单细胞数据降维可视化最新工具UMAP的介绍
高通量单细胞组学数据的一个显著性特点就是数据量大，一次能反映的细胞数量多。因此，通过降维和可视化去展示细胞数据特征是一个非常重要的工作。翻开各类发表的单细胞组学文章，不管是CNS的还是其他，几乎所有的结果中，映入眼帘的第一张图片通常是数据结果的降维图形化展示。图1 PBMC细胞单细胞转录组数据展示图实现高维数据可视化的理论基础是基于降维算法。降维算法一般分为两类：那些寻求在数据中保存距离结构的，以及倾向于保存局部距离而不是全局距离的。PCA[1]、MDS[2]等算法属于前者，t-SNE[3,4]、diffusion maps[5]等算法都属于后者。对高维单细胞数据的可视化展示，以t-SNE为代表的非线性降维技术，由于其能够避免集群表示的过度拥挤，在重叠区域上能表示出不同的集群而被广泛运用。然而，任何技术方法都不是完美的，t-SNE也一样，它的局限性体现在丢失大规模信息(集群间关系)、计算时间较慢以及无法有效地表示非常......阅读全文
首个海洋信息三维可视化平台建成
“数字海洋”信息基础框架通过验收 在“数字海洋”模拟屏前，触摸海洋的任意一点，那里的水温、盐度、流速等信息即可显示。这就是我国第一个集成海洋信息的三维可视化球体平台。 该平台是国家海洋局908专项(近海海洋综合调查与评价专项)“数字海洋”信息基础框架构建项目的成果之一。 记者从12
实用技巧二——单细胞转录组高级分析之细胞谱系分析
基于单细胞转录组数据的细胞轨迹分析常见形式有细胞变化轨迹分析和细胞谱系分析，在上一篇中，我们详细介绍了常规拟时间序列分析的相关内容（具体内容查看链接）。在这里，我们主要就细胞谱系分析进行介绍和解读。 细胞谱系分析，最简明的理解就是细胞领域的进化树，通常指的是某类祖源细胞，在特定条件下，有多
关于维A酸的分子结构数据介绍
1、摩尔折射率：95.52 [1] 2、摩尔体积（cm3/mol）：297.1 [1] 3、等张比容（90.2K）：743.2 [1] 4、表面张力（dyne/cm）：39.1 [1] 5、极化率（10-24cm3）：37.87
Nature－Methods－|－郑晔开发三维基因组数据高保真模拟新工具
染色体构象捕获3C（chromosome conformation capture【1】）和Hi-C（high-throughput chromosomeconformation capture【2,3】）测序技术已经逐渐成熟，成为研究远距离基因调控机制的重要方法。越来越多的学者提出分析Hi-C
MIT华人博士神奇发明，降维打击音响
声学薄膜里的小圆顶形成阵列结构。 当你坐在沙发上，房间的墙纸就能放音乐，让你沉浸于真实的环绕立体声；同时，这些墙纸还具有麦克风的功能，让你对智能家居发号施令。 这听着很科幻，却真的可以变为现实。最关键的是，要做成这样一款神奇的薄膜音箱，只需要低成本压电薄膜材料和简单的加工工艺就行，相比之前的
单细胞测序基准数据集的概念
单细胞测序基准数据集是一组经过精心挑选和整理、具有高质量和代表性的单细胞测序数据集合。这些基准数据集通常具有以下特点和作用：特点：高质量：数据经过严格的质量控制和处理，具有低噪声、高准确性和完整性。多样性：涵盖多种细胞类型、组织、疾病状态、实验条件等，以全面反映单细胞测序的各种情况。详细标注：对细胞
维A酸的计算化学数据
1、疏水参数计算参考值（XlogP）：无2、氢键供体数量：1 3、氢键受体数量：2 4、可旋转化学键数量：5 5、互变异构体数量：06、拓扑分子极性表面积：37.3 7、重原子数量：22 8、表面电荷：0 9、复杂度：567 10、同位素原子数量：0 11、确定原子立构中心数量：0 12、不确定原子
维A酸的计算化学数据
1、疏水参数计算参考值（XlogP）：无2、氢键供体数量：1 3、氢键受体数量：24、可旋转化学键数量：5 5、互变异构体数量：06、拓扑分子极性表面积：37.37、重原子数量：22 8、表面电荷：0 9、复杂度：567 10、同位素原子数量：011、确定原子立构中心数量：0 12、不确定原子立构中
单细胞测序数据分析软件的性能评估指标有哪些？
以下是一些用于评估单细胞测序数据分析软件的性能指标：细胞类型分类准确性计算软件所识别的细胞类型与已知的真实细胞类型之间的一致性，常用指标如准确率、召回率、F1 值等。聚类准确性评估软件对细胞聚类的效果，例如通过调整兰德系数（Adjusted Rand Index）、归一化互信息（Normalized
健康人颈部神经的三维数字可视化模型
颈部神经三维数字可视化模型模型图。图中可显示颈丛、迷走神经、喉上与喉返神经、甲状腺、颈动脉、颈静脉、甲状腺上下动脉的整体形态(正面观) 研究表明，高分辨率的多层X射线电子计算机断层与3.0T超导核磁共振断层影像能够获得较为完整、连续的二维原始数据。许多研究三维重建神经模型均取材于 “可视人
单细胞测序基准数据集的应用场景有哪些？
单细胞测序基准数据集具有以下应用场景： 1. 算法和工具开发 - 用于测试和优化新的单细胞数据分析算法和工具，例如细胞聚类算法、差异表达基因检测方法、细胞轨迹推断模型等。 2. 性能比较与评估 - 对不同的单细胞测序分析方法和软件进行全面、客观的性能比较和评估，帮助研究人员选
我国首个海洋信息三维可视化平台建成
本报北京12月14日讯（记者陆琦）在“数字海洋”模拟屏前，触摸海洋的任意一点，那里的水温、盐度、流速等信息即可显示。这就是我国第一个集成海洋信息的三维可视化球体平台。 该平台是国家海洋局908专项（近海海洋综合调查与评价专项）“数字海洋”信息基础框架构建项目的成果之一。 记者从今天召开
可视化基因载体的介绍
据介绍，微环DNA被认为是最具潜力的基因治疗载体，而如何实现微环DNA的高效递送以及载体非侵入性生物学信息的获取是当前亟待解决的问题。聚乙烯亚胺（PEI）作为阳离子基因传递载体，已广泛应用于生物医学研究。但由于高分子量PEI在提高基因转染效率的同时也增加了细胞毒性，其在体内的应用受到制约。如何实
成都生物所在新的基因敲降工具研究中获进展
锤头状核酶HHRz是一种能够催化RNA剪切反应的功能核酸大分子，可在特定的位置对底物RNA进行剪切。目前，核酶作为基因治疗工具已应用于癌症、退行性疾病以及病毒性疾病的基因治疗研究中。其中将HHRz作为基因敲降工具治疗艾滋病的临床二期研究结果表明，锤头状核酶是非常安全的基因敲降工具，由于其不需要任
成都生物所在新的基因敲降工具研究中获进展
锤头状核酶HHRz是一种能够催化RNA剪切反应的功能核酸大分子，可在特定的位置对底物RNA进行剪切。目前，核酶作为基因治疗工具已应用于癌症、退行性疾病以及病毒性疾病的基因治疗研究中。其中将HHRz作为基因敲降工具治疗艾滋病的临床二期研究结果表明，锤头状核酶是非常安全的基因敲降工具，由于其不需要任
复杂生物系统机制研究有了新工具
空间转录组技术能同时解析细胞的基因表达和空间位置信息，是揭示器官发育、疾病机制等生命过程的重要工具。然而，现有方法大多针对单样本设计，难以处理多样本数据（如对比样本、时间序列、三维空间等），这严重阻碍了多样本研究的深入，限制了对复杂生物系统的认知。 4月21日，来自华大生命科学研究院的研究团队
关于卡维地洛的计算化学数据介绍
卡维地洛的计算化学数据： 疏水参数计算参考值（XlogP）：无 氢键供体数量：3 氢键受体数量：5 可旋转化学键数量：10 互变异构体数量：0 拓扑分子极性表面积：75.7 重原子数量：30 表面电荷：0 复杂度：508 同位素原子数量：0 确定原子立构中心数量：0 不确
关于维拉帕米的计算化学数据介绍
维拉帕米的计算化学数据： 1、疏水参数计算参考值（XlogP）：无 2、氢键供体数量：0 3、氢键受体数量：6 4、可旋转化学键数量：13 5、互变异构体数量：0 6、拓扑分子极性表面积：64 7、重原子数量：33 8、表面电荷：0 9、复杂度：606 10、同位素原子数量：
革命性工具：更快捷－更准确的单细胞RNA测序处理方法
2018年12月，《Science》杂志称，如果没有基于scRNA-seq的可视化技术，一个细胞一个细胞地跟踪胚胎发育就不可能实现，因此这是今年最大的突破这一。2019年，研究人员写道，毫无疑问，FIt-SNE将加速发育生物学、神经科学以及癌症研究等领域的进一步工作。 就像从针孔相机到偏光片一
古生物三维分割开源软件新版本发布
计算机断层扫描(CT)技术在近几十年来被广泛应用于古生物学相关研究领域。研究者借助CT扫描技术可以无损获得化石内部精细信息，进一步对材料进行深入研究。然而，如何对CT数据进行高效的三维分割与重建仍是研究者们在使用三维数据时面临的主要问题。目前研究者使用的大多数CT数据分割软件都采用二维分割的传统方法
单细胞测序基准数据集的选择标准
选择单细胞测序基准数据集的标准通常包括以下几个方面： 1. 数据质量和可靠性 - 低噪声、低错误率，经过严格的质量控制步骤，例如对低质量细胞的有效过滤。 2. 代表性 - 涵盖广泛的细胞类型、组织和生理/病理状态，能够代表常见的研究场景和问题。 3. 标注完整性和准确性
降酶胶囊的介绍
降酶胶囊是一种中药新药，用于治疗慢性肝炎引起的**高丙氨酸氨基转移酶（ALT）**水平。 该药物主要含有多种中草药成分，如丹参、白芍、当归、川芎、茯苓、泽泻等。这些草药具有清热解毒、活血化瘀、利湿化痰的功效，能够降低肝脏炎症，改善肝功能。
维A酸的分子结构数据
1、摩尔折射率：95.52 2、摩尔体积（cm3/mol）：297.1 3、等张比容（90.2K）：743.2 4、表面张力（dyne/cm）：39.1 5、极化率（10-24cm3）：37.87
维A酸的分子结构数据
1、摩尔折射率：95.522、摩尔体积（cm3/mol）：297.1 3、等张比容（90.2K）：743.2 4、表面张力（dyne/cm）：39.15、极化率（10-24cm3）：37.87
RNASPLIT－技术是揭开Xist－RNA扩展的关键机制的可视化工具
越来越多的研究开始使用活体成像的方式观测生物体内各种反应的全过程，比如细胞去分化以及组织再生等，以期为多种生物学过程增加时间轴上的信息。X染色体失活（X chromosome inactivation，XCI）现象是哺乳动物中XX雌性为了维持X连锁基因表达与XY雄性相等的水平而出现的机制。X染色
华人学者Nature－Methods发布单细胞测序重要工具
新一代测序技术（NGS）大大增进了我们对疾病（比如癌症）的理解。不过NGS的研究对象是细胞群体，会掩盖细胞之间的异质性。正因如此，单细胞测序（SCS）技术受到了越来越多的关注。 德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员开发了首个用于单细胞DNA测序的突变检出程序，Monovar。这一重要成果发
华人学者Nature－Methods发布单细胞测序重要工具
新一代测序技术（NGS）大大增进了我们对疾病（比如癌症）的理解。不过NGS的研究对象是细胞群体，会掩盖细胞之间的异质性。正因如此，单细胞测序（SCS）技术受到了越来越多的关注。 德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员开发了首个用于单细胞DNA测序的突变检出程序，Monovar。这一重要成果发
单细胞研究领域先锋蔡龙最新成果
特定组织样本中的所有细胞不一定都是相同的，它们可能在遗传内容、组成和功能方面有很大的不同。但是，许多研究和分析技术，旨在了解生物系统如何在 细胞水平上起作用，把组织样本中的所有细胞看作是完全相同的，平均整个细胞群体的测量。这很容易看到为什么会发生这样的事。但是，因为细胞器、信号化学物 质，以及遗
9102，《Nature－Methods》上scRNAseq“天天”见
《Nature Methods》是专门用来对生命科学研究领域具有显著性意义的新方法和研究技术改进的经典杂志。单细胞转录组测序是2019年不折不扣的热点领域，截至2019年9月，Nature Methods总共发表了10篇关于单细胞转录组测序相关的研究报道。本期，小编和大家一起分享这些重要的研究成
单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍
接触过单细胞转录组数据的小伙伴们都知道，数据的核心结果在于根据每个细胞的基因表达数据，来对细胞进行分群分类。现有通用的分析思路如下：首先根据转录组稀疏矩阵，通过计算和分析，找到不同的细胞Cluster，并找到每一类集群的Marker基因。根据已有对细胞特定Marker基因的认识，来对细胞可能的集