连接非编码突变和肿瘤基因表达的转录组全网络
肿瘤基因组中充满了非编码突变，这些突变对肿瘤的影响研究还不是很清晰。加州大学圣地亚戈分校的科学家Wei Zhang and Ana Bojorquez-Gomez，Trey Ideker，在最近国际顶级期刊Nature Genetics发表文章 A global transcriptional network connecting noncoding mutations to changes in tumor gene expression。作者对930个肿瘤全基因组和匹配转录组进行综合分析，确认了193个非编码位点会影响肿瘤基因表达。这些‘体细胞eQTL’(表达数量性状基因座)在特定的癌症组织中经常发生突变，大多数基因可以在3，382个独立的肿瘤队列中被验证。其中，他们发现非编码突变对dam 1、mtg 2和hyi转录的影响尤其重要。在多个癌细胞株中，DAAM 1表达的增加导致细胞侵袭性迁移。作者进行此项研究的......阅读全文
首个基于全基因组测序技术的食源性疾病分子溯源网络
食源性疾病是全球范围内重要的食品安全问题，早期发现和查明病因是防控食源性疾病的重要保证。随着新一代基因组测序技术的发展，基于全基因组测序（WGS）的分子分型技术在食源性疾病聚集性病例识别和暴发溯源调查中已显示出极大的应用价值和发展潜力，逐渐成为国际研究热点，欧美相关国家已相继开展研究和布局。在国
NAR：人类基因组中或含有超过20％的非编码基因
近日，一项刊登在国际杂志Nucleic Acids Research上的研究报告中，来自美国国家癌症研究中心的科学家们通过研究发现，高达20%的编码基因可能根本就无法进行编码，因为这些基因具有非编码或伪基因（即过时的编码基因）的特征，由此导致的人类基因组的缩小或许会对生物医学领域产生重要的影响，
新发现！非编码DNA突变也可引发癌症－|－Nature子刊
基因与癌症的关系远比人类已了解的更加复杂。近日，美国科学家在一项新研究中鉴定出了近200个在不同的癌症中发挥作用的非编码DNA突变。 image.png 图片来源：Nature Genetics（doi:10.1038/s41588-018-0091-2） 在人类基因组中，有9
抑癌基因编码蛋白表达的检测
实验步骤展开
抑癌基因编码蛋白表达的检测
实验步骤 展开
抑癌基因编码蛋白表达的检测
实验步骤 展开
Science：新研究揭示短串联重复序列如何影响基因表达
几十年来，科学家们已经知道，“垃圾 DNA（junk DNA）”实际上起着至关重要的作用：尽管基因组中的蛋白编码基因提供了构建蛋白的蓝图，但是基因组中的一些非编码部分，包括以前被认为是 “垃圾DNA”的基因组区域，似乎可以提高或降低这些基因的表达。但人们一直不清楚某些非编码区域如何影响基因表达水
我国学者揭示长链非编码RNA顺式调控基因表达的新模式
国际学术期刊Cell Stem Cell（《细胞·干细胞》）于近日在线发表了清华大学医学院沈晓骅研究组的最新研究成果“Divergent lncRNAs regulate gene expression and lineage differentiation in pluripotent cel
非编码RNA在调节压力恢复过程中具有微调基因表达的作用
在最近一项研究中，科学家发现非编码RNA在调节压力恢复过程中具有微调基因表达的作用。 当细胞暴露于热或化学胁迫下时，就会形成称为细胞核应激体的细胞器。根据研究人员发表在《EMBO》杂志上的结果，当条件恢复正常时，细胞器会促进称为“内含子（intron）”的RNA片段的保留。 这很重要，因为内
ChIPseqmRNAseq在外周淋巴瘤的药物联用实验中的应用
上海交通大学附属瑞金医院血液研究所赵维莅教授团队针对外周淋巴瘤的研究。近期，该课题组应用ChIP-seq联合分析揭示了联用西达本胺和地西他滨对组蛋白修饰基因突变的外周淋巴瘤的作用机制。该研究成果于月发表在血液科权威杂志《Haematologica》（影响因子7.7）上。（ChIP-seq及mRN
DeepDEP：深度学习构建肿瘤依赖性图谱
大家好呀！今天给大家介绍一篇2021年发表在Science Advances上的文章。全基因组功能缺失筛查揭示了对癌细胞增殖十分重要的基因，称为肿瘤依赖性。然而将肿瘤依赖性关系与癌细胞的分子组成联系起来并进一步与肿瘤联系起来还是一个巨大的挑战。本研究，作者提出了DeepDEP，基于深度学习模型和
基因组中表达基因的类型介绍
基因组中表达的基因分为两类：⑴一类是维持细胞基本生命活动所必须的，称管家基因（house keeping gene），如各种组蛋白基因；⑵另一类是指导合成组织特异性蛋白的基因，对分化有重要影响，称奢侈基因（luxury gene），即组织特异性(tissue-specific gene)表达的基因，
最全癌症基因图谱公布－有望提前数十年识别出肿瘤突变
癌症是一种基因病，由体细胞癌基因突变引起。早在2001年对首个人类基因组进行测序后，肿瘤的全面基因组表征就成为癌症研究人员的一个主要目标。从那时起，测序技术和分析工具取得的进展使得这个研究领域蓬勃发展。 2月5日，Nature杂志及其子刊同期发表了20余篇关于癌症研究的文章，由来自37个国家、
高通量解析骨质疏松非编码易感变异被揭示
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517668.shtm西安交通大学生命科学与技术学院杨铁林教授团队开发了一个增强子调控网络打分方法，鉴定了33个显著富集的转录因子，并发现这些转录因子显著富集到转录激活和骨代谢相关分子通路。近日该研究成果发
类转录化学药物诱导型基因组编辑和转录激活系统
生物学变化多受到高度动态的分子事件调控，为了更精确的理解并研究这些过程，应用条件性可诱导的技术手段是十分必要的。此前，得到广泛应用的药物诱导技术之一是通过配体结合激发雌激素受体蛋白（ER）从细胞质到细胞核的转运。在没有激素配体的情况下，ER与热激蛋白（hsp90）结合定位于细胞质中；一旦与配体结
长链非编码RNA:－从科研到临床
长链非编码RNA (LncRNA)是一类真核生物中长度大于200 nt的非编码RNA分子；根据其与邻近基因的位置可以分为反义lncRNA、增强子lncRNA、基因间lncRNA、双向lncRNA、和内含子lncRNA；它具有多种作用机制，比如在细胞核中作为分子支架、协助可变剪接、调节染色体结构
【盘点】长链非编码RNA的研究进展
非编码RNA在生命调控过程中扮演着重要角色，近年来的研究成果常入选CNS年度十大科学突破。人类基因组转录区高达76％，但转录产物中只有不到2％是编码蛋白质的mRNA，其他均为非编码RNA，其中microRNA (miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA（circRNA）等调控
基因组所发表长非编码RNA分类问题综述文章
近日，中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室的“百人计划”研究员章张及其团队，与沙特阿卜杜拉国王科技大学(King Abdullah University of Science and Technology)开展科研合作，对长非编码RNA的分类问题进行了系统综述，相关论文在RN
miRNA测序应用于阿尔茨海默氏症新机制的研究
阿尔茨海默氏症（Alzheimer's disease，AD）是一种神经性疾病。有研究表明，miRNA-Seq和全基因组测序鉴定到了一些非编码RNA可能参与了其中的疾病形成。竞争性内源RNA（ceRNA）是非编码RNA执行生物学功能的一种重要方式。然而，相对于其重要的生物学功能，只有部分
OPGEN全基因组图谱应用系列——鞭虫全基因组测序
鞭虫是一种常见的土壤传播寄生虫，地理分布广，感染率高，寄生于人体盲肠，导致人体慢性感染，对人类危害巨大。鞭虫的全基因组测序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，发表在世界顶级期刊《Nature Genetics》上。该研究通过对2种不同
表观遗传学：癌细胞耐药性，有我一份力！
表观遗传学同药物之间作用 近日，美国范德比尔特大学科学家发现了一种肿瘤对西妥昔单抗（用于治疗晚期结直肠癌）产生抗性的非遗传因素。 该研究对应文章发表于最新上线的Nature Medicine杂志上，名为“lncRNA MIR100HG-Derived miR-100 and miR-125
Science发布肝癌研究重要发现
通过比较肿瘤和正常组织，研究人员发现了一个在纤维板层肝细胞癌(fibrolamellar bepatocellular carcinoma.FLHC)中表达的嵌合转录物，他们将研究结果发布在本周的《科学》(Science)杂志上。 在洛克菲勒大学Sanford Simon的领导下，
首创全基因组大数据的高精度计算技术揭示癌症复杂性
2月6日出版的《自然》集中发表了国际癌症基因组联盟（ICGC）泛癌全基因组分析协作组（PCAWG）完成的6篇论文，分别聚焦泛癌全基因组数据画像、肿瘤体细胞突变的路径图谱、非编码区的驱动突变特征、基因组结构突变的特征模式、复现肿瘤的演化历程和多组学荟萃的RNA变化规律六个方面。同日，PCAWG还在
转录组是干什么用的，和表达谱有什么区别
转录组测序可以得到特定条件下所有mrna转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体基因表达谱(geneexpressionprofile)：指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cdna文库,大规模cdna测序,收集cdna序列片段、定性、定量分析其mrna群体组成,从而描绘该特定细
原癌基因的特性
原癌基因是细胞的正常基因，其表达产物对细胞的生理功能极其重要，只有当原癌基因发生结构改变或过度表达时，才有可能导致细胞癌变。 一、原癌基因表达的特点 l、正常细胞中原癌基因的表达水平一般较低，而且是受生长调节的，其表达主要有三个特点：①具有分化阶段特异性；②细胞类型特异性； ③细胞周期特异性
宁波大学Sci－Rep解析癌相关ceRNAs
来自宁波大学医学院的研究人员,针对胃癌中长链非编码RNA（lncRNAs）相关的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)展开了调查，研究结果发布在8月15日的《Scientific Reports》杂志上。 宁波大学医学院的郭俊明（Junming Guo
华人学者Nature－Genetics发布lncRNA重要发现
研究人员通过研究遗传变异准确地找到了45个与前列腺癌疾病发生发展有关的基因。 项目负责人、大学健康网络玛格丽特公主癌症中心科学家、多伦多大学医学生物物理学系助理教授Hansen He说，发布在《自然遗传学》（Nature Genetics）上的研究结果，阐明了这些称作为“长链非编码RNA”(l
p53基因的临床应用（二）
简介 P53蛋白主要分布于细胞核浆，能与DNA特异结合，其活性受磷酸化、乙酰化、甲级化、泛素化等翻译后修饰调控。正常P53的生物功能好似“基因组卫士（guardian of the genome）”，在G1期检查DNA损伤点，监视基因组的完整性。如有损伤，P53蛋白阻止DNA复制，以提
科学家鉴别出一种能调节多种癌症发生发展的关键分子
近日，发表于Nature Communications的研究报告中，来自Josep Carreras白血病研究所的科学家们通过研究发现，非编码基因组的特殊区域所表达的一种中间性分子或许对于细胞的发育、分化以及肿瘤细胞的扩展至关重要。文章中，研究者揭示了名为RPSAP52的RNA分子诱发细胞增殖并取消
科学家鉴别出一种能调节多种癌症发生发展的关键分子
近日，发表于Nature Communications的研究报告中，来自Josep Carreras白血病研究所的科学家们通过研究发现，非编码基因组的特殊区域所表达的一种中间性分子或许对于细胞的发育、分化以及肿瘤细胞的扩展至关重要。文章中，研究者揭示了名为RPSAP52的RNA分子诱发细胞增殖并取消