3D转录组图谱阐释造血干细胞和微环境细胞间的调控网络
血液系统中贮藏着一种具有自我更新、分化成各种血细胞潜能的成体干细胞，称为造血干细胞，它能够维持机体长久造血和组织稳态1。造血干细胞移植是恶性血癌的有效治疗手段，但干细胞来源不足成为限制该治疗广泛应用的瓶颈。因此，造血干细胞的发育，尤其是造血干细胞扩增的研究备受关注。然而，现在的研究主要集中在特定细胞群体或关键因子的“线性化”或“平面化”解析，缺乏全面“立体化”的分析。从系统生物学角度解析扩增性造血器官，将为造血干细胞扩增的机制研究提供更多的启示 2。鉴于造血发育过程的高度保守性 3，该工作以斑马鱼尾部造血组织4,5（在功能上类似于哺乳动物的胎肝，为造血干细胞扩增及分化提供了特定的微环境）为研究对象，利用多重转录组测序的方法，绘制了扩增性造血器官的3D转录组图谱，阐释了造血干细胞和微环境细胞之间的分子调控网络。 首先，为了系统性地研究斑马鱼尾部造血组织如何支持造血干细胞扩增、分化的机制，中国科学院动物研究所刘峰实验室利用三种......阅读全文
3D转录组图谱阐释造血干细胞和微环境细胞间的调控网络
血液系统中贮藏着一种具有自我更新、分化成各种血细胞潜能的成体干细胞，称为造血干细胞，它能够维持机体长久造血和组织稳态1。造血干细胞移植是恶性血癌的有效治疗手段，但干细胞来源不足成为限制该治疗广泛应用的瓶颈。因此，造血干细胞的发育，尤其是造血干细胞扩增的研究备受关注。然而，现在的研究主要集中在特定
数学院等调控网络数学建模揭示干细胞分化关键转录因子
近期，国际学术期刊《细胞-干细胞》（Cell Stem Cell）在线发表了由中国科学院数学与系统科学研究院和美国斯坦福大学科研人员合作的干细胞分化的基因调控网络建模成果。这一成果提出了利用匹配的基因表达和染色质可及性数据刻画转录因子和调控元件结合调控下游基因表达的数学模型，构建了描绘细胞状态转
全新猕猴脑网络组图谱绘成
作为研究人类认知功能机制和模拟人类脑部疾病的理想模型，猕猴在遗传学、生理学和脑结构上与人类高度相似。记者9日从中国科学院自动化研究所获悉，该所科研人员在猕猴脑部空间组织架构研究方面取得重要突破，绘制出全新的猕猴脑网络组图谱。相关研究成果在线发表于《科学通报》杂志。目前，大量脑科学研究将猕猴等非人灵长
转录图谱的转录图谱的意义
在于它能有效地反应在正常或受控条件中表达的全基因的时空图。通过这张图可以了解某一基因在不同时间不同组织、不同水平的表达；也可以了解一种组织中不同时间、不同基因中不同水平的表达，还可以了解某一特定时间、不同组织中的不同基因不同水平的表达。人类基因组是一个国际合作项目：表征人类基因组，选择的模式生物的D
家蚕丝腺单细胞转录组图谱绘成
中新网重庆6月15日电 (记者 钟旖)记者15日从家蚕基因组生物学国家重点实验室(西南大学)获悉，我国家蚕研究又有新进展。该实验室徐汉福教授课题组近日在国际知名期刊Nature Communications《自然通讯》上发表相关主题研究论文，以单细胞分辨率揭示了家蚕丝腺的全细胞异质性及其基因转
我国成功绘制全新猕猴脑网络组图谱
猕猴作为研究人类认知功能机制和模拟人类脑部疾病的理想模型，其在遗传学、生理学和脑结构上与人类高度相似。近日，中国科学院自动化研究所脑网络组研究中心团队延续了“基于脑连接信息绘制图谱”的这一思想，绘制出全新的猕猴脑网络组图谱，这一成果日前在《科学通报》发表。△研究总体思路全新的猕猴脑网络组图谱不仅对脑
人脑多区域时空发育转录组图谱获解析
科学家通过单细胞和时空转录组研究，首次解析迄今为止跨时间点最广（GW6-GW23）、面积最大（最大4cm x 3cm）的人脑多区域时空发育转录组图谱，为解码人脑发育及区域特化研究提供了新见解。日前，相关研究成果发表在《细胞》上。 脑是人类最复杂和神秘的器官。解剖学上，脑可以被划分为不同的区域，
Science：构建出真涡虫细胞类型转录组图谱
真涡虫是一类相对简单的动物，具有不同寻常的生物学特征：成年真涡虫维持着其他有机体仅在胚胎中短暂存在的发育信息和祖细胞（progenitor cell）。真涡虫获得人们的大量研究，部分原因在于它们具有再生丢失的或受损的身体部位的独特能力。图片来自Christopher Fincher/Whiteh
人脑多区域时空发育转录组图谱获解析
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/12/514996.shtm
迄今最精细黑猩猩脑图谱——黑猩猩脑网络组图谱发布
近期，中国科学院自动化研究所脑网络组研究团队联合国内外科研机构，发布了迄今为止最精细的黑猩猩脑图谱——黑猩猩脑网络组图谱（ChimpBNA）。这一成果为比较神经科学研究提供了重要工具，并为探讨人脑演化提供了新视角。黑猩猩是人类最亲近的灵长类亲戚之一，与人类共享约600万至800万年前的共同祖先。尽管
复旦大学Nature子刊绘制大鼠转录组图谱
来自复旦大学、美国食品药品监督管理局(FDA)国家毒理学研究中心、洛马林达大学等机构的研究人员，成功绘制出了涵盖11种器官和4个发育阶段的大鼠RNA测序转录组图谱，这一重要的研究成果发表在2月10日的《自然通讯》(Nature Communications)杂志上。 复旦大学的石乐明(
杨树次生木质部单细胞转录组图谱建立
近日，北京林业大学教授张德强团队在《植物生物技术杂志》发表研究论文。该研究以杨树为研究模式，利用单细胞测序技术、基因组分析、RNA原位杂交、愈伤组织遗传转化等技术建立了杨树次生木质部的单细胞转录组图谱，重构了完整的杨树次生木质部细胞类群，鉴定了调控木质部发育过程的关键转录因子，系统解答了次生木质
灵长类原肠胚期至早期器官发育转录组图谱绘制
安徽医科大学国家卫生健康委配子及生殖道异常研究重点实验室教授蒋祥祥，与中科院动物研究所王红梅、郭帆团队，美国得克萨斯大学西南医学中心吴军团队合作，绘制了食蟹猴CS8-CS11时期（E20-E29）胚胎的单细胞转录组图谱。相关研究成果近日发表于《自然》。 上世纪早期，科学家将人类胚胎发育的前60
科学家构建小麦籽粒发育中的转录调控图谱
近日，中国农业科学院作物科学研究所研究员路则府团队在《生物技术通报（英文）》（aBIOTECH）发表了文章，构建了小麦籽粒发育不同阶段的全基因组染色质开放图谱以及基因表达图谱，并对小麦籽粒发育中关键转录因子的调控网络进行了解析，揭示了小麦籽粒发育中亚基因组的分化调控，同时发掘了共调控淀粉与蛋白合成的
转录图谱的原理
所有生物性状和疾病都是由结构或功能蛋白质决定的，而已知的所有蛋白质都是由mRNA编码的，这样可以把mRNA通过反转录酶合成cDNA或称作EST的部分的cDNA片段，也可根据mRNA的信息人工合成cDNA或cDNA片段，然后，再用这种稳定的cDNA或EST作为“探针”进行分子杂交，鉴别出与转录有关的基
转录图谱的定义
转录图谱是在识别基因组所包含的蛋白质编码序列的基础上绘制的结合有关基因序列、位置及表达模式等信息的图谱。在人类基因组中鉴别出占具2%~5%长度的全部基因的位置、结构与功能，最主要的方法是通过基因的表达产物mRNA反追到染色体的位置。
张锋最新Cell论文：细胞命运调控可预测
全面了解基因调控网络（GRN）控制细胞状态是分子生物学的基本目标。转录因子（Transcription factors，TF）结合到基因组中的特定序列，以改变基因表达和特定细胞的状态。单个转录因子的过表达就足以导致细胞命运的深刻变化，例如，改变转录因子的表达可以诱导多能干细胞向特定类型细胞的再分
tRAS（转录组可变剪接调控深度分析）
本公司采用自主研发与成熟开源软件相结合的方式构建了专业高效的生物信息分析流程，对您获得的海量RNA-seq序列的质量、特征等重要信息进行图形可视化；根据对照和实验组，系统分析您样品中所蕴藏的可变剪接调控规律，中肯分析所揭示出的重要科学规律；让您快速“发现”所关注的生物学，医学和农业问题的答案。 我们
上海生科院等建立小鼠早期胚胎空间转录组图谱
3月22日，国际学术期刊《细胞》子刊《发育细胞》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组与中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组合作的最新研究成果“Spatial Transcriptome for the Molecular Annotatio
研究人员绘制七鳃鳗单细胞转录组图谱
雷氏七鳃鳗作为现存的无颌脊椎动物代表，是一种由无脊椎动物向脊椎动物进化的过渡类型，被视为研究脊椎动物演化的重要模式生物。近日，华大生命科学研究院联合辽宁师范大学七鳃鳗研究中心等单位在《自然—通讯》发表最新研究成果，团队基于华大自主研发的DNBelab C4和 DNBSEQ测序平台，采用单细胞RNA测
单细胞转录组测序构建胸腺器官发生的分子图谱
2019年10月8日，四川大学胡洪波研究组、解放军总医院第五医学中心刘兵研究组与暨南大学基础医学院兰雨研究组合作在Immunity杂志在线发表了题为“Single-cell RNA Sequencing Resolves Spatiotemporal Development of Pre-thy
单细胞染色质图谱|揭示转录因子网络和细胞谱系关系
2019年10月8日，美国圣地亚哥的Salk研究所的Geoffrey Wahl团队在Cell Reports杂志上发表文章“Single-Cell Chromatin Analysis of Mammary Gland Development Reveals Cell-State Transcr
花生光暗幼苗的单细胞转录组图谱构建成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/518535.shtm近日，广东省农业科学院作物研究所花生研究团队与合作者，在花生光暗形态转变的单细胞基因表达谱研究方面取得进展，成功构建的花生光暗幼苗的单细胞转录组图谱。相关成果发表于《植物生物技术杂志》
植物所揭示莱茵衣藻m6A表观转录组图谱
m6A是广泛存在于真核生物mRNA中的表观修饰，与RNA命运相关。近年来，m6A修饰在植物胚胎发育、茎尖分生组织的命运决定、表皮毛发生、根部发育、叶形态发生、开花转变、胁迫响应、果实成熟及孢子发生等多个生物学过程中发挥重要功能。然而，m6A在藻类中的功能尚不清楚。藻类包含从单细胞到多细胞的多种细
研究成果：灵长类海马衰老的单细胞转录组图谱绘制
海马体作为脑的重要组成部分，在学习和记忆中发挥重要作用。随着年龄增长，海马功能逐渐退化，导致认知功能的减退以及多种人类神经退行性疾病发生。由于海马结构复杂，细胞组成具有高度异质性，传统研究技术难以精确揭示海马衰老过程中不同细胞类型的衰老规律及分子调控网络。此外，由于伦理及样本来源的限制，不同年龄
斑马鱼全脑转录图谱揭示神经元表型分子调控规则
12月13日，eLife在线发表题为The landscape of regulatory genes in brain-wide neuronal phenotypes of a vertebrate brain的研究论文，该研究由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、神经
转录组+蛋白组联合，揭示microRNA调控靶点与功能机制－二
4．转录组、蛋白组揭示miR-137调控底物。蛋白组结果发现：Mir137–/–组versus Mir137+/+组, Mir137+/–组versus Mir137+/+组, and Mir137–/–组versus Mir137+/–组，分别筛选到417、94和76个差异表达蛋白。这些蛋白与
转录组+蛋白组联合，揭示microRNA调控靶点与功能机制－一
基因水平的研究发现miR-137与多种神经精神疾病存在相关性。同时，miR-137在正常的神经发生与神经发育过程中也具有重要作用。但是，miR-137的体内功能与作用机制仍然不清楚。为了揭示miR-137的功能，该研究构建了miR-137 KO动物，并对KO动物的突触可塑性、学习能力等多种神
NAT－NEUROSCI转录组+蛋白组联合揭示microRNA调控靶点功能机制
基因水平的研究发现miR-137与多种神经精神疾病存在相关性。同时，miR-137在正常的神经发生与神经发育过程中也具有重要作用。但是，miR-137的体内功能与作用机制仍然不清楚。为了揭示miR-137的功能，该研究构建了miR-137 KO动物，并对KO动物的突触可塑性、学习能力等多种神经功
连接非编码突变和肿瘤基因表达的转录组全网络
肿瘤基因组中充满了非编码突变，这些突变对肿瘤的影响研究还不是很清晰。加州大学圣地亚戈分校的科学家Wei Zhang and Ana Bojorquez-Gomez，Trey Ideker，在最近国际顶级期刊Nature Genetics发表文章 A global transcriptiona