只注射一种dsRNA即可以产生多个基因同时剔除的表现,也可以同时注射多种dsR

JACS:“量子点”助力RNA干扰技术

15年前,科学家发现了一种阻碍基因表达路径的方法——RNA干扰(简称RNAi)。这项荣膺2006年诺贝尔奖的发现承载着医学科学的迫切希望,它可以通过沉默基因来阻碍特定蛋白制造,从而达到疾病治疗的效果。不过到目前为止,RNA干扰技术很难在活体细胞中取得应用。 图片说明:由不同尺寸的相同物质构成的

RNA干扰(转录后基因沉默)实验

RNA干扰             实验方法原理 1. 病毒基因、人工转入基因、转座子等外源性基因随机整合到宿主细胞基因组内,并利用宿主细胞进行转录时,常产生一些dsR

RNA干扰主体实验的相关介绍

  siRNA表达载体构建好后,即可进行RNA干扰主体实验。  RNA干扰主体实验的重点在于:  成功将siRNA表达载体导入目的细胞  如果目的细胞的质粒转染效率较低(低于70%),则应采用腺病毒或慢病毒载体,利用病毒载体的高感染率、高表达特性,更好地开展RNA干扰主体实验。  设置好分组和对照 

RNA干扰回复实验的基本介绍

  RNA干扰回复实验,主要是为了说明Off-target效应。  Off-target效应  Off-target effects(脱靶效应)最早由Dharmacon科学家Jackson和他的同事们提出(Fedorov,Y.,et al. "Off-targeting By siRNA Can I

简述RNA干扰回复实验的原理

  如果脱靶干扰的部分基因,正好与目的基因位于同一信号通路中,或者与目的基因的生物学功能相似,那么,如果因脱靶而干扰了其它基因,亦会造成和目的基因受到干扰后相同的细胞表型改变。而实际上,可能选择的这条shRNA序列并没有对目的基因造成有效干扰,或者虽然干扰了目的基因,但是并不会引起预期的细胞表型改变

RNA足迹和修饰干扰分析实验

实验方法原理 RNA 足迹和修饰干扰分析(RNA footprinting and modification interference analysis)是用来研究 RNA 与蛋白质相互作用的技术。RNA 测序及其结构分析的原理是 RNA 足迹试验的理论基础,它们都是建立在变性、半变性或

关于小干扰RNA的结构介绍

  siRNA具有明确定义的结构:具有磷酸化5'末端的短(通常20至24bp)双链RNA(dsRNA)和具有两个突出核苷酸的羟基化3'末端。该切酶酶催化生产的siRNA由长的dsRNA和小发夹RNA。siRNA也可以通过转染引入细胞。由于原则上任何基因都可以被具有互补序列的合成siR

关于小干扰RNA的发现介绍

  siRNA最早是由英国的大卫·包孔博(David Baulcombe)团队发现,是植物中的转录后基因沉默(post-transcriptional gene silencing;PTGS)现象的一部分,其研究结果发表于《科学》。2001年,汤玛士·涂许尔(Thomas Tuschl)团队发现合成

RNA足迹和修饰干扰分析实验

            实验方法原理 RNA 足迹和修饰干扰分析(RNA footprinting and modification interference analysis)是用来研究 RNA 与蛋白质相互作用的技术。RNA 测序及其结构分析的原理是 RNA

RNA足迹和修饰干扰分析实验

RNA 足迹和修饰干扰分析(RNA footprinting and modification interference analysis)是用来研究 RNA 与蛋白质相互作用的技术。RNA 测序及其结构分析的原理是 RNA 足迹试验的理论基础,它们都是建立在变性、半变性或自然条件下采用碱基特异性

关于RNA干扰的作用机制介绍

  病毒基因、人工转入基因、转座子等外源性基因随机整合到宿主细胞基因组内,并利用宿主细胞进行转录时,常产生一些dsRNA。宿主细胞对这些dsRNA迅即产生反应,其胞质中的核酸内切酶Dicer将dsRNA切割成多个具有特定长度和结构的小片段RNA(大约21~23 bp),即siRNA。siRNA在细胞

RNA干扰(转录后基因沉默)实验

RNA干扰(RNA interference, RNAi)是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。目前主要用于(1)特异性剔除或关闭特定基因的表达 (2)探索基因功能和传染性疾病及恶性肿瘤的治疗 (3)使

小干扰RNA的概念和作用

在后生生物中,由Dicer产生的小干扰RNA(siRNA)被整合到称为RNA诱导沉默复合物(RISC)。该复合物含有内切核酸酶,切割与siRNA结合的完全互补的mRNA,产生的片段然后被核酸外切酶降解。 siRNA通常用于实验室细胞培养中阻断基因的功能。SiRNA被认为是病毒先天免疫系统的一部分,可

关于小干扰RNA的基本介绍

  小干扰RNA(Small interfering RNA;siRNA)有时称为短干扰RNA(short interfering RNA)或沉默RNA(silencing RNA),是一个长20到25个核苷酸的双股RNA,在生物学上有许多不同的用途。已知siRNA主要参与RNA干扰(RNAi)现象

基因敲除与RNA干扰的关系

20世纪80年代初,胚胎干细胞分离和体外培养的成功为基因敲除奠定了技术基础。1985年,首次证实的哺乳动物细胞中同源重组(homology recombination, HR)的存在为基因敲除奠定了理论基础[2]。为了编辑基因,传统的靶向特定等位基因的同源重组技术被使用,但是,这个方法在当年来说,存

首款小干扰RNA药物-能干扰RNA的“信使”功能

   美国食品和药物管理局日前批准首款小干扰RNA药物,用于治疗患有遗传性转甲状腺素蛋白淀粉样变性的成年患者。 小干扰RNA是一段微小的RNA分子,能干扰RNA的“信使”功能,导致致病基因“沉默”,相关蛋白质无法合成。新获批的Onpattro是第一款利用这一机理研制的药物。 遗传性转甲状腺素

RNA干扰治疗肿瘤病的方法介绍

肿瘤是多个基因相互作用的基因网络调控的结果,传统技术诱发的单一癌基因的阻断不可能完全抑制或逆转肿瘤的生长,而RNAi可以利用同一基因家族的多个基因具有一段同源性很高的保守序列这一特性,设计针对这一区段序列的dsRNA分子,只注射一种dsRNA即可以产生多个基因同时剔除的表现,也可以同时注射多种dsR

关于RNA干扰的基本信息介绍

  RNA干扰(RNA interference,RNAi)是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。基因沉默,主要有转录前水平的基因沉默(TGS)和转录后水平的基因沉默(PTGS)两类:TGS是指由于DN

RNA干扰(RNAi)实验原理与方法(3)

3.DEAE-葡聚糖和polybrene带正电的DEAE-葡聚糖或polybrene多聚体复合物和带负电的DNA分子使得DNA可以结合在细胞表面。通过使用DMSO或甘油获得的渗透休克将DNA复合体导入。两种试剂都已成功用于转染。DEAE-葡聚糖仅限于瞬时转染。4.机械法转染技术也包括使用机械的方法,

关于RNA干扰的化学合成介绍

  许多国外公司都可以根据用户要求提供高质量的化学合成siRNA。主要的缺点包括价格高,定制周期长,特别是有特殊需求的。由于价格比其他方法高,为一个基因合成3—4对siRNAs 的成本就更高了,比较常见的做法是用其他方法筛选出最有效的序列再进行化学合成。  最适用于:已经找到最有效的siRNA的情况

RNA干扰(RNAi)实验原理与方法(1)

近年来的研究表明,将与mRNA对应的正义RNA和反义RNA组成的双链RNA(dsRNA)导入细胞,可以使mRNA发生特异性的降解,导致其相应的基因沉默。这种转录后基因沉默机制(post-transcriptional gene silencing, PTGS)被称为RNA干扰(RNAi)。一、R

RNA干扰(RNAi)实验原理与方法(2)

dsRNA消化法的主要优点在于可以跳过检测和筛选有效siRNA序列的步骤,为研究人员节省时间和金钱(注意:通常用RNAse III通常比用Dicer要便宜)。不过这种方法的缺点也很明显,就是有可能引发非特异的基因沉默,特别是同源或者是密切相关的基因。现在多数的研究显示这种情况通常不会造成影响。最

RNA干扰相关知识RISC-loading-complex(RLC)

RISC loading complex(RLC):是一种促使RISC形成的复合物。RLC有方向性地调节小RNA双螺旋,为以后的RISC组装作好铺垫。siRISC loading complexes (siRLCs)在果蝇中研究最多。有研究者认为在果蝇中的siRLCs包含DCR2-R2D2异型二聚体

RNA干扰的分子机制首次被发现

  日本东京大学官网近日宣布,东京大学和京都大学研究人员发现了核糖核酸干扰(RNAi)的分子机制。所谓核糖核酸干扰,就是单分子RNA分裂时出现的某种蛋白质合成受到抑制的现象。  由于借助RNAi可以关闭特定基因的表达,科学家一直期待RNAi现象在医疗领域得到应用。在先前研究中,科学家已经发现RNAi

关于小干扰RNA的siRNA设计介绍

  最初,siRNA序列的选择是基于实验经验而获得的(Elbashir et al. 2001,2002)。最近,生物信息学工具被用来设计siRNA(表18-1),目前多个数据库收录了经过实验确证的siRNA和shRNA。值得推荐的是,在设计新的siRNA之前可以通过搜索已有的siRNA数据库和科研

RNA干扰载体的构建的实验流程

RNA干扰载体主要用来研究基因表达调控,RNA干扰技术已已被广泛用于基因结构功能研究和传染性疾病及基因治疗领域,进行RNA干扰实验首先是构建RNA干扰载体,本文以pRI系列载体为例论述了干扰载体的构建的实验流程。产品技术背景pRI系列载体是基于III类rna聚合酶启动子:人类H1启动子的专用于哺乳动

RNA干扰机制的主要特点及优势

1.高效性:Elbashir等在研究中发现分别为25 nmol/L与100 nmol/L的起始双链RNA产生的结果是一样的,只是高浓度起始的更有效些。将双链RNA浓度降低到1.5 nmol/L时产生的基因沉默效果变化不大,只有当浓度降低到0.05 nmol/L时,沉默的效果才消失。Holen等也证实

简述RNA干扰技术对肿瘤病的治疗

  肿瘤是多个基因相互作用的基因网络调控的结果,传统技术诱发的单一癌基因的阻断不可能完全抑制或逆转肿瘤的生长,而RNAi可以利用同一基因家族的多个基因具有一段同源性很高的保守序列这一特性,设计针对这一区段序列的dsRNA分子,只注射一种dsRNA即可以产生多个基因同时剔除的表现,也可以同时注射多种d