Cell：肺癌治疗导致细胞转录组发生变化
由加州大学旧金山分校领导的研究团队在治疗之前和治疗期间，从转移性肺癌患者中采集了样本，并利用单细胞RNA测序开展分析。通过20,000多个细胞的转录组图谱分析，他们揭开了丰富而动态的肿瘤生态系统。 肺癌是我国乃至全世界最常见的恶性肿瘤。根据国家癌症中心的统计，肺癌的发病率和死亡率均占据第一位。此外，肺癌具有高度的异质性，这使其适应性强，也限制了个性化疗法的有效性。近日的一项单细胞测序研究发现，靶向疗法可导致肺癌细胞的转录组发生变化。 由加州大学旧金山分校领导的研究团队在治疗之前和治疗期间，从转移性肺癌患者中采集了样本，并利用单细胞RNA测序开展分析。通过20,000多个细胞的转录组图谱分析，他们揭开了丰富而动态的肿瘤生态系统。这项成果于周四发表在《Cell》杂志上，有望改善患者的治疗应答。 加州大学旧金山分校的Trever Bivona及其同事在论文中写道：“这些数据可帮助人们开发出消除或中和残留病的策略，从而使晚期非......阅读全文
美国绘制出小鼠全脑高分辨率单细胞空间转录组图谱
美国麻省理工学院和布罗德研究所的科研人员绘制出小鼠全脑高分辨率单细胞空间转录组图谱，为深入理解大脑结构与功能提供了重要基础。该团队基于109万个高质量空间分辨单细胞基因表达定义出小鼠大脑更精细的组织区域，绘制出的大规模分子空间图谱囊括了超100万个细胞及其基因表达特征、空间坐标、分子细胞类型、分
中山大学Leukemia通过转录组图谱发现EB病毒致癌的新机制
NK/T细胞淋巴瘤好发于鼻咽部位，是一类高发于亚洲和南美洲的恶性淋巴瘤。EB病毒感染被认为是NK/T细胞淋巴瘤发病的重要诱因，但其中的具体分子机制尚未被完全揭晓；并且，相对于95%以上成人已携带EB病毒，EB病毒感染与多种其他肿瘤相关的现象让EB病毒感染的致癌作用和机制更显神秘。 近日，中山大
空间转录组和单细胞转录组测序联合应用的典型案例
单细胞转录组测序技术的如火如荼，伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展，可以看到，在现有的高通量检测技术领域，这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展，到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展，相信在接
最大动物基因组图谱——南极磷虾基因组图谱破译
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/3/495141.shtm ? Cell官网截图。黄海水产研究所供图 日前，由中国水产科学研究院黄海水产研究所联合青岛华大基因研究院、德国阿尔弗雷德?魏格纳研究所、澳大利亚联邦科学
转录组测序与转录表达谱测序的异同
转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体基因表达谱(gene expression profile)：指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特
全转录组测序文章
研究背景 长链非编码RNA（Long noncoding RNA，lncRNA）普遍被认为是一类不能编码蛋白的长链RNA。由于其序列较长，所以可以有较大的潜力形成多种复杂构象，从而通过不同生物学途径发挥其作用。此外，由于其不具备蛋白编码能力，因此此类RNA也主要由其碱基序列形成的高级
转录物组学的定义
中文名称转录物组学英文名称transcriptomics定 义研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。应用学科遗传学（一级学科），总论（二级学科）
转录物组学的定义
中文名称转录物组学英文名称transcriptomics定 义研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。应用学科遗传学（一级学科），总论（二级学科）
3D转录组图谱阐释造血干细胞和微环境细胞间的调控网络
血液系统中贮藏着一种具有自我更新、分化成各种血细胞潜能的成体干细胞，称为造血干细胞，它能够维持机体长久造血和组织稳态1。造血干细胞移植是恶性血癌的有效治疗手段，但干细胞来源不足成为限制该治疗广泛应用的瓶颈。因此，造血干细胞的发育，尤其是造血干细胞扩增的研究备受关注。然而，现在的研究主要集中在特定
全基因组及转录组测序案例分析
案例：应用全基因组测序和 RNA 测序来描绘常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）的基因图谱 背景：常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）是机体免疫应答反应中不能产生抗体的最主要原因。CVIDs 变异度很高，大概 5% 的病人是由基因改变引起的。 目的：利用 Illumina HiSeq25
人转录组测序内参标准物质
通过转录组测序获得人的基因表达谱数据，能进一步挖掘疾病相关的生物标志物，为临床诊断提供依据。目前，由于转录组测序无法溯源，导致不同实验室及测序平台产出的数据可比性和测序结果的准确性面临挑战。 中国计量科学研究院推出的人转录组测序内参标准物质，包含了51个内参基因组成的两套基于比值的RNA内参混
空间转录组测序样本准备指南
一、外泌体研究热度持续攀升 外泌体（exosome）是活细胞分泌的30-200nm的囊泡，在电镜下具有非常明显单层膜结构，通常为茶托型或一侧凹陷的半球形。其主要来源于细胞内溶酶体微粒内陷形成的多囊泡体，经多囊泡体外膜与细胞膜融合后释放到胞外基质中。多种细胞在正常及病理状态下均可分泌外泌体，
转录组测序流程步骤是哪些
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA和非编码RNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领
转录组的重编写：RNA编辑
基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外， DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用，且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此，对RNA进行功能研究和错误RNA的纠正，成为了
转录组的重编写：RNA编辑
前 言基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外， DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用，且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此，对RNA进行功能研究和错误RNA的纠
illumina测序是转录组测序吗
转录组测序属于测序应用的一种，Illumina测序属于测序技术的一种，两者没有包含于被包含关系，只能说Illumina测序可以做转录组测序。
空间转录组测序样本准备指南
现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究，所以在样本冻存前至少10分钟，将异戊烷和液氮浴准备好（之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻，是因为液氮沸点比较低，直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴，导致不同区域降温不同步而改变内部形态，甚至组织碎裂）。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到异戊
空间转录组测序样本准备指南
现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究，所以在样本冻存前至少10分钟，将异戊烷和液氮浴准备好（之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻，是因为液氮沸点比较低，直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴，导致不同区域降温不同步而改变内部形态，甚至组织碎裂）。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到
转录组的重编写：RNA编辑
前 言 基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外， DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用，且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此，对RNA进行功能研究和错误RNA
Nature公布大麦基因组图谱
大麦是世界上最重要的粮食作物之一，17日Nature公布了目前为止最完善的大麦基因组测序图谱。这项由美国农业部主导的大工程，在德国、日本、芬兰、澳大利亚、英国、美国和中国科学家们的共同努力下，历经六年终于取得了重大进展。大麦基因组图谱将成为人们提高大麦产量、增强大麦抗虫抗病能力、增加大麦营养价值
全新猕猴脑网络组图谱绘成
作为研究人类认知功能机制和模拟人类脑部疾病的理想模型，猕猴在遗传学、生理学和脑结构上与人类高度相似。记者9日从中国科学院自动化研究所获悉，该所科研人员在猕猴脑部空间组织架构研究方面取得重要突破，绘制出全新的猕猴脑网络组图谱。相关研究成果在线发表于《科学通报》杂志。目前，大量脑科学研究将猕猴等非人灵长
转录组和蛋白质组有何异同之处
转录组是RNA转录后的全部产物,而转录后的产物经过加工修饰（例如甲基化、拼接、加尾等）后才变成蛋白质.相同之处就是他们的大部分结构相同.不同之处就是一个有加工过程,一个没有.
蛋白质组学不能被基因组和转录组取代
基因和蛋白并不存在严格的线性关系ORF并不预示一定存在相应的功能性基因mRNA水平并非与蛋白质的表达水平对应翻译后修饰及同工蛋白质（isforms)等现象在基因水平无从表现
Science重要成果：人类癌症反转录转座子图谱
在人类基因组中，称为反转录转座子(retrotransposon)的小DNA元件通过自我复制和重新插入到基因组的多个位点从而具有造成突变性破坏的潜力。正常的成人细胞通过抑制机制阻止这些元件四处跳跃，然而根据发表在6月28日《科学》(Science)杂志上的一篇研究报道，这些机制在某些癌症中可能发
PNAS：睡眠紊乱改变人类转录组
根据发表在1月20日《美国科学院院刊》(PNAS)上的一项研究，在遵循28小时睡眠-觉醒周期(sleep-wake cycle )的人类志愿者体内按标准昼夜节律周期表达的基因大为减少。那些显示异常表达周期的基因与转录和翻译相关，表明打乱睡眠的常规是造成轮班工作和时差生理效应的一个主要原因。
RNA测序解析白血病转录组
巴塞罗那基因组调控中心Dr. Roderic Guigó领导研究团队，对慢性淋巴细胞白血病进行了转录组分析，获得了CLL相关基因和突变的功能图谱。这项工作发表在Genome Research杂志上。 这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果，该联盟曾鉴定了涉及CLL发展的
如何进行转录组数据分析
芯片我不是太了解，可能是封闭系统，目前看对于发现新转录本不是很有利。若是做转录组测序，首先去除污染序列，然后片段重叠。然后将将每一个read定位到基因组，取得GO值，功能注释，转录水平评估，功能富集及pathway分析，若对新发现的转录本感兴趣还可以做转录本的功能预测及细胞定位。希望有高手来评价--
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物
利用longread生成个人转录组
斯坦福大学医学院的遗传学教授Michael Snyder及其同事利用Pacific Biosciences系统，对三个家庭成员的类淋巴母细胞转录组进行了测序，并将获得的reads与Illumina平台上获得的较短reads进行比较。通过这些转录组，他们开发出一名家庭成员的等位基因特异的全长转录组
单细胞转录组制备仪的功能
fluidigm C1 单细胞自动制备仪用于 mRNA 测序 更完整的流程 -首尾相连的流程对单细胞进行全转录组分析 最高的通量 -每次运行可前所未有的平行处理 96 个单细胞 更容易的操作 -直接从单细胞开始，简化的样本制备，只需 3 小时手工操作时间，没有 片段化和纯化步骤 更节省的成