基于TbSADH晶体结构进行酶设计改造
筛选是酶定向进化的瓶颈。酶理性设计及计算机虚拟筛选技术可有效解决这一瓶颈，是定向进化领域的重要发展方向。近年来基于构象动力学指导的酶理性设计取得一系列成功，该策略的关键是精准定位残基位点，通过引入合适突变，增强催化口袋的构象变化，进而改造底物谱、对映体选择性及热稳定性等催化特性。 中科院天津工业生物技术研究所孙周通研究员带领的酶分子工程与工业生物催化研究团队围绕这一热点领域，以嗜热醇脱氢酶TbSADH及其非天然前手性酮底物为研究对象。基于TbSADH晶体结构，分别在30°C和60°C下对该酶进行分子动力学（MD）模拟，结果表明催化口袋内的A85、I86、L294及C295位点的运动自由度较差（图1a）。经虚拟突变分析，锁定85及86位点为重点改造对象。采用CAST策略构建小而精的突变体文库，仅筛选100多个突变体，即获得高效突变体，实现酶催化活力（98% conv.）与立体选择性（99% ee）双参数同时改造。此外，经MD......阅读全文
基于TbSADH晶体结构进行酶设计改造
筛选是酶定向进化的瓶颈。酶理性设计及计算机虚拟筛选技术可有效解决这一瓶颈，是定向进化领域的重要发展方向。近年来基于构象动力学指导的酶理性设计取得一系列成功，该策略的关键是精准定位残基位点，通过引入合适突变，增强催化口袋的构象变化，进而改造底物谱、对映体选择性及热稳定性等催化特性。 中科院天津工
配体结合口袋的特点
中文名称配体结合口袋英文名称ligand-binding pocket定 义受体的配体结合域中的疏水氨基酸残基通过疏水相互作用所形成的一种口袋形结构。其形状与配体的互补性越大，则受体与配体的亲和力也就越大。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），信号转导（二级学科）
针对“隐形口袋”治疗中风和癫痫
理想的药物只影响确切的细胞和神经元，而不产生不必要的副作用。这一概念对治疗精致复杂的人脑尤为重要。冷泉港实验室的科学家揭示了一种机制，为中风和癫痫特异性治疗指出了一条明路。 负责这项研究的资深科学家Hiro Furukawa教授说：“这真的归结于化学。” 当人类大脑受伤时，例如中风，大脑的某
配体结合口袋是什么结构？
中文名称配体结合口袋英文名称ligand-binding pocket定 义受体的配体结合域中的疏水氨基酸残基通过疏水相互作用所形成的一种口袋形结构。其形状与配体的互补性越大，则受体与配体的亲和力也就越大。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），信号转导（二级学科）
科学家口袋里的科研利器
近日，中科院推出“中国科讯”应用，致力于打造“文献移动获取第一平台”。 读论文是每个科学家的“必修课”。而在科技创新链上，文献情报亦是一项极为基础性的工作。 然而，本应站在科技与时代发展最前沿的科学家，在这个“互联网+”的时代，却还被动地局限在一些“守旧”的规则中。一个例子就是，一旦科学家离
分子对接计算中如何确定对接口袋？
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸
《口袋里的人工智能丛书》出版发行
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/6/503302.shtm近日，由人工智能与数字经济广东省实验室（广州）（以下简称琶洲实验室）副主任、华南理工大学计算机科学与工程学院院长陈俊龙总编，琶洲实验室教授张通和谭明奎等主编的《口袋里的人工智能丛书》由
分子对接计算中如何确定对接口袋？（三）
在殷赋云计算平台上定义对接口袋说了这么多，分子对接中使用游离蛋白作为受体时，又该如何定义对接口袋呢？计算平台为我们提供了三种定义口袋的方式，对于复合物蛋白，可以通过“选择文件”选择之前就提取出来的配体分子进行定义（详见平台教程，在微信公众号首页回复“计算教程”即可获得下载链接）；对于游离蛋白，可通过
－口袋里的医疗器械将成电子私人医院
10年前谁也不会想到，现代人每天捧着智能手机和平板电脑就将全世界连接了起来。而随着宽带网络、信息技术等领域的蓬勃发展，许多我们早已熟悉的传统事物可能都会发生质的改变，比如与每个人息息相关的医疗健康领域。或许在不久的将来，医疗仪器也可以随意装进我们的口袋，而健康检测会像使用智能手机一样，轻松自如。
口袋装置测序人类基因组
1月30日，《自然—生物技术》在线发表的一篇论文介绍了利用一个口袋大小的纳米孔装置测序和从头组装人类基因组。该研究报告了迄今为止最连续的人类基因组组装，而且只使用了单一测序技术。 理解和解读人类基因组是现代医学的基石，人们一直希望可以尽可能多地测序基因组。在此之前，因为速度、成本和测序系统有限
分子对接计算中如何确定对接口袋？（一）
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸、多
分子对接计算中如何确定对接口袋？（二）
3、从返回的结果中找到Output files，下载我们需要的pdb文件文件①是输入的pdb文件（我们输入了PDB ID，POCASA自动从RCSB PDB库中下载蛋白文件），文件②是我们需要的输出结果，包含了若干潜在口袋的位置信息。将两者下载下来，然后使用PyMOL或其他分子图形软件观察分析。（P
临走时，给学生的口袋里“放点儿东西”
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/6/481808.shtm 位于天津海河教育园区的天津大学与南开大学两校区中间有一块不小的空地，一条名叫洪泥河的小河在此穿流而过。几年前，天津大学机械工程学院教授谢辉在与时任天津大学党委书记李家俊谈话时提出
中国科大设计高效蛋白质口袋生成算法
近日，中国科学技术大学认知智能全国重点实验室刘淇教授指导博士生张载熙和哈佛大学医学院Marinka Zitnik教授课题组合作，设计了一种基于图表示学习和蛋白质语言模型的深度生成算法PocketGen，生成与小分子结合的蛋白质口袋序列和空间结构。实验验证表明，PocketGen在生成成功率和效率方面
c14呼气检测仪+呼气检测口袋的简介
C-14呼气检测仪和呼气检测口袋是检测幽门螺杆菌的医学界金标准。只要要吹气5分钟外，无其他任何不适。该方法使众多高血压、心脏病及对胃镜过敏的病人避免了做胃镜的不适感，是理想的检测方法之一。
口袋基因:让个人全基因组检测去神秘化
随着科技的进步，社会的发展，基因检测这个专属名词对许多人来说都不算陌生。而近日一个全新的基因检测品牌“口袋基因”的出现，则让全基因组检测进入寻常百姓家变成了可能。 “口袋基因”的走红不仅仅是因为它采用了一个低于千元的价格来提供市场上动辄上万元的全基因组级别的检测产品及服务。更是因为它采用基
口袋基因:让个人全基因组检测去神秘化
随着科技的进步，社会的发展，基因检测这个专属名词对许多人来说都不算陌生。而近日一个全新的基因检测品牌“口袋基因”的出现，则让全基因组检测进入寻常百姓家变成了可能。 “口袋基因”的走红不仅仅是因为它采用了一个低于千元的价格来提供市场上动辄上万元的全基因组级别的检测产品及服务。更是因为它采用基
Biomeme将你的手机变成口袋基因组实验室
在Biomeme位于费城北三街的办公室里，这家公司正在研制智能手机端的诊断实验室。最近该公司致力于研发检测特定基因突变的实验室平台。这台设备的出现，让全面实现DIY健康检测又向我们迈进了一步。 整个检测过程耗时一个小时(5分钟采样，45分钟设备分析)，只需要花一点点时间看一
微型显微镜实现放大物体新革命：可放进口袋
据国外媒体9日报道，它和一枚50便士的硬币一样重，小到足以放到裤子口袋中，但这种开创性新型显微镜的作用可没有大打折扣。这种装置叫Foldscope，可提供2000多倍的放大效果，有望彻底改变放大物体的方式。 一种可能彻底改变物体放大方式的新型显微镜已在秘鲁亚马逊雨林进行测试。这张照片显示，几只
微型显微镜实现放大物体新革命：可放进口袋
据国外媒体报道，它和一枚50便士的硬币一样重，小到足以放到裤子口袋中，但这种开创性新型显微镜的作用可没有大打折扣。这种装置叫Foldscope，可提供2000多倍的放大效果，有望彻底改变放大物体的方式。 一种可能彻底改变物体放大方式的新型显微镜已在秘鲁亚马逊雨林进行测试。这张照片显示，几只蚂蚁在显
微型显微镜实现放大物体新革命：可放进口袋
据国外媒体报道，它和一枚50便士的硬币一样重，小到足以放到裤子口袋中，但这种开创性新型显微镜的作用可没有大打折扣。这种装置叫Foldscope，可提供2000多倍的放大效果，有望彻底改变放大物体的方式。 一种可能彻底改变物体放大方式的新型显微镜已在秘鲁亚马逊雨林进行测试。这张照片显示，几只蚂蚁在显
口袋基因：让个人全基因组检测去神秘化
随着科技的进步，社会的发展，基因检测这个专属名词对许多人来说都不算陌生。而近日一个全新的基因检测品牌“口袋基因”的出现，则让全基因组检测进入寻常百姓家变成了可能。 “口袋基因”的走红不仅仅是因为它采用了一个低于千元的价格来提供市场上动辄上万元的全基因组级别的检测产品及服务。更是因为它采用基于N
c14呼气检测仪+呼气检测口袋的注意事项
检查前禁忌： 1.在清晨空腹或进食两小时后。 2. CO2集气剂在使用前不得开启，以免因吸收空气中CO2而影响测量结果。 检查时禁忌： 1. 不能咬破胶囊。胶囊如有破损不能使用。 2.吸收剂和闪烁液严禁内服。 3.吸收剂如有少量吸入口中，请立即吐出，用清水漱口。 4.闪烁液如洒到眼
c14呼气检测仪+呼气检测口袋的检查过程
1.受试者应在早上空腹时或进食两小时以后受试，受试前漱口。 2.用约20ml凉饮用水送服尿素[14C]胶囊一粒后，静坐25分钟。 3.开启CO2集气剂一瓶，插入一洁净的有防倒流装置的气体导管，导管下端应浸入集气剂液内，受试者通过导管吹气，力度适中以免液体溅出，严禁倒吸!当CO2集气剂由紫红色
Science及Nature共述：口袋里的DNA测序仪，可实时诊断
纳米孔测序的想法起始于25年前， 2012年5月4日《Science》首次报道了Oxford Nanopore公司研制的纳米孔测序仪样机——MinION，用于破译病毒DNA。然而MinION的发展历程并不那么顺利，英国牛津大学基因组学中心基因组学家Rory Bowden说，“众所周知，在每次读取
生化检测项目C－14呼气检测仪＋呼气检测口袋介绍
C－14呼气检测仪＋呼气检测口袋介绍： C-14呼气检测仪和呼气检测口袋是检测幽门螺杆菌的医学界金标准。只要要吹气5分钟外，无其他任何不适。该方法使众多高血压、心脏病及对胃镜过敏的病人避免了做胃镜的不适感，是目前理想的检测方法之一。C－14呼气检测仪＋呼气检测口袋正常值： 计数/分钟100即为阳
c14呼气检测仪+呼气检测口袋的临床意义
异常结果：计数/分钟>100即为阳性，说明感染幽门螺杆菌。 需要检查人群：消化道溃疡、慢性胃炎患者。
我国学者发现调控核酸聚合酶催化复合物稳定性新机制
RNA病毒是一类独特的生命形式，其转录及基因组复制过程均不涉及DNA形式，因此需要由病毒自身编码的依赖RNA的RNA聚合酶（RdRP）来主导完成。和其他类别的持续合成聚合酶类似，病毒RdRP可准确而高效地实现多达数万个核苷酸的合成，因此需要将催化复合物的稳定性维持在较高的水平。在DNA复制过程中
概述奥司他韦的作用机理
奥司他韦作用的靶点是分布于流感病毒表面的神经氨酸酶。神经氨酸酶在病毒的生活周期中扮演了重要的角色，流感病毒在宿主细胞内复制表达和组装之后，会以出芽的形式突出宿主细胞，但与宿主细胞以凝血酶-唾液酸相连接，神经氨酸酶以唾液酸为作用底物，可催化唾液酸水解，解除成熟病毒颗粒与宿主细胞之间的联系，使之可以
科技部农村中心赴湖北开展《农村科技口袋书》调研
为深入挖掘、及时梳理国家科技支撑计划等项目实施过程中产生的各项成果，有针对性地向农业生产一线提供高质量的科技支撑，农村中心结合支撑计划过程管理工作，积极开展了《农村科技口袋书》的编写工作，取得了阶段性成果。为进一步推动《农村科技口袋书》选题的针对性和技术的适用性，近日，农村中心组成调研组，赴湖