高通量测序技术实现绘制人类视网膜高精度发育细胞图谱
人类胚胎发育从受精卵开始，经过着床前胚胎发育（胚内和胚外组织的产生），原肠胚产生（三胚层的特化）和器官发生等阶段，最终新生儿出生。人类胚胎发育从单个细胞到上万亿个细胞，历时二百八十天，整个过程的基因表达受到多种因素的精细调控，其中很多机制尚未明确。 为了解析人类胚胎发育各个阶段的基因表达调控网络，自2010年起，北京大学北京未来基因诊断高精尖创新中心、生命科学学院汤富酬课题组和北医三院乔杰课题组就开始紧密合作，围绕人类生殖系细胞（包括着床前胚胎细胞和着床后胚胎生殖细胞）发育的基因表达调控机制系统地开展研究工作（如图1所示）。图1.汤富酬课题组和乔杰课题组合作项目概览 首先，应用汤富酬课题组发展的单细胞转录组高通量测序技术，汤富酬课题组和乔杰课题组绘制了完整的人类生殖系细胞的发育细胞图谱，包括着床前胚胎的发育细胞图谱（Yan et al., Nature Structural & Molecular Biology......阅读全文
高通量测序技术实现绘制人类视网膜高精度发育细胞图谱
人类胚胎发育从受精卵开始，经过着床前胚胎发育（胚内和胚外组织的产生），原肠胚产生（三胚层的特化）和器官发生等阶段，最终新生儿出生。人类胚胎发育从单个细胞到上万亿个细胞，历时二百八十天，整个过程的基因表达受到多种因素的精细调控，其中很多机制尚未明确。 为了解析人类胚胎发育各个阶段的基因表达调控网
《细胞》：单细胞测序助力基因重组图谱
来自斯坦福大学医学院等处的研究人员发表了题为“Genome-wide Single-Cell Analysis of Recombination Activity and De Novo Mutation Rates in Human Sperm”的文章，首次公布了来自一个成人男子91个
高通量测序
高通量测序技术又称“下一代”测序技术，以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序包括：大规模平行签名测序、聚合酶克隆、454焦磷酸测序、离子半导体测序和DNA 纳米球测序等技术。 高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DN
PNAS：单细胞测序绘制大脑的细胞图谱
斯坦福大学的著名学者Stephen Quake及其同事本周在《美国科学院院刊》（PNAS）上发表文章，介绍了人类脑细胞的单细胞转录组测序研究成果。 研究小组对近500个成人或胎儿脑细胞进行了单细胞RNA测序。利用这种方法，他们能够鉴定出大脑中所有主要的细胞类型，并确定神经元的亚型。他们还观察了
高通量测序原理
高通量测序原理是将基因组 DNA 片断化，然后克隆到质粒载体上，再转化大肠杆菌。对于每个测序反应，挑出单克隆，并纯化质粒 DNA。高通量是相对于第一代测序的，第一代测序只能一次测1个样品的1段序列，产生的数据量相对来说很小，而高通量测序一次能够产生的数据量在几十G上百G，可以一次测很多的样本。高通量
高通量测序原理
高通量测序原理是将基因组 DNA 片断化，然后克隆到质粒载体上，再转化大肠杆菌。对于每个测序反应，挑出单克隆，并纯化质粒 DNA。高通量是相对于第一代测序的，第一代测序只能一次测1个样品的1段序列，产生的数据量相对来说很小，而高通量测序一次能够产生的数据量在几十G上百G，可以一次测很多的样本。高通量
高通量测序原理
高通量测序原理是将基因组 DNA 片断化，然后克隆到质粒载体上，再转化大肠杆菌。对于每个测序反应，挑出单克隆，并纯化质粒 DNA。高通量是相对于第一代测序的，第一代测序只能一次测1个样品的1段序列，产生的数据量相对来说很小，而高通量测序一次能够产生的数据量在几十G上百G，可以一次测很多的样本。高通量
高通量测序技术
没有测序的癌症诊断是不完整的，完整的癌症诊断应该包括一系列基于细胞遗传学技术、荧光原位杂交技术、标准分子技术以及NGS的预后与预测性分析。对于早期癌症患者来说，NGS序列分析在多种癌症的筛查技术中具有不容忽视的代表性;而对于晚期癌症患者，大量的侵入性测试往往只能筛查出少数几个药物靶点。 随
单细胞多组学高通量测序平台（二）
虽然single-cell sequencing的方法仍在不断推出，但是目前使用最为广泛、商业化成熟的方法仍是10×Genomics公司推出的ChromiumTM系统。1.2以RNA-seq为例介绍高通量单细胞测序技术单细胞测序的最主要难点是如何在短时间内分离得到最可能多的单个细胞，早期的技术代表F
单细胞多组学高通量测序平台（一）
一单细胞多组学高通量测序技术简介通过测序手段检测细胞多层次信息，如基因组、表观组、转录组甚至蛋白组已经成为生物学研究的重要手段。几乎一切生命体的活动都围绕着DNA->RNA->蛋白质的过程，而现有的组学技术也围绕这一过程获取信息（如DNA层面的基因序列），从而解读生物体运行机制，应用于疾病的诊断和治
《Cell》第一张灵长类视网膜细胞图谱
几十年来，科学家一直把普通实验鼠的视网膜作为研究模型来理解神经元如何连接到大脑中形成回路，但是作为视觉和视觉相关疾病模型，鼠类不可谓称职。 分子和细胞生物学教授、脑科学中心主任Joshua Sanes说，问题在于它们缺乏中央凹（fovea）——视网膜中一个很小的专门区域，形成清晰的中央视觉。在
Cell：单细胞测序绘制骨髓基质细胞全景图谱
最新发布在Cell上的一项研究表明，单细胞测序可以绘制骨髓基质细胞的完整类群，并为白血病研究提供新的视角。这一新研究由美国哈佛大学的David T. Scadden教授和马萨诸塞州综合医院Broad研究所的Aviv Regev团队合作而成。他们创新地使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术
PNAS：高通量测序揭示B细胞的生死抉择
作为机体免疫应答的中坚力量，B细胞时刻准备着识别和摧毁入侵机体的抗原（包括感染和癌细胞）。为了做好这项工作，每一个新生B细胞都配备了高度特异性的武器——与抗原特定部分选择性结合的抗体蛋白。B细胞的成熟要经过仔细的筛选，要么被选中得以成熟，要么被淘汰而死去。这一过程的关键在于，决定B细胞特异性的抗
高通量单细胞转录组测序发展与展望
单细胞转录组测序技术这几年的发展之快，运用之广已众所周知。为更好的在国内推广该技术，也为更好的将该技术运用到广大科研工作者的实际工作中，上海生物芯片有限公司生物信息团队通过对该技术的整理和归纳，在《生命科学》杂志上发表了名为“高通量单细胞转录组测序发展与展望”综述文章，希望能进一步提升科研工作者对该
单细胞测序这样的高通量技术的优势
单细胞全基因组测序主要应用于肿瘤发生机制及胚胎发育研究。单细胞转录组分析可以在全基因组范围内挖掘基因调节网络，尤其适用于存在高度异质性的干细胞及胚胎发育早期的细胞群体。2017年6月16日，北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Sin
Solexa高通量测序方法
高通量测序发展的背景基因决定了一个人的相貌、身高甚至疾病，它存在于每个人体细胞的ＤＮＡ中。而组成ＤＮＡ的基本物质则是由Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ表示的４种碱基，一个人的基因组测序就是排列出其ＤＮＡ上所有碱基的顺序。如果每个人都能拥有一份属于自己的基因组图谱，那么科学家们长期以来期待的“个性化医疗时代”就会可能成
高通量测序技术包括
高通量测序技术及原理介绍如下：高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（“Next-generation” sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。测序技术推进科学研
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
高通量测序的意义
高通量测序技术的诞生可以说是基因组学研究领域一个具有里程碑意义的事件。该技术使得核酸测序的单碱基成本与第一代测序技术相比急剧下降, 以人类基因组测序为例, 上世纪末进行的人类基因组计划花费 30 亿美元解码了人类生命密码, 而第二代测序使得人类基因组测序已进入万(美)元基因组时代。如此低廉的单碱
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titanium第二代
什么是高通量测序
高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（"Next-generation" sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等，主要
高通量测序的步骤
当然，首先地提取出您想要测序的东西，比如RNA、DNA 。再就是建库-测序-分析。建库需要将序列片段化、加接头、PCR。不同的业务有细微的差别，比如RNA要先反转录成cDNA等等。然后就是上机测序了！最后就是数据分析了。数据分析分为流程分析（基本分析）和个性分析（根据老师课题分析）。这些以后呢，就是
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
单细胞RNA测序发现新视网膜神经节细胞亚型
单细胞测序技术填补了生命科学领域的许多空白，依靠这项技术，康涅狄格大学健康中心和杰克逊实验室（JAX）的研究人员已经鉴定出了40种视网膜神经节细胞（retinal ganglion cells，RGCs）亚型，以及用于区分它们的遗传标记和转录因子。 得益于液滴单细胞RNA测序技术（drople
单细胞RNA测序发现新视网膜神经节细胞亚型
单细胞测序技术填补了生命科学领域的许多空白，依靠这项技术，康涅狄格大学健康中心和杰克逊实验室（JAX）的研究人员已经鉴定出了40种视网膜神经节细胞（retinal ganglion cells，RGCs）亚型，以及用于区分它们的遗传标记和转录因子。 得益于液滴单细胞RNA测序技术（drople
单细胞测序揭示肺癌肿瘤免疫细胞亚型的细胞图谱
最近免疫疗法的出现标志着多种癌症的研究和护理发生了巨大变化，给世界各地的患者和家庭带来了新的希望。对于那些对治疗有反应的人来说，结果可能是激动人心的。激活病人的癌症免疫系统可以杀死或缩小肿瘤，在某些情况下，会导致完全缓解。 尽管取得了重大进展，但只有少数人从免疫治疗中获益，原因尚不清楚。 免
基于单细胞测序绘制肿瘤微环境相关细胞代谢图谱
肿瘤作为一个异常复杂的“生态系统”，不同类型的肿瘤细胞与非肿瘤细胞共同构成了肿瘤微环境。肿瘤存在肿瘤间异质性和肿瘤内异质性，可以说肿瘤内每种细胞都存在于不同的微环境中，每种细胞都可能有不同的代谢状态。由于异质性，肿瘤细胞会通过改变自身代谢模式（即“代谢重编程”）来适应不同的微环境，以满足其对能量
Nature重磅！利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱
肝脏是人体最大、功能最多的器官之一，在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是，肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%，就能够完全再生的内脏器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一，也是导致死亡的主要原因。 尽管肝脏对人类健康极为重要，但健康
Nature重磅！利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱
肝脏是人体最大、功能最多的器官之一，在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是，肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%，就能够完全再生的内脏器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一，也是导致死亡的主要原因。 尽管肝脏对人类健康极为重要，但健康