NatureMethods|郑晔开发三维基因组数据高保真模拟新工具
染色体构象捕获3C（chromosome conformation capture【1】）和Hi-C（high-throughput chromosomeconformation capture【2,3】）测序技术已经逐渐成熟，成为研究远距离基因调控机制的重要方法。越来越多的学者提出分析Hi-C数据信号探测的模型和算法，但由于Hi-C数据深度测序成本巨大，而大部分检验结果无法进行实验验证真伪，因而迫切需要一个稳定的Hi-C数据模拟方法来进行基准测试和评估。目前，只有一个系统的Hi-C 数据模拟方法即Sim3C【4】，却由于三维基因组数据结构过于复杂，Sim3C模型无法捕获所有Hi-C数据的基本特征，再加上参数模型强加的一系列假设，使得模拟出来的Hi-C数据矩阵与真实Hi-C数据矩阵相差甚远（下图）。此外降采样（downsampling）和生物样本间置换（permutation）作为常见的测试方法，也有各自无法避免的局限。 ......阅读全文
Nature－Methods－|－郑晔开发三维基因组数据高保真模拟新工具
染色体构象捕获3C（chromosome conformation capture【1】）和Hi-C（high-throughput chromosomeconformation capture【2,3】）测序技术已经逐渐成熟，成为研究远距离基因调控机制的重要方法。越来越多的学者提出分析Hi-C
水稻基因组编辑工具盒再添新成员
据中国农科院最新消息，该院植物保护研究所周焕斌课题组、周雪平课题组和四川大学生命科学学院林宏辉课题组合作开发了一系列基于Cas9-NG的各种水稻基因组定点编辑工具，并成功用于水稻单基因敲除、多基因敲除、单碱基编辑（碱基对G·C和A·T的互换）以及靶基因转录激活调控。该成果对于水稻基因功能解析和
水稻基因组编辑工具盒再添新成员
近日，中国农业科学院植物保护研究所周焕斌课题组、周雪平课题组和四川大学生命科学学院林宏辉课题组合作开发了一系列基于Cas9-NG的各种水稻基因组定点编辑工具，并成功用于水稻单基因敲除、多基因敲除、单碱基编辑（碱基对G·C和A·T的互换）以及靶基因转录激活调控。相关研究成果在线发表于《分子植物》（
科学家开发新的宏基因组分析工具
对环境样品（如海水、医院表面和人类肠道）直接进行微生物测序，已经阐明了我们世界中存在的大量微生物。然而，一个微生物物种可能存在遗传多样性，而在宏基因组分析中往往捕获不到这种多样性。最近在《Genome Research》发表的一项研究中，科学家们开发了一种新的工具，来检测细菌物种内的遗传差异，并
新的基因组工具组合或可梳理疾病的因果关系
近日，奥地利科学院分子医学研究中心（CeMM）的研究人员Christoph Bock在基因组生物学会议上发言称，新的基因组工具组合可以帮助研究人员梳理疾病的因果关系。 他认为，单细胞RNA-seq和ATAC-seq等方法可以帮助人们深入了解疾病发展过程中发生的情况，但它们无法建立因果关系。Bo
基因组的三维结构
摘要： 阐明染色质复杂结构的技术有染色质构象捕获(chromatin conformation capture, 3C)及更高通量的衍生技术4C、5C，这些提供了长距离的染色质相互作用，但不能扩展到整个染色质相互反应组。在2009年末，两种新方法的迸发，有望绘出全基因组范围的相互作用图谱。
新成果|三维数值模拟助揭示第谷超新星前身星吸积过程
中国科学院云南天文台副研究员焦承亮和厦门大学副教授薛力团队合作，对第谷超新星前身星系统的吸积过程进行了三维数值模拟。相关研究成果发表在《英国皇家天文学会月刊》（MNRAS）上，焦承亮为论文第二作者和论文共同通讯作者。 Ia型超新星作为“标准烛光”，在宇宙学测距中发挥重要作用，曾被用于计算宇宙学
Science解析热点基因组编辑工具
近来，Cas9酶作为一种有力的新基因组编辑工具，引起了人们极大的研究热情。现在加州大学伯克利分校的研究人员，首次成像了这种酶的精细三维结构，这一成果无疑会进一步提高Cas9的应用价值。文章于二月六日发表在Science杂志上。 加州大学的生化学家Jennifer Doudna和生物物理学家
全基因组测序各步骤工具
全基因组测序（WGS）是下一代测序技术，用于快速，低成本地确定生物体的完整基因组序列。基因组的深度测序对于临床研究的意义重大，解读WGS数据并了解基因组突变在健康和疾病中的重要性是精准医疗的基石。WGS分析流程能分为三大块，数据处理、检测变异和综合分析，具体如下图所示：由于WGS现在已经非常成熟了，
清华陈晔光教授两篇JBC文章发表新成果
清华大学生命科学学院陈晔光（Ye-Guang Chen）教授，自2002年回国创建分子细胞实验室以来，一直从事细胞信号转导方面的研究，主要利用膜生物学、分子生物学、生物化学、细胞生物学和发育生物学等多学科技术手段研究TGF-β和Wnt信号的调控以及它们在胚胎发育、干细胞自我更新和分化、肿瘤形成和
Nature－Methods发布基因组测序新工具
十月十七日Nature Methods杂志发表的一项研究显示，新测序技术与新算法的结合可以为人们揭示复杂基因组的详细信息。加州大学戴维斯分校和Pacific Biosciences公司的研究人员的FALCON-Unzip算法能够将长读取测序数据装配成高度准确、连续和正确定相的二倍体基因组。 随
新基因编辑工具SeekRNA面世
科技日报北京6月23日电 （记者刘霞）“基因剪刀”CRISPR技术已彻底改变了医学、农业和生物技术领域的面貌。如今，澳大利亚悉尼大学生命与环境科学学院团队成功开发出一种比CRISPR更准确、更灵活的基因编辑工具SeekRNA。该工具利用可编程RNA链，能直接识别基因序列中的插入位点，从而简化编辑过程
新基因编辑工具SeekRNA面世
“基因剪刀”CRISPR技术已彻底改变了医学、农业和生物技术领域的面貌。如今，澳大利亚悉尼大学生命与环境科学学院团队成功开发出一种比CRISPR更准确、更灵活的基因编辑工具SeekRNA。该工具利用可编程RNA链，能直接识别基因序列中的插入位点，从而简化编辑过程并减少错误。相关论文发表于新一期《自然
模拟恒温恒湿箱是很多行业的必备工具
仿真模拟恒温恒湿试验箱是一种十分常见的仿真模拟环保设备工程，能够 仿真模拟不干躁原材料、防护膜、OCA、出模膜、导电橡胶等高溫高低温、高溫低温干燥、超低温低温干燥等不一样自然环境的实验标准，适用实验原材料的耐温性、耐偏干、抗湿和抗寒性。总体设计。1、內外箱材料检测区域内箱黑镜钢板，外包装SUS#30
阿海珐新型模拟验证试验工具获NRC批准
近日，获得美国核管会(NRC)批准成为全球首家全厂安全数字化仪控系统(TELEPERM XS)的独家供应商之后，阿海珐(AREVA)宣布其模拟验证试验工具获得NRC批准。该套名为SIVAT的试验工具，是首套经由NRC核准的，用于对数字化仪控系统进行正式验证试验的安全相关的软件模拟工具。
“网红教授”郑强退休后受聘新职
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/518414.shtm2月29日下午，知名学者、浙江大学求是特聘教授郑强来到重庆智能工程职业学院开展调研并受聘为该校战略发展顾问。 ?郑强表示很高兴成为重庆智能工程职业学院的一员，重庆智能工程职
解析Analyst全新的集成化三维电磁仿真工具
AnalystTM是一款功能强大，并行的3维有限元(FEM)电磁仿真相分析工具，它无缝的集成到AWR的Microwave Office设计环境中。同时首次实现了不需要通过第三方/CAD绘图工具或仿真环境而将3维电磁仿真功能集成到电路设计软件中的功能。Analyst允许您通过一次鼠标点击实现从电路
华人学者开发基因组分析新工具
最近，来自美国西奈山伊坎医学院的科学家，开发和公布了两种新的数据分析软件，可以帮助研究人员以更高的效率和精确度，识别疾病的遗传触发因子。这些新的分析工具分别发表在11月30日的《PLoS Computational Biology》和11月25日的《Scientific Reports》。 M
Nature－Methods：超快速的基因组分析工具
近年来，测序市场呈现出百花齐放的美好局面。这使得测序的成本不断下降，但同时也带来了数据分析的难题。经济而又高效地处理全基因组测序的数据，相信是每个人的愿望。如今，一个开源的基因组分析平台也许能满足你的愿望。 这个平台被称为SpeedSeq，由华盛顿大学医学院等机构的研究人员开发。它利用低成本的
Nature－Methods发布宏基因组测序新工具
微生物几乎是无所不在的，它们对生态环境和人体健康起到了不容忽视的作用。然而人们对微生物的了解还相当匮乏，因为许多微生物是无法在实验室中培养的。宏基因组学是了解这些微生物的重要途径，但宏基因组测序并不是一件容易的事儿，就像是把许多拼图拆散混在一起，然后在毫无参考的情况下拼接。 最近Nature
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-S
郑炜团队提出梯度光场编码的双光子快速三维成像技术
近日，中国科学院深圳先进技术研究院研究员郑炜团队提出一种基于激发光梯度编码的快速三维成像技术，可使双光子体成像速度比传统技术提升5至10倍。 双光子显微镜具有亚微米级的成像分辨率和毫米级的成像深度，被广泛应用在神经结构和功能成像以及其他活体成像研究中。传统的双光子三维成像是将双光子激发的焦点在
郑美玲团队等在飞秒激光直写三维无机纳米结构获进展
近年来，三维（3D）无机纳米结构的精确可控制备技术是研究热点，在航空航天、微电子器件、量子芯片、太阳能电池和结构材料等领域具有重要作用。无机材料前驱物容易结晶，导致难以一次性直接制备3D无机微纳结构。激光3D打印技术是制备三维无机微结构的重要手段之一，但在制备无机微结构时，其特征尺寸和加工分辨率
三维天然气水合物开采中试模拟系统问世
近日，记者在中科院广州能源研究所获悉，国际上第一套中试规模的三维天然气水合物开采综合模拟实验系统在穗诞生。 近期，中科院广州能源研究所天然气水合物开采技术与综合应用实验室研究员李小森主持的中科院重大科研装备研制项目“天然气水合物开采综合模拟实验系统”通过现场验收。专家认为该实验系统属
基因组所成功开发整合网络工具iBIG
近日，中科院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室“百人计划”研究员雷红星，带领其团队成功开发网页版整合网络工具——iBIG (integrative BIoloGy)，该研究成果iBIG: An Integrative Network Tool for Supporting Hum
解决基因组学重要挑战的新工具
单细胞基因组学和宏基因组学是开创性的技术，可帮助研究人员评估环境微生物群落的结构和功能。现在应用这些技术的项目越来越多，但是，仍缺乏一种高通量过程来检查所组装的基因组序列，从而阻碍了这些技术的广泛应用。目前，去除已上传到公共数据库的微生物基因组中的污染序列，还是一个手动和耗时的过程，为了去除污染
植物线粒体基因组组装新工具研发成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494540.shtm近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所绿色轻简超级稻遗传解析与分子育种创新团队开发出一套新型植物线粒体基因组组装工具GSAT。该工具能够快速组装图形化植物线粒体基因组，更好地评估其泛
解决基因组学重要挑战的新工具
单细胞基因组学和宏基因组学是开创性的技术，可帮助研究人员评估环境微生物群落的结构和功能。现在应用这些技术的项目越来越多，但是，仍缺乏一种高通量过程来检查所组装的基因组序列，从而阻碍了这些技术的广泛应用。目前，去除已上传到公共数据库的微生物基因组中的污染序列，还是一个手动和耗时的过程，为了去除污染