利用ProteOnXPR36分析蛋白与小分子相互作用（二）
Anti-DNP抗体和DNP标记氨基酸的相互作用分析：如果作为ligand的蛋白分子非常大（超过100kD），那么这些分子在标记的时候用于空间位阻的关系，会占据基质的多个结合位点，导致标记效率下降。为此，很多人用ligand和analyte分子量之比来衡量芯片或仪器的灵敏度。GLH芯片可以达到400倍的检测灵敏度，也就是说，即使ligand分子比analyte分子的分子量高400倍，也依然可以检测到相互作用。为此，我们设计了一个小分子抗体（约150 KD）和几个抗原之间的相互作用实验。每个实验的具体信息和反应曲线见下表和下图：名称MWka (1/Ms)kd (1/s)KD (M)Rmax (RU)DNP-glycine2411.99×1060.0954.77×10-936DNP-valine2831.24×1060.0987.90×10-841DNP-tryptophan3707.14×1050.2513.52×10......阅读全文
分子生物学实验小技术（二）
1 、 各供应商送货时往往会提供冰袋，在室温下将化冻的大冰袋平整的一面整齐地插入1.5ml 或0.5ml 、0.2ml 的废弃离心管；或将几个化冻后的小冰袋填料塞入一个小泡沫盒中压实，再插入各种大小的试管，放在-20 摄氏度下冻24小时后取出，拔出插入的废管（可加点热水以助拔管）即可做成一个
小分子疗法
小分子疗法 15日，PTC Therapeutics公布了一项针对DMD和贝克肌营养不良（BMD）患者的最新研究结果，显示从常规疗法转为Emflaza（deflazacort）治疗后6个月的平均随访期内，大部分患者显示病情改善。>>阅读更多 16日，罗氏（Roche）旗下基因泰克（Genet
小分子RNA
RNA一度被认为仅仅是DNA和蛋白质之间的“过渡”，但越来越多的证据清楚的表明，RNA在生命的进程中扮演的角色远比我们早前设想的更为重要。RNA 干扰（RNA interference）的发现使得人们对RNA调控基因表达的功能有了全新的认识，更因为可以简化/替代基因敲除而成为研究基因功能的有力工具，
如何全面分析分子间相互作用
【导语】来自GE医疗集团生命科学部的表面等离子共振技术（Biacore）和微量热技术（Microcal）的相互补充、相互印证可以为我们正确全面判定分 子间相互作用的全面机制，提供充分的信心：不仅可定量研究结合的快慢（ka\kd，Ka为结合速率常数，Kd为解离速率常数），结合的强弱（KD
如何处理对接时候的蛋白自带小分子
想加入微信学术交流群的朋友，请在公众号首页输入“加群”，验证后入群。 殷赋云平台-分子对接方案，智能化预测蛋白质、多肽、核酸与小分子间的相互作用，识别文末二维码了解更多！ 1 A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢? 殷赋科技：对接时并不需要这些小分子，其用途
新型小分子开关可控制蛋白质活性
蛋白质分子（示意图） 据美国匹兹堡大学网站最近报道，该校研究团队开发出一种新技术，利用小分子磷化氢作为“开关”能控制蛋白质的活性。该技术为人们更好地研究生物过程中的分子行为提供了一种有力工具。 蛋白质是生物体内种类最多、最重要的成分之一，从牙齿、骨骼、皮肤，到器官的生长和酶与激素的产生，都离不开
细胞水平小分子结合相应靶向蛋白的验证
我们不再是我们，我们依然是我们——当Alpha®遇上CETSA®小分子药物研发中，筛选能有效结合目标蛋白的分子是非常耗时耗（财）力的一个环节，但又是必须进行的工作。高失败率源于结合情况的错综复杂，体外生化实验的结合效果，往往不能很好的在细胞水平进行重现。这其中可能是因为分子在穿越细胞膜时，出现了被修
单向电泳小分子量蛋白无条带原因
小分子量的蛋白质比较容易扩散，所以不容易聚集成清楚的条带，可以试着将分离胶的电压加大，电压大可以使条带聚集的比较好，但是也会出现另外一个问题，就是分辨率会降低，可能会出现多条带挤在一起，不容易分开，应该多摸索一下，找出最适合你的蛋白的电泳条件。
阻遏蛋白的活性受到小分子诱导的控制
细菌对环境的改变必需作出迅速的反应。营养供给随时都可能发生变化，反复反常。要能得以幸存必需具有可以变换不同代谢底物的能力。单细胞真核生物也同样生活在不断变化环境中；而更为复杂的多细胞生物都具有一套恒定的代谢途径，而无需对外部环境作出反应。在细菌中是很需要灵活性，也需要很经济，因为细菌遇到合适的环境就
如何处理对接时候的蛋白自带小分子？
1A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢?答：对接时并不需要这些小分子，其用途只有一个——帮助定位口袋。因此，保存你需要的小分子，其他清除掉。但有一种情况例外，辅酶分子或类似作用的分子应当保留在受体中，因为它将作为受体的一部分与配体产生相互作用。A：有的还带有金属离子~ 是不是也应该保留。
近红外二区小分子光学探针设计与血流动态成像研究
近红外二区（NIR-II，1000-1700 nm）小分子光学探针因其生物兼容性好、组织穿透能力强、成像对比度高而备受关注。目前，近红外二区小分子光学探针分为两类：多甲川类衍生物，其Stokes位移小且稳定性欠佳；苯并双噻二唑衍生物，其荧光亮度较低。因此，发展新型近红外二区小分子荧光染料，特别是
如何利用特殊小分子增强宿主自身免疫系统的功能
感染会给住院患者带来极大的健康风险，近日，来自弗劳恩霍夫学会界面工程和生物技术研究所等机构的科学家们开发了一种新型治疗性策略，其能通过作用于机体的免疫受体来改善细胞抵御有害微生物的能力，目前这种治疗方法已经进入动物模型试验阶段，研究人员还对念珠菌进行了测试，初步研究结果表现出了极大潜力。图片来源
分子克隆蛋白表达实验指南（二）
取DEPC水时切记带上手套 Genequant使用方法： 开机－set-up－enter(只更改DNA/RNA，看光波是否为320nm)－set-ref(此时插入空白对照)－样品 1．使用前将比色皿中水吸出，用1ml蒸馏水重新洗涤再将比色皿中的水吸尽（先用1ml枪吸，后用100ul枪吸）
小分子药物与miRNA关联图首次构建
哈尔滨医科大学科研人员基于基因芯片数据、利用生物信息学方法，首次构建了人类癌症中小分子化合物与miRNA(微小核糖核酸)的关联图。近日，相关成果《基于转录反应识别人类癌症中小分子和miRNA关联》由Nature子刊《科学报道》在线发表。 miRNA是一种单链的非编码RNA，参与多种与人类癌
74个药物分析小技巧（二）
21、样品为西林瓶装的粉针剂在做无菌实验时，往往由于压力很难吸出来，但在加入无菌注射用水之前，先用无菌注射器推入少许空气，再加注射用水，就很容易用无菌注射器将样品溶液吸出来。 22、做红霉素片释放度时，酸度对释放度的影响不小，能差5～7个百分点，要及时更换硫酸，否则可能会影响释放度结果。 2
Cell：利用新方法绘制蛋白与代谢物之间的相互作用组
在一项新的研究中，来自瑞士苏黎世联邦理工学院的研究人员利用一种新的方法来发现细菌细胞中的蛋白和小的代谢分子之间之前未知的相互作用。该技术也能够被用来测试药物的效果。相关研究结果发表在2018年1月11日的Cell期刊上，论文标题为“A Map of Protein-Metabolite Inte
蛋白降解靶向嵌合体在小分子药物研发中的机遇与挑战
白色脂肪组织作为储能组织，主要以三酰甘油的形式储存多余的能量。棕色脂肪组织作为耗能组织，利用解偶联蛋白 1 解偶联的方式产生热量，维持体温，从而消耗机体储存多余的能量。肾上腺素受体激活和寒冷刺激等因素均可引发白色脂肪棕色化。棕色脂肪产热以及白色脂肪棕色化是一个复杂的、由多种因素参与的调控过程
美利用诱导光子相互作用－制造出全新分子形态
据物理学家组织网9月25日报道，美国科学家携手，在特定的媒介下，诱导光子依附在一起形成了分子，这种全新的物质形态不仅挑战了光子之间不会相互作用这一传统观念，也有望用于量子计算机、传统计算机以及其他领域。研究论文发表在今天出版的《自然》杂志上。 该研究的领导者、哈佛大学物理学教授米哈依尔·卢
质谱检测法与蛋白质分析（二）
离子回旋加速器与轨道离子阱质谱仪 随着功能强大的带有外部离子源的傅里叶变换-离子回旋加速器(FT-ICR)质谱仪的出现以及商业化，我们在质谱仪的分辨率与准确性方面取得了质的飞跃。有了这种新型的质谱仪，我们现在可以对ppm级乃至亚ppm级的样品进行分析了。该质谱仪的高分辨率特性不仅提高了数
质谱检测法与蛋白质分析（二）
传统的和最新的蛋白质组学研究策略虽然到目前为止，还没有一种蛋白质组学研究策略能够对某个蛋白质组进行常规的、完整的分析，但是现在的技术已经非常强大，我们相信，很快就能进行全蛋白质组学研究了。而且，对某个亚蛋白质组（比如某个细胞器或亚细胞结构的蛋白质组）进行研究早就已经不是什么难题了，这已经成为了一种常
研究基于荧光的一种蛋白质RNA相互作用的小分子调节剂
国立首尔大学化学系CRI化学蛋白组学Wan Gi Byun团队在《Chembiochem》发表了他们最新的研究成果，基于荧光的紧密结合分析发现了一种蛋白质-RNA相互作用的小分子调节剂。 那为什么要研究RNA-蛋白之间的相互作用呢？ RNA和蛋白是可以相互作用的生物分子，可以通过物理
研究发现铜伴侣蛋白小分子抑制剂
中科院上海药物所蒋华良课题组与美国芝加哥大学何川课题组、艾默里大学陈靖课题组等合作，综合采用理论模拟以及化学生物学和药理学实验验证策略，首次发现了铜伴侣蛋白的小分子抑制剂。该抑制剂可同时靶向两种铜伴侣蛋白Atox1和CCS，并选择性调控铜离子转运，从而选择性地抑制肿瘤细胞增殖，且在多种动物实验中
SPR生物分子相互作用分析仪创新技术优势大盘点（二）
可与传统SPR技术媲美的实验结果精度：用OpenSPR，IBIS，Biacore三款仪器分别对相同的配体M1，M2做检测，分析结果显示，三款仪器具有可比的相似的信噪比： Figure 2. OpenSPR对(M1,M2)偶联曲线与动力学分析Figure 3. IBIS对(M1,M2)偶联曲线与动力学
去小留大，分子筛网高效分离二氧化碳与甲烷
南京工业大学材料化学工程国家重点实验室教授顾学红制备出了一种高性能天然气脱碳分子筛膜，为实现二氧化碳和甲烷的高效分离提供帮助。日前，这一研究成果以《沸石分子筛骨架柔性调控实现超高选择性二氧化碳分离》为题，刊发于《自然—通讯》。 论文共同第一作者、南京工业大学博士生杜鹏表
去小留大，分子筛网高效分离二氧化碳与甲烷
南京工业大学材料化学工程国家重点实验室教授顾学红制备出了一种高性能天然气脱碳分子筛膜，为实现二氧化碳和甲烷的高效分离提供帮助。日前，这一研究成果以《沸石分子筛骨架柔性调控实现超高选择性二氧化碳分离》为题，刊发于《自然—通讯》。 论文共同第一作者、南京工业大学博士生杜鹏表
能否利用小分子核糖核酸水平预测儿童脑震荡持续时间？
概要: 根据美国医学会杂志 儿科学（JAMA Pediatrics）发表的一项研究，与现有的报告症状标准调查方法相比，轻度创伤性脑损伤儿童和青少年的唾液中的小分子核糖核酸能更好地鉴别出有持续性的脑震荡症状的患者。 为何对该问题感兴趣：脑震荡症状通常会在2周内消失，但有些儿童的症状可能会延长。
分子卓越中心发现真菌利用小RNA抑制蚊虫免疫反应新机制
9月20日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所王四宝研究组在国际学术期刊《自然-通讯》（Nature Communications）上在线发表了题为A fungal pathogen deploys a small silencing RNA that attenuates
利用小分子化合物可以改变基因组的空间结构
研究人员发现，利用小分子化合物可以改变基因组的空间结构，这些小分子化合物被认为是很有前途的抗癌药物。这项工作为开发一类可以改变三维基因组的新的抗癌表观遗传药物开辟了新方向，研究结果发表在《Nature Communications》杂志上。图片来源：Nature Communications
Science：利用基因共同进化揭示蛋白相互作用网络
如今，在一项新的研究中，来自美国华盛顿大学和哈佛大学的研究人员找到了一种从已被测序的DNA中提取有用信息的新方法。通过对细菌中成对基因之间共享的细微进化特征进行编目，他们够发现数百种之前未知的蛋白相互作用。这种方法当前正应用于人类基因组，并且可能产生关于人类蛋白如何相互作用的新见解。相关研究结果
Nature：利用几何指纹解开蛋白表面相互作用之谜
在一项新的研究中，来自瑞士生物信息学研究所的研究人员使用一种生成蛋白表面“指纹”的几何深度学习工具来描述对蛋白-蛋白相互作用至关重要的几何和化学特征。他们指出，他们假设的“指纹”导致了分子识别和新蛋白相互作用的重要方面的新见解。相关研究结果发表在2023年5月4日的Nature期刊上，论文标题为“D