连接非编码突变和肿瘤基因表达的转录组全网络
肿瘤基因组中充满了非编码突变，这些突变对肿瘤的影响研究还不是很清晰。加州大学圣地亚戈分校的科学家Wei Zhang and Ana Bojorquez-Gomez，Trey Ideker，在最近国际顶级期刊Nature Genetics发表文章 A global transcriptional network connecting noncoding mutations to changes in tumor gene expression。作者对930个肿瘤全基因组和匹配转录组进行综合分析，确认了193个非编码位点会影响肿瘤基因表达。这些‘体细胞eQTL’(表达数量性状基因座)在特定的癌症组织中经常发生突变，大多数基因可以在3，382个独立的肿瘤队列中被验证。其中，他们发现非编码突变对dam 1、mtg 2和hyi转录的影响尤其重要。在多个癌细胞株中，DAAM 1表达的增加导致细胞侵袭性迁移。作者进行此项研究的......阅读全文
2014年8月28日Nature杂志精选
封面故事： 想与做背后的神经活动 在对神经活动的新模式多大程度上通过学习可以产生所做的一项研究中， Aaron Batista及同事对恒河猴利用运动皮层中不同活动模式学习如何控制电脑光标时的神经网络重新组织进行了分析。一些新的神经活动模式比其他的更容易产生(相应于更容易学会的任务)，这些可从实
Science最新报道：单细胞测序助跑癌症精准分型
麻省综合医院（MGH）、MIT布罗德研究所、哈佛大学近日在Science杂志上发表了一篇文章（3月31日），使用单细胞RNA测序技术，并结合癌症基因组图谱分析了星形细胞瘤（astrocytomas）和少突神经胶质瘤（oligodendrogliomas）两种脑神经胶质瘤（gliomas）的细胞组
研究发现空气污染诱发肺癌关键长链非编码RNA
中科院动物所周光飚研究组通过深入研究，发现了空气污染诱发肺癌的关键长链非编码RNA。相关成果日前发表于肿瘤学杂志Oncotarge。 据了解，肺癌已成为全球发病率最高、致死人数最多的癌症，其中90%的肺癌由吸烟、空气污染等环境因素引起。然而，空气污染诱发肺癌的分子机制目前尚不清楚。 此前研究
癌基因编码蛋白表达的检测
实验步骤展开
Cancer－Cell：隐藏在“垃圾DNA”中的癌基因
科学家们一直致力于在基因组中寻找与癌症有关的遗传学改变。在此基础上，人们对癌症的理解以及癌症治疗都取得了巨大的进展。 这类研究大多关注基因组的编码区域，但这一区域只占到人类DNA的2%，应该还有大量癌症相关突变发生在非编码DNA上。非编码DNA曾被称为“垃圾DNA”，虽然人们早已知道它们其实并
蛋白质组学不能被基因组和转录组取代
基因和蛋白并不存在严格的线性关系ORF并不预示一定存在相应的功能性基因mRNA水平并非与蛋白质的表达水平对应翻译后修饰及同工蛋白质（isforms)等现象在基因水平无从表现
长链非编码RNA:－从科研到临床（二）
脂类代谢和脂肪生成最新的研究表明，lncRNA控制肝脏中的脂类代谢，调控脂肪生成，从而维持机体的脂质稳态[9]。APOA1编码蛋白是高密度脂蛋白的重要组分。其反义转录本APOA1-AS可以在体内和体外抑制APOA1的表达。LncRNA NEAT1在脂肪生成过程中调节PPARγ2的可变剪接，它还介
掀开空间转录组学的面纱：可视化观察组织中的基因表达
在一项新的研究中，来自瑞典卡罗琳斯卡研究所和皇家理工学院等机构的研究人员开发出一种新的被称作空间转录组学（spatial transcriptomics）的高分辨率方法研究一种组织中哪些基因是有活性的。这种方法能够被用于所有类型的组织中，而且在临床前研究和癌症诊断中是有价值的。相关研究结果发表在
基因表达的转录后调控的相关介绍
基因表达的转录后调控：真核生物的RNA被翻译之前需要通过核孔输出，因此核输出对基因表达有着显著影响。所有进出细胞核的mRNA的运输都是通过核孔进行的，受到各种输入蛋白和输出蛋白的控制。 携带遗传密码的mRNA需要存活足够长的时间才能被翻译，因为mRNA在翻译之前必须经过很长距离的运输。在典型的
四川大学最新综述：非编码RNA与代谢的研究进展
生物通报道：非编码RNA是指不编码蛋白质的调节性RNA分子. 近年来的研究发现,非编码RNA,尤其是微小RNA和长非编码RNA,可以在基因转录、 RNA成熟和蛋白质翻译等水平调控基因表达,参与发育、分化和新陈代谢等几乎所有重要的生理生命过程,在人类疾病中发挥重要作用.肿瘤和糖尿病等代谢性疾病是人
华人学者全面解读癌症中的ceRNA
过去几年人们逐渐发现，竞争性内源RNA（ceRNA）是一类重要的转录后调控子。这些RNA通过miRNA介导的机制改变基因表达，进而影响细胞的功能。 德州大学MD安德森癌症中心的研究人员最近在Cell旗下的Trends in Genetics杂志上发表文章，全面介绍了癌症ceRNA研究的新进展，
PCAWG联盟6篇Nature、15篇Nature子刊揭示癌症的复杂性
一项大规模的国际努力对来自38个人体组织的2600多个肿瘤基因组进行了多方面研究，从而对癌症的遗传基础产生了丰富的见解。 早在2001年对首个人类基因组进行测序后，肿瘤的全面基因组表征就成为癌症研究人员的一个主要目标。从那时起，测序技术和分析工具取得的进展使得这个研究领域蓬勃发展。在发表在最新
肿瘤抑制子HIC1通过影响ncRNAnumb葡萄膜黑素瘤－激活过程
葡萄膜黑素瘤（UM）是一种最常见的眼内肿瘤，占据了黑色素瘤的5%左右。大约有一半的原发UM患者有发生肝转移的风险，但是目前对于分子层面的精确诊断和治疗还不完善。先前的研究表明，基因组拷贝数变异与UM的转移风险有关。GNAQ，GNA11，BAP1的基因突变也与UM相关。现有研究表明，转录组长链非编
重磅－|－3篇Nature背靠背发表，科学家发现新型的致癌机制
在所有真核细胞中，基因表达分三步进行，分别由RNA聚合酶(RNA polymerase)、剪接体(Spliceosome)、和核糖体(Ribosome)执行。首先，储存在遗传物质DNA序列中的遗传信息必须通过RNA聚合酶的作用转变成前体信使RNA (precursor messenger RNA
中国科大基因转录调控研究取得进展
近日，中国科学技术大学生命科学学院教授单革实验室研究发现，秀丽线虫中两个高度保守的转录因子UNC-30和UNC-55，共调控包括cAMP通路、微小RNA（microRNA）和长链非编码RNA（lncRNA）等在内的数以千计的靶基因的表达，从而调控D型运动神经元的发育和可塑性。研究论文近日发表在《
RIP测序解析RNA结合蛋白SORBS2在卵巢癌细胞转移中的作用...
RIP测序解析RNA结合蛋白SORBS2在卵巢癌细胞转移中的作用机制作为环状RNA和RNA甲基化领域的领跑者，云序生物最近一个月捷报频传。RNA甲基化领域，云序m6ARNA甲基化测序服务协助上海交大余健秀组发表18年国内首篇10分以上RNA甲基化文章（“Nucleic Acid Research”，
RIP测序解析RNA结合蛋白SORBS2在卵巢癌细胞转移作用机制
作为环状RNA和RNA甲基化领域的领跑者，云序生物最近一个月捷报频传。RNA甲基化领域，云序m6ARNA甲基化测序服务协助上海交大余健秀组发表18年国内首篇10分以上RNA甲基化文章（“Nucleic Acid Research”，IF:10.162)；环状RNA领域，云序环状RNA测序服务助力
北京林大在新型非编码RNA转录调控机制方面取得新进展
近日，国际植物学TOP期刊《Plant Biotechnology Journal》（IF： 7.443， 植物学一区）发表北京林业大学林木分子育种创新团队研究成果，题目是“Osmotic stress-responsive promoter upstream transcripts (PROM
新发现！非编码DNA突变也可引发癌症－|－Nature子刊
基因与癌症的关系远比人类已了解的更加复杂。近日，美国科学家在一项新研究中鉴定出了近200个在不同的癌症中发挥作用的非编码DNA突变。 图片来源：Nature Genetics（doi:10.1038/s41588-018-0091-2） 在人类基因组中，有98%的信息是看似无用的“垃
利用CRISPR筛查人类基因组“垃圾”DNA
在几个研究小组正致力将CRISPR/Cas9系统应用于临床的同时，另一些研究团队则在利用这一工具来解决有关生物学的基础问题。近期，荷兰癌症研究所遗传学教授Reuven Agami与和同事们应用CRISPR搜寻了整个基因组中的调控增强子元件。 他们将Cas9核酸酶靶向了从前鉴别出的两个转录因子p
－从胚胎的角度研究肿瘤发生问题
一直以来，科学家们在研究某个基因的功能时无非就只有两种方法，要么就是敲除这个基因，或者下调其表达量，要么就是提高其表达量。在20世纪90年代发现的RNA干扰技术又给科学家们提供了一条新的研究基因功能的途径，RNA干扰技术可以通过小RNA分子(small RNA molecule)与目标m
华中科大用基因编辑治疗白血病
急性白血病（AL）是最常见的血液系统恶性肿瘤，在遗传构成和临床结局表现出显著的异质性。由于对细胞遗传学/基因突变的了解加深，以及相应靶向疗法的引入，在某些白血病亚型的治疗方面已经获得了惊人的成功，但是，许多遗传高风险的亚型，目前用标准方案仍然是难以治疗的，并表现出预后不良。世界卫生组织和美国国家
华中科大用基因编辑治疗白血病
急性白血病（AL）是最常见的血液系统恶性肿瘤，在遗传构成和临床结局表现出显著的异质性。由于对细胞遗传学/基因突变的了解加深，以及相应靶向疗法的引入，在某些白血病亚型的治疗方面已经获得了惊人的成功，但是，许多遗传高风险的亚型，目前用标准方案仍然是难以治疗的，并表现出预后不良。世界卫生组织和美国国家
破解全新基因起源之谜
近日，中国科学院植物研究所研究员郭亚龙与合作者提出了一个“全新基因通过与复制产生的新基因协作整合到已有的基因调控网络中”的实例。相关成果发表于国际学术期刊Molecular Biology and Evolution。全新基因指起源于非编码序列的基因，是新基因的重要来源。全新基因的起源及其生物学功能
复杂肿瘤全基因组异常的检测难题得以解决
中国科学技术大学信息科学与技术学院副教授李骜研究组以原创性论文（Original paper）的形式，在Bioinformatics上在线发表了最新研究成果。论文的第一作者是博士生余振华。 基因组异常是多种恶性肿瘤的标志性特征，在肿瘤发病机理、临床诊断和治疗等研究中具有极为重要的作用。传统的肿
2017年不能错过的长非编码RNA研究推荐
2017年即将过去，这一年的非编码RNA研究取得了很多重磅级成果。与早先的主要是在不同类型的疾病（癌症）中大规模鉴定非编码RNA，今年的研究是对非编码RNA机制的更深入探索，给我们展现了作用方式更丰富多彩的非编码RNA世界。图片来源于网络 一 长非编码RNA（lncRNA） 长非编码RNA是
生物物理所揭示基因组重复序列Alu调控转录新机制
7月12日，中国科学院生物物理研究所薛愿超团队在《自然》（Nature）上，在线发表了题为Complementary Alu sequences mediate enhancer-promoter selectivity的研究论文。 转录调控在维持细胞功能和正常发育过程中起着关键作用。其中，增
分子诊断:－qPCR、二代测序NGS和数字PCR如何选？
分子诊断是将分子生物学技术应用于疾病诊断的医学分支学科，利用分子生物学技术研究人体内源性或外源性生物分子的存在、结构或表达调控变化，为疾病的预防、预测、诊断、治疗、预后和转归提供信息和决策依据。精准医疗的发展，将持续推动分子诊断的进步。目前常见核酸分子诊断技术涉及三个技术：荧光定量PCR技术（qPC
武汉植物园等长链非编码RNA调控基因转录研究获进展
长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)一般指长度大于200个核苷酸的非编码RNA，目前已在多种生物中发现了大量lncRNA，然而只有少数lncRNA的精细作用机理被阐明。 中国科学院武汉植物园汪志伟博士在植物种群遗传学科组王艇研究员支持和中国科学院留学
上海生科院揭示长非编码RNA对MYC基因转录调控的分子机制
5月5日，中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲课题组在《细胞研究》(Cell Research)发表当期封面文章Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin