基因表达的系列分析
中文名称基因表达的系列分析英文名称serial analysis of gene expression;SAGE定 义通过构建较短的表达序列标签规模化地检测基因表达种类及其丰度的实验技术。应用学科遗传学(一级学科),基因组学(二级学科)......阅读全文
基因表达的系列分析
中文名称基因表达的系列分析英文名称serial analysis of gene expression;SAGE定 义通过构建较短的表达序列标签规模化地检测基因表达种类及其丰度的实验技术。应用学科遗传学(一级学科),基因组学(二级学科)
基因表达系列分析简介
1995年Velculescu等提出了基因表达系列分析(Serial Analysis of Gene Expression,SAGE)技术,能同时对上千个转录本进行研究。 SAGE是一种快速分析基因表达信息的技术,它通过快速和详细分析成千上万个表达序列标签(Expressed Sequenc
基因表达的系列分析实验
实验材料 玻璃及塑料器皿试剂、试剂盒 溶液与缓冲液引物仪器、耗材 试剂盒MPC-EPCR仪Gene PulserII 型系统实验步骤 一、一般原则若用于 SAGE 的 RNA 有足够的量,最好用 2.5~5 ug polyA+RNA, 可按实验方案 A 进行。这里我们还提供了实验方案 B,它在多
基因表达的系列分析实验
实验材料 玻璃及塑料器皿 试剂、试剂盒 溶液与缓冲液 引物
基因表达的系列分析实验
SAGE(Velculescuetal.1995) 是基于 PCR 技术的一种高灵敏度研究基因表达的方法,可得到 mRNA 文库的定性及定量信息。自 1995 年此技术产生以来,发表了大量的相关文章,表明 SAGE 可同时检测大量基因的表达水平的变化。实验材料玻璃及塑料器皿试剂、试剂盒溶液与缓冲液引
基因表达系列分析实验(SAGE)
实验材料感兴趣的细胞或组织试剂、试剂盒糖原EDTA缓冲液SDSBSATween 20连接子T4 DNA 连接酶BsmFIPC8SeeDNA乙酸钠乙醇DMSOPCR引物乙酸铵DNA ladder聚丙烯酰胺 TBE凝胶DNA参照pZErO-1 质粒TE缓冲SOC培养液Tris · Cl仪器、耗材微量离心
什么是基因表达的系列分析?
中文名称基因表达的系列分析英文名称serial analysis of gene expression;SAGE定 义通过构建较短的表达序列标签规模化地检测基因表达种类及其丰度的实验技术。应用学科遗传学(一级学科),基因组学(二级学科)
基因表达系列分析的原理简介
第一、一个9~10碱基的短核苷酸序列标签包含有足够的信息,能够唯一确认一种转录物。例如,一个9碱基顺序能够分辨262144个不同的转录物(49),而人类基因组估计仅能编码80000种转录物,所以理论上每一个9碱基标签能够代表一种转录物的特征序列。 第二、如果能将9碱基的标签集中于一个克隆中进行
基因表达系列分析实验(SAGE)(四)
83. 用作测序的 2 ul PCR 产物(所需的确切用量取决于测序的方案,并应当优化)用下述方法处理:0.1 ul 外切核酸酶 I0.1 ul 虾碱性磷酸酶1.8 ul 50 mmol/L Tris·Cl,pH 8. 0加 2 ul 消化混合液到 2 ul DNA 中。84. 在热循环仪上进行反应
基因表达系列分析实验(SAGE)(三)
58. 用 1:10 000 的 SYBR Green I 染 15 min。在 UV 盒上观察,分出感兴趣的区带。59. 把每一块凝胶放入底部有约 0.5 mm 小洞的 0.5 ml 微量离心管中(用 21-G 针头刺的)。60. 把 0.5 离心管连同凝胶块放入 2.0 ml 的硅烷化的离心管里
基因表达系列分析实验(SAGE)(二)
31. 乙醇沉淀:11.5 ml 样品10 ul SeeDNA100 ul 糖原5.1 ml 7.5 mol/L 乙酸铵38.3 ml 100% 乙醇干冰/甲醇浴 15 min。然后室温溶化 2 min。32. 轻轻涡旋混匀,台式离心机的吊桶转子室温约 3000 g (4000 r/min) 离心
基因表达系列分析实验(SAGE)(一)
实验方法原理 实验材料 感兴趣的细胞或组织试剂、试剂盒 糖原EDTA缓冲液SDSBSATween 20连接子T4 DNA 连接酶BsmFIPC8SeeDNA乙酸钠乙醇DMSOPCR引物乙酸铵DNA ladder 聚丙烯酰胺 TBE凝胶DNA参照pZErO-1 质粒TE缓冲SOC培养液Tris · C
关于基因表达系列分析的实验路线的介绍
(1) 以biotinylated oligo(dT)为引物反转录合成cDNA,以一种限制性内切酶(锚定酶 Anchoring Enzyme, AE)酶切。锚定酶要求至少在每一种转录物上有一个酶切位点,一般4碱基限制性内切酶能达到这种要求,因为大多数mRNA要长于256碱基(44)。通过链霉抗生
基因表达系列分析的优点和应用的介绍
SAGE是一项快捷、有效的基因表达研究技术,任何具备PCR和手动测序器具的实验室都能使用这项技术,结合自动测序技术能够在3个小时内完成1000个转录物的分析。另外使用不同的锚定酶(识别5~20碱基的Ⅱ类核酸内切酶),使这项技术更具灵活性。 首先SAGE可应用于人类基因组研究。1995年 Vel
TLP基因的表达模式分析
实验概要本实验对水稻、拟南芥及杨树的TLP基因表达模式进行了分析,为进一步研明植物中TLP基因的功能奠定基础。实验步骤1. 水稻TLP基因的RT-PCR分析 1) 植物材料选取水稻的根、茎、叶、花和种子的新鲜组织用于RNA的提取。水稻材料采集后,用液氮速冻,以保证RNA不被降解,然后冻存于-70
Cell:基因表达分析的反思
在最新一期(10月26日)的《细胞》(Cell)杂志上,来自怀特黑德研究所的研究人员报告称在生成和注释来自全基因表达(global gene expression)分析的数据时所采用的一种常用假设可以造成当前广泛的生物学研究中关于基因活性与细胞行为的结论出现严重错误。 怀特黑德研究所成员Richa
RSV感染的基因表达谱分析
发表在11月12日的PLOS Medicine杂志上的一项研究,采用全血基因表达谱分析估测了儿童RSV感染的发病机制和疾病严重程度,揭示了在儿童中由RSV感染引起的免疫反应的系统学调节异常,表明分子标记能够用来预测疾病的严重程度。 呼吸道合胞体病毒(RSV,Respiratory sy
基因表达快速分析新技术
实验概要介绍了一种新的基因表达快速分析技术-MPSS 技术的基本原理、技术路线及其优点和应用。实验原理MPSS技术是利用限制性内切酶和荧光检测知识,发展出的一种辨认和测定细胞每一个cDNA 克隆片段末端16~20bp序列的方法,从而查明细胞内所有基因的表达情况。MPSS 分析系统大体可划分为三大部分
基因表达差异分析方法进展
高等真核生物的基因组一般具有80 000~100 000个基因,而每一个细胞大约只表达其中的15%[1]。基因在不同细胞间及不同生长阶段的选择性表达决定了生命活动的多样性,如发育与分化、衰老与死亡、内环境稳定、细胞周期调控等。比较细胞间基因表达的差异为我们揭示生命活动的规律提供了依据。
如何选择合适的基因表达分析方法?
选择合适的基因表达分析方法需要考虑多个因素,以下是一些关键的考虑点和相应的建议:研究目的:如果是初步筛选差异表达的基因,定量 PCR(qPCR)或微阵列芯片可能是合适的选择。若要全面了解整个转录组的情况,RNA 测序(RNA-seq)则更为合适。样本数量和规模:对于少量样本,qPCR 通常具有较高的
转基因植物的GUS表达分析
实验概要本实验对转基因拟南芥进行了GUS组织化学染色分析及GUS活性测定。主要试剂X-Gluc,丙酮,乙醇,BSA,考马斯亮蓝溶液主要设备显微镜(BX50 OLYPUS),研钵,高速离心机,Nano drop核酸蛋白测定仪实验材料转基因拟南芥实验步骤1. 转基因植物的GUS组织化学染色分析 1)
TaqMan探针基因表达分析全面升级
TaqMan探针对于大家来说不是什么新名词了,然而你知道吗,对于部分降解的RNA,如福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)样品中的RNA,TaqMan引物探针的设计有更多的讲究,你知道这是为什么吗?FFPE样本在固定时导致核酸相互交联且片段化,RNA片段的大小在50-300 nt,大部分片段在100 n
通过qPCR开展基因表达谱分析
一提起基因表达谱分析,大家马上会想到芯片。然而,并不是每个实验室都具备这个条件。现在,利用每个实验室都有的定量PCR仪,也能开展可靠的基因表达谱分析啦。 QIAGEN推出的RT2 Profiler PCR Array是一种高度可靠且灵敏的基因表达谱分析技术,它利用实时定量PC
加速干细胞疗法的基因表达分析技术
最近,美国国立卫生研究院(NIH)的研究人员开发出一种技术,将加快干细胞衍生组织的生产。 这种方法可同时测量多个基因的表达,使科学家们能够根据细胞的功能和发育阶段,快速地描述细胞。该技术将帮助研究人员使用患者的皮肤,再生视网膜色素上皮细胞(RPE,眼睛后面的一种组织,在几种致盲眼疾中受影响)。
基因表达分析的结果如何解读?
解读基因表达分析的结果通常需要综合考虑多个方面,以下是一些常见的解读要点和步骤:数据预处理:检查数据质量,去除低质量或异常的数据点。对数据进行标准化或归一化处理,以消除不同实验批次或技术差异带来的影响。差异表达基因筛选:比较不同组(如患病组与健康组)之间基因的表达水平,确定差异表达显著的基因。通常使
基因的表达过程
基因的表达过程是将DNA上的遗传信息传递给mRNA,然后再经过翻译将其传递给蛋白质。在翻译过程中tRNA负责与特定氨基酸结合,并将它们运送到核糖体,这些氨基酸在那里相互连接形成蛋白质。这一过程由tRNA合成酶介导,一旦出现问题就会生成错误的蛋白质,进而造成灾难性的后果。值得庆幸的是,tRNA分子与氨
基因表达的步骤
基因表达可以通过对其中的几个步骤,包括转录,RNA剪接,翻译和翻译后修饰,进行调控来实现对基因表达的调控。基因调控赋予细胞对结构和功能的控制,基因调控是细胞分化、形态发生以及任何生物的多功能性和适应性的基础。基因调控也可以作为进化改变的底物,因为控制基因表达的时间、位置和量可以对基因在细胞或多细胞生
基因表达的定义
基因表达(gene expression)是指将来自基因的遗传信息合成功能性基因产物的过程。基因表达产物通常是蛋白质,所有已知的生命,都利用基因表达来合成生命的大分子。
基因表达的机制
转录转录过程由RNA聚合酶(RNAP)进行,以DNA为模板,产物为RNA。RNA聚合酶沿着一段DNA移动,留下新合成的RNA链。基因组DNA由两条反向平行和反向互补链组成,每条链具有5'和3'末端。这两条链分别称为“模板链”(产生RNA转录物的模板)和“编码链”(含有转录本序列的DN
基因表达的概念
基因表达(gene expression)是指将来自基因的遗传信息合成功能性基因产物的过程。基因表达产物通常是蛋白质,所有已知的生命,都利用基因表达来合成生命的大分子。