基因表达差异分析方法进展
高等真核生物的基因组一般具有80 000~100 000个基因,而每一个细胞大约只表达其中的15%[1]。基因在不同细胞间及不同生长阶段的选择性表达决定了生命活动的多样性,如发育与分化、衰老与死亡、内环境稳定、细胞周期调控等。比较细胞间基因表达的差异为我们揭示生命活动的规律提供了依据。 由于真核细胞mRNA 3′端一般含有Poly(A)尾,因此现有的方法基本上都是利用共同引物将不同的mRNA反转录成cDNA,以cDNA为对象研究基因表达的差异。1992年 Liang等[2]建立了一种差异显示反转录PCR法(differential display reverse transcription PCR,DDRT-PCR),为检测成批基因表达的差异开辟了新天地。迄今为止已出现了大量应用该技术的研究报道[3,4]。然而,尽管应用DDRT-PCR方法已经取得了不少成果,而且该方法还在不断改进之中,但......阅读全文
基因表达差异分析方法进展
高等真核生物的基因组一般具有80 000~100 000个基因,而每一个细胞大约只表达其中的15%[1]。基因在不同细胞间及不同生长阶段的选择性表达决定了生命活动的多样性,如发育与分化、衰老与死亡、内环境稳定、细胞周期调控等。比较细胞间基因表达的差异为我们揭示生命活动的规律提供了依据。
基因差异表达技术
真核生物中,从个体的生长、发育、衰老、死亡,到组织的得化、调亡以及细胞对各种生物、理化因子的应答,本质上都涉及基因的选择性表达。高等生物大约有30000个不同的基因,但在生物体内任意8细胞中只有10%的基因的以表达,而这些基因的表达按特定的时间和空间顺序有序地进行着,这种表达的方式即为基因的差异表达
基因差异表达的概念
差异表达不仅有助于阐明生命的奥秘,而且还能为基因诊断与治疗提供重要的理论依据。近几年来,差异表达基因克隆技术不断完善与发展,已成为研究肿瘤和疾病等相关基因的重要手段。
差异基因表达的定义
中文名称差异基因表达英文名称differential gene express定 义在细胞分化过程中某些奢侈基因表达的结果生成一种类型的分化细胞,另一组奢侈基因表达的结果导致出现另一类型的分化细胞的现象。应用学科细胞生物学(一级学科),细胞分化与发育(二级学科)
什么是基因的差异表达?
差异表达不仅有助于阐明生命的奥秘,而且还能为基因诊断与治疗提供重要的理论依据。近几年来,差异表达基因克隆技术不断完善与发展,已成为研究肿瘤和疾病等相关基因的重要手段。
tDEG(转录组差异表达基因深度分析)
本公司采用自主研发与成熟开源软件相结合的方式构建了专业高效的生物信息分析流程,对您获得的海量RNA-seq序列的质量、特征等重要信息进行图形可视化;对两个以上生物学样本之间的差异表达基因进行可信分析;对差异表达所揭示出的重要科学问题进行中肯分析;让您快速“发现”所关注生物学问题,医学问题和农业问题
差异表达
· What's Differential Display (GenHunter)Introduction to differential display technique· Differential Display (Chun-Ming Liu)The f
三种基因表达差异的显著性分析方法
DNA微阵列基因表达数据分析 用于检测基因表达水平的 DNA 微阵列实验,应用之一是比较实验,目的是比较两个条件下的基因表达差异,从中识别出与条件相关的特异性基因,例如,识别可用于肿瘤分型的特异基因等。为了提高实验的可靠性,对于同一样本,往往有两次或更多次的重复实验,但是,由于 DNA 微
寻找差异表达基因方法——简化SSH法
无论是从一个胚胎细胞分化为不同的组织器官,或者是从正常的组织突变为肿瘤组织,都可能涉及在同一基因组背景下不同基因的差异性表达。寻找差异表达的基因就有可能揭示细胞分化的机制或者肿瘤的成因,因而也就成为一项热门的技术。 寻找差异表达的基因有不少方法,抑制消减杂交(SSH)是比较有效的一种方法
数字PCR在基因表达差异研究的应用
数字PCR由于检测时完全不依赖传统的Ct值即可实现真正意义上的绝对定量,因而可以提供比实时荧光定量PCR更精确的基因差异表达研究,尤其对于那些靶基因表达差异微小的情况,如:mRNA、microRNA、lncRNAs等的表达分析;等位基因的不平衡表达;单细胞基因表达分析;外泌体核酸分子定量分析等。
PNAS:小鼠模型需慎用,基因表达差异大
PNAS:小鼠模型需慎用,基因表达差异大 小鼠被广泛用于模拟人类代谢、疾病和药物应答,是医学研究中的一个基本工具。然而斯坦福大学的研究团队指出,人类和小鼠的基因表达存在着惊人的差异,不论是蛋白编码基因还是非编码基因。这项研究发表在十一月十七日的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。 Mic
Ettan-DIGE荧光差异蛋白表达分析系统
原理和应用: Ettan DIGE荧光差异蛋白表达分析系统在传统双向电泳技术的基础上,结合了多重荧光分析的方法,在同一块胶上共同分离多个分别由不同荧光标记的样品,并第一次引入了内标的概念,极大地提高了结果的准确性,可靠性和重复性。在DIGE技术中,每个蛋白点都有它自己的内标,并且软件全自动根据
荧光定量PCR(qPCR)内参的选择对基因表达差异分析结果的...
荧光定量PCR(qPCR)内参的选择对基因表达差异分析结果的影响与应用实时荧光定量PCR技术是在常规PCR基础上加入荧光标记探针或相应的荧光染料来实现其定量功能的。由于其精准度好、灵敏度高,在分子生物学研究和医学研究等方面得到了广泛的应用,尤其是在基因表达差异分析方面。基因表达差异分析一般是比较不同
简化抑制消减杂交(SSH)法寻找差异表达基因
无论是从一个胚胎细胞分化为不同的组织器官,或者是从正常的组织突变为肿瘤组织,都可能涉及在同一基因组背景下不同基因的差异性表达。寻找差异表达的基因就有可能揭示细胞分化的机制或者肿瘤的成因,因而也就成为一项热门的技术。 寻找差异表达的基因有不少方法,抑制消减杂交(SSH)是比较有效的一种方法。
基因表达差异解释女人为什么来自金星
英国伦敦大学学院的科学家们,在11月22日的Nature Communications杂志上发表的一项研究表明,基因——人身体的基本构件,在男女脑部的表达存在一个普遍的差异。他们发现,基因表达和剪接的性别差异是遍布成人大脑的,能够在所有的主要大脑区域中检测到,男女大部分脑部区域的基因表达是不
荧光定量pcr为什么能够测基因表达差异
荧光定量PCR会加入带有荧光基团的探针,探针是能和目的基因结合的单链DNA,如果合成双链DNA后,荧光基团就会激活发光,所以实时检测反应物的荧光强度,反应的就是双链DNA的浓度,由于合成双链DNA的速率和模板浓度有关,所以和参考曲线比较以后是可以计算出模板的相对浓度,当模板是信号RNA是,其反应的就
Decodeseq方法显著提高差异表达基因分析的准确性
鉴定差异表达基因是许多生物医学研究项目的基础步骤,利用转录组进行差异表达(Differential Expression, DE)分析是目前最主流的方法,得到了广泛应用。例如,两个常用于转录组DE分析的算法 edgeR 和 DESeq2 已经被引用了超过上万次。 在DE分析中,如果使用的生物学
汉族和日本人之间的基因表达谱差异
6月4日,《医学遗传学杂志》在线发表了上海生科院计算生物学研究所徐书华研究组的研究成果“Identification of well-differentiated gene expressions between Han Chinese and Japanese using genome
基因表达的系列分析
中文名称基因表达的系列分析英文名称serial analysis of gene expression;SAGE定 义通过构建较短的表达序列标签规模化地检测基因表达种类及其丰度的实验技术。应用学科遗传学(一级学科),基因组学(二级学科)
基因表达系列分析简介
1995年Velculescu等提出了基因表达系列分析(Serial Analysis of Gene Expression,SAGE)技术,能同时对上千个转录本进行研究。 SAGE是一种快速分析基因表达信息的技术,它通过快速和详细分析成千上万个表达序列标签(Expressed Sequenc
真核生物与原核生物基因表达调控的差异
原核生物同一群体的每个细胞都和外界环境直接接触,它们主要通过转录调控,以开启或关闭某些基因的表达来适应环境条件(主要是营养水平的变化),故环境因子往往是调控的诱导物。而大多数真核生物,基因表达调控最明显的特征是能在特定时间和特定的细胞中激活特定的基因,从而实现“预定”的,有序的,不可逆的分化和发育过
基因表达的系列分析实验
SAGE(Velculescuetal.1995) 是基于 PCR 技术的一种高灵敏度研究基因表达的方法,可得到 mRNA 文库的定性及定量信息。自 1995 年此技术产生以来,发表了大量的相关文章,表明 SAGE 可同时检测大量基因的表达水平的变化。实验材料玻璃及塑料器皿试剂、试剂盒溶液与缓冲液引
基因表达系列分析实验(SAGE)
实验材料感兴趣的细胞或组织试剂、试剂盒糖原EDTA缓冲液SDSBSATween 20连接子T4 DNA 连接酶BsmFIPC8SeeDNA乙酸钠乙醇DMSOPCR引物乙酸铵DNA ladder聚丙烯酰胺 TBE凝胶DNA参照pZErO-1 质粒TE缓冲SOC培养液Tris · Cl仪器、耗材微量离心
TLP基因的表达模式分析
实验概要本实验对水稻、拟南芥及杨树的TLP基因表达模式进行了分析,为进一步研明植物中TLP基因的功能奠定基础。实验步骤1. 水稻TLP基因的RT-PCR分析 1) 植物材料选取水稻的根、茎、叶、花和种子的新鲜组织用于RNA的提取。水稻材料采集后,用液氮速冻,以保证RNA不被降解,然后冻存于-70
基因表达的系列分析实验
实验材料 玻璃及塑料器皿试剂、试剂盒 溶液与缓冲液引物仪器、耗材 试剂盒MPC-EPCR仪Gene PulserII 型系统实验步骤 一、一般原则若用于 SAGE 的 RNA 有足够的量,最好用 2.5~5 ug polyA+RNA, 可按实验方案 A 进行。这里我们还提供了实验方案 B,它在多
基因表达的系列分析实验
实验材料 玻璃及塑料器皿 试剂、试剂盒 溶液与缓冲液 引物
基因表达快速分析新技术
实验概要介绍了一种新的基因表达快速分析技术-MPSS 技术的基本原理、技术路线及其优点和应用。实验原理MPSS技术是利用限制性内切酶和荧光检测知识,发展出的一种辨认和测定细胞每一个cDNA 克隆片段末端16~20bp序列的方法,从而查明细胞内所有基因的表达情况。MPSS 分析系统大体可划分为三大部分
Cell:基因表达分析的反思
在最新一期(10月26日)的《细胞》(Cell)杂志上,来自怀特黑德研究所的研究人员报告称在生成和注释来自全基因表达(global gene expression)分析的数据时所采用的一种常用假设可以造成当前广泛的生物学研究中关于基因活性与细胞行为的结论出现严重错误。 怀特黑德研究所成员Richa
研究揭示汉族和日本人之间的基因表达谱差异
6月4日,《医学遗传学杂志》在线发表了中科院上海生科院计算生物学研究所徐书华研究组的研究成果Identification of well-differentiated gene expressions between Han Chinese and Japanese using geno
3篇Science文章:大规模人类基因表达差异图谱
在美国国立卫生研究院基因型-组织表达(GTEx)项目的资金资助下,研究人员构建出了一个万众期待的新数据资源,它可以帮助确立个体基因组构成之间的差异对于基因活性的影响以及对疾病的贡献。借助于这一新资源,科学家们可以同时探究许多不同人类组织和细胞的潜在基因组学,并有望为研究和了解人类生物学开辟新途径