分子对接计算中如何确定对接口袋？（三）
在殷赋云计算平台上定义对接口袋说了这么多，分子对接中使用游离蛋白作为受体时，又该如何定义对接口袋呢？计算平台为我们提供了三种定义口袋的方式，对于复合物蛋白，可以通过“选择文件”选择之前就提取出来的配体分子进行定义（详见平台教程，在微信公众号首页回复“计算教程”即可获得下载链接）；对于游离蛋白，可通过上传包含口袋信息的分子文件或者通过下拉列表选择口袋中的氨基酸残基来定义。还是以1UWH为例，我们把蛋白摆放到与上图差不多的角度，就知道口袋的大致位置（下图绿圈），然后在口袋中找一个或几个氨基酸残基（要求其原子集合的几何中心尽量接近口袋中心），把鼠标放至其上，就会显示出相关信息（下图黄圈）。然后，在下拉列表中勾选这些残基（下图红框）即可。（在殷赋云计算平台上通过指定氨基酸残基的方式来定义对接口袋）另一种更便捷的方式是，上传一个指明口袋中心的分子文件（使用pdb、mol2、sdf等常用格式[2-4]）到平台，平台会计算它们的几何中心，从而......阅读全文
如何选择蛋白晶体结构
在使用殷赋云计算平台的时候，有不少用户对于如何选择蛋白晶体结构存在疑问。本篇就这个话题做一些经验分享。任何标准都有一个适用范围。我们在这里只讨论用于分子对接的蛋白晶体结构的选择原则和方法。 1. 确定蛋白种属 在实验当中，研究人员通常使用动物模型（如小鼠）来研究人源蛋白。这样做有许
沈阳分院与鞍钢集团开展技术对接
8月1日，在辽宁省科技厅组织下，中国科学院沈阳分院、金属研究所、沈阳自动化研究所等单位院士、专家团队赴鞍钢集团公司开展定向科技成果发布和专题对接。中国工程院院士柯伟、沈阳分院副院长马越红、金属所副所长谭若兵等14位沈阳分院系统院士、专家参加了对接活动。来自鞍钢集团公司、鞍山钢铁公司、鞍钢矿业公司
创新券京津冀对接会召开
为落实全国科技创新大会精神，推动京津冀协同创新发展，9月19日，由北京市科委牵头的创新券京津冀对接会召开。 此次会议讨论了建立共同支持互相衔接的创新券合作机制，科技部资源配置与管理司、财政部相关负责人、北京市科委、天津市科委、河北省科技厅相关负责人与工作人员出席，并就构建合作机制、明确重点
吉林：化工新材料项目“产学研金”对接
12月15日，吉林省化工新材料主题项目对接会在吉林省科技大市场举行。吉林省政府此前拿出19.2亿元的产业发展基金，与国内知名基金公司合作，基金规模可达到150亿元左右。对接成功的企业，既可以寻求银行贷款，亦可找基金公司进行股权投入、风险投资。 对接会上有53个可转化的科技成果，主要是高性能高
我国首次实现月球轨道交会对接
北京时间12月6日5时42分，嫦娥五号上升器成功与轨道器和返回器组合体交会对接，并于6时12分将样品容器安全转移至返回器中。这是我国首次实现月球轨道交会对接。 从上升器进入环月飞行轨道开始，通过远程导引和近程自主控制，轨道器和返回器组合体逐步靠近上升器，以抱爪的方式捕获上升器，完成交会对接。
怎么确定小分子与蛋白的活性位点？
1A:对接的时候，小分子与蛋白的活性位点是怎么选呢?参照文献么?选择的时候，活性位点有很多，是选择什么样的位点对接呢?B:先分析你的化合物和已知底物的相似性关系，再选择合适位点。A:我刚刚开始接触这些，不太懂，相似性关系是分析哪方面呢?B:拓扑结构相似性，电荷分部的相似性。一类化合物能结合多个口袋的
怎么确定小分子与蛋白的活性位点
1 A:对接的时候，小分子与蛋白的活性位点是怎么选呢?参照文献么?选择的时候，活性位点有很多，是选择什么样的位点对接呢? B:先分析你的化合物和已知底物的相似性关系，再选择合适位点。 A:我刚刚开始接触这些，不太懂，相似性关系是分析哪方面呢? B:拓扑结构相似性，电荷分
中青报：高校志愿服务亟需与公益项目对接
“我们学校不缺有公益心的志愿者，但是特别缺乏好的公益项目。”在11月16日举办的北京高校志愿服务社团联谊活动上，来自北京科技大学青年志愿者协会的陈伟杰说。 北京高校志愿服务社团联谊活动由中国青年报社主办，中青公益、海巢HOT社区青年汇承办。北京航空航天大学、北京科技大学、中国传媒大学、北京
“神九”有望有人对接“天宫一号”
据中国军网8月6日消息，执行天宫一号飞行任务的各大系统参试人员和飞行产品此前已集结酒泉发射场，目前各项准备工作进展顺利。 据了解，长征二号F运载火箭运抵酒泉卫星发射中心，与“天宫一号”会合。据中国载人航天工程网消息，酒泉卫星发射中心已对载人航天发射场设施设备进行全面检修检测和质量评审，完成
海西研究院项目专场对接会举办
为了充分发挥中科院在福建省科技成果转化的重要窗口作用，为福建省光电产业的健康快速发展提供科技支撑，福建省光电行业协会于7月18日举办了中科院海西研究院项目专场对接会。福建省光电行业协会会长邓电明，海西研究院建设工作组常务副组长、中科院福建物质结构研究所副所长、省光电行业协会常务副会长兰国政以及福
世界最大跨度铁路转体连续梁成功对接
8月19日凌晨3：20，由铁道部第三勘察设计院设计、中铁十二局集团承建的京石铁路客运专线滹沱河特大桥分别平行于京广铁路两侧的单体主跨128米、转体重量12000吨预应力混凝土连续梁，通过千斤顶的连续牵引，相向转过25度和18度之后在京广铁路上空成功对接，标志着我国高速铁路桥梁施工技术取
中科院产学研合作对接会举行
日前，由中科院、浙江省科技厅、地方政府共同主办的产学研合作专场对接会先后分别在湖州、绍兴两地举行。 中科院与浙江省有着良好的合作传统，2009年院省签定新一轮的合作协议，双方的合作进一步加强和深化，在院省双方领导的高度重视下，院省合作关系更加紧密，合作成果丰硕喜人。目前，
京津冀多项科技成果－互动对接
6月7日，在北京市科委和中国科学院北京分院的支持下，北京科学技术开发交流中心成功主办“京津冀科技成果转化高峰论坛”。京津冀三地科技企业、中科院在京科研院所、高校、金融投资机构以及国内外科技成果转化机构100余家单位、200余人到场参加。 本次论坛开设了“京津冀项目推介、路演和成果对接”以及“农
京津冀产业协同发展对接加速
随着京津冀协同发展战略的不断深入，北京、天津、河北三地如何实现产业协同发展更加备受瞩目。8月19日，京津冀协同发展国家（玉田）农业园区招商推介会在北京举行。包括洛娃科技实业集团、北京首农物流有限公司、庆丰包子等10家农业产业化龙头和中华老字号企业与当地政府签订了投资或战略合作协议，总投资25.6
高端芯片领域技术创新对接会举行
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519629.shtm高端芯片是人工智能等产业高质量发展的重要硬件基础，成都高端芯片产业如何加快发展形成新质生产力？围绕这一问题，3月22日，由成都市科学技术局、成都高新区科创局主办的高端芯片领域技术创新对
2020郑州工博会线下供求对接信息展示墙
2020郑州工博会线下供求对接信息展示墙 活动背景：随着中部崛起、一带一路政策、东部产业转移等的强劲实施，河南以其较强的工业基础、较全的产业链体系，促使工业领域市场占有比重越来越高，且政府对企业智能化改造力度的加大，使企业对各类工业设备的需求不断升级，加之外部环境正面领重大变化，全球制造业供应链体系
镇江50家高校院所对接科技合作
近日江苏镇江举办科技合作对接会，推进与宁镇扬三地近50家高校院所的科技合作。会上，镇江市政府与江苏大学、江苏科技大学、南京师范大学、南京工业大学、南京邮电大学、扬州大学6家高校签订全面合作协议，新一代新能源汽车电控系统关键技术开发”等36个科技合作项目集中签约。 “十二五”期间，镇江市加快企
青岛市全面开展产学研对接专项行动
为贯彻落实新旧动能转换重大工程总体部署，深化产学研结合，实现科技成果供给与企业需求精准对接，加快科技成果本地转化，青岛市首次组织全要素、广渠道、多形式的产学研对接专项行动，5月份，召开了新闻发布会和动员部署会，在全市迅速掀起开展产学研对接活动的热潮。 开展产学研对接是促进高校院所科技成果走出
青岛市全面开展产学研对接专项行动
为贯彻落实新旧动能转换重大工程总体部署，深化产学研结合，实现科技成果供给与企业需求精准对接，加快科技成果本地转化，青岛市首次组织全要素、广渠道、多形式的产学研对接专项行动，5月份，召开了新闻发布会和动员部署会，在全市迅速掀起开展产学研对接活动的热潮。 开展产学研对接是促进高校院所科技成果走出
深圳空气质量对接国际标准
在空气质量率先全面达到国家标准的基础上，广东省深圳市又把空气质量目标对准了国际高标准。 深圳市人居委近日在其组织召开的大气治理专题研讨会上提出，至2020年，空气质量优良天数比例达到98%以上，力争大气各项污染物浓度全面达到世界卫生组织空气质量准则的第二阶段过渡目标值（PM2.5浓度达到25
化合物活性预测相关知识问答
Docking相关 A:新手想问一下，docking结果怎么判断小分子和蛋白产生了结合呀，形成了疏水键或氢键吗? B:打分越低越好，一般会设置一个已知的配体用来做参照，或者说用来检验参数是否合理。 A:我是选择了有配体的蛋白，处理了蛋白和分子后进行docking，得到这个结果。
关于蛋白与分子的结合在微信学术群里的讨论结果
Docking相关 A:新手想问一下，docking结果怎么判断小分子和蛋白产生了结合呀，形成了疏水键或氢键吗? B:打分越低越好，一般会设置一个已知的配体用来做参照，或者说用来检验参数是否合理。 A:我是选择了有配体的蛋白，处理了蛋白和分子后进行docking，得到这个结果
分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式
项目说明 采用分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式（图1）。 图1.化合物1的化学结构 2.计算方法 从RCSB Protein Data Bank（http://www.rcsb.org）下载PARP1的X-ray晶体结构（PDB 编号：4RV
关于蛋白与分子的结合的讨论
Docking相关A:新手想问一下，docking结果怎么判断小分子和蛋白产生了结合呀，形成了疏水键或氢键吗?B:打分越低越好，一般会设置一个已知的配体用来做参照，或者说用来检验参数是否合理。A:我是选择了有配体的蛋白，处理了蛋白和分子后进行docking，得到这个结果。B:只要比这个配体的打分低，
新型金属材料研发与产业对接报告
理财周报材料科学实验室主要关注新型金属材料，包括特种金属材料和高端金属材料。 “金属”会使人条件反射地联想到金光闪闪的“金子”，总是会招人喜欢的，更甚是具备某种特种功能的金属，资本市场也从来不缺乏对于金属的关注度。 而理财周报材料科学实验室主要关注新型金属材料，包括特种金属材料和高端金属材料
天宫与神九手控交会对接成功
神舟九号航天员6月24日驾驶飞船与天宫一号目标飞行器顺利对接，我国首次空间手控交会对接试验成功。 这一操作是由43岁的航天员刘旺实施的。12时许，他通过手柄控制飞船的姿态、速度和方向，使神舟九号从140米外向天宫一号缓缓接近，最终成功捕获天宫一号。 24日早上刚刚分开的神舟九号与天
2010年水博览会参展企业对接会
为更好的为参展企业服务， 2010中国水博览会将组织供需双方对接活动。预报名的专业观众，将成为VIP观众。VIP观众可免费参加所有对接活动，并可获得到一份精美礼品。 对接会安排： 一、水务投资运营企业与供应商见面会 会议时间：2010年11月18日上午9:50―11:30 会议
对接率不高－部分海归项目堪比作秀场
“不管是打国际牌的人才交流大会，还是地方举办的留学生交流会、‘海归’创业周，都面临一个共性问题，即‘海归’项目对接率不高。”日前，中部某省海外人才服务中心主任在北京参加一个引进海内外高层次人才的新闻发布会时，对中国青年报记者说：“各省市组团队伍浩浩荡荡，活动耗资甚多，但‘海归’与企业沟
俄货运飞船与空间站成功对接
俄罗斯地面飞行控制中心4日发布消息说，日前与国际空间站对接失败的俄“进步M－06M”货运飞船当天晚间与空间站成功实现对接，飞船为国际空间站送去多种给养及设备。 该中心发言人伦金介绍说，莫斯科时间4日20时17分（北京时间5日零时17分），“进步M－06M”货运飞船与国际空间
京津冀技术成果交流对接会举行
“基于吸收式换热的热电联产集中供热技术”能够从根本上取缔供暖燃煤锅炉、“低温空气源热泵系统”可以冬季供暖夏季供水”——日前，96项来自京津冀的高新技术汇聚天津，在“2016年京津冀技术成果交流对接会（天津站）”上亮相。 为推动京津冀协同创新共同体建设，促进三地产业技术联合创新，搭建产学研交流