Oligopulldown结合质谱、蛋白解构技术等研究实体瘤膀胱癌
m5C修饰是mRNA上分布广泛的碱基修饰形式之一，但对于进入细胞质内的含有m5C修饰的mRNA的命运决定及其在生理和病理中的调控作用目前尚不清楚。中国科学院北京基因组研究所杨运桂团队联合中山大学肿瘤医院周芳坚团队、谢丹团队和中科院生物化学与细胞生物学研究所黄旲团队合作研究，发现m5C通过细胞质内新结合蛋白YBX1调控mRNA的稳定性，进而调控膀胱癌的增殖和转移。相关研究成果以5-methylcytosine promotes pathogenesis of the bladder cancer through stabilizing mRNAs为题在线发表于Nature Cell Biology。 研究团队首先绘制了膀胱癌组织中mRNA上的m5C单位点图谱，发现癌症通路相关基因的mRNA倾向于高甲基化修饰，随着膀胱癌分级、淋巴结转移的疾病进展，相关原癌基因mRNA m5C甲基化水平逐渐升高。利用Oligo-pull dow......阅读全文
英国开发可剿灭实体瘤新药
英国开发可瞄准实体瘤的智能药物。英国研究人员正在开发一种新的癌症治疗药物，这种药物能够找到并完全摧毁实体瘤，而无论是什么类型的癌症。 这种药物中的关键活性成分以秋水仙碱为基础。秋水仙碱是一种来自秋水仙的天然合成物质，而秋水仙则是英国的一种开花植物。 秋水仙是百合科秋水仙，也被
循环DNA与实体瘤患者生存
采用分子分析来指导预后和预测治疗效果会因为患者组织的获取而受到限制。对患者外周血中的全部循环游离DNA（cfDNA）或者循环肿瘤DNA（ctDNA）进行检测可以更容易的获得肿瘤样本，并有助于预测临床效果。11月24日发表在Cancer Epidemiol Biomarkers Prev上的一篇
ASCO：多种细胞疗法挑战实体瘤
当地时间5月31日至6月4日，第55届美国临床肿瘤学会(American Society of Clinical Oncology， ASCO)年会将在美国伊利诺伊州芝加哥市举办。 ASCO作为全球领先的、最具影响力的肿瘤学专业学术组织以及在临床肿瘤学领域久负盛名、规模最大的学术会议，始终致力
北京基因组所RNA－m6A甲基化调控mRNA剪切研究获进展
6-甲基腺嘌呤【N6-methyl-adenosine(m6A)】是高等生物mRNA中含量最为丰富的甲基化修饰形式之一，发生于保守序列RRACH（R=G ,A； H=A,C or U）中，富集在mRNA的外显子编码区及3’-非编码区。类似于DNA甲基化修饰，RNA的m6A甲基化修饰也是可逆的，由
北京基因组所等发现RNA甲基化调控基因出核新机制
中国科学院北京基因组研究所精准基因组医学重点实验室及遗传与发育协同创新中心杨运桂研究组和郑州大学第一附属医院生殖与遗传专科医院孙莹璞研究组、中国科学院生态环境研究中心汪海林研究组合作研究，揭示了m5C（5-甲基胞嘧啶）修饰在mRNA的分布图谱规律及其对调控mRNA出核作用新机制。该研究成果以5-
中科院、北大Cell－Research发布癌症表观遗传重要发现
来自中科院北京基因组研究所、北京大学、武汉大学等机构的研究人员证实，在肾癌中5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)丧失与基因体（gene body）高度甲基化有关。这一研究发现发布在12月18日的《细胞研究》（Cell Research）杂志上。 中科院北京基因组研究所的慈维敏（Weimin Ci）研
RNA甲基化研究深度剖析（一）
一、听说最近 RNA甲基化很火，它是何方神圣？1、高分文章频现 说起近来的科研热点，RNA甲基化修饰的相关研究可以说是当前整个生命科学领域最热门的方向之一，亮点文章频出，着实让人有些目不暇接。RNA甲基化的研究近3月发表的文章影响因子为10分以上的，就有高达 17 篇。 图：RNA甲基化近期高
“RNA－甲基化”研究汇总——拟南芥篇
关于RNA甲基化修饰的研究成果在Nature，Science，Cell等高分期刊上频频亮相，并一次次刷新人们对生命科学的认知。拟南芥作为植物界中研究RNA甲基化修饰的先行者，许多学者将它作为研究对象，并与最新m6A、m5C RNA甲基化测序技术结合，证实到RNA甲基化广泛存在于拟南芥各个发育
有史以来对人类转移性实体瘤的最大规模全基因组研究
在一项新的研究中，来自荷兰和澳大利亚的多个研究机构的研究人员对转移性实体瘤开展了有史以来最大规模的全基因组研究。相关研究结果近期发表在Nature期刊上，论文标题为“Pan-cancer whole-genome analyses of metastatic solid tumours”。他们在
一次RNA甲基化测序的多项成果云序RNA甲基化测序技术...2
（二）云序客户m6A RNA甲基化修饰表达谱，一次测序两篇文章疾病：胃癌样品：胃癌组织vs癌旁组织（6 vs 6）研究方法：m6A-MeRIP-Seq，RNA-seq4. m6A修饰对其修饰基因在胃癌中的异常表达及预后的潜在影响发表杂志：Frontiers in Genetics影响因子：3.258
一次RNA甲基化测序的多项成果云序RNA甲基化测序技术...1
一次RNA甲基化测序的多项成果-云序RNA甲基化测序技术大公开文章导读RNA修饰是表观遗传学中调控转录后基因表达的关键过程，目前对m6A RNA修饰的研究已进行的如火如荼，而除了m6A以外仍有多种RNA修饰类型参与调控转录后的基因表达，其中包括m1A、m5C、m7G、2’-O-甲基化修饰以及ac
迄今最小！科学家发现RNA新实体
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517033.shtm人类微生物群刚刚收获一个新的实体——科学家发现了比病毒还小的微小RNA片段，它们在人类肠道和口腔细菌内定殖。不过，这些遗传物质片段太小，不足以被视为标准的生命形式。它们是传递细胞可以读
染色质重塑因子PKL在RNA介导的DNA甲基化中的功能
5月31日，《基因组生物学》（Genome Biology）杂志在线发表了中国科学院上海生命科学研究院植物逆境生物学研究中心张蘅研究组题为The developmental regulator PKL is required to maintain correct DNA methylation
2018国自然研究热点二：－RNA甲基化研究深度剖析
一、听说最近 RNA甲基化很火，它是何方神圣？ 1、高分文章频现 说起近来的科研热点，RNA甲基化修饰的相关研究可以说是当前整个生命科学领域最热门的方向之一，亮点文章频出，着实让人有些目不暇接。RNA甲基化的研究近3月发表的文章影响因子为10分以上的，就有高达 17 篇。 图：
质谱及质谱的目的
质谱，是一种分析方法，原理就是让带电原子、分子或分子碎片按质荷比的大小顺序排列，打出相应的谱线。待分析的样品分子在离子源中离化成具有不同质量的单电行分子离子和碎片离子，这些单电荷离子在加速电场中获得相同的动能并形成一束离子，进入由电场和磁场组成的分析器中；其中离子束中速度较慢的离子通过电场后编转大，
气体分析质谱质谱原理
质谱仪配备QuaderaTM 分析软件, 操作简单, 功能强大, 有128 个检测通道，可生成用户特殊应用软件界面. 在参数设置, 多种实测方式, 谱库, 数据统计, 谱图放大, 光标, 输入输出模块等性能的支持下, 可以更方便地进行定性定量分析以及在线离线分析. Omnistar/
实体瘤的CART细胞治疗
简介 嵌合抗原受体（CAR）含有一个细胞外单链可变区（scFv），其功能为标的、穿膜间隔、及细胞内信号或激活。CAR-T细胞将CAR通过质粒转染、mRNA或病毒载体传导引入T细胞以识别细胞表面暴露的癌相关抗原（TAA）。 迄今为止大约有30个TAA正在研究中，其中广为关注的包括癌胚抗原（CE
徐瑞华：新一代“广谱抗癌药”推动实体瘤精准治疗
“传统的NTRK融合阳性肿瘤治疗以化疗为主，然而患者生存获益有限。随着基因检测技术的进步和更多靶向药物的出现，我国正逐步进入NTRK融合阳性肿瘤精准治疗时代。”近日，中山大学肿瘤防治中心主任徐瑞华表示。 前不久，我国首款自主研发的新一代TRK抑制剂佐来曲替尼（ICP-723）已在全国多个省市医
m6A“RNA甲基化”研究汇总—非编码RNA篇
RNA甲基化是目前申请国自然项目热点，也是唯一能在短短3个月内发数十篇nature，cell级别高分文章领域，近期RNA甲基化研究引起了科研工作者的研究热潮。因mRNA参与蛋白编码，之前多数文章针对mRNA甲基化进行研究（详细见云序课堂之前往期回顾）。然而许多研究表明发生m6A甲基化的非编码RNA在
高通量测序技术的应用
测序技术推进科学研究的发展。随着第二代测序技术的迅猛发展，科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行重头测序(de novosequencing)，获得该物种的参考序列，为后续研究和分子育种奠定基础；对有参考序列的物种，进行全基因组重测
出尿路上皮癌中具有预后分层的DNA甲基化亚型确认
尿路上皮癌（UC）是泌尿生殖系统常见的恶性肿瘤之一，包含上尿路上皮癌和膀胱癌，均起源于尿路上皮细胞，但上尿路上皮癌恶性程度更高，诊断时约60%的患者已发生肌层浸润，而膀胱癌患者发生肌层浸润的比例仅15-25%。越来越多的证据表明，DNA甲基化与肿瘤的进展紧密相关。肌层浸润和非肌层浸润的膀胱癌具有
南丹麦大学Finn－Kirpekar教授担任北京基因组所特聘研究员
3月7日，中科院北京基因组研究所党委书记、常务副所长杨卫平向丹麦南丹麦大学生化与分子生物学系Finn Kirpekar教授颁发了“中国科学院特聘研究员”证书。至此，Finn Kirpekar教授成为北京基因组所第五位“特聘研究员”计划受聘的学者，他将依托北京基因组所杨运桂项目组，联合开展
质谱
不同质荷比的离子经质量分析器分离，而后被检测并记录下来的谱图叫作质谱图。简称质谱。质谱图的横坐标是质荷比(m/z) ，纵坐标是离子强度；质谱法(Mass Spectrometry) 即质谱分析法， 一般亦简称为质谱；质谱计(Mass Spectrometer): 采用顺次记录各种质荷比离子的强度的方
一文了解RNA甲基化机制
1. 什么是RNA甲基化修饰？ 我们知道DNA的甲基化修饰是发生在胞嘧啶（C）上的，而最常见的RNA的甲基化修饰是m6A（N6-methyladenosine，6-甲基腺嘌呤）和尿苷化修饰（uridylation，U-tail）。 m6A修饰在70年代就发现了，是可以发生在mRNA、lncR
什么是质谱及质谱图
质谱（又叫质谱法）是一种与光谱并列的谱学方法，通常意义上是指广泛应用于各个学科领域中通过制备、分离、检测气相离子来鉴定化合物的一种专门技术。质谱法在一次分析中可提供丰富的结构信息，将分离技术与质谱法相结合是分离科学方法中的一项突破性进展。在众多的分析测试方法中，质谱学方法被认为是一种同时具备高特异性
基因组所等在RNA甲基化表观遗传新机制研究中获重要进展
11月21日，中国科学院北京基因组研究所重大疾病基因组与个体化医疗实验室 “百人计划”研究员杨运桂研究组，与美国芝加哥大学何川教授实验室和奥斯陆大学Arne Klungland教授合作完成的“RNA甲基化表观遗传新机制研究项目”取得重要进展，相关学术论文在《细胞》子刊《分子细胞》
基因组DNA甲基化分析方法
早期的基因组DNA甲基化分析技术，如SssI甲基转移酶分析法、氯乙醛反应法、免疫学抗体技术等，已经不能满足现代表观遗传学研究的需求。今年来常用的基因组甲基化的方法有以下两种。1. 甲基化敏感扩增多态性实验甲基化敏感扩增多态性实验技术被用于检测双向型真菌的DNA甲基化，它是在扩增片段长度多态性技术的基
基因组算法立功！发现膀胱癌新靶点
膀胱癌是美国第六常见的癌症，根据美国癌症学会（ACS）的统计，2017年美国约有79000人被诊断为膀胱癌，将近17000人死于这种疾病。在过去几年中，逐渐形成了根据基因表达模式对膀胱癌进行分类的趋势。已知一种称为p53样膀胱癌（p53-like bladder cancer）的基因表达模式与侵
基因组算法立功！发现膀胱癌新靶点
膀胱癌是美国第六常见的癌症，根据美国癌症学会（ACS）的统计，2017年美国约有79000人被诊断为膀胱癌，将近17000人死于这种疾病。在过去几年中，逐渐形成了根据基因表达模式对膀胱癌进行分类的趋势。已知一种称为p53样膀胱癌（p53-like bladder cancer）的基因表达模式与侵
lncRNA启动子DNA甲基化/羟甲基化测序分析
技术优势：● 专注非编码RNA领域，完善的lncRNA启动子分析流程● 可与lncRNA表达谱芯片联合应用，实现平台间无缝对接● 可视化数据展示，提供paper级结果图表● 优化的IP实验方法，可信赖的检测平台及数据结果 介绍： 人类基因组中仅有约2%的DNA序列最