高质量PyMOL软件作图教程绘制D7152441与PB2cap的结合模式图
上一期，小编教大家使用殷赋云计算平台（http://cloud.yinfotek.com）重现了一篇2018年文献《【文献重现】D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究》的分子对接计算结果。然而，要发表高质量SCI文章，还需要制作高质量的Figure。本期，我将带大家使用PyMOL软件（搭配Photoshop、MS Powerpoint）绘制D715-2441与PB2cap的结合模式图。 我们先来看一张成品图： 研究背景 根据上期的分析结果，我们获得以下相互作用： 1、化合物D715-2441的芳环夹在氨基酸残基H357和F404之间并形成π-π堆积作用，还与F404形成疏水作用； 2、化合物苯环上的羟基与E361的羧基和K376的N+原子形成氢键作用，另一个羟基与F404的O原子形成氢键作用； 3、化合物吡喃酮环酯基与K339的N+原子和H357的咪唑基形成盐桥作用。 ......阅读全文
高质量PyMOL软件作图教程绘制D7152441与PB2cap的结合模式图
上一期，小编教大家使用殷赋云计算平台（http://cloud.yinfotek.com）重现了一篇2018年文献《【文献重现】D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究》的分子对接计算结果。然而，要发表高质量SCI文章，还需要制作高质量的Figure。本期，我将带大家使用PyMOL软
绘制D7152441与PB2cap的结合模式图（三）
必要时，可先将cartoo隐藏起来，等调整好label后，再显示出来），让视图更清晰。经过上述一系列操作，得到下图：2.6. 生成图片上面的图已经可以发表文章了，但为了更好看，还需要进行一步：光线追踪（Ray tracing）。继续使用命令：至此，我们拿到3张图片：focus.png、label.p
绘制D7152441与PB2cap的结合模式图（一）
前言本期，我将带大家使用PyMOL软件（搭配Photoshop、MS Powerpoint）绘制D715-2441与PB2cap的结合模式图。我们先来看一张成品图： 研究背景根据上期的分析结果，我们获得以下相互作用：1、化合物D715-2441的芳环夹在氨基酸残基H357和F404之间并形成π-π堆
绘制D7152441与PB2cap的结合模式图（二）
设置关键残基对象：关键残基包括：A链的K339、H357、E361、K376和F404。由于该蛋白只有一条链，在使用命令选择残基时，可以不用指定链名。按照下图顺序，将关键残基设置为res对象。2.3. 显示所需，隐藏多余在PyMOL中输入以下命令：然后，进行鼠标操作：2.4. 绘制相互作用力前面说过
分子对接技术研究D7152441－抑制剂与PB2蛋白的结合模式－－一
【前言】从本期起，小编将带领大家使用殷赋云计算平台（http://cloud.yinfotek.com/）来做一系列计算“文章”。这一期咱们来重现一篇2018年文献[1]的计算结果，看看作者是如何运用分子对接技术来阐明机理、升华文章的。该文献影响因子4.6，是典型的“实验+计算”模式，比较接近大多数
分子对接技术研究D7152441－抑制剂与PB2蛋白的结合模式
从本期起，小编将带领大家使用殷赋云计算平台（http://cloud.yinfotek.com/）来做一系列计算“文章”。这一期咱们来重现一篇2018年文献[1]的计算结果，看看作者是如何运用分子对接技术来阐明机理、升华文章的。该文献影响因子4.6，是典型的“实验+计算”模式，比较接近大多数科研
蛋白合成交流之如何从数据库找合适的化合物？
体系相关A:http://biocomp.chem.uw.edu.pl/CABSdock/这个网站的结果怎么比较啊?答:我还没用过呢，只是在网上搜索到的。你那计算完了，有什么结果啊?A:答:没有打分之类的东西?A:只给了结果，但没看到这样排序的依据。答:应该是最上面的是最合适的，那你下载下来就可以用
分子对接技术研究D7152441－抑制剂与PB2蛋白的结合模式－二
4、 准备受体分子与配体不同，受体分子通常是生物大分子，无法通过手绘准备。平台提供了其他输入方式。点击上传文件，选择刚才下载的4cb4.pdb文件，然后按提示进行下去。通常来说，从PDB库下载的晶体结构文件里边包含了很多组分，不仅有（单条或多条）肽链，通常还有有机小分子和溶剂分子（水分子、金属离子）
分子对接技术研究D7152441－抑制剂与PB2蛋白的结合模式－二
6、 提交计算任务Dock6方案为我们提供了多种对接计算模式，这里稍微解释一下。在各种模式中，蛋白受体都是刚性不动的。因为Dock6的Grid算法实际上并非直接采用蛋白结构进行对接，而是采用其模型（正是前面生成的格点）。根据配体运动的方式，分为下面几种情况：1） 柔性配体对接，即配体在对接过程中是柔
蛋白合成微信学术交流之如何从数据库找合适的化合物
体系相关 A:http://biocomp.chem.uw.edu.pl/CABSdock/这个网站的结果怎么比较啊? 殷赋科技:我还没用过呢，只是在网上搜索到的。你那计算完了，有什么结果啊? A: 殷赋科技:没有打分之类的东西? A:只给了结果，但没看到这样排序
蛋白合成之如何选择平台分析实验数据？
Autodock、Autodock Vina与Dock6A:有没有关于分子对接结果解读之类的文章呢，有些时候结果出来了不会分析不会看。答:《【文献重现】D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究》的最后就有分析，解读无非就是看图说话，再结合一些实验数据、相关文献进行拓展。A:dock6也是
蛋白合成交流群之如何选择平台分析实验数据
Autodock、Autodock Vina与Dock6 A:有没有关于分子对接结果解读之类的文章呢，有些时候结果出来了不会分析不会看。 殷赋科技:《【文献重现】D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究》的最后就有分析，解读无非就是看图说话，再结合一些实验数据、相关文献
XS质控图的绘制与使用
X-S图法由于它只需要单一浓度的未定值血清，绘图方法简单易懂，有较为成熟的理论和实际经验。因此，成为国内外目前采用最广泛的一种常规室内质量控制方法。一般步骤和具体做法如下： ⒈最佳条件和常规条件下的变异的测定及计算 选择含量均匀、稳定性良好的未定值质控血清，在“最佳条件”，对该批血清反复测
创新种养结合新模式，开启高质量肉牛发展密码
为促进肉牛业高质量发展，四川省雅安市政府揭榜挂帅项目肉牛产业组成员因地制宜，提出了雅安种养结合新模式饲喂肉牛，并在荥经县牛鸣谷养牛基地率先示范应用。近日，肉牛产业揭榜挂帅项目主持人、四川农业大学动物科技学院教授赖松家一行来到荥经县开展肉牛技术培训和技术服务。专家团队到牛鸣谷养牛示范基地进行指导种养结
时序图、活动图、状态图、协作图有啥区别？（一）
时序图 时序图用于描述对象之间的传递消息的时间顺序，即用例中的行为顺序。 当执行一个用例时，时序图中的每条消息对应了一个类操作或者引起转换的触发事件。 在 UML中，时序图表示为一个二维的关系图，其中，纵轴是时间轴，时间延竖线向下延伸。横轴代表在协作中各个独立的对象。当对象存在时，
时序图、活动图、状态图、协作图有啥区别？（二）
动作状态：原子的，不可中断的动作，并在此动作完成之后向另一个动作转变。在 UML 中动作状态用圆角矩形表示，动作状态所表示的动作写在圆角矩形内部。 分支与合并：分支在软件系统中很常见。一般用于表示对象类所具有的条件行为。用一个布尔型表达式的真假来判定动作的流向。条件行为用分支和合并表达
SCI作图如何告别图样图森破
不少小伙伴在结果整理阶段需要花很多的时间和精力处理图片上，最近也有小伙伴遇到了一些烦恼，老谈决定近期就这个主题给大家分享一些经验，希望能帮上大家一二。 老谈认为，很多期刊对其投稿的图片格式的具体要求看似很复杂，其实归纳起来就那么几条： 分辨率 大多期刊对不同的图会有不一样的要求：一般情况下
首次绘制紫外辐射诱导的细胞应答遗传互作图谱
美国加利福尼亚大学圣地亚哥医学院的研究人员，与荷兰和英国的合作者一起，首次绘制了紫外辐射诱导的细胞应答反应背后的详细的遗传互作图谱。这项研究成果将在12月26日的Cell Reports杂志上刊出。 加利福尼亚大学圣地亚哥医学院的研究人员，与荷兰、英国的合作者一起，首次绘制了紫外(UV
电气原理图的绘制原则与识别方法（一）
为了表达生产机械电气控制系统的结构、原理等设计意图，便于电气系统的安装、调试、使用和维修，将电气控制系统中各电器元件及其连接线路用一定的图形表达出来，这就是电气控制系统图。用导线将电机、电器、仪表等元器件按一定的要求连接起来，并实现某种特定控制要求的电路。 画电气原理图的一般规律如下：
电气原理图的绘制原则与识别方法（二）
电气原理图绘制的基本步骤和注意事项 电气原理图绘制的基本步骤是：首先进行认真构思，对所要绘制的步骤及表达的内容和布局做的心中有数；然后对整个图面进行布局，把所要表达的全部内容（不能遗漏），按其正确位置、主次及繁简划定实际所占画面大小；第三，确定基准线，包括水平基准线和垂直基准线；第四，
华人先锋《Nature－Methods》利用CRISPRi绘制遗传互作图谱
斯坦福大学亓磊（Lei Stanley Qi）教授早年毕业于清华大学，现任斯坦福大学生物工程学、化学和系统生物学系的助理教授，近年来他在CRISPR研究领域取得了一系列突破性进展，比如第一次采用CRISPR-Cas9系统的变种技术，改变了读取诱导多能干细胞(iPSCs)基因组的方式（由此入选了生
BET图用哪些数据绘制
dV/dD----pore size这个图，因为我们获得的数据中没有dV/dD----pore size这组数据，所以应该可以用dA/dW----pore size数据作图，但是最好是要表明是dA/dW。这个可以用BJH中的adsorption dA/dW pore area中的pore width
BET图用哪些数据绘制
一、dV/dD----pore size这个图，因为我们获得的数据中没有dV/dD----pore size这组数据，所以应该可以用dA/dW----pore size数据作图，但是最好是要表明是dA/dW。这个可以用BJH中的adsorption dA/dW pore area中的pore wid
graphpad－prism怎么绘制紫外图
1、Graphpad中创建Newtable&graph，打开Graphpad，选择XY，点击Create。2、输入，导入数据，建立DataTables：Data1。3、分析点击左边的Results里的NewAnalysis，然后选择Transform里的TransposeXandY，点击OK。4、绘
荧光分光光度计软件硬件的操作教程
一、软件操作荧光定量分析多采用工作曲线法，即以已知量的标准物质，按试样相同方法处理后，配成一系列标准溶液，测定其相对荧光强度和空白溶液的相对荧光强度；扣除空白值后，以荧光强度为纵坐标，标准溶液浓度为横坐标，绘制工作曲线；然后将处理后的试样配成一定浓度的溶液，在同一条件下测定其相对荧光强度，扣除空白值
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Nature发文：绘制植物科学的分子图
任何生物体的每个细胞都包含完整的遗传信息，或者说是一个生物的“蓝图”，编码所谓的DNA核苷酸构建块序列。但是植物是如何创造出各种各样的组织的呢？比如将光能转化成化学能并产生氧气的叶子，或者从土壤中吸收养分的根？答案就在各自组织细胞的蛋白质模式。 蛋白质是每个细胞的主要分子。它们是生物催化剂，在
《GigaScience》—实现文章与数据结合的创新学术发表模式
2012年7月12日，华大基因和生物医学中心(BioMed Central)宣布其共同创办的生物学期刊《GigaScience》首刊正式发行。该期刊采用标准全文文献、数据库信息以及信息分析工具相结合的崭新模式，来发表大规模的生物学研究成果，为广大科研工作者提供免费公开的有效数据以及生物学发现
分子对接计算中如何确定对接口袋？
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸
绘制夏威夷岛“鱼流图”
珊瑚礁中的鱼 图片来源：Shawn Heinrichs/Conservation International近日，美国夏威夷大学马诺阿分校的研究人员在《生态学与环境前沿》上发表了一篇论文。海洋学、遗传学、生态学、渔业生物学和社会科学等领域的专家，对鱼类的自然和商业流动进行了深入研究，绘制出“