NatureMethods|郑晔开发三维基因组数据高保真模拟新工具
染色体构象捕获3C（chromosome conformation capture【1】）和Hi-C（high-throughput chromosomeconformation capture【2,3】）测序技术已经逐渐成熟，成为研究远距离基因调控机制的重要方法。越来越多的学者提出分析Hi-C数据信号探测的模型和算法，但由于Hi-C数据深度测序成本巨大，而大部分检验结果无法进行实验验证真伪，因而迫切需要一个稳定的Hi-C数据模拟方法来进行基准测试和评估。目前，只有一个系统的Hi-C 数据模拟方法即Sim3C【4】，却由于三维基因组数据结构过于复杂，Sim3C模型无法捕获所有Hi-C数据的基本特征，再加上参数模型强加的一系列假设，使得模拟出来的Hi-C数据矩阵与真实Hi-C数据矩阵相差甚远（下图）。此外降采样（downsampling）和生物样本间置换（permutation）作为常见的测试方法，也有各自无法避免的局限。 ......阅读全文
解决基因组学重要挑战的新工具
单细胞基因组学和宏基因组学是开创性的技术，可帮助研究人员评估环境微生物群落的结构和功能。现在应用这些技术的项目越来越多，但是，仍缺乏一种高通量过程来检查所组装的基因组序列，从而阻碍了这些技术的广泛应用。目前，去除已上传到公共数据库的微生物基因组中的污染序列，还是一个手动和耗时的过程，为了去除污染
基因组系统解析工具开发研究取得重要进展
近日，中国工程院院士、南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）教授包振民团队开发国际首个整合宏观/微观进化基因组和功能基因组的综合分析工具（PanSyn，https://github.com/yhw320/PanSyn）。相关成果发表于《自然-实验手册》。该成果是包振民团队长期积累的丰富基因组学分析方
哺乳动物基因组三维结构首次确定
英国医学研究理事会网站日前报道称，英国科学家从单个细胞中确定出完整保存的哺乳动物基因组的首个3D结构，显示了细胞核内所有染色体中的DNA是如何复杂地折叠在一起的。该项研究成果发表在近日出版的《自然》杂志上。 很多人对于呈现“X”形状的染色体十分熟悉，但事实上，染色体仅在细胞分裂时呈现这种形态。
哺乳动物基因组三维结构首次确定
英国医学研究理事会网站日前报道称，英国科学家从单个细胞中确定出完整保存的哺乳动物基因组的首个3D结构，显示了细胞核内所有染色体中的DNA是如何复杂地折叠在一起的。该项研究成果发表在近日出版的《自然》杂志上。 很多人对于呈现“X”形状的染色体十分熟悉，但事实上，染色体仅在细胞分裂时呈现这种形态。
Nat－Methods：利用光线按需定制基因组折叠
你体内的每个细胞都有你的一个紧密缠绕并装入在细胞核中的基因组拷贝。由于每个基因组拷贝实际上是相同的，不同细胞类型及其生物学功能之间的差异可归结为基因组中哪些基因发生表达，基因的表达方式和时间。 科学家越来越了解基因组折叠在这一过程中所起的作用。线性基因序列被包装到细胞核中的方式决定了哪些基因彼
郑作新与鸟类研究：深谷寻飞鸟，不觉夕阳斜
学人小传郑作新（1906—1998），福建福州长乐人。鸟类学、动物分类学研究专家，中国科学院院士。1926年毕业于福建协和大学生物系，获学士学位，并考入美国密歇根大学研究院生物系，1930年获博士学位后回国，任福建协和大学生物系教授、系主任等职。1950年任中国科学院标本整理委员会委员，1953年后
科学家研发新RNA成像工具
发表在《自然―方法学》上的一项报告介绍了一种用于人体活细胞内目标RNA成像的工具。这种针对RNA探针的被命名为Spinach2的工具，拓宽了可标记RNA的范围，从而更有利于动态定位那些与疾病有关的“有毒RNA”。 Spinach是一种经过设计的RNA复合物，其可以与小型合成分子结
新基因筛选工具能绘制“垃圾DNA”
据英国《每日邮报》官网报道，美国科学家近日开发了一种新的基因筛选工具，能绘制引起癌症、糖尿病和痴呆症的基因突变，或有助于开发新疗法，进而拯救每年因此丧生的数百万人。新成果发表在《公共科学图书馆》杂志上。 领导这次研究的哥伦比亚大学教授大卫·戈尔茨坦说，现在的基因测序只能在不超过三分之一的遗传病
Cell－Res封面文章：新型三维基因组成像系统
来自中科院生物物理研究所，中科院动物研究所等处的研究人员发展了一种新型三维基因组活细胞成像工具TTALE，并利用该系统实现了对端粒缩短和着丝粒构象变化等衰老伴随的染色质结构改变的精准成像。此外，该研究发现了核仁区核糖体DNA拷贝数减少可以作为人类衰老的新型分子标志物。上述成果为在遗传和表观遗传水
研究发展出新型三维基因组成像系统
4月7日，《细胞研究》发表了中国科学院生物物理研究所刘光慧课题组和徐涛课题组，以及中科院动物研究所曲静课题组合作的题为Visualization of Aging-Associated Chromatin Alterations with an Engineered TALE System的研究
首个家鸡泛三维基因组图谱构建成功
鸡是如何从野生原鸡演化为如今的高产肉鸡或蛋鸡的？其背后的基因“开关”在哪里？近日，华南农业大学动物科学学院家禽遗传育种研究团队联合国内多家单位，成功构建了首个高分辨率家鸡泛三维基因组图谱。相关成果发表于《先进科学》（Advanced Science）。“该研究成果就像是一张高精度的‘立体导航图’，将
研究发展出新型三维基因组成像系统
4月7日，《细胞研究》发表了中国科学院生物物理研究所刘光慧课题组和徐涛课题组，以及中科院动物研究所曲静课题组合作的题为Visualization of Aging-Associated Chromatin Alterations with an Engineered TALE System的研究
Cell：基因组三维结构存在细胞异质性
美国国家癌症研究所、哈佛大学、马萨诸塞大学和麻省理工学院联合开展的一项研究发现，不同细胞和不同等位基因之间的基因组组织结构存在很大差异。这项研究成果于本周发表在《Cell》杂志上。 研究人员利用高通量的染色质构象捕获（Hi-C）和高通量的荧光原位杂交（hiFISH）光学图谱绘制来分析人包皮成纤
我国科学家开发高效基因组序列分析工具
类的疾病易感性和生理特征等常见性状的差异，往往由DNA序列变化造成，这些DNA片段缺失、增加、异位等变化被统称为遗传变异。全基因组关联研究（Genome-Wide Association Study，GWAS）是通过比对大量人群的遗传信息，利用统计学检测遗传变异和性状之间关联性的方法。西湖大学的
全基因组测序是癌症诊断的强有力工具
一位没有明显癌症家族史的妇女却罹患了早发性乳腺癌和卵巢癌，以及与治疗有关的急性髓细胞样白血病。研究人员对这名妇女进行了全基因组测序，所用的是从该患者的皮肤和骨髓中获取的DNA。在许多被怀疑患癌症可能性增加了的病人中，常规性的候选基因测试（如BRCA1 和 BRCA2突变检测）无法显示出有用的
全基因组测序可作为一线诊断工具
近日，一项涉及54个国家1000个家庭的研究表明，全基因组测序对未确诊疾病的诊断率比经典遗传诊断方法还高。科学家们呼吁将全基因组测序作为未确诊疾病的一线诊断工具，以给患者带来更好的医疗护理。相关结果以《Clinical exome sequencing: results from 2819 sa
华大等机构发布强大的基因组预测工具
植入前遗传学诊断（PGD），被用来检测亲本传递给其体外受精（IVF）胚胎的大染色体异常或遗传突变。然而，这种技术不能全面扫描胚胎的基因组以检测自发突变。2月11日在《Genome Research》发表的一项研究中，来自华大基因科技、Complete Genomics、美国Reprogeneti
基因组育种大数据计算新工具“天权”发布
近日，国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表了华中农业大学动物遗传育种团队开发的基因组育种大数据计算新工具HIBLUP，中文名为“天权”。相关论文被期刊评为“突破性进展”论文。 该研究系统分析了已有遗传评估算法特点，针对现有算法在处理快速增长的基因组育种大
CRISPR新工具开辟更多可编辑基因组位点
据最新一期《科学进展》报道，美国麻省理工学院（MIT）研究人员发现了一种可靶向几乎一半基因组位点的Cas9酶，从而极大地扩展了基因编辑工具的适用范围。 尽管基因编辑工具近年来取得了相当大的成功，但CRISPR-Cas9在基因组上可访问的位点数量仍然有限。这是因为CRISPR需要在基因组靶向位点
强大的基因组编辑工具Crisp/cas9（一）
关于Crisp/cas9，这个是目前研究的一个大热门，相关的文章和技术解析层出不穷，大家对什么是Crisp/cas9应该也有了一定的了解，今天就跟大家简单的介绍一下相关的产品吧。不过首先，我们还是再过一遍Crisp/cas9的相关概念吧。 一、 相关概念 （1）CRISPR/Cas是什么？CRIS
强大的基因组编辑工具Crisp/cas9（二）
三、 产品推荐 针对sgRNA和cas9，我们有如下产品可供选择哦： 1.sgRNA系列。 （1）sgRNA载体类型 货号 载体 启动子 sgRNA 是否含有Cas9核酸酶基因 筛选标记/报告基因 SG001
强大的基因组编辑工具Crisp/cas9（三）
人类 sgRNA 文库相关产品 货号 文库 sgRNA 数目 基因数目 管数 载体 L01-LS03 Innate kinases & ubiquitin ligases 475 239
基因组育种大数据计算新工具“天权”发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494792.shtm近日，国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表了华中农业大学动物遗传育种团队开发的基因组育种大数据计算新工具HIBLUP，中文名为“天权”。相关论文
我国科学家开发高效基因组序列分析工具
人类的疾病易感性和生理特征等常见性状的差异，往往由DNA序列变化造成，这些DNA片段缺失、增加、异位等变化被统称为遗传变异。全基因组关联研究（Genome-Wide Association Study，GWAS）是通过比对大量人群的遗传信息，利用统计学检测遗传变异和性状之间关联性的方法。西湖大学
ACS－Nano：新纳米模拟技术可阻断疟疾
疟原虫可以入侵人类的红细胞并且干扰细胞的正常功能，近日来自巴塞尔大学等处的科学家开发了一种可以“哄骗”疟原虫模拟人类细胞膜的微型纳米结构，相关研究刊登于国际杂志ACS Nano上，该研究或可帮助开发治疗疟疾及其它感染性疾病的新型疗法和疫苗。 研究者Wolfgang Meier表示，利用纳米模拟
模拟移动床色谱分离技术酝酿新突破
我国自主研发的继成功用于天然产物活性成分提取后，又在酝酿新的突破。日前，黑龙江省八一农垦大学与上海研究院、华东理工大学石油签订了模拟移动床设备研发合作协议书，将研制适合高温高压条件下使用的烃类化工设备，石油化工、生物产业将成为这一精细分离技术的又一个用武之地。模拟移动床色谱分离技术是一种高效、先进的
新算法可模拟人脑整体神经电路
下一代超级计算机利用新算法，可模拟人脑整体神经电路。图片来自网络 科技日报东京3月28日电 （记者陈超）日本理化学研究所日前宣布，他们的一个国际联合研究小组成功开发出模拟人脑整体神经电路的算法，可在下一代超级计算机上应用。新算法不仅节省内存，也能大幅提高现有超级计算机上的脑模拟速度。 神经
研究发现日冕扰动双分量特征的三维数值模拟新进展
中国科学院云南天文台“太阳活动及CME理论研究”团组成员梅志星及其合作者，通过三维磁流体动力学（MHD）数值实验研究了太阳爆发过程中产生的全日面远紫外（EUV）波段日冕扰动，为EUV波段日冕扰动提供了更全面的理论解释。该研究成果近期发表在英国《皇家天文学会月报》(Monthly Notices
舒红兵院士、郑海学博士发表免疫研究新成果
来自中国农业科学院、武汉大学的研究人员证实，口蹄疫病毒结构蛋白VP3降解JAK1抑制了IFN-γ 信号传导通路。这一研究成果发布在2月25日的《Cell cycle》杂志上。 武汉大学生命科学学院的舒红兵（Hong-Bing Shu）教授，和中国农业科学院的中国农业科学院兰州兽医研究所副研究员
美国化学文摘社发布新检索工具
记者日前从美国化学文摘社获悉，该机构与德国卡尔斯鲁厄专业情报中心合作，发布了专为知识产权专业人士设计的最新版本的检索工具STN。新版STN的亮点包括马库什结构检索、新增的数据库、更多导出格式以及工作流程和界面上的诸多改进。 美国化学文摘社市场营销副总裁Christine McCue 表示：“新