配体结合口袋是什么结构？
中文名称配体结合口袋英文名称ligand-binding pocket定 义受体的配体结合域中的疏水氨基酸残基通过疏水相互作用所形成的一种口袋形结构。其形状与配体的互补性越大，则受体与配体的亲和力也就越大。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），信号转导（二级学科）......阅读全文
配体结合口袋是什么结构？
中文名称配体结合口袋英文名称ligand-binding pocket定 义受体的配体结合域中的疏水氨基酸残基通过疏水相互作用所形成的一种口袋形结构。其形状与配体的互补性越大，则受体与配体的亲和力也就越大。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），信号转导（二级学科）
配体结合口袋的特点
中文名称配体结合口袋英文名称ligand-binding pocket定 义受体的配体结合域中的疏水氨基酸残基通过疏水相互作用所形成的一种口袋形结构。其形状与配体的互补性越大，则受体与配体的亲和力也就越大。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），信号转导（二级学科）
解密：全长－CaSR－及其与配体结合的分子结构
钙敏感受体 (CaSR) 是一种 C 类 G 蛋白偶联受体 (GPCR)，在钙稳态和甲状旁腺激素分泌中起重要作用。迄今为止，已确定处于活性和非活性状态的 N 端人类 CaSR 的晶体结构。然而，缺乏完整的 CaSR 结构信息限制了对受体功能、偏向信号转导和针对多种疾病的临床药物开发的理解。 2
受体与配体结合的特征
受体与配体之间结合的结果是受体被激活，并产生受体激活后续信号传递的基本步骤。在生理条件下，受体与配体之间的结合不通过共价键介导，主要靠离子键、氢键、范德华力和疏水作用而相互结合。受体在与配体结合时，具有饱和性、高亲和性、专一性、可逆性等特性。
受体与配体结合的特征
受体与配体之间结合的结果是受体被激活，并产生受体激活后续信号传递的基本步骤。在生理条件下，受体与配体之间的结合不通过共价键介导，主要靠离子键、氢键、范德华力和疏水作用而相互结合。受体在与配体结合时，具有饱和性、高亲和性、专一性、可逆性等特性。
受体与配体结合的特征
受体与配体之间结合的结果是受体被激活，并产生受体激活后续信号传递的基本步骤。在生理条件下，受体与配体之间的结合不通过共价键介导，主要靠离子键、氢键、范德华力和疏水作用而相互结合。受体在与配体结合时，具有饱和性、高亲和性、专一性、可逆性等特性。
如何选择蛋白晶体结构？
在使用殷赋云计算平台的时候，有不少用户对于如何选择蛋白晶体结构存在疑问。本篇就这个话题做一些经验分享。任何标准都有一个适用范围。我们在这里只讨论用于分子对接的蛋白晶体结构的选择原则和方法。1. 确定蛋白种属在实验当中，研究人员通常使用动物模型（如小鼠）来研究人源蛋白。这样做有许多原因，比如：1） 无
如何选择蛋白晶体结构
在使用殷赋云计算平台的时候，有不少用户对于如何选择蛋白晶体结构存在疑问。本篇就这个话题做一些经验分享。任何标准都有一个适用范围。我们在这里只讨论用于分子对接的蛋白晶体结构的选择原则和方法。 1. 确定蛋白种属 在实验当中，研究人员通常使用动物模型（如小鼠）来研究人源蛋白。这样做有许
配体的结构和特点
配体（ligand，也称为配基）是一个化学名词，表示可和中心原子（金属或类金属）产生键结的原子、分子和离子。一般而言，配体在参与键结时至少会提供一个电子。配体扮演路易斯碱的角色。但在少数情况中配体接受电子，充当路易斯酸。
分子对接计算中如何确定对接口袋？（一）
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸、多
国人发AC：结合质谱将蛋白配体互作结构表征提至亚残基
近日，中国药科大学郝海平、叶慧团队在Analytical Chemistry杂志上发表题为“Sub-residue Resolution Footprinting of Ligand-Protein Interactions by Carbene Chemistry and Ion Mobili
兴奋性神经递质谷氨酸转运蛋白配体结合模式的结构基础
中枢神经系统中，谷氨酸（Glutamate）是含量最高、分布最广的兴奋性神经递质，通过激活突触后膜谷氨酸受体，参与大脑的学习和记忆等功能。突触间隙中兴奋性谷氨酸水平必须受到严格调节，以避免谷氨酸受体过度刺激导致的谷氨酸兴奋性毒性。表达于星形胶质细胞质膜上的兴奋性谷氨酸转运蛋白2（hEAAT2）利
配体的吸附活性本质是什么？
配体的吸附活性本质是与吸附对象(致病物质)之间的选择性或特异性亲和力,即分子间相互作用,包括生物学亲和力(如抗原-抗体反应)和物理化学亲和力(如疏水交互作用)。
分子对接计算中如何确定对接口袋？
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸
科学家破译大麻素受体选择性信号转导机制
大麻这种拥有药用价值的植物，因其中的活性成分作用于人体内的大麻素受体，可以有效治疗抑郁、焦虑、疼痛和癫痫。由于大麻存在包括药物耐受、精神活性等严重的副作用阻碍了大麻的临床药用。如何让大麻在发挥治疗作用的同时减弱甚至规避其副作用，成为了亟待解决的科学难题。 近日，浙江大学医学院李晓明教授课题组联
腺苷受体A3AR结合选择性配体分子机制获揭示
4月16日，中国科学院上海药物研究所研究员徐华强团队与谢欣团队合作，利用冷冻电镜技术解析了临床试验药物CF101和CF102结合人源腺苷受体A3AR偶联Gi蛋白复合物的结构，展示了A3AR的配体选择性、受体激活和Gi蛋白偶联机制，为设计高选择性和亲和力的腺苷受体亚型A3AR激动剂提供结构基础。相关研
分子对接计算中如何确定对接口袋？（二）
3、从返回的结果中找到Output files，下载我们需要的pdb文件文件①是输入的pdb文件（我们输入了PDB ID，POCASA自动从RCSB PDB库中下载蛋白文件），文件②是我们需要的输出结果，包含了若干潜在口袋的位置信息。将两者下载下来，然后使用PyMOL或其他分子图形软件观察分析。（P
腺苷受体A3AR结合选择性配体分子机制获揭示
4月16日，中国科学院上海药物研究所研究员徐华强团队与谢欣团队合作，利用冷冻电镜技术解析了临床试验药物CF101和CF102结合人源腺苷受体A3AR偶联Gi蛋白复合物的结构，展示了A3AR的配体选择性、受体激活和Gi蛋白偶联机制，为设计高选择性和亲和力的腺苷受体亚型A3AR激动剂提供结构基础。相关研
GPR30受体全新激活机制获揭示
5月14日，中国科学院上海药物研究所研究员徐华强团队、谢欣团队和杨德华团队合作，证明GPR30并非直接雌激素受体，为学界对雌激素信号传导机制的理解提出了新的挑战和机遇。相关研究发表于《细胞研究》。GPR30曾被假定为G蛋白偶联的雌激素受体，但一些结果表明，此假设未必准确。研究团队利用单颗粒冷冻电镜手
上海药物所等揭示孤儿受体GPR119识别配体的分子机制
糖尿病、脂肪肝和肥胖症等代谢性疾病已成为影响人类健康的“杀手”之一。研究显示一些孤儿受体可能成为治疗这些疾病的重要靶点。GPR119又称葡萄糖依赖的促胰岛素受体（Glucose-dependent insulinotropic receptor），是G蛋白偶联受体（GPCR）超家族中的一种孤儿受
关于蛋白与分子的结合在微信学术群里的讨论结果
Docking相关 A:新手想问一下，docking结果怎么判断小分子和蛋白产生了结合呀，形成了疏水键或氢键吗? B:打分越低越好，一般会设置一个已知的配体用来做参照，或者说用来检验参数是否合理。 A:我是选择了有配体的蛋白，处理了蛋白和分子后进行docking，得到这个结果
化合物活性预测相关知识问答
Docking相关 A:新手想问一下，docking结果怎么判断小分子和蛋白产生了结合呀，形成了疏水键或氢键吗? B:打分越低越好，一般会设置一个已知的配体用来做参照，或者说用来检验参数是否合理。 A:我是选择了有配体的蛋白，处理了蛋白和分子后进行docking，得到这个结果。
揭示腺苷受体A2BR结合内源性和选择性配体的分子机制
腺苷（adenosine，ADO）广泛分布于人体各种组织器官，通过作用于腺苷受体（ARs）来调节人体多种重要的生理和病理过程。ARs家族包括四种亚型，分别是A1R、A2AR、A2BR和A3R，其中A2BR与腺苷分子的亲和力较弱（微摩尔级别），而其他三种受体的结合能力均在纳摩尔级别。A2BR在免
分子对接技术研究D7152441－抑制剂与PB2蛋白的结合模式－二
6、 提交计算任务Dock6方案为我们提供了多种对接计算模式，这里稍微解释一下。在各种模式中，蛋白受体都是刚性不动的。因为Dock6的Grid算法实际上并非直接采用蛋白结构进行对接，而是采用其模型（正是前面生成的格点）。根据配体运动的方式，分为下面几种情况：1） 柔性配体对接，即配体在对接过程中是柔
《Cell》文章破解重要药物靶点谜团
Salk生物研究所开发出了一种新方法来阐析蛋白质之间的相互作用机制，有可能帮助设计出针对糖尿病和骨质疏松症等疾病的新药。通过利用人造氨基酸重新构建蛋白质，Salk生物研究所的科学家们确定了一个细胞开关及其配体的详细分子结构。这一开关：1型促肾上腺皮质激素释放因子受体(corticotrophin
NSMB－：揭示孤儿受体GPR119识别配体的分子机制
糖尿病、脂肪肝和肥胖症等代谢性疾病已经成为影响人类健康的一大“杀手”，研究显示一些孤儿受体可能成为治疗这些疾病的重要靶点。GPR119又被称为葡萄糖依赖的促胰岛素受体（Glucose-dependent insulinotropic receptor），是G蛋白偶联受体（GPCR）超家族中的一
分子对接技术研究D7152441－抑制剂与PB2蛋白的结合模式－二
4、 准备受体分子与配体不同，受体分子通常是生物大分子，无法通过手绘准备。平台提供了其他输入方式。点击上传文件，选择刚才下载的4cb4.pdb文件，然后按提示进行下去。通常来说，从PDB库下载的晶体结构文件里边包含了很多组分，不仅有（单条或多条）肽链，通常还有有机小分子和溶剂分子（水分子、金属离子）
阐释肾上腺素受体的多样性和配体的选择性——α2型受体...
阐释肾上腺素受体的多样性和配体的选择性——α2型受体晶体结构解析Cell Reports | 阐释肾上腺素受体的多样性和配体的选择性——α2型受体晶体结构解析 人肾上腺素受体是G蛋白偶联受体，是重要的药物靶标。目前已知肾上腺素受体有三类（α1, α2和β）九种亚型（α1A, α1B, α1D, α2
分子对接技术研究D7152441－抑制剂与PB2蛋白的结合模式
从本期起，小编将带领大家使用殷赋云计算平台（http://cloud.yinfotek.com/）来做一系列计算“文章”。这一期咱们来重现一篇2018年文献[1]的计算结果，看看作者是如何运用分子对接技术来阐明机理、升华文章的。该文献影响因子4.6，是典型的“实验+计算”模式，比较接近大多数科研
肾上腺素受体的多样性和配体－－α2型受体晶体结构解析
人肾上腺素受体是G蛋白偶联受体，是重要的药物靶标。目前已知肾上腺素受体有三类（α1, α2和β）九种亚型（α1A, α1B, α1D, α2A, α2B, α2C, β1, β2和β3）。2007年，β2肾上腺素受体的非激活这是第一个人源G蛋白偶联受体的晶体结构，是G蛋白偶联受体结构解析的重大突