研究发展出新型三维基因组成像系统
4月7日，《细胞研究》发表了中国科学院生物物理研究所刘光慧课题组和徐涛课题组，以及中科院动物研究所曲静课题组合作的题为Visualization of Aging-Associated Chromatin Alterations with an Engineered TALE System的研究论文（封面故事）。该研究发展了一种新型三维基因组活细胞成像工具TTALE，并利用该系统实现了对端粒缩短和着丝粒构象变化等衰老伴随的染色质结构改变的精准成像。此外，该研究发现了核仁区核糖体DNA拷贝数减少可以作为人类衰老的新型分子标志物。上述成果为在遗传和表观遗传水平认识人类衰老的本质奠定了基础。 近年来，CRISPR/Cas9和TALE等新型核酸结合蛋白的发现和广泛应用使得对基因组特定序列的精准成像成为可能。然而，目前基于dCas9和TALE的成像系统尚存在一定的不足：dCas9系统的主要问题是由于其涉及多种蛋白和RNA元件，且dC......阅读全文
基因组的三维结构
摘要： 阐明染色质复杂结构的技术有染色质构象捕获(chromatin conformation capture, 3C)及更高通量的衍生技术4C、5C，这些提供了长距离的染色质相互作用，但不能扩展到整个染色质相互反应组。在2009年末，两种新方法的迸发，有望绘出全基因组范围的相互作用图谱。
Nature：三维计算机方法成功构建基因活性三维图谱
一种三维计算机模型（或者说算法）使得科学家们能够快速地确定哪些基因在哪些细胞中有活性，以及它们在器官中的精确位置。在一项新的研究中，德国亥姆霍兹协会马克斯-德尔布吕克分子医学中心的Nikolaus Rajewsky教授、以色列希伯来大学的Nir Friedman教授及其团队近期在Nature期刊
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-S
哺乳动物基因组三维结构首次确定
英国医学研究理事会网站日前报道称，英国科学家从单个细胞中确定出完整保存的哺乳动物基因组的首个3D结构，显示了细胞核内所有染色体中的DNA是如何复杂地折叠在一起的。该项研究成果发表在近日出版的《自然》杂志上。 很多人对于呈现“X”形状的染色体十分熟悉，但事实上，染色体仅在细胞分裂时呈现这种形态。
哺乳动物基因组三维结构首次确定
英国医学研究理事会网站日前报道称，英国科学家从单个细胞中确定出完整保存的哺乳动物基因组的首个3D结构，显示了细胞核内所有染色体中的DNA是如何复杂地折叠在一起的。该项研究成果发表在近日出版的《自然》杂志上。 很多人对于呈现“X”形状的染色体十分熟悉，但事实上，染色体仅在细胞分裂时呈现这种形态。
研究发展出新型三维基因组成像系统
4月7日，《细胞研究》发表了中国科学院生物物理研究所刘光慧课题组和徐涛课题组，以及中科院动物研究所曲静课题组合作的题为Visualization of Aging-Associated Chromatin Alterations with an Engineered TALE System的研究
研究发展出新型三维基因组成像系统
4月7日，《细胞研究》发表了中国科学院生物物理研究所刘光慧课题组和徐涛课题组，以及中科院动物研究所曲静课题组合作的题为Visualization of Aging-Associated Chromatin Alterations with an Engineered TALE System的研究
Cell：基因组三维结构存在细胞异质性
美国国家癌症研究所、哈佛大学、马萨诸塞大学和麻省理工学院联合开展的一项研究发现，不同细胞和不同等位基因之间的基因组组织结构存在很大差异。这项研究成果于本周发表在《Cell》杂志上。 研究人员利用高通量的染色质构象捕获（Hi-C）和高通量的荧光原位杂交（hiFISH）光学图谱绘制来分析人包皮成纤
首个家鸡泛三维基因组图谱构建成功
鸡是如何从野生原鸡演化为如今的高产肉鸡或蛋鸡的？其背后的基因“开关”在哪里？近日，华南农业大学动物科学学院家禽遗传育种研究团队联合国内多家单位，成功构建了首个高分辨率家鸡泛三维基因组图谱。相关成果发表于《先进科学》（Advanced Science）。“该研究成果就像是一张高精度的‘立体导航图’，将
Cell－Res封面文章：新型三维基因组成像系统
来自中科院生物物理研究所，中科院动物研究所等处的研究人员发展了一种新型三维基因组活细胞成像工具TTALE，并利用该系统实现了对端粒缩短和着丝粒构象变化等衰老伴随的染色质结构改变的精准成像。此外，该研究发现了核仁区核糖体DNA拷贝数减少可以作为人类衰老的新型分子标志物。上述成果为在遗传和表观遗传水
拟南芥基因组加倍导致的三维染色质结构及基因表达调控
6月11日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所植物分子遗传国家重点实验室方玉达研究组题为The effects of Arabidopsis genome duplication on the chro
研究揭示核纤层蛋白塑造三维基因组空间秩序机制
核纤层是紧贴内核膜内侧的蛋白网状结构，主要由核纤层蛋白（lamins）及其结合蛋白构成。人类的lamins在发育、衰老及疾病过程中扮演关键角色，分为由LMNA基因编码的A型和分别由LMNB1和LMNB2编码的B型。目前，在LMNA基因中已鉴定出超600种致病突变，这些突变可导致儿童早衰症、扩张型心肌
揭示重复序列对三维基因组区隔化的调控作用
Cell Research | 沈晓骅/孙育杰课题组合作揭示重复序列对三维基因组区隔化的调控作用 哺乳动物基因组DNA全长近2 m，经过多层有序组织与折叠后分布于直径5-10 μm的细胞核中。染色质高级结构对基因表达，细胞分化和胚胎发育起着至关重要的作用。其中，基因组A/B区隔化（A/B c
三维脱色摇床
三维脱色摇床是一款常用的实验室设备，主要用于蛋白电泳的脱色过程、考马斯蓝染色、脱色时的振荡晃动，硝酸银染色的固定、染色、显影等。装上摇瓶架后，可用于细胞、微生物的培养及各种需振荡、混匀、培养的实验和研究。 基本操作：将需要振荡容器放置在托盘上，然后接通电源，打开电源开关，根据需要调节定时旋钮，顺时
三维荧光分析
三维荧光光谱是近几十年中发展起来的一种新荧光技术。普通荧光分析所得的光谱是二维谱图，包括固定激发波长而扫描发射波长所获得的发射光谱，和固定发射波长而扫描激发波长所获得的激发光谱。但是实际上荧光强度应该是激发和发射这两个波长变量的函数。描述荧光强度同时随激发和发射波长变化的关系谱图，就是三维荧光光谱。
重磅！首个北京鸭三维基因组研究登顶Nature子刊
相关研究成果An intercross population study reveals genes associated with body size and plumage color in ducks于7月17日在自然子刊《Nature Communications》在线发表，并被列为该期
科学家绘制出人类基因组三维图像
据美国物理学家组织网1月4日报道，美国南加利福尼亚大学多恩希夫文理学院的科学家，开发出一种绘制DNA（脱氧核糖核酸）之间接触位点的新方法，并利用计算机模型绘制出一个细胞中的完整DNA链——基因组的精确三维图像。相关论文预先发表在《自然·生物技术》网站上。 细胞内的基因组就像一碗细丝面，不同
揭示基因“无用”序列稳定染色质三维结构及细胞稳态机制
人类基因组中的非编码序列在多种生物学过程中发挥着至关重要的作用，如非编码RNA、启动子、增强子和转座子等。作为在基因组中占比约98%的非编码区域，仍有大量是功能未知的，这些曾被认为是基因组中“垃圾”的区域，已被逐渐证实存在重要功能。基因组的三维结构会影响基因的转录调控或其他细胞生命活动，然而，除
研究揭示拟南芥基因组加倍导致的三维染色质结构
6月11日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所植物分子遗传国家重点实验室方玉达研究组题为The effects of Arabidopsis genome duplication on the chro
Nature子刊：癌症基因组三维结构和拷贝数变异关系
来自北京大学生命科学学院，清华-北大生命科学联合中心等处的研究人员发表了题为“3D genome of multiple myeloma reveals spatial genome disorganization associated with copy number variations”的
Nature－Methods－|－郑晔开发三维基因组数据高保真模拟新工具
染色体构象捕获3C（chromosome conformation capture【1】）和Hi-C（high-throughput chromosomeconformation capture【2,3】）测序技术已经逐渐成熟，成为研究远距离基因调控机制的重要方法。越来越多的学者提出分析Hi-C
杂交猪单倍型分辨率三维基因组特征成功解析
我国是世界第一养猪大国，2023年出栏生猪7.27亿头，占全球总量54.89%。生猪在国计民生、粮食安全和社会稳定中具有重要地位和作用。筛选并鉴定影响猪重要经济性状的关键基因组变异，挖掘育种靶点，创新性运用到实际育种中，能有效加速优质高产猪新品种（系）的培育进程。因此，系统鉴定猪基因组中的调控元件并
我国学者在基因组三维结构演化领域取得新进展
在国家自然科学基金项目（批准号：32125009、32430017）等资助下，西安交通大学叶凯团队在基因组三维结构演化领域取得新进展。研究团队创建了染色质长距离互作捕捉计算方法和跨物种分析手段，首次勾勒出生物基因组高阶结构的演化版图，揭示了两类核心染色体层级高阶架构（全局折叠和棋盘格局），为理解
AFM－三维形貌观测
三维形貌观测通过检测探针与样品间的作用力可表征样品表面的三维形貌，这是AFM 最基本的功能。AFM 在水平方向具有0.1-0.2nm 的高分辨率，在垂直方向的分辨率约为0.01nm。尽管AFM 和扫描电子显微镜（SEM）的横向分辨率是相似的，但AFM 和SEM 两种技术的最基本的区别在于处理试样深
三维离子阱简介
三维离子阱，由一对环形电极（ring electrod）和两个呈双曲面形的端盖电极（end cap electrode）组成。在环形电极上加射频电压或再加直流电压，上下两个端盖电极接地。逐渐增大射频电压的最高值，离子进入不稳定区，由端盖极上的小孔排出。因此，当射频电压的最高值逐渐增高时，质荷比从
工业CT三维扫描
工业CT是工业用计算机断层成像技术的简称，采用辐射成像原理，实现对产品的非接触式三维高精度扫描成像，可获得产品内部高精度的三维断层数据和材料数据，清晰、准确、直观地展示被检测物体内部的结构、组成、材质及缺损状况。目 的：在不破坏零件的前提下通过CT技术重建零件的三维模型，进行材料缺陷分析、无损测量、
三维荧光光谱
三维荧光光谱（Three-dimensional excitation emission matrix fluorescence spectroscopy, 3DEEM），也可称为总发光光谱或激发－发射矩阵图，与常规荧光光谱技术的主要区别是能够普获得激发波长和发射波长同时变化时的荧光强度信息。三维荧
电镜三维重构理论
电镜三维重构理论D.De Rosier和A.Klug提出的三维重构理论是借助一系列沿不同方向投影的电子显微像来重构被测物体的立体构型；他们提出利用计算机数字图像处理技术进行电子显微像三维重构测定生物大分子结构的概念和方法。电镜三维重构思想的数学基础是傅立叶变换的投影与中央截面定理。中央截面定理的含