如何处理对接时候的蛋白自带小分子？
1A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢?答：对接时并不需要这些小分子，其用途只有一个——帮助定位口袋。因此，保存你需要的小分子，其他清除掉。但有一种情况例外，辅酶分子或类似作用的分子应当保留在受体中，因为它将作为受体的一部分与配体产生相互作用。A：有的还带有金属离子~ 是不是也应该保留。答：看情况，跟配体有重要作用的保留，水分子也是。 B：请问已经筛选好小分子，想把这个小分子接到载体上，中间连一个间隔臂，这个间隔臂需要和小分子一起连上再一次与蛋白质做对接吗?答：先问你，做对接的目的是什么?载体是这个蛋白吗?Carrier-Linker-Ligand-Protein?B：分子和蛋白对接，目的是定向固定化，分子得负载上载体，做定向吸附。载体不是蛋白，只是个树脂之类，类似树脂吸附酶。答：对接只是帮助你研究小分子与蛋白的相互作用，或者筛选小分子。既然已经筛选好了，那就做实验得了。要研究小分子-蛋白的相互作用，就直接......阅读全文
如何处理对接时候的蛋白自带小分子
想加入微信学术交流群的朋友，请在公众号首页输入“加群”，验证后入群。 殷赋云平台-分子对接方案，智能化预测蛋白质、多肽、核酸与小分子间的相互作用，识别文末二维码了解更多！ 1 A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢? 殷赋科技：对接时并不需要这些小分子，其用途
如何处理对接时候的蛋白自带小分子？
1A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢?答：对接时并不需要这些小分子，其用途只有一个——帮助定位口袋。因此，保存你需要的小分子，其他清除掉。但有一种情况例外，辅酶分子或类似作用的分子应当保留在受体中，因为它将作为受体的一部分与配体产生相互作用。A：有的还带有金属离子~ 是不是也应该保留。
分子对接计算中如何确定对接口袋？
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸
分子对接计算中如何确定对接口袋？（三）
在殷赋云计算平台上定义对接口袋说了这么多，分子对接中使用游离蛋白作为受体时，又该如何定义对接口袋呢？计算平台为我们提供了三种定义口袋的方式，对于复合物蛋白，可以通过“选择文件”选择之前就提取出来的配体分子进行定义（详见平台教程，在微信公众号首页回复“计算教程”即可获得下载链接）；对于游离蛋白，可通过
分子对接计算中如何确定对接口袋？（二）
3、从返回的结果中找到Output files，下载我们需要的pdb文件文件①是输入的pdb文件（我们输入了PDB ID，POCASA自动从RCSB PDB库中下载蛋白文件），文件②是我们需要的输出结果，包含了若干潜在口袋的位置信息。将两者下载下来，然后使用PyMOL或其他分子图形软件观察分析。（P
分子对接计算中如何确定对接口袋？（一）
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸、多
小分子蛋白Western－blot－检测
实验概要 1.目的 检测小分子蛋白抗体2． 3． 适用范围 单克隆抗体和多克隆抗体实验原理将经电泳分离的抗原转印到膜上作为固相,利用酶标记的抗抗体以检测已与固相抗原结合的受检抗体主要试剂试剂配制4.1.1 40% Bis-acrylamide with 2.6% C （Acrylamide:
如何科学合理地对待分子对接结果
这不是一个简单的问题，我没有做过系统性的研究，仅说一下经验之谈。欢迎大家留言讨论，各抒己见。将问题分解一下，本文主要回答两个问题：A、如何判断结合模式好坏？B、如何评价结合能力高低？ 讨论的重点是结合模式的判断，因为我们已知现有的对接软件的打分函数预测能力非常有限，而且一般情况下是我们不能
如何科学合理地对待分子对接结果？
这不是一个简单的问题，我没有做过系统性的研究，仅说一下经验之谈。欢迎大家留言讨论，各抒己见。将问题分解一下，本文主要回答两个问题：A、如何判断结合模式好坏？B、如何评价结合能力高低？讨论的重点是结合模式的判断，因为我们已知现有的对接软件的打分函数预测能力非常有限，而且一般情况下是我们不能左右的。由于
什么是分子对接？
分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间(如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法.近年来,分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术。
细胞如何知道什么时候要分泌蛋白
激素有很多种:如类固醇、氨基酸衍生物、蛋白质等同时不同激素分泌不同:1.肽类激素一般是在分泌细胞内核糖体上通过翻译过程合成的，与蛋白质合成过程基本相似。2.胺类激素与类固醇类激素是在分泌细胞内主要通过一系列特有的酶促反应(有机化合物在酶催化下进行的反应)而合成的，前一类底物是氨基酸，后一类是胆固醇。
分子对接技术的主要方法
各种分子对接方法对体系均有一定的简化，根据简化的程度和方式，可以将分子对接方法分为三类。刚性对接：刚性对接方法在计算过程中，参与对接的分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，刚性对接方法的简化程度最高，计算量相对较小，适合于处理大分子之间的对接。半柔性对接：半柔性对接方法允许对接过程中小分子
《分子植物》：自带除草剂抗性的水稻问世
近日，《分子植物》在线发表中国农业科学院植物保护研究所研究员周焕斌团队最新成果，他们应用单碱基编辑技术（BEMGE）介导植物内源基因定向进化，开发出具有除草剂抗性的水稻新种质。植物基因进化的BEMGE原理和程序。周焕斌供图 通讯作者周焕斌介绍，通过BEMGE技术发掘出不同农艺性状及强度等位基因
分子对接技术流程介绍
蛋白与小分子的对接受体结构准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；药物分子准备；对接口袋的确定蛋白与蛋白的对接蛋白结构模型准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；对接，一般生成数万种pose如果知道某些残基参与结合，那么可以对对接pose进行过滤对对接POSE进行重新打分并排序，挑选
蛋白质与生物小分子结合
生物大分子,首先先说一下什么是生物大疯子,生物大分子指的是作为生物体内主要活性成分的各种分子量达到上万或更多的有机分子.高相对分子量的生物有机化合物（生物大分子）主要是指蛋白质、核酸以及高相对分子量的碳氢化合物.常见的生物大分子包括蛋白质、核酸、多糖.但是,这只是相对的说法,这个定义只是概念性的,与
阻遏蛋白的活性受到小分子诱导的控制
细菌对环境的改变必需作出迅速的反应。营养供给随时都可能发生变化，反复反常。要能得以幸存必需具有可以变换不同代谢底物的能力。单细胞真核生物也同样生活在不断变化环境中；而更为复杂的多细胞生物都具有一套恒定的代谢途径，而无需对外部环境作出反应。在细菌中是很需要灵活性，也需要很经济，因为细菌遇到合适的环境就
转膜时大分子量和小分子量蛋白，该如何选择膜孔径
对所有的蛋白，我们推荐用 Nitrocellulose Sandwiches #12369（0.2 μm）的杂交膜去转膜，尤其是分子量低于 30 KD 的蛋白，建议使用较高浓度（12-15%）的蛋白分离胶并缩短转膜的时间，建议在 1 小时以内。大分子量蛋白（> 150 kDa）推荐使用 tris-a
分子对接技术的起源及方法
分子对接这一想法的历史可以追溯到19世纪提出的受体学说，Fisher提出的受体学说认为，药物与体内的蛋白质大分子即受体会发生类似钥匙与锁的识别关系，这种识别关系主要依赖两者的空间匹配。随着受体学说的发展，人们对生理活性分子与生物分子的相互作用有了更加深刻的认识，从基于空间匹配的刚性模型逐渐发展成为基
怎么确定小分子与蛋白的活性位点
1 A:对接的时候，小分子与蛋白的活性位点是怎么选呢?参照文献么?选择的时候，活性位点有很多，是选择什么样的位点对接呢? B:先分析你的化合物和已知底物的相似性关系，再选择合适位点。 A:我刚刚开始接触这些，不太懂，相似性关系是分析哪方面呢? B:拓扑结构相似性，电荷分
怎么确定小分子与蛋白的活性位点？
1A:对接的时候，小分子与蛋白的活性位点是怎么选呢?参照文献么?选择的时候，活性位点有很多，是选择什么样的位点对接呢?B:先分析你的化合物和已知底物的相似性关系，再选择合适位点。A:我刚刚开始接触这些，不太懂，相似性关系是分析哪方面呢?B:拓扑结构相似性，电荷分部的相似性。一类化合物能结合多个口袋的
细胞水平小分子结合相应靶向蛋白的验证
我们不再是我们，我们依然是我们——当Alpha®遇上CETSA®小分子药物研发中，筛选能有效结合目标蛋白的分子是非常耗时耗（财）力的一个环节，但又是必须进行的工作。高失败率源于结合情况的错综复杂，体外生化实验的结合效果，往往不能很好的在细胞水平进行重现。这其中可能是因为分子在穿越细胞膜时，出现了被修
分子对接有什么用途？
探索药物小分子和大分子受体的具体作用方式和结合构型;筛选可以与靶点结合的先导药物（虚拟筛选）;解释药物分子产生活性的原因;指导合理地优化药物分子结构。
如何处理迷你离心机的小故障
如何处理迷你离心机的小故障：1、开机后噪声大，剧烈振动或有异响原因分析：仪器未放置在水平、坚固平台上解决方案：将仪器放置到水平、坚固平台上原因分析：转头老化或局部缺损解决方案：立即停止使用，更换新转头原因分析：试管质量差，破裂漏液导致转头不平衡解决方案：换用合格试管2、故障现象开机后转头不运行原因分
如何处理迷你离心机的小故障
如何处理迷你离心机的小故障：1、开机后噪声大，剧烈振动或有异响原因分析：仪器未放置在水平、坚固平台上解决方案：将仪器放置到水平、坚固平台上原因分析：转头老化或局部缺损解决方案：立即停止使用，更换新转头原因分析：试管质量差，破裂漏液导致转头不平衡解决方案：换用合格试管2、故障现象开机后转头不运行原因分
如何处理迷你离心机的小故障
如何处理迷你离心机的小故障：1、开机后噪声大，剧烈振动或有异响原因分析：仪器未放置在水平、坚固平台上解决方案：将仪器放置到水平、坚固平台上原因分析：转头老化或局部缺损解决方案：立即停止使用，更换新转头原因分析：试管质量差，破裂漏液导致转头不平衡解决方案：换用合格试管2、故障现象开机后转头不运行原因分
小分子疗法
小分子疗法 15日，PTC Therapeutics公布了一项针对DMD和贝克肌营养不良（BMD）患者的最新研究结果，显示从常规疗法转为Emflaza（deflazacort）治疗后6个月的平均随访期内，大部分患者显示病情改善。>>阅读更多 16日，罗氏（Roche）旗下基因泰克（Genet
小分子RNA
RNA一度被认为仅仅是DNA和蛋白质之间的“过渡”，但越来越多的证据清楚的表明，RNA在生命的进程中扮演的角色远比我们早前设想的更为重要。RNA 干扰（RNA interference）的发现使得人们对RNA调控基因表达的功能有了全新的认识，更因为可以简化/替代基因敲除而成为研究基因功能的有力工具，
新型小分子开关可控制蛋白质活性
蛋白质分子（示意图） 据美国匹兹堡大学网站最近报道，该校研究团队开发出一种新技术，利用小分子磷化氢作为“开关”能控制蛋白质的活性。该技术为人们更好地研究生物过程中的分子行为提供了一种有力工具。 蛋白质是生物体内种类最多、最重要的成分之一，从牙齿、骨骼、皮肤，到器官的生长和酶与激素的产生，都离不开
单向电泳小分子量蛋白无条带原因
小分子量的蛋白质比较容易扩散，所以不容易聚集成清楚的条带，可以试着将分离胶的电压加大，电压大可以使条带聚集的比较好，但是也会出现另外一个问题，就是分辨率会降低，可能会出现多条带挤在一起，不容易分开，应该多摸索一下，找出最适合你的蛋白的电泳条件。
主要分子对接软件功能特点介绍
DOCKDock是应用最广泛的分子对接软件之一，由Kuntz课题组开发。Dock应用半柔性对接方法，固定小分子的键长和键角，将小分子配体拆分成若干刚性片断，根据受体表面的几何性质，将小分子的刚性片断重新组合，进行构像搜索。在能量计算方面，Dock考虑了静电相互作用、范德华力等非键相互作用，在进行构像