利用454技术解析样本中病毒耐药突变情况
H7N9是一种甲型流感病毒，是禽流感病毒的一个亚型，1988年在美国火鸡身上有了第一个病毒记录。H7N9原本属于低致病性感冒病毒，经基因交换后转移到人类上感染后成为病发期短、重症率与死亡率较高的传染性病毒。自今年3月下旬开始，人类感染甲型流感病毒H7N9的病例陆续在上海及长江三角洲一带的城市被发现。疫情爆发后，各地疾控中心与政府都采取了积极的应对措施，到5月中旬，已基本消除了新增病例。然而研究的步伐仍未停止，科学家们仍然在研究病毒基因重组的机制以及耐药情况的发生。 目前在临床上对H7N9的患者主要使用奥司他韦和帕拉米韦进行抗病毒治疗。为了直观地解析病毒基因耐药机制，测序仍然是主要的选择。国内学者们在收集病人在治疗过程中多个时间点的咽拭子、血液、尿液和粪便标本，使用自行设计的荧光定量RT-PCR方法对上述标本中的H7N9 流感病毒核酸载量进行了定量检测，并对其中的十四例患者进行了454测序，从而进行了病毒载量与病情严重程度......阅读全文
美利用基因技术成功遏制艾滋病病毒
美国科研人员最近利用基因技术成功遏制老鼠体内的艾滋病病毒，这一方法为控制艾滋病病毒增殖提供了新思路。 这一技术的关键在于负责指导合成CCR5蛋白的一种基因。CCR5蛋白是艾滋病病毒入侵机体细胞的“帮凶”。科研人员很早就发现，如果CCR5蛋白基因发生有利的变异，那么人
夯实HIV耐药检测技术平台，为我省耐药监测提供技术支撑
联合国艾滋病规划署提出了“2030年终结艾滋病”的愿景，并提出“三个90%”防治目标。 即：90%的感染者通过检测知道自己的感染状况，90%已经诊断的感染者接受抗病毒治疗，90%接受抗病毒治疗的感染者病毒得到抑制。我省自2004年实施艾滋病抗病毒免费治疗政策，接受治疗的人数不断增加，截止201
罗氏454追踪“超级细菌”传播途径
2011年6月，一位女性肺部感染伴呼吸困难的患者被美国国家健康研究所的医院收治，很快被确诊感染了对多种抗生素具有耐药性的肺炎克雷博氏菌，在其住院期间医院使用了最严格的防止院内感染的措施，包括隔离病人、清洁病人所接触的医疗器械等等。在其住院期间，未发现院内感染事件，病人于2011年7月治愈出院。然而，
新型致命病毒解析
来自清华大学的研究人员，在新型人类冠状病毒MERS-CoV侵入宿主细胞机制研究中取得重要进展，揭示了MERS-CoV刺突蛋白受体结合域(receptor binding domain ,RBD)与人类受体DPP4形成复合物的分子结构。研究论文发表在7月9日的《Cell Research》杂志
肝脏样本外显子组测序，揭示肝硬化中的复杂突变景观
正常组织随着年龄的增长而累积遗传变化，但是在慢性退行性疾病的情况下，体细胞突变是否促进非恶性细胞的克隆扩增（clonal expansion）尚不清楚。 在一项新的研究中，来自美国国家糖尿病、消化与肾疾病研究所和德克萨斯大学西南医学中心的研究人员通过对来自82名患者的患病肝脏样本进行外显子组测
全基因组测序在临床感染疾病研究中的应用
感染病分子诊断中，PCR是公认的首选技术。然而全基因组测序（WGS）可能会超越PCR成为首选。在今年举行的欧洲临床微生物学和感染病大会（ECCMID）上，关于该技术的科学研究展示数量迅速增长，正好证明了这一点。 大会上研究人员从多个方面探讨了WGS在临床中的应用，包括帮助预测耐药性，促进流感疫
类病毒的情况介绍
类病毒20世纪70年代初期，美国学者T.O.Diener团队在研究马铃薯纺锤块茎病病原时，观察到病原无病毒颗粒和抗原性，具有对酚等有机溶剂不敏感，耐热（70-75℃），对高速离心稳定（说明其分子质量小），对RNA酶敏感等特点。所有这些特点表明病原并不是病毒，而是一种游离的小分子RNA，从而提出了一个
拟病毒的情况介绍
拟病毒（ virusoids）又称类病毒（viroid - like）或壳内类病毒，是指一类包裹在真病毒粒子中的缺陷类病毒。拟病毒极其微小，一般仅由裸露的RNA（300~ 400个核苷酸）所组成。拟病毒是一种环状单链RNA。它的寄生对象是病毒，被寄生的病毒称为辅助病毒（help-er virus）。
朊病毒的情况介绍
美国学者S.B.Prusiner因发现了羊瘙痒病致病因子——朊病毒（1982年）而获得了1997年的诺贝尔生理和医学奖。朊病毒（ prion）又称蛋白侵染因子（proteinaceous infectiousagents），是一种比病毒小、仅含有疏水的具有侵染性的蛋白质分子。纯化的感染因子称为朊病毒
著名学术期刊发表中国科学家禽流感病毒研究成果
5月1日和5月3日，国际著名学术期刊The Lancet(《柳叶刀》)和Science(《科学》)分别在线发表了中国科学院、中国疾病预防控制中心等单位科技人员关于H7N9病毒溯源和高致病性禽流感H5N1跨种间传播机制研究的两项重要成果。 高致病性流感病毒溯源和跨种传播机制研究是流感疫情
DNA测序技术的现状和发展（四）
1.1.3.2 模板制备程序完全的体外大规模模板制备工作是达成高通量、低价格测序技术的前提。已广泛使用的乳液PCR扩增技术就是一种很好的方法。不过，由于很难在热循环测序反应中保证乳液微滴的稳定性，因此最开始实验的模板扩增方法是恒温扩增法（isothermal）。乳液PCR不需要借助细菌的帮助就能扩增
Natera对NeoGenomics子公司提起第二项ZL侵权诉讼
Natera 近日对 NeoGenomics 子公司 Inivata 提起诉讼，声称其侵犯了同一天发布的一项新ZL。 在向美国特拉华州地方法院提起的诉讼中，Natera 指控 Inivata 非法使用其美国ZL号 11,530,454 所涵盖的ZL技术来创建雷达检测，这是一种用于检测和监测患者
下一代测序技术将改变生物学现状
新一代非基于“桑格技术”的基因测序法以空前的快速测序速度问世了，它为人类带来了重大的科学成果和先进的生物学应用软件。然而，要研发出新一代基因测序法，必须克服30年来以桑格技术为基础的惯性思维。 1977年，Fred Sanger 和Alan R. Coulson发表了两篇关于快速测序技
分2剂接种会进一步导致冠状病毒耐药性突变？
2021年COVID-19进入了一个新的阶段，每天全球数百万人参与接种第一剂COVID-19疫苗。但这些人也将等待长达12周的时间才能接受第二剂。在接种第二剂之前，尽量给更多的人接种一剂疫苗是诱导人群保护的最快方法，但一些专家说，这其实相当于在“赌”，与病毒进化速度赛跑，潜在后果仍然令人不安。图
454测序协助发现疱疹样病毒与热带珊瑚礁的大面积减少...
454测序协助发现疱疹样病毒与热带珊瑚礁的大面积减少有关为了确定病毒病原体对珊瑚健康衰退的影响，圣地亚哥州立大学的研究人员最近在Forest Rohwer博士的领导下，用454生命科学的Genome Sequencer系统对各种环境压力下的Porites compressa珊瑚样本进行了宏基
立菲达安：新型基因检测试剂盒即将获得CFDA认证
立菲达安基于一代测序平台成功开发出HBV耐药、HCV分型、TB耐药三款检测试剂盒，目前已获中国国家食品药品监督管理总局（CFDA）受理号，有望于2014年6月份通过审批，提供给中国广大医务工作者使用。 乙型肝炎病毒（HBV）是传染性疾病乙型病毒性肝炎的主要病因，感染HBV可引起肝硬
Cell－Rep：利用CRISPR技术发现寨卡病毒和登革热病毒弱点
在一项新的研究中，来自美国马萨诸塞大学医学院的研究人员开展首次利用CRISPR/Cas9筛选，发现寨卡病毒和登革热病毒复制所需要的人蛋白。这项研究揭示出的新进展有可能被用来阻止寨卡病毒、登革热病毒和其他新发的病毒感染。相关研究结果于2016年6月21日在线发表在Cell Reports期刊上，论
利用现有技术，如何鉴定一个全新的病毒
80年代的技术很经典，但那时分子生物学不够发达，现在方法有无进步呢?如何利用现在的技术来鉴定全新的病毒呢?有此想法很久了，可一直未搞清楚。这也跟如何发现一个新基因的道理是相通的。这是真正创新的基础。网友alishang：我先来最简单的： 1、采集各种病料，用各种细胞、宿主盲传，分离病毒，期
勒索病毒WannaCry样本分析（三）
公网传播主要代码如下图,病毒会随机生成IP地址,尝试发送攻击代码。SMB漏洞攻击数据包数据,如下图所示:Worm病毒的PE文件中包含有两个动态库文件,是攻击模块的Payload,分别是:x86版本的payload,大小0x4060和x64版本的payload,大小0xc8a4。两个Paylo
勒索病毒WannaCry样本分析（一）
一、综述5月12日,全球爆发的勒索病毒WannaCry借助高危漏洞“永恒之蓝”(EternalBlue)在世界范围内爆发,据报道包括美国、英国、中国、俄罗斯、西班牙、意大利、越南等百余个国家均遭受大规模攻击。我国的许多行业机构和大型企业也被攻击,有的单位甚至“全军覆没”,损失之严重为近年来所
勒索病毒WannaCry样本分析（六）
则会将当前文件路径加入到文件操作列表中,在遍历文件结束后一并进行文件操作。代码如下图:对于每个需要加密的文件,都会调用CryptGenRadom随机生成AES密钥,之后使用Session Key中的RSA公钥对AES密钥进行加密,存放在加密后的数据文件头中,之后将原始文件数据用该AES密钥进
勒索病毒WannaCry样本分析（四）
完整的攻击Payload的资源如下图,资源中的第一个DWORD是病毒大小,之后就是病毒本身。然后使用MS17-010漏洞,通过APC方式注入动态库到被攻击计算机的Lsass.exe,并执行Payload动态库的导出函数PlayGame,该函数非常简单,功能就是释放资源“W”到被攻击计算机“C
勒索病毒WannaCry样本分析（二）
2.1.2. 如果上述域名无法访问,则会安装病毒服务,服务的二进制文件路径为当前进程文件路径,参数为:-m security,并启动服务。2.1.3. 释放资源到C:\WINDOWS目录下的tasksche.exe(该程序是勒索病毒),并将其启动。2.1.4. 蠕虫病毒服务启动后,会利用MS
勒索病毒WannaCry样本分析（五）
3) u.wnry,解密程序,释放后名为@WanaDecryptor@.exe。4) b.wnry勒索图片资源。5)s.wnry,包含洋葱路由器组件的压缩包。病毒作者将勒索服务器搭建在”暗网”,需要通过tor.exe和服务器进行通信。6)c.wnry,洋葱路由器地址信息。7)t.wnry,解
朱健康教授等人PNAS利用CRISPR技术解析DNA甲基化
来自中科院上海生命科学研究院植物逆境生物学研究中心朱健康研究组和郎曌博研究组的研究人员发表了题为“Critical roles of DNA demethylation in the activation of ripening-induced genes and inhibition of r
发现癌症耐药突变－液体活检优于组织活检？
癌症的耐药性是今天癌症治疗的一大难题。临床中经常可以遇到肿瘤组织在靶向疗法后明显变小，但不久又重新恶化。肿瘤学家一直希望能够快速对患者体内出现的癌症耐药性机制进行检测，从而可以确定其它种对肿瘤仍然有效的药物。 近日，来自于Broad研究所（Broad Institute of MIT and
技术方法：如何计算进化生物学的突变率
突变率有多种计算用途，比如，进化生物学家可以基于物种的突变率，预测一个物种首次分化为两个物种时的“分子钟”。科学家们还利用这些速率来追踪流感等病毒的演变速度。癌症生物学家也可以利用突变率估计肿瘤细胞基因组随时间变化的速度。 “这是每一个进化模型中必须输入的参数，”新加坡基因组研究所的博士后Yu
PCR技术在突变基因检测中的应用
基因突变(gene mutation)是遗传病和肿瘤发生的根本原因，检测与遗传病及恶 性肿瘤发生有关的突变基因(mutant gene)是分子生物学，医学遗传学及肿瘤学研究 的热点，它对阐明遗传病和肿瘤发生的分子生物学基础及其诊断和早期诊断具有重要 ＼意义，分子生物学技术的发展，尤其是PCR技术的出
罗氏Xofluza致耐药性升高－但这对儿童可能并不是好事
一名11岁日本男孩被诊断出感染了H3N2流感病毒，随后他接受了罗氏基因泰克流感药物Xofluza处方治疗，几天后他停止了对该药产生疗效反应。不久后，小男孩的妹妹也感染了这种病毒，基因测试显示她患有的流感为H3N2的突变形式，这使得她对Xofluza产生抵抗力。 这两个孩子的情况，包括威斯康星大
科学家利用机器学习解开临床癌症样本中的基因组密码
分析癌症基因组中的突变过程有助于在早期发现和准确诊断癌症，并可以揭示某些癌症患者对治疗产生耐药性的原因。 临床癌症样本是一个巨大的资源，可以为分子诊断技术提供更全面的支持，使特定的癌症患者与适合的癌症疗法相匹配，从而达到最好的治疗效果。然而，由于临床癌症样本中的DNA质量较差（如福尔马林会对D