NCBIBLAST比对结果详细分析
相关专题NCBI BLAST比对结果报告分析:BLAST是NCBI开发的一款序列相似搜索程，常用在线的BLAST比对工具进行序列比对分析和引物设计。写在解读报告之前的，首先就使用Blast最终的目的是什么达成一致，Blast是通过两两比对，找到数据库中与输入序列最相似的序列，或者说是最相似的序列片段。那么我们看比对结果就是看Blast从数据库中找到哪些相似的序列，然后就是如何相似，这些相似又可以告诉我们哪些信息等。当然Blast可以衍生出许多的用途，但都是建立在找到相似性序列(片段)的基础上的。本文以BLASTP为例子，详细说明如何来解读最新的BLAST结果报告。示例blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome比对用的例子：>gi|16758036|ref|NP_445782.1| ribosomal protein......阅读全文
使用NCBI设计引物的教程
引物设计是PCR实验的关键步骤之一。正确的引物设计能有效提高实验的成功率。NCBI提供了一些强大的工具来辅助引物设计，本文将详细介绍如何使用NCBI工具设计引物。一、了解NCBI标记类别在NCBI中，常见的标记符号通常以两个字母开头，后接一组数字。这些符号表示不同类型的序列，对于选择正确的模板序列至
如何在NCBI上查找引物序列
在NCBI中BLAST引物（注意选择BLAST的数据库），然后再Blast结果中找寻符合要求的序列。后面会列出很多链接，直接就能看到NCBI号 进入http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Blast.cgi?PAGE=Nucleotides&PROGRAM=blastn&
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A－Collection－of－PlantSpecific－Genomic－Data－and－Resources－at－NCBI
The National Center for Biotechnology Information (NCBI) provides a data-rich environment in support of genomic research by collecting the biologi
NCBI－BLAST比对结果详细分析
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NCBI的使用指南之Map－viewer
Map viewer是NCBI 网站上提供的一个非常有用的寻找基因的工具，通过Map viewer你可以了解你感兴趣基因在基因组中所处的位置、基因序列、内含子及外显子的排列、基因的细胞遗传学图、EST.SNP等等许多有用的信息。进入Map viewer的方法如下：点击NCBI首页的Map viewe
NCBI－BLAST比对结果详细分析
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如何利用BankIt向NCBI在线提交序列
相关专题向NCBI提交序列常用的方法有两种，其一是在线提交的BankIt，其二是用软件Sequin。在此结合网络牛人实际操作经验来总结下如何通过BankIt在线提交DNA 或RNA序列，供参考。1.整理序列信息：包括病原采集地、病原的寄主、寄主症状、采集人等基本信息;还有序列分析结果，包括序列全长大
NCBI－BLAST软件比对结果详细分析
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向NCBI提交序列常用的方法有两种，其一是在线提交的BankIt，其二是用软件Sequin。在此结合网络牛人实际操作经验来总结下如何通过BankIt在线提交DNA 或RNA序列，供参考。1.整理序列信息：包括病原采集地、病原的寄主、寄主症状、采集人等基本信息;还有序列分析结果，包括序列全长大小，开放
一步一步教你使用NCBI数据库资源
相关专题随着ncbi 数据库各种资源的涌现，NCBI已经成为科研工作者必不可少的资料查找，数据分析的工具。那么NCBI数据如何使用，新手入门一步一步教你认识和使用NCBI数据库。一 综合数据库NCBI数据库集美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology
NCBI使用方法之二：如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
1、进入NCBI主页在search后面选择Gene，在for后面填写需要查找的基因的名字。点击“Go”，出现了很多基因序列，在每个序列的右边还有“Order cDNA clone” 的链接，这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的，有些是别名（Other Aliases）与你的目的基因一致，根据每个
NCBI－GenBank数据库的起源、功能和常遇问题及解答
GenBank数据库功能为一、提交获取的基因序列；二、查找已知基因的序列生物学特性信息，例如编码区，科学命名等。那么Genebank ID 和Gene cluster ID又是什么呢？ GenBank数据库起源 GenBank数据库是1982年由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建
一步一步教你使用NCBI数据库资源2
6 基因组信息6.1 数据库6.1.1 Entrez GenomeEntrez Genome数据库收录了850多种微生物、3100多种病毒以及1600多种真核生物细胞器的完整基因组数据以及将近50种动物、绿色植物和真菌的700多条染色体信息，总共收录有6200多条序列，其中有882条是去年新增的序列
NCBI使用方法之一：Map－viewer查找基因序列，RNA，启动子
下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤 一、打开Map viewer页面，网址为 在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。 二、点击“GO”： 三、在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框
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下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤一、打开Map viewer页面，网址为在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。二、点击“GO”：三、在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点
核酸序列的一般分析流程
1.1 核酸序列的检索 http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide 1.2 核酸序列的同源性分析 1.2.1 基于NCBI/Blast软件的核酸序列同源性分析 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/b
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核酸序列的一般分析流程
核酸序列的一般分析流程1.1 核酸序列的检索http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide 1.2 核酸序列的同源性分析 1.2.1 基于NCBI/Blast软件的核酸序列同源性分析 http://www.nc
类器官常用小分子及应用文献汇总
小分子(small molecules)是指分子量小于1000道尔顿(尤其小于400道尔顿)，并具有生物学功能的化合物。此类化合物与细胞因子和蛋白不同，其可直接穿过细胞膜进入细胞，进而发挥相应的功能，适用于各种属的细胞。小分子化合物的作用靶点众多，已广泛应用于干细胞，类器官，免疫学，神经生物
生物信息学应用：序列分析，电子克隆等初探
生物信息学可指利用信息技术管理和分析生物学数据。这就意味着生物信息学所涉及的范围相当广泛，从人工智能、机器人一直到基因组(genome)分析。就基因组分析这一角度来看，生物信息学主要是指核酸和蛋白质序列数据的计算机处理和分析。近年来，蛋白质结构数据的快速增长，使蛋白质三维结构的处理分析也归入到生物信
GenBank数据库概述（三）
结构： 1、 结构主页 — 关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。 2、 MMDB：分子模型数据库 — 一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。MMDB是来源于Brook
－距离中国生物信息中心还有多远
10月1日，由于美国民主、共和两党尚未解决新财年的政府预算分歧，联邦政府的非核心部门被迫关门。其中就包括医学、药学及生命科学从业者及研究者依赖度甚高的NCBI(美国国立生物技术信息中心)网站。 NCBI 是由美国参议员Claude Pepper于上世纪80年代后期发起成立。旨在发展新的
如何快速查找LncRNA序列？
查找LncRNA序列的网站有很多，包括Genebank，Ensembl，RefSeq，UCSC数据库等。今天，小编就给大家讲讲如何通过LncRNA ID号查找LncRNA的序列。一．根据LncRNA来源数据库，进入相应链接。 Genebank：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
如何查找microrna的前体
在NCBI主页输入要查找的miRNA的名称，all database中选择GENE；在搜索结果中选择目的miRNA，在NCBI reference sequences（RefSeq）栏中点击目的miRNA的ID号即转到序列，还可以通过链接到UCSC、miRBase查找。
RNAi片段siRNA设计原则
RNAi target selection rules:Targeted regions on the cDNA sequence of a targeted gene should be located 50-100 nt downstream of the start codon (ATG).S
Immune－Cell－Atlas－数据集的下载地址是什么？
您可以通过以下途径获取 Immune Cell Atlas 数据集： 1. 欧洲生物信息研究所（European Bioinformatics Institute，EBI）的数据库：https://www.ebi.ac.uk/2. 美国国家生物技术信息中心（National Center for
科研数据难共享阻碍国内生物科技发展
上海生物信息技术研究中心主任李亦学的“科研数据共享之梦”已做了13年。但在近日举行的首届金桥产业技术创新会议上，当记者向他问及相关进展时，听到的却是一声叹息。 13年前，“大数据”尚未被任何字典收录，而今却被公认是全球生命科学研究的核心工具。李亦学告诉记者，科研数据难以共享已成为国内生命科
生物信息学mapping率高或低代表什么意思
生物信息学高度依赖于网络。实际上，你需要的几乎所有资源，都可以从网上下到。你需要关注你研究领域所需要的那些，而不是全部的资源。我原来常用的：NCBI：持有INSDC的节点。网站上有核酸、蛋白、基因名、基因组名等等的搜索工具，以及BLAST序列比对搜索工具，PUBMED文献数据库，Taxonomy数据
SNP基因分型（SNP－genotyping）的几个常用数据库
做SNP genotyping应该常看的几个database：1. NCBI dbSNP从这里出发可以连到下面几个网站。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=snp2. International HapMap ProjectThe Int