Nature:三维计算机方法成功构建基因活性三维图谱

一种三维计算机模型(或者说算法)使得科学家们能够快速地确定哪些基因在哪些细胞中有活性,以及它们在器官中的精确位置。在一项新的研究中,德国亥姆霍兹协会马克斯-德尔布吕克分子医学中心的Nikolaus Rajewsky教授、以色列希伯来大学的Nir Friedman教授及其团队近期在Nature期刊上发表了这种新的方法以及从中获得的新见解,论文标题为“Gene expression cartography”。图片来自AG N. Rajewsky Lab, MDC。 Rajewsky教授是一位有远见的人:他想要确切地理解在疾病进展期间人体细胞中到底发生了什么,旨在能够识别和处理最初出现的细胞变化。Rajewsky教授解释道,“这不仅要求我们破译单个细胞中的基因组活性,而且还要在器官中对它进行空间跟踪。”比如,为了准确地诊断疾病并选择最佳疗法,癌症中免疫细胞的空间排列(“微环境”)极为重要。“总的来说,我们缺乏一种在分子水平上捕捉......阅读全文

Nature:三维计算机方法成功构建基因活性三维图谱

  一种三维计算机模型(或者说算法)使得科学家们能够快速地确定哪些基因在哪些细胞中有活性,以及它们在器官中的精确位置。在一项新的研究中,德国亥姆霍兹协会马克斯-德尔布吕克分子医学中心的Nikolaus Rajewsky教授、以色列希伯来大学的Nir Friedman教授及其团队近期在Nature期刊

Nature发布重大成果:首张人基因活性图谱

  报道:由大型国际性协会研究人员组成的一个研究组今日公布了人体内主要细胞和组织中基因作用方式的第一个全面,详细的图谱。这一发现描绘了调控基因活性的复杂网络,也提供了在疾病中扮演重要作用的基因的新信息。   “我们第一次能够确定基因组中哪些区域在发生疾病的时候会被激活,哪些区域在正常情况下被激活了

Nature重要论文:大型基因表达图谱

来自艾伦脑科学研究所的科学家们在最新出版的《自然》(Nature)杂志上报告称证实人类大脑具有一致的遗传蓝图,且拥有巨大的生物化学复杂性。这些研究结果来自于对“艾伦人脑图谱库”(Allen Human Brain Atlas)公开提供的大量数据集的首次深入大规模分析。 这项研究的结果是基于对“艾

Nature公布大麦基因组图谱

  大麦是世界上最重要的粮食作物之一,17日Nature公布了目前为止最完善的大麦基因组测序图谱。这项由美国农业部主导的大工程,在德国、日本、芬兰、澳大利亚、英国、美国和中国科学家们的共同努力下,历经六年终于取得了重大进展。大麦基因组图谱将成为人们提高大麦产量、增强大麦抗虫抗病能力、增加大麦营养价值

小鼠大脑皮层基因活性图谱问世

  一国际研究小组最新发表在《神经细胞》杂志上的论文称,他们使用一种最新测序技术,首次成功描绘出小鼠大脑基因活性的完整图谱。该图谱覆盖了整个基因组的所有基因,十分详细地显示了小鼠大脑皮层各层次的基因活性情况。研究人员指出,该研究成果不仅有助于科学家进一步理解哺乳动物大脑的组织结构情况,

Nature:大脑基因表达图谱和神经元联系图谱绘制完成

2013年4月2日奥巴马政府公布“脑计划”,现在一年过去,脑计划出了两项突破性成果:科学家绘制出哺乳动物大脑中完整的基因表达图谱和神经元联系图谱        在美国总统巴拉克·奥巴马宣布了“使用先进革新型神经技术的人脑研究”(BRAIN)计划 1 年后,《自然》杂志于4月3日发表了两项研究,介

Nature新文章绘制油棕榈基因组图谱

  一个由多国科学家组成的研究小组,确定了一种称之为Shell的基因调控了油棕榈树的产量。油棕榈的果实和种子是全球近一半食用植物油的供应源,并且是最有前景的生物燃料来源之一。   新研究为我们提供了高质量的油棕榈全基因组图谱,并且还搜索了对于科学和工业均极为重要的基因序列。这一付诸多年努

Nature里程碑成果:扩展人类表观基因组图谱

  10年前,科学家们宣布人类基因组计划(Human Genome Project)完工。通过这一国际项目人们旨在了解人类独特的四种核苷酸——腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶和鸟嘌呤的组合。这一生物学字母表帮助研究人员确定了人类基因组中大约2.5万个编码基因,然而随着时间的推移,他们开始提出一些关于这些

Nature:开发出抑制促癌基因活性的新型药物

  当蛋白质Ral被激活后就可以驱动肿瘤的生长和转移,比如胰腺癌、结肠癌、肺癌等,目前并没有有效阻断该蛋白质活性的药物;近日,刊登在国际著名杂志Nature上的一篇研究论文中,来自科罗拉多大学癌症研究中心等处的研究人员通过研究开发了一种靶向作用Ral蛋白的新技术,研究者Dan Theodorescu

顶级实验室《Nature》发布表观基因组学图谱

  基因组中表观遗传变化是能遗传的,近期来自Salk生物学研究所等处的一组研究人员完成了一项野生植物表观基因组学全范围内的研究分析,从中发现了这种修饰与遗传信息相互作用的共同模式。这一成果公布在3月7日Nature杂志在线版上。   文章通讯作者是Salk研究所的著名教授Joseph R. E

任兵教授Nature重要成果:首张小鼠功能基因组图谱

  通常被称之为“生命之书”的人类基因组非常地难于阅读。在没有充分了解其语法和句法的情况下,基因组中29亿的腺嘌呤与胸腺嘧啶、鸟嘌呤和胞嘧啶碱基对为了解人类的基础遗传学提供了有限的认识。   在发表于7月1日《自然》(Nature)杂志上的一篇论文中,来自德维格癌症研究所和加州大学圣地亚哥医学院的

Nature子刊:非编码RNA癌症药物基因组图谱新突破

  近日,匹兹堡大学药物遗传研究中心的杨达和张敏课题组借力于一种名为弹性网络回归(Elastic Net regression)的机器学习模型,从1,001个肿瘤细胞系的高通量长非编码RNA表达谱(long noncoding RNAs, lncRNAs)与265种抗癌药物敏感性数据中,挖掘出了27

重磅!首个北京鸭三维基因组研究登顶Nature子刊

  相关研究成果An intercross population study reveals genes associated with body size and plumage color in ducks于7月17日在自然子刊《Nature Communications》在线发表,并被列为该期

中国学者《Nature》《PloS-One》公布两个基因组图谱

  继中国科学家在《Nature》上公布首个中国人基因组“炎黄一号”后,近期中国的科学家又在《Nature》及《PLoS One》上公布新的基因组序列。     陈竺领导的研究小组在Nature发表血吸虫基因组   犹他大学病理学系博士解析“第二代测序前的序列捕获芯片及比较基因组杂交芯片在临床

Nature:科学家绘成高质量油棕榈全基因组图谱

  日前,一支国际联合研究小组确定了一种称之为 Shell 的基因调控了油棕榈树的产量。油棕榈的果实和种子是全球近一半食用植物油的供应源,并且是最有前景的生物燃料来源之一。   新研究为我们提供了高质量的油棕榈全基因组图谱,并且还搜索了对于科学和工业均极为重要的基因序列。这一付诸多年努力所取得

伊成器教授Nature子刊:人基因组脱氧尿嘧啶修饰图谱

   来自北大-清华生命联合中心的研究人员发表了题为“Genome-wide mapping reveals that deoxyuridine is enriched in the human centromeric DNA”的研究论文,解析了人类基因组上脱氧尿嘧啶的图谱,发现该修饰在染色体的着丝

中外科学家Nature子刊绘制蜘蛛基因组图谱

  来自奥胡斯大学和华大基因研究中心的研究人员,在成功完成对蜘蛛基因组的测序后得出了惊人的结论:令人毛骨悚然的八条腿蜘蛛在某些方面与人类相似。  而这并非只是一个可怕的研究发现。这一测序对于未来我们更深入地了解蜘蛛的某些特性具有重要的意义。这一重要的研究成果发表在5月6日的《自然通讯》(Nature

Nature-Methods:绘制大脑神经活动图谱

  由于斑马鱼幼鱼是透明的,而且它们的大脑尺寸较小,方便在显微镜下进行观察,因此这种模式动物是体内观察中枢神经系统活动的理想模型。  7月27日Nature Methods杂志公布了一项最新研究成果,来自霍德华修饰医学院Janelia Farm研究院的一组研究人员利用光片照明(light-sheet

Nature:人类细胞图谱研究先锋Aviv-Regev

  Aviv Regev是一位生物分析专家。现在,她正致力于绘制人体的每一个细胞。  计算生物学家Aviv Regev喜欢做一些看似不可能完成的任务。2011年,她与分子遗传学家Joshua Levin合作,测试了RNA测序的几种方法。科学家们在测试几种技术的极限,以查看哪种方法表现最佳。他们用降解

Cell、Nature共绘遗传互作图谱

  在遗传学中,总体并不总是组成部分的总和。有时,两个基因共同作用所产生的一种表型,会不同于预期的简单地将两个基因的效应相加。近期来自加州大学旧金山分校的 Jonathan Weissman和Nevan Krogan研究小组在独立研究中首次系统地探索了酵母中的遗传互作。相关论文分别发表在《细

Nature重磅成果:人类心脏细胞的图谱

砰……砰……砰”尽管大多数时候我们几乎没有注意到它,但是我们体内稳定的心跳声其实是一种复杂的机理表现,就像是乐团一样,成千上万的细胞必须掌握各自的演奏节奏,并共同努力。近,一组科学家创建了人类心脏细胞的个图谱,这些图集展示了将近50万个心脏细胞,确定了每种细胞在心脏交响乐中的作用!研究人员检查了14

如何阅读基因载体图谱?

基因载体是基因工程的核心,也是基因治疗中强有力的生物工具,我们先来认识和阅读载体图谱吧。 载体分类及载体组成元件 载体分类 1、按属性分类:病毒载体和非病毒载体 病毒载体是一种常见的分子生物学工具,可将遗传物质带入细胞,原理是利用病毒具有传送其基因组进入目的细胞,进行感染的分子机制。

如何阅读基因载体图谱

  基因载体是基因工程的核心,也是基因治疗中强有力的生物工具,我们先来认识和阅读载体图谱吧。   一、载体分类及载体组成元件   载体分类   1、按属性分类:病毒载体和非病毒载体   病毒载体是一种常见的分子生物学工具,可将遗传物质带入细胞,原理是利用病毒具有传送其基因组进入目的细

如何阅读基因载体图谱

  基因载体是基因工程的核心,也是基因治疗中强有力的生物工具,我们先来认识和阅读载体图谱吧。   一、载体分类及载体组成元件   载体分类   1、按属性分类:病毒载体和非病毒载体   病毒载体是一种常见的分子生物学工具,可将遗传物质带入细胞,原理是利用病毒具有传送其基因组进入目

什么是基因图谱?

基因图谱指综合各种方法绘制成的基因在染色体上的线性排列图。生物的性状千差万别,决定这些性状的基因成千上万。这些基因成群地存在于遗传物质的载体——染色体上。基因定位就是要确定基因所在的染色体,并测定基因在特定染色体上线性排列的顺序和相对距离。通过测定重组率得到的基因线性排列图称为遗传图谱,将遗传重组值

基因图谱是什么

人类基因图谱名称: 人类基因图谱主题词或关键词: 生命科学内容人类基因组图谱今天将宣布完成。专家说,这是医学上一场革命的开始,但这场革命的成功将需要更长的时间。中国科学家承担了这个工程1%的工作量。人类的基因决定了人的生老病死,它存在于人体每一个细胞内的脱氧核糖核酸分子即DNA分子。DNA分子在细胞

1微米分辨率小鼠三维脑图谱问世

记者2日从海南大学获悉,中国科学院院士、海南大学教授骆清铭等与华中科技大学与美国加州大学洛杉矶分校科研人员合作,绘制出小鼠三维脑区和立体定位图谱(STAM)。这张详细的“空间地图”,以1微米分辨率清晰标注脑区“坐标”和边界,为神经科学研究提供了重要工具。相关成果发表在国际期刊《自然》上。脑图谱是研究

最大动物基因组图谱——南极磷虾基因组图谱破译

原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/3/495141.shtm   ? Cell官网截图。黄海水产研究所供图   日前,由中国水产科学研究院黄海水产研究所联合青岛华大基因研究院、德国阿尔弗雷德?魏格纳研究所、澳大利亚联邦科学

Nature-Methods-|-郑晔开发三维基因组数据高保真模拟新工具

  染色体构象捕获3C(chromosome conformation capture【1】)和Hi-C(high-throughput chromosomeconformation capture【2,3】)测序技术已经逐渐成熟,成为研究远距离基因调控机制的重要方法。越来越多的学者提出分析Hi-C

Nature子刊:癌症基因组三维结构和拷贝数变异关系

  来自北京大学生命科学学院,清华-北大生命科学联合中心等处的研究人员发表了题为“3D genome of multiple myeloma reveals spatial genome disorganization associated with copy number variations”的