Cell：基因组三维结构存在细胞异质性
美国国家癌症研究所、哈佛大学、马萨诸塞大学和麻省理工学院联合开展的一项研究发现，不同细胞和不同等位基因之间的基因组组织结构存在很大差异。这项研究成果于本周发表在《Cell》杂志上。 研究人员利用高通量的染色质构象捕获（Hi-C）和高通量的荧光原位杂交（hiFISH）光学图谱绘制来分析人包皮成纤维细胞的基因组组织结构和TAD模式。再结合单细胞的TAD分析、等位基因特异的单核分析以及另一种细胞的Hi-C数据，他们了解到不同等位基因之间的基因组组织结构。 国家癌症研究所癌症研究中心的主任Tom Misteli表示：“我们的研究结果揭示了细胞之间和等位基因之间在空间基因组结构上的高度异质性。”他是本文的通讯作者。 关于基因组的三维结构，目前已经建立了一些理论，包括细胞核中染色体和基因的非随机定位、不同的染色质区室和拓扑相关结构域（TAD）。然而，人们对细胞之间的基因组结构异质性还了解不多。 利用Hi-C染色体交联方案和Ill......阅读全文
Cell：基因组三维结构存在细胞异质性
美国国家癌症研究所、哈佛大学、马萨诸塞大学和麻省理工学院联合开展的一项研究发现，不同细胞和不同等位基因之间的基因组组织结构存在很大差异。这项研究成果于本周发表在《Cell》杂志上。 研究人员利用高通量的染色质构象捕获（Hi-C）和高通量的荧光原位杂交（hiFISH）光学图谱绘制来分析人包皮成纤
基因组的三维结构
摘要： 阐明染色质复杂结构的技术有染色质构象捕获(chromatin conformation capture, 3C)及更高通量的衍生技术4C、5C，这些提供了长距离的染色质相互作用，但不能扩展到整个染色质相互反应组。在2009年末，两种新方法的迸发，有望绘出全基因组范围的相互作用图谱。
哺乳动物基因组三维结构首次确定
英国医学研究理事会网站日前报道称，英国科学家从单个细胞中确定出完整保存的哺乳动物基因组的首个3D结构，显示了细胞核内所有染色体中的DNA是如何复杂地折叠在一起的。该项研究成果发表在近日出版的《自然》杂志上。 很多人对于呈现“X”形状的染色体十分熟悉，但事实上，染色体仅在细胞分裂时呈现这种形态。
哺乳动物基因组三维结构首次确定
英国医学研究理事会网站日前报道称，英国科学家从单个细胞中确定出完整保存的哺乳动物基因组的首个3D结构，显示了细胞核内所有染色体中的DNA是如何复杂地折叠在一起的。该项研究成果发表在近日出版的《自然》杂志上。 很多人对于呈现“X”形状的染色体十分熟悉，但事实上，染色体仅在细胞分裂时呈现这种形态。
干细胞惊人异质性
干细胞能够无限增殖，也能分化和发育为数百种不同细胞和身体组织的任何种类，这种多能性使得干细胞具有巨大的生物医学工程学潜力。然而直到现在人们都难以确定整个细胞变化状态过程干细胞发育调控的复杂性。利用强大的新型单细胞遗传分析技术，揭示出多能干细胞的变化远比以前所认识的要多得多。使得研究人员朝着某天能够将
研究揭示拟南芥基因组加倍导致的三维染色质结构
6月11日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所植物分子遗传国家重点实验室方玉达研究组题为The effects of Arabidopsis genome duplication on the chro
单细胞分析揭示癌症异质性
2013年度基因组生物学大会(The Biology Of Genomes 2013)于5月7日晚在美国纽约冷泉港实验室召开。这是基因组学领域最大的会议之一，吸引了多个著名研究所的大牛参加。会议主题包括高通量基因组学和遗传学、复杂性状的遗传学、功能和癌症基因组学、计算基因组学、进化基因组学以
Nature：解密干细胞惊人异质性
干细胞能够无限增殖，也能分化和发育为数百种不同细胞和身体组织的任何种类，这种多能性使得干细胞具有巨大的生物医学工程学潜力。然而直到现在人们都难以确定整个细胞变化状态过程干细胞发育调控的精确复杂性。 利用强大的新型单细胞遗传分析技术，来自哈佛大学Wyss生物启发工程研究所和波士顿儿童医院的科学家
Nature子刊：癌症基因组三维结构和拷贝数变异关系
来自北京大学生命科学学院，清华-北大生命科学联合中心等处的研究人员发表了题为“3D genome of multiple myeloma reveals spatial genome disorganization associated with copy number variations”的
我国学者在基因组三维结构演化领域取得新进展
在国家自然科学基金项目（批准号：32125009、32430017）等资助下，西安交通大学叶凯团队在基因组三维结构演化领域取得新进展。研究团队创建了染色质长距离互作捕捉计算方法和跨物种分析手段，首次勾勒出生物基因组高阶结构的演化版图，揭示了两类核心染色体层级高阶架构（全局折叠和棋盘格局），为理解
三维染色质结构与基因组功能及进化的关系获揭示
辣椒是世界上种植最广泛的蔬菜之一，也是重要的调味料作物。近日，华南农业大学园艺学院辣椒课题组研究揭示了辣椒三维染色质结构与基因组功能及进化的关系。相关研究发表于Nature Communications。 我国辣椒生产和消费量居全球之首，种植面积超过3000万亩，产量4000多万吨，年逾700
拟南芥基因组加倍导致的三维染色质结构及基因表达调控
6月11日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所植物分子遗传国家重点实验室方玉达研究组题为The effects of Arabidopsis genome duplication on the chro
肿瘤细胞的异质性，你了解多少？
由Bellvitge生物医学研究所（IDIBELL）表观遗传学和癌症生物学计划（PEBC）的主任Manel Esteller博士、ICREA研究员和巴塞罗那大学（UB）的遗传学教授领导的一项新研究发现，大肠肿瘤表现出涉及到该病临床过程的后生异质性。描述这一发现的论文已经发表在《胃肠病学》杂志上。
单细胞测序有望揭示胃癌异质性
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/12/514613.shtm
单细胞分析是研究细胞异质性的有效手段
单细胞分析是研究细胞异质性的有效手段 单细胞分析研究细胞异质性的关键就在于能否实现对单个细胞进行较多参数的分析，这就是“单细胞分析”的概念。事实上，自从“细胞”学说被提出后，人类一直在努力寻求分析单个细胞的技术方法。 但是，单细胞分析有一个巨大的挑战，那就是样品量及其有限，一个典型的人类细
研究提出单细胞多组学新方法实现胰腺癌循环肿瘤细胞多维度解析
近日，中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员林达等报道了新开发的单细胞多组学技术——Uni-C。该方法可在一个细胞中同时解析基因组大尺度结构变异（如SV、CNV、ecDNA）、小尺度突变（SNP/INDEL）及染色质三维构象，实现高分辨率、多维度的联合分析。胰腺癌异质性强、进展迅速，临床面临早筛困
研究揭示杜鹃花属物种形成过程中基因流异质性与基因组结构关系
近缘物种间的基因流既能促进遗传多样性，也可能导致基因组同质化。杜鹃花属是北半球物种最丰富的木本属，其喜马拉雅—横断山分布中心的物种在频繁杂交背景下如何维持物种界限，机制尚不明确。近日，中国科学院昆明植物研究所联合国内外团队，以该地区糙叶杜鹃亚组的8种杜鹃花为研究对象，通过整合三维基因组（Hi-C）与
细胞衰老过程中染色质三维结构的变化
细胞衰老是细胞非常重要的生命过程，与疾病发生、个体衰老有着密切的关系。通常认为细胞衰老可以由内在或外在的压力引起，与细胞内持续的DNA损伤密切相关。大量的已有研究表明，无论是个体衰老还是细胞衰老都与细胞中异染色质状态的改变有着密切的关系，其中，衰老过程中一个重要的现象是异染色质的丢失。同时，保持
新方法实现胰腺癌循环肿瘤细胞多维度解析
近日，中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员林达团队与上海市第一人民医院实验动物中心主任杨玉琴团队开发出单细胞多组学技术-Uniform Chromosome Conformation Capture（Uni-C）。该方法可在一个细胞中同时解析基因组大尺度结构变异（如SV、CNV、ecDNA）、小
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-S
单细胞蛋白质定量技术解析干细胞异质性
干细胞是具有自我更新和多向分化潜能的未分化细胞。体内或体外研究表明, 干细胞具有表型及功能的异质性, 这一特性也决定了其不同的分化和再生能力。越来越多的证据表明, 干细胞自我更新及分化的分子机制以及与干细胞功能失调的相关疾病的产生都是在单细胞水平发生的, 基于异质性的干细胞群体的研究结果
单细胞－RNA－测序揭示了体内不同的细胞异质性
植入体内的生物材料和设备具有广泛的临床应用，如组织再生和细胞移植。在细胞微环境的组成部分中，结构特征（宏观，微观和纳米特征）在指导细胞行为方面起着至关重要的作用。 2021年5月26日，四川大学满毅团队在Science Advances 在线发表题为“Dissecting the microe
破解整合酶的三维结构
英国和研究人员在1月31日的《》杂志上报告说，他们合作进行的一项最新研究模拟出的。整合酶在包括艾滋病等逆转录酶病毒中可以找到，并且充当了艾滋病病毒在人体内复制时的“帮凶”。这项重大突破有助于家解决困扰了艾滋病研究领域长达20年的一个难题，从而找到更好的治疗艾滋病的方法。 当艾滋病病毒感染人体时，
颜宁等在《细胞》发文报道ABCA1的三维结构
2017年6月8日，清华大学生命学院、结构生物学高精尖创新中心颜宁研究组在《细胞》(Cell)杂志在线发表了题为《人源脂类外向转运蛋白ABCA1的结构》（Structure of the Human Lipid Exporter ABCA1）的研究论文，首次报道了胆固醇逆向运输过程中的关键蛋白
Nature－Methods－：北大汤富酬团队揭示单个细胞内高阶染色质结构
调控基因组元件的高阶三维(3D)组织为基因调控提供了拓扑基础，但尚不清楚哺乳动物基因组中的多个调控元件如何在单个细胞内相互作用。 2023年8月28日，北京大学汤富酬团队在Nature Methods （IF=48）在线发表题为“scNanoHi-C: a single-cell long-r
超高分辨直接观测基因表达的染色质时空调控
生命科学的一个基本问题是在个体发育中，单个细胞如何分化成各种类型的组织细胞。这个过程高度依赖于基因表达的精确时空调控，而这种细胞特异基因表达与染色质的调控密切相关。比如，不同的顺式调控原件增强子能够在不同细胞中选择性地激活目标基因。每个基因经常由分布在千碱基(kb)甚至兆碱基(Mb)以外的多个增
Genome－Biology：构建猪体细胞染色质三维结构图谱
猪不仅是重要的经济家畜，在生物医学领域也有重要应用。生猪的育种中广泛应用了辅助生殖技术，包括体外受精技术、孤雌和孤雄生殖技术等。但与体外受精胚胎相比，孤雌和孤雄胚胎的存活率级低。这一存活率差异产生的机制目前还不清楚。深入理解这一机制不仅有助于增加商业化猪育种的产仔数，也将有利于生物医学研究中转基
揭示基因“无用”序列稳定染色质三维结构及细胞稳态机制
人类基因组中的非编码序列在多种生物学过程中发挥着至关重要的作用，如非编码RNA、启动子、增强子和转座子等。作为在基因组中占比约98%的非编码区域，仍有大量是功能未知的，这些曾被认为是基因组中“垃圾”的区域，已被逐渐证实存在重要功能。基因组的三维结构会影响基因的转录调控或其他细胞生命活动，然而，除