tNAS（转录组新可变剪接位点的发现）
本公司采用自主研发与成熟开源软件相结合的方式构建了专业高效的生物信息分析流程，对您获得的海量RNA-seq序列的质量、特征等重要信息进行图形可视化；发现您样品中的新可变剪接事件，揭示出的重要科学问题进行中肯分析；让您快速“发现”所关注生物学问题，医学问题和农业问题的答案。 我们的流程：1. Pretreatment（有效序列Reads提取）l 高通量测序质量评估，获得测序有效读长。l 剔除每条序列中的index序列和adaptor序列。l 获得有效序列总数。 2. Mapping (全基因组定位)：让您“看见”自己样品中mRNA和ncRNA的分布状态。l Reads mapping: total mapped, unique mapped, multipl......阅读全文
tNAS（转录组新可变剪接位点的发现）
本公司采用自主研发与成熟开源软件相结合的方式构建了专业高效的生物信息分析流程，对您获得的海量RNA-seq序列的质量、特征等重要信息进行图形可视化；发现您样品中的新可变剪接事件，揭示出的重要科学问题进行中肯分析；让您快速“发现”所关注生物学问题，医学问题和农业问题的答案。 我们的流程：1. Pr
tRAS（转录组可变剪接调控深度分析）
本公司采用自主研发与成熟开源软件相结合的方式构建了专业高效的生物信息分析流程，对您获得的海量RNA-seq序列的质量、特征等重要信息进行图形可视化；根据对照和实验组，系统分析您样品中所蕴藏的可变剪接调控规律，中肯分析所揭示出的重要科学规律；让您快速“发现”所关注的生物学，医学和农业问题的答案。 我们
剪接位点
中文名称剪接位点英文名称splicing site;splice site定 义剪接体可识别的RNA前体中内含子和外显子连接边界的序列和接头位点。根据位置不同可以分为供体和接纳体剪接位点。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），基因表达与调控（二级学科）
关于可变剪接的基本介绍
可变剪接(alternative splicing)是指在同一个mRNA前体内部数个外显子之间产生的差异性连接。这种剪接可以使同一个基因在不同的发育阶段、不同分化状态甚至不同生理状态下,得到多个相似但有差异的mRNA,进而被翻译为氨基酸序列相近似、性质和功能有差异的蛋白质。高度通用性的剪接位点G
环形RNA可变反向剪接和可变剪接表达图谱被系统绘制
6月30日，国际学术期刊Genome Research 在线发表了中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所杨力研究组和生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组关于环形RNA研究的最新进展：Diverse alternative back-splicing and alternative spl
GUT揭示癌症治疗靶点调控RNA可变剪接的分子机制
来自浙江大学基础医学院，中国药科大学等处的研究人员发表了题为“SRSF6-Regulated Alternative Splicing that Promotes Tumor Progression Offers a Therapy Target for Colorectal Cancer”的文
Nature：针对RNA转录和剪接的新观点！
细胞通常产生区室来控制重要的生物功能。细胞核就是一个很好的例子；它被核膜包围着，容纳着基因组。然而，细胞还含有未被膜包围的较为短暂存在的封闭室，就像水中的油滴。在过去两年中，这些称为液滴状“凝聚物（condensates）”的封闭室已越来越多地被认为是控制基因的主要参与者。如今，在一项新的研究中
新研究揭示可变剪接调控光形态建成的分子机制
太阳光不仅是植物光合作用的能量来源，也是一种重要的环境信号，调节植物的生长发育进程。其中幼苗光形态建成受光质、光量的精确调控，涉及不同的光受体和一系列信号调控因子。COP1是光形态建成的一个明星蛋白，它作为一种E3泛素连接酶，与目标蛋白互作并促进其降解，COP1在植物和动物中广泛存在。真核生物
如何寻找转录起始位点？
一、引物延伸分析（primer extension analysis）引物延伸分析用于定量mRNA的量，测定低丰度的mRNA的种类。另外引物延伸实验可标定转录产物的5`-端， 确定转录的精确起始。特异的末端标记的引物退火到RNA链的互补区域，随后用RNA作为模板，用反转录酶延伸引物得到cDNA，用变
转录因子定义和结合位点
定义人类金属巯基因调节区转录因子(transcription factor)是一群能与基因5`端上游特定序列专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。结合位点转录因子的结合位点（transcription factor binding site，TFBS）是转录因子
如何寻找转录起始位点
一、引物延伸分析（primer extension analysis） 引物延伸分析用于定量mRNA的量，测定低丰度的mRNA的种类。另外引物延伸实验可标定转录产物的5`-端， 确定转录的精确起始。特异的末端标记的引物退火到RNA链的互补区域，随后用RNA作为模板，用反转录酶延伸引物得到cDNA，
精确转录因子结合位点绘图
“掌握转录因子活动控制高等生物发育的基本原理非常有用，”纽约大学生物学系教授Stephen Small说。“更具体地讲，这项机理的发现为由于转录因子受到干扰的突变基因导致胚胎发育深层破坏和一系列疾病提供了一个潜在的治疗途径。” 这项研究发表于《Genes & Development》，参与研究
调控玉米性状－可变剪接“火”起来
可变剪接，这个早在上世纪就被提出的概念，在近几年的研究中，又“火”了起来。科学家们发现，可变剪接不仅丰富蛋白质组多样性，还在生物体内起着重要的调控作用。 可变剪接是什么？这项研究有了什么新发现？是怎样得出来的？实验中的难点是什么？对之后的研究有怎样的借鉴意义？科技日报就此采访了该研究团队。
调控玉米性状－可变剪接“火”起来
最近，中国农业大学国家玉米改良中心田丰教授团队与杨小红教授团队合作研究，以368份玉米自交系未成熟籽粒为实验材料，定位玉米种全基因组水平QTL(数量性状位点），全面解析了其可变剪接的调控机制，并为研究表型变异提供了重要线索。相关论文近日发表在《植物细胞》杂志上。 可变剪接，这个早在上世纪就
转录因子的结合位点的相关介绍
转录因子的结合位点（transcription factor binding site，TFBS）是转录因子调节基因表达时，与基因模板链结合的区域。按照常识，转录因子（transcription factor）的结合位点一般应该分布在基因的前端，但是，新的研究发现，人21和22号染色体上，只有2
上海生科院科研人员研发了－premRNA可变剪接分析软件CASH
4 月 6 日，国际著名生物信息学期刊 Briefings in Bioinformatics 在线发表了中国科学院上海生命科学研究院（人口健康领域）冯英组和浙江农林大学吴文武博士，上海列冰生物科技有限公司宗杰博士的最新研究进展“CASH： a constructing comprehensiv
GWAS荟萃分析发现新的乳腺癌风险位点
由剑桥大学研究人员领导的国际研究小组通过全基因组关联研究（GWAS）的荟萃分析，发现了15个与乳腺癌风险有明显关联的新位点。这项成果于3月9日在线发表于《Nature Genetics》杂志上。 这个团队汇集了超过10万名妇女（包含病例和对照）的数据，其中几万个样本已通过定制的iCOGS芯片进
北京基因组所等发现八个人类头发曲直相关新位点
人类头发形状是一种高度遗传的表型。作为人类最明显的外部可见特征之一，头发形状在不同的大陆之间表现出显著的多样性。图片来源于网络 中国科学院北京基因组研究所刘凡研究组、荷兰伊拉斯姆斯大学，联合其他国家的研究人员，合作进行一项基于大样本的人类头发曲直的全基因组研究。科研人员通过问卷和专家评估相结合
乳腺癌全转录组关联分析发现新的风险基因
美国范德堡大学和澳大利亚昆士兰医学研究所（QIMR Berghofer）领导的研究团队利用全转录组关联分析方法，找到与乳腺癌存在明显关联的48个基因。这项成果于6月18日发表在《Nature Genetics》上。 研究人员利用近12.3万名乳腺癌患者和近10.6万名对照的遗传预测基因表达谱
METTL16介导通过阻碍对剪接位点的识别从而抑制RNA剪接
RNA m6A修饰是目前RNA表观遗传领域研究的热点，对于m6A的甲基化酶和去甲基化酶，相信大家也是耳熟能详。事实上，大名鼎鼎的METTL3仅能结合约22%的m6A位点，这提示还有其他m6A甲基化酶。确实，在METTL3之后，METTL16也被鉴定为m6A甲基化酶，但是它的底物远不如METTL3
督查组两天发现241个环境问题点位
11月5日，28个督查组对照任务清单的469家企业（单位）的526个具体任务点位进行了现场核实，发现其中85家企业（单位）的102个点位存在环境问题。存在问题的点位中，重污染天气应急响应方面的33个，工业企业未落实无组织整治要求的29个，施工工地扬尘管理方面的12个，非工业污染问题的10个，未安
杨力受邀发表MolecularCell综述解析可变剪接
中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所杨力研究组受邀在《分子细胞》（Molecular Cell）发表了题为RNA structure switches RBP binding 的专评文章，对该刊同期发表的一项题为RNA sequence context effects measured in
《科学》：深度测序带来人类转录组“空前”全貌
德国科学家最近利用下一代测序技术和分析方法，得到了对于人类转录组（transcriptome）的崭新认识。相关论文7月3日在线发表于《科学》杂志。 到目前为止，人类转录组的功能复杂性尚未完全阐明。在最新研究中，通过对源自人类两大细胞系——胚肾和B细胞系的转录子（本）进行“鸟枪法测序”（shotgun
科学家发现造血干细胞发育新位点
近日，军事医学科学院附属医院（解放军307医院）刘兵课题组和军事医学科学院生物工程研究所杨晓课题组通过合作，发现小鼠胚胎头部是造血干细胞发育的新位点。相关研究成果于11月2日以研究论文形式发表于国际期刊《细胞—干细胞》，论文第一作者为博士生李专和副研究员兰雨。 造血干细胞的
染色质高级结构变化调控细胞凋亡的新机制
真核生物DNA通过缠绕组蛋白八聚体形成以核小体为重复单元的串珠结构，再通过形成远距离的染色质环等高级结构而存储于细胞核中。近年来研究表明染色质高级结构在维持基因表达和细胞命运决定等方面发挥重要作用，且染色质高级结构的形成和维持需要特定转录因子的介导。多功能转录因子CCCTC结合因子（简称：CTC
分子遗传学词汇转录起始位点
与新生RNA链第一个核苷酸相对应的DNA链上的碱基转录的起点是指与新生RNA链第一个核苷酸相对应的DNA链上的碱基，研究表明通常为一个嘌呤（A 或G），即5’UTR的上游第一个碱基。
赵方庆团队提出环形RNA转录本重建和定量新方法
在以往的研究中，环形RNA的识别方法主要是利用环形RNA特有结构——反向剪接序列特征进行识别。然而，由于二代测序的读长普遍较短，研究者们虽然可以获得大量的反向剪接位点，却无法高通量获得环形RNA的完整内部结构信息，也无法对不同可变剪接产物进行精确定量。 2018年1月19日，Genome Me
研究揭示RNA两步渐进式加工新模式
哺乳动物中超过70%的蛋白编码基因具有多个polyA位点，不同polyA位点的选择被称为可变多聚腺苷酸化（APA）。APA过程的失调与很多疾病相关联。现有理论认为，APA发生过程中近端polyA位点和远端polyA位点的加工都是共转录发生的，二者相互独立。近日，武汉大学生命科学学院、病毒学国家重点实
遗传发育所在大豆可变剪接研究中取得进展
作为一种重要的基因转录后调控机制，可变剪接在真核生物中普遍发生，在基因表达和功能多样性调控中起着重要的作用。不同物种、同一物种的不同组织以及不同基因家族的可变剪接在形式和比例上都存在差异，然而，决定这些差异的因素还尚不为人知。 中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜课题组通过对来自大豆不同
北京生科院提出环形RNA全长转录本重建和定量新方法
国际学术期刊Genome Medicine 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification 的最新研究成果。该研