Cell：肺癌治疗导致细胞转录组发生变化
由加州大学旧金山分校领导的研究团队在治疗之前和治疗期间，从转移性肺癌患者中采集了样本，并利用单细胞RNA测序开展分析。通过20,000多个细胞的转录组图谱分析，他们揭开了丰富而动态的肿瘤生态系统。 肺癌是我国乃至全世界最常见的恶性肿瘤。根据国家癌症中心的统计，肺癌的发病率和死亡率均占据第一位。此外，肺癌具有高度的异质性，这使其适应性强，也限制了个性化疗法的有效性。近日的一项单细胞测序研究发现，靶向疗法可导致肺癌细胞的转录组发生变化。 由加州大学旧金山分校领导的研究团队在治疗之前和治疗期间，从转移性肺癌患者中采集了样本，并利用单细胞RNA测序开展分析。通过20,000多个细胞的转录组图谱分析，他们揭开了丰富而动态的肿瘤生态系统。这项成果于周四发表在《Cell》杂志上，有望改善患者的治疗应答。 加州大学旧金山分校的Trever Bivona及其同事在论文中写道：“这些数据可帮助人们开发出消除或中和残留病的策略，从而使晚期非......阅读全文
如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生物学数据集，
2018年新技术：空间转录组学技术
——也许不久的将来，定位组织中的基因表达就会成为一种常规技术了。 对于基因表达研究来说，空间一直都是具有挑战性的前沿研究领域。但是随着越来越多的研究人员获得了技术进展，这已经不再是令人望而生畏的领域了。这些方法的多样性和创造性使其成为一个值得关注的技术方向。 空间基因表达对于理解组织中细胞的
如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。 我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生
单细胞转录组重要研究文献汇总（二）
4.单细胞转录组测序在植物领域崭露头角相比动物的单细胞研究，由于植物具有细胞壁的特点，使得植物的单细胞研究相比较难，但是继2月份的拟南芥根组织单细胞转录组学研究[8]，本月在《Developmental Cell》上又发表了一篇基于拟南芥根组织的单细胞转录组学研究报道[9]。来自德国图宾根大学植
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
实质等同性（转录组学）实验（五）
3.13 实时 RT- PCR 验证转录组数据有两种常用的基因（扩增子）定量检测方法：基因特异荧光探针（如 TaqMan chemistry) 或者特异双链 DNA 结合试剂（SYBR green chemistry ) [22]。我们通过实时 RT-PCR，选择 SYBR green che
单细胞转录组重要研究文献汇总（一）
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
生物学术语转录物组的功能
转录组也称“转录物组”。是一个基因组转录的所有RNA。
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat C
实质等同性（转录组学）实验（四）
3.9 芯片数据介绍对简单的实质等同性实验来说，一个比较转基因系与对照之间基因表达的散点图就已足够了。文献 [ 5 ] 中参与两个实验的样品都标注在图15. 2中。结果用 GeneSpring 软件包显示，绘制了每组比较小麦系之间每个基因成对的平均强度，并突出显示少数感兴趣的基因（统计上显著
实质等同性（转录组学）实验（二）
3.4 RNA 提取3.4.1 小麦胚乳总 RNA 提取提取方法根据 Chang 等 [ 11 ] 改编而来。( 1 ) 用预冷的研钵和杵（-70°C ) 在液氮里将 2~3 g 组织磨成粉末（见注 8 ) 。( 2 ) 室温下迅速将磨碎组织转移到有 15 ml 提取缓冲液（加入 300 μl β-
玉米基因组更详细图谱出炉
美国研究人员12日在《自然》杂志网络版上发表论文称，他们利用新一代测序技术对玉米自交系B73进行测序，得到了新的、更详细的基因组图谱。研究显示，玉米具有良好的表型可塑性，不同品系玉米的基因组差异明显。这意味着在全球气候环境变化不断加剧的情况下，玉米仍有巨大的发展空间。 玉米是生物学研究中的重要
小须鲸全基因组图谱获破译
11月25日，韩国海洋科学技术研究所、深圳华大基因研究院等宣布成功破译了小须鲸全基因组图谱，并对鲸类独特生理习性的遗传学机制进行了分析。相关成果在线发表于《自然—遗传学》杂志。 人们一直痴迷于海洋生物是如何演化为陆生生物的。鲸类的进化却反其道而行之，由陆生向水生演化，和陆生偶蹄动物如牛、猪等
玉米基因组更详细图谱出炉
美国研究人员12日在《自然》杂志网络版上发表论文称，他们利用新一代测序技术对玉米自交系B73进行测序，得到了新的、更详细的基因组图谱。研究显示，玉米具有良好的表型可塑性，不同品系玉米的基因组差异明显。这意味着在全球气候环境变化不断加剧的情况下，玉米仍有巨大的发展空间。 玉米是生物学研究中的重要
老鼠基因组单体型图谱出炉
美国的研究人员希望通过对15只常用于生物医药研究的小鼠的DNA进行研究来帮助科研人员确定出与环境疾病敏感性相关的基因。目前这些数据被存放在了基因变异数据目录之下，即小鼠基因组单体型图谱（将染色体分隔成许多小的片段），从而帮助研究人员找出小鼠中影响健康和疾病的基因和遗传变异。这个单体型图谱公布在7月2
Scientific－Reports：创建首个全面基因组图谱
近日，澳大利亚加文医学研究所的研究人揭示身体不同部位脂肪积聚所造成的伤害的驱动因素。他们的一项新研究比较了皮肤下的脂肪细胞和腹部内的有害脂肪，创建了第一个全面的基因组图谱。该图谱揭示了在细胞发育早期独特的特征，不同类型的脂肪似乎“硬捆绑”（hard-wire）在一起。该研究发表于Scientif
世界首张人类全面分泌miRNA组图谱
在一项精心设计的研究中，卢森堡大学的生物学家发现与人们的希望相违，称作为microRNAs的小分子不适合在血液样本中用于早期诊断皮肤癌，并且可能也不适用于其他的癌症类型。他们第一次分析了健康人群血清中所有的microRNAs，提供了第一张全面的人类血液样本“miRNA组”（ miRNome）图谱
铁树“开花”：苏铁喜获完整基因组图谱
苏铁基因组图谱研究由来自22个科研机构的65位科学家联合完成。 苏铁目系统发育树支持现存苏铁是在经历大量灭绝以后，几次辐射演化的后代。如今苏铁有2科10属。（刘阳供图） 也许你不熟悉苏铁类植物，但你一定听说过“铁树开花”这个成语，比喻事情很难实现。相传因受苏东坡青睐，铁树得名“苏铁”。作为现存最
基因组物理图谱的主要构架途径
基因组物理图谱的构建不需要经过减数分裂的世代群体，可直接利用DNA分子分析，主要有以下三种构建途径：限制性酶图谱。利用限制性内切酶构建图谱，对于DNA分子长度在50kb以下的片段，一般没有什么困难。而对于大于50kb的DNA分子，可选用稀有切点的内切酶酶切DNA。（1）用识别较多核苷酸的内切酶，如N
我国成功绘制全新猕猴脑网络组图谱
猕猴作为研究人类认知功能机制和模拟人类脑部疾病的理想模型，其在遗传学、生理学和脑结构上与人类高度相似。近日，中国科学院自动化研究所脑网络组研究中心团队延续了“基于脑连接信息绘制图谱”的这一思想，绘制出全新的猕猴脑网络组图谱，这一成果日前在《科学通报》发表。△研究总体思路全新的猕猴脑网络组图谱不仅对脑
与转录组学和蛋白组学比较，代谢组学有何优点
那年夏天Forever与转录组学和蛋白组学比较,代谢组学有以下优点：①代谢组学放大了基因和蛋白表达的微小变化,从而使检测更容易；②代谢组学的研究不需建立全基因组测序及大量表达序列 标签(EST)的数据库,且代谢产物的种类要远小于基因和蛋白的数目.③ 由于给定的代谢产物在每个组织中都是一样的,所以研究
研究解析人类大脑纺锤形神经元的转录图谱
人类大脑的认知功能如语言、思维和情感等赋予了人类非凡的感知力、智慧和创造力。研究发现，在旧大陆猴、猿类和人类等灵长类的大脑中进化出了一类新的神经细胞，称为von Economo neuron (VEN)，又称spindle neuron（纺锤形神经元），但这类神经元在新大陆猴等更原始的灵长类中没
多物种转录图谱综合数据库已对用户免费开放
随着高通量测序技术的发展，转录组测序（RNA-seq）已成为系统研究基因转录及转录后水平调控状态的常规方法，并在多个物种中得到广泛应用。海量转录组数据以前所未有的速度产生，以数据驱动为导向的大规模数据整合、挖掘与解析面临挑战。为更充分展现转录组数据蕴含的丰富信息，服务生物医学基础研究领域需求，构
OPGEN全基因组图谱应用系列——鞭虫全基因组测序
鞭虫是一种常见的土壤传播寄生虫，地理分布广，感染率高，寄生于人体盲肠，导致人体慢性感染，对人类危害巨大。鞭虫的全基因组测序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，发表在世界顶级期刊《Nature Genetics》上。该研究通过对2种不同
tRAS（转录组可变剪接调控深度分析）
本公司采用自主研发与成熟开源软件相结合的方式构建了专业高效的生物信息分析流程，对您获得的海量RNA-seq序列的质量、特征等重要信息进行图形可视化；根据对照和实验组，系统分析您样品中所蕴藏的可变剪接调控规律，中肯分析所揭示出的重要科学规律；让您快速“发现”所关注的生物学，医学和农业问题的答案。 我们
3月单细胞转录组重要研究文献汇总
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热 精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
玉米单细胞转录组测序，11种细胞类型
近日，广东省科学院南繁种业研究所生物育种研究室在玉米单细胞转录组测序研究方面取得新进展。相关研究在线发表于《作物学报》（The Crop Journal）。广东省科学院南繁种业研究所李旭辉博士为该论文第一作者，齐永文研究员为通讯作者。玉米是全球重要的粮食和能源作物，而其产量形成的基础依赖其特殊的根系
《科学》：深度测序带来人类转录组“空前”全貌
德国科学家最近利用下一代测序技术和分析方法，得到了对于人类转录组（transcriptome）的崭新认识。相关论文7月3日在线发表于《科学》杂志。 到目前为止，人类转录组的功能复杂性尚未完全阐明。在最新研究中，通过对源自人类两大细胞系——胚肾和B细胞系的转录子（本）进行“鸟枪法测序”（shotgun
利用转录组学方法揭示南荻群体遗传
南荻是中国特有的亩产生物量最大的芒属能源植物。南荻原产于河滨地带，但其遗传变异丰富，生态适应强，移栽到黄土高原等半干旱地区后，生长良好；由于其根系较浅，种植后不会过度利用深层土壤水分，可以有效减少地表径流，有助于水土保持，发挥重要的生态修复功能。 近日，中国科学院武汉植物园闫娟博士在李建强和桑