Cell：肺癌治疗导致细胞转录组发生变化
由加州大学旧金山分校领导的研究团队在治疗之前和治疗期间，从转移性肺癌患者中采集了样本，并利用单细胞RNA测序开展分析。通过20,000多个细胞的转录组图谱分析，他们揭开了丰富而动态的肿瘤生态系统。 肺癌是我国乃至全世界最常见的恶性肿瘤。根据国家癌症中心的统计，肺癌的发病率和死亡率均占据第一位。此外，肺癌具有高度的异质性，这使其适应性强，也限制了个性化疗法的有效性。近日的一项单细胞测序研究发现，靶向疗法可导致肺癌细胞的转录组发生变化。 由加州大学旧金山分校领导的研究团队在治疗之前和治疗期间，从转移性肺癌患者中采集了样本，并利用单细胞RNA测序开展分析。通过20,000多个细胞的转录组图谱分析，他们揭开了丰富而动态的肿瘤生态系统。这项成果于周四发表在《Cell》杂志上，有望改善患者的治疗应答。 加州大学旧金山分校的Trever Bivona及其同事在论文中写道：“这些数据可帮助人们开发出消除或中和残留病的策略，从而使晚期非......阅读全文
如何进行转录组数据分析
芯片我不是太了解，可能是封闭系统，目前看对于发现新转录本不是很有利。若是做转录组测序，首先去除污染序列，然后片段重叠。然后将将每一个read定位到基因组，取得GO值，功能注释，转录水平评估，功能富集及pathway分析，若对新发现的转录本感兴趣还可以做转录本的功能预测及细胞定位。希望有高手来评价--
利用longread生成个人转录组
斯坦福大学医学院的遗传学教授Michael Snyder及其同事利用Pacific Biosciences系统，对三个家庭成员的类淋巴母细胞转录组进行了测序，并将获得的reads与Illumina平台上获得的较短reads进行比较。通过这些转录组，他们开发出一名家庭成员的等位基因特异的全长转录组
单细胞转录组制备仪的功能
fluidigm C1 单细胞自动制备仪用于 mRNA 测序 更完整的流程 -首尾相连的流程对单细胞进行全转录组分析 最高的通量 -每次运行可前所未有的平行处理 96 个单细胞 更容易的操作 -直接从单细胞开始，简化的样本制备，只需 3 小时手工操作时间，没有 片段化和纯化步骤 更节省的成
tBA－转录组数据基础分析
本公司采用自主研发与成熟开源软件相结合的方式构建了专业高效的生物信息分析流程，对您获得的海量RNA-seq序列的质量和多种重要信息进行图形可视化。我们的流程：1. Pretreatment（有效序列Reads提取）l 高通量测序质量评估，获得测序有效读长。l 剔除每条序列中的index序列和
实质等同性（转录组学）实验
实验材料:小麦 试剂、试剂盒:β-巯基乙醇 氯仿
转录组测序揭示乳腺癌重排
即将在本周《美国科学院院刊》（PNAS）的网络版上发表的一篇论文中，一个国际研究小组介绍了一项利用高通量的转录组测序来发现乳腺癌细胞系中的基因组重排的原理论证研究。美国克莱格凡特研究院（J.Craig Venter Institute）、Lugwig癌症研究所的三个分所、以及纽约斯隆-凯特琳癌症
研究揭示人胚胎发育转录组
原始态（Naïve state）多能性相关研究是近年来干细胞及重编程领域的研究热点和难点，与传统的primed状态相比，Naïve态捕获了体内植入前胚胎发育的阶段，具有更强的可塑性，在早期胚胎发育研究及未来临床应用中具有更广阔的前景。在近10年的研究中，科学家们取得了一系列重要进展，已建立了较为
空间转录组学研究案例简析
01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1]影响因子：11.878发表时间：2018.06发表期刊：Nat Commun肿瘤内异质性是当今癌症治疗中最大的挑战之一。在这里，研究人员使用空间转录组学（ST）技术研究整个多灶性前列腺癌的全组织基因表达异质性。利用一种新的去卷积方法，分析12个区域的近6
基因组图谱的方法和意义
中文名称基因组图谱英文名称genomic map定 义展示一种生物全基因组结构的图谱。按建立图谱的研究目的方法和精细程度，可以有不同的形式，包括以遗传学方法建立的遗传连锁图谱，按距离绘出基因位置分布的物理图谱，经测定核酸序列建立的核苷酸序列图谱，以及标记出可表达序列的转录图谱等。应用学科生物化学与
首次绘制小麦表观基因组图谱
最近，英国利物浦大学的科学家们，对小麦中调节基因活性的遗传性分子变化，进行了首次全基因组范围的调查，这可能成为提高作物育种技术的一种新工具。相关研究结果发表在最新一期的《Genome Biology》。延伸阅读：权威期刊发布首个小麦单体型图谱。 表观遗传标记是一种化学标签，将自己附着在DNA上
首个家鸡基因组图谱绘制完成
西南大学教授徐洛浩课题组以中国特有家鸡品系胡须鸡为材料，在国际上率先绘制出首个家鸡全基因组图谱。2月13日，相关研究成果以《家鸡基因组完成图的演化分析》为题，发表在美国《国家科学院院刊》上。这是继去年人类基因组完成图公布以来，首个发表的脊椎动物基因组完成图，也是基因组完成图谱绘制技术首次在经济动物中
揭秘：帝王蟹的基因组图谱
科学家成功获得高质量帝王蟹基因组图谱 帝王蟹 唐伯平供图 帝王蟹基因组染色体图谱 唐伯平供图 帝王蟹和其他泛甲壳动物的系统演化关系 唐伯平供图 近日，《分子生态资源》发表了首个歪尾类螃蟹的高质量基因组图谱，即一种重要经济蟹类蓝帝王蟹（Paralithodes platypus）的基因组
精神疾病转录组分析－Science揭示转录组变化的遗传基础
大多数医学疾病在组织，器官和体液中都有明确的物理特征。但是，精神疾病并不是由这种病理所定义的，它们是由行为所决定的。这就造成了精神障碍如精神分裂症和自闭症的定义特征一直存在争议。 加州大学洛杉矶分校的一项研究通过分析来自患有自闭症，精神分裂症，双相性精神障碍，严重抑郁症或酒精中毒的已故受试者大
迄今最精细黑猩猩脑图谱——黑猩猩脑网络组图谱发布
近期，中国科学院自动化研究所脑网络组研究团队联合国内外科研机构，发布了迄今为止最精细的黑猩猩脑图谱——黑猩猩脑网络组图谱（ChimpBNA）。这一成果为比较神经科学研究提供了重要工具，并为探讨人脑演化提供了新视角。黑猩猩是人类最亲近的灵长类亲戚之一，与人类共享约600万至800万年前的共同祖先。尽管
科学家构建小麦籽粒发育中的转录调控图谱
近日，中国农业科学院作物科学研究所研究员路则府团队在《生物技术通报（英文）》（aBIOTECH）发表了文章，构建了小麦籽粒发育不同阶段的全基因组染色质开放图谱以及基因表达图谱，并对小麦籽粒发育中关键转录因子的调控网络进行了解析，揭示了小麦籽粒发育中亚基因组的分化调控，同时发掘了共调控淀粉与蛋白合成的
科学家绘制水稻幼苗根叶单细胞转录图谱
中国科学院遗传与发育生物学研究所钱文峰研究组应用单细胞转录组测序技术，获得了水稻幼苗叶和根超过20万个单细胞的转录组信息，利用细胞类型标记基因和原位杂交技术，对每个细胞的身份进行了鉴定，构建了水稻幼苗叶和根的单细胞转录图谱。相关结果近日发表于《遗传学和基因组学期刊》。水稻幼苗叶和根的单细胞转录组
科学家绘制水稻幼苗根叶单细胞转录图谱
水稻幼苗叶和根的单细胞转录组二维UMAP图与组织解剖图 图片来源：钱文峰等 中国科学院遗传与发育生物学研究所钱文峰研究组应用单细胞转录组测序技术，获得了水稻幼苗叶和根超过20万个单细胞的转录组信息，利用细胞类型标记基因和原位杂交技术，对每个细胞的身份进行了鉴定，构建了水稻幼苗叶和根的单细胞转录
基因组所发布全转录组关联研究知识库
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心（NGDC）开发的全转录组关联研究知识库正式上线。该研究成果以“TWAS Atlas: a curated knowledgebase of transcriptome-wide association studies”为题在
类转录化学药物诱导型基因组编辑和转录激活系统
生物学变化多受到高度动态的分子事件调控，为了更精确的理解并研究这些过程，应用条件性可诱导的技术手段是十分必要的。此前，得到广泛应用的药物诱导技术之一是通过配体结合激发雌激素受体蛋白（ER）从细胞质到细胞核的转运。在没有激素配体的情况下，ER与热激蛋白（hsp90）结合定位于细胞质中；一旦与配体结
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
PNAS突破：单个细胞核转录组测序
研究人员成功地从单个脑细胞细胞核中分离出全部的信使RNA并对其进行了测序。这项发表在《美国科学院院刊》(PNAS)上的新研究，将帮助研究人员更好地了解一些器官在健康和疾病状态下的功能机制，为开发出个体化治疗提供了又一块跳板。 动物和植物中的大多数细胞都包含有一个细胞核，里面储存着细胞的DN
转录组学新技术揭露细胞何时崩溃
买房关键看位置，细胞在人体内也有类似的生存法则。3月，来自美国得克萨斯大学的癌症研究者在一场报告会上介绍了团队新成果：在肿瘤细胞周围，那些表面看似无恙的细胞，内部已有变化——它们比正常组织表现的更像肿瘤，且更易扩散。 据《科学》报道，这项成果的关键是空间转录组学技术，该技术能帮助研究者定位细胞
《自然》：700种转录组的补充数据
这是令生物信息学研究人员欢欣鼓舞的一天，因为美国国家基因组研究中心NCGR，联合戈登和贝蒂・摩尔基金会，以及全球各个科学研究机构，完成了700种海洋藻类基因组测序工作，其中包含了地球上最古怪，也最令人着迷的海洋藻类，这一项目是迄今为止同一领域中规模最大的研究项目，将有助于解析海洋微生物多样性，塑
实质等同性（转录组学）实验（三）
3.5 cDNA 合成( 1 ) 加 100 μg DNA 酶处理过的总 RNA ( 不超过 20 μl) 、8 μl oligo (dT)23 锚定引物和无核酸酶水至终体积 28 μl。( 2 ) 将启动反应混合物在 70℃ 孵育 10 min，置于冰上 5 min。( 3 ) 向启动反应混合物
实质等同性（转录组学）实验（一）
实验材料 小麦试剂、试剂盒 β-巯基乙醇氯仿异戊醇SSTE 缓冲液仪器、耗材 SDS 聚丙烯酰胺凝胶电泳实验步骤 3.1 芯片背景我们使用了 19846 个点，包含 9246 个 Unigene 序列的小麦 cDNA 芯片（http://www . cerealsdb. uk. net/index.
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat
如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。 我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生
2018年新技术：空间转录组学技术
——也许不久的将来，定位组织中的基因表达就会成为一种常规技术了。 对于基因表达研究来说，空间一直都是具有挑战性的前沿研究领域。但是随着越来越多的研究人员获得了技术进展，这已经不再是令人望而生畏的领域了。这些方法的多样性和创造性使其成为一个值得关注的技术方向。 空间基因表达对于理解组织中细胞的
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
实质等同性（转录组学）实验（五）
3.13 实时 RT- PCR 验证转录组数据有两种常用的基因（扩增子）定量检测方法：基因特异荧光探针（如 TaqMan chemistry) 或者特异双链 DNA 结合试剂（SYBR green chemistry ) [22]。我们通过实时 RT-PCR，选择 SYBR green che