《GigaScience》—实现文章与数据结合的创新学术发表模式
2012年7月12日，华大基因和生物医学中心(BioMed Central)宣布其共同创办的生物学期刊《GigaScience》首刊正式发行。该期刊采用标准全文文献、数据库信息以及信息分析工具相结合的崭新模式，来发表大规模的生物学研究成果，为广大科研工作者提供免费公开的有效数据以及生物学发现等资源。《GigaScience》的正式发行是传统期刊出版业迈向数据全面公开与共享的重要一步，有助于实现科研人员对数据资源最大可能的合理利用，提高数据密集型科研项目的再现性 《GigaScience》杂志这种全新的出版模式使读者不仅可以着眼于文献中所得到的科学结论，还可直接通过文献所提供的数据和分析工具对结果进行测试和验证，实现了数据的透明、公开及再现性，为克服目前研究成果普遍缺乏可重复性的问题提供了一条很好的解决途径，同时对充分挖掘数据的生物学价值也具有十分重要的意义。与《GigaScience》杂志相结合的大型数据库Giga......阅读全文
植物生物学研究数据库
实验概要植物生物学研究数据库实验步骤http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英国 Top 植物种的snoRNA基因数据库。 综合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plant
华大基因再发Science进行基因组比对
来自深圳华大基因研究院，丹麦哥本哈根大学，澳洲科学院等处的研究人员利用Illumina的 HiSeq 系统，完成了两种蝙蝠的高通量全基因组测序分析，并进行了基因比对，为解析蝙蝠的飞行起源，以及蝙蝠为何会携带多种致病性强的病毒，提出了新的观点。相关成果公布在Science杂志上。 文章的
华大基因发布基因组测序新成果
来自深圳华大基因研究院的研究人员，对4种代表性的弹涂鱼（mudskippers）进行了基因组测序，由此阐明了两栖鱼类适应陆地生活环境的分子机制。相关研究论文发布于12月2日的《自然通讯》（Nature Communications）杂志上。 深圳华大基因研究院的石琼(Qiong Shi)研究员
华大基因参与破译虎尾海马全基因组
2016年12月15日，由中国科学院南海海洋研究所、德国康斯坦茨大学、华大基因和新加坡A*STAR研究院共同组成的研究小组，联合破译了虎尾海马（Hippocampus comes）的全基因组，有关研究成果以封面文章的形式发表在Nature杂志上。 海马隶属于海龙科。与其他硬骨鱼不同，海马呈现高
华大基因发表宏基因组测序新成果
人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等过程中起到了重要的作用。许多人类疾病都与微生物组失衡有关，但揭示其中的因果关系并不容易。 2014年七月，华南理工大学、华大基因、哥本哈根大学等单位在Nature biotechnolog
2016热门基因组测序，华大基因风头劲
大千世界无奇不有，这都是进化的功劳。大航海时代，科学家们扬帆远航去探索大自然的神奇造化。如今，科学家们正在测序技术的帮助下进一步揭示生命的奥秘。The scientist杂志对近期最热门的一些基因组测序成果进行了盘点，华大基因参与的两项测序研究格外引人瞩目。 种属：大西洋鲑 基因组：2.97
“千种动植物基因组计划”一期完成
记者近日从深圳华大基因研究院获悉，由该院发起的“千种动植物基因组计划”一期在重要物种基因组学研究领域和巨型基因组数据库构建上取得阶段性进展。 于2010年1月正式启动的“千种动植物基因组计划”（简称“千种”计划）预计在未来两年内将破译千种具有重要经济和科研价值的动植物物种基因
Nature子刊：华大基因参与破解白蚁基因组
湿木白蚁是一种真社会性昆虫。研究人员获得了湿木白蚁的遗传学蓝图，并在此基础上向人们展现了这种白蚁与其他社会性昆虫（蚂蚁、黄蜂和蜜蜂等）的关键异同，为理解社会性昆虫的演化提供了重要的线索。此外，这项研究也可以帮助人们寻找有助于控制白蚁的基因功能。 湿木白蚁主要生活在木头中，不怎么出去。研究人员测
基因组所完成开发RiceWiki数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所章张研究员课题组与北京理工大学、中国林业科学研究院及华中农业大学合作开发完成RiceWiki数据库。该数据库是基于维基百科的水稻基因信息平台，是可编辑且内容公开的公众注释系统。研究成果在Nucleic Acids Research杂志发表。 水稻是人类重
北京基因组所发布表观基因组数据库MethBank－3.0
中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心发布表观基因组数据库MethBank 3.0，并将其成果以MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species为题，在线发表在Nucleic Acids Rese
北京基因组所发布表观基因组数据库MethBank－3.0
中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心发布表观基因组数据库MethBank 3.0，并将其成果以MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species为题，在线发表在Nucleic Acids Rese
“万种脊椎动物基因组计划”宣布启动
拟两年解码101种物种 建立遗传信息数据库 深圳华大基因研究院与“万种脊椎动物基因组计划”联盟(G10KCOS)的科学家联合宣布启动万种脊椎动物基因组一期计划。该计划将依托华大基因先进的新一代测序技术平台、前沿的信息分析和数据处理能力，在未来两年内完成对101种脊椎动物的全基因组测序，解析
“千种动植物基因组计划”一期启动100多种测序
由深圳华大基因研究院发起的“千种动植物基因组计划”，一期已启动100多种动植物基因组测序分析项目，其中近一半的项目已经完成或接近尾声。 华大基因5月13日召开发布会称，该“千种计划”在重要物种基因组学研究领域和巨型基因组数据库构建上取得阶段性进展，该计划将加速全球基因组学研
华大基因完成肠道微生物基因组关联分析
从物种、功能及生态群落上展示肠道微生物与结直肠腺瘤及结直肠癌的关联特征，这是深圳华大基因研究院、奥地利因斯布鲁克医科大学、奥本多夫医院、丹麦哥本哈根大学、华南理工大学等多家单位最新的联合取得的科研进展。3月11日，国际学术期刊《自然通讯》杂志发表了这项研究成果。该研究对结直肠腺瘤、结直肠癌的早期
华大基因携手爱丁堡大学，共促基因组学研究
2012年7月24日，深圳华大基因研究院与英国爱丁堡大学签署合作协议，宣布双方将在基因组领域展开广泛的科研合作，通过汇聚中英两国研究专长，加速基因组学在人类健康和农业及其他相关领域的创新和发展。 在签署的合作备忘录中，双方将着眼于对人类和其他生物的科学认识，通过共同努力，对遗传信息进行深入
华大基因测序近700种植物的基因组
近日，华大基因的研究人员对云南瑞丽植物园内部及周边近700种植物的基因组进行了测序和分析。这项工作有助于推动地球生物基因组计划（EBP）以及万种植物基因组计划（10KP）。 在华大基因研究院副院长刘心的领导下，研究团队收集了761个植物样本，并产生了54 Tb的测序数据，每个物种的平均测序深
华大基因宏基因组研究获颠覆性发现
婴儿的微生物组需要在成长过程中慢慢成熟。科学家们对98名一岁以内的瑞典婴儿进行了肠道菌群分析。他们发现，即使引入了固体食物，非母乳婴儿的微生物组仍旧比母乳婴儿更接近成人。这项研究发表在五月十三日的Cell Host & Microbe杂志上。 “我们一直以为引入固体食物是改变婴儿肠道菌群的关键
全球药典草药基因组数据库已上线
近期，中国中医科学院中药研究所团队建立了全球药典基因组数据库(GPGD)。该数据库是全球首个针对药典收载草药物种的大型基因组学数据库。相关研究成果发表在《Science China-Life Sciences》杂志，标题为“Global Pharmacopoeia Genome Database
科学家搭建草莓基因组数据库
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454861.shtm 草莓为蔷薇科草莓属，因芳香多汁、营养丰富受到喜爱，在全国各地均可种植。栽培草莓为异源多倍体，基因组复杂，杂合度高。 2019年，《自然—遗传学》发表了利用三代测序数据组装的高
华大基因Cell子刊发表宏基因组测序新成果
人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等过程中起到了重要的作用。许多人类疾病都与微生物组失衡有关。 微生物组研究过去主要依赖16S rDNA基因测序。随着测序成本的直线下降，针对整个菌群的宏基因组测序越来越受到青睐。目前，双胞胎
华大基因参与全球最大微生物基因组研究项目
华大基因3月22日宣布将参与全球最大微生物基因组研究项目EarthMicrobiomeProject(简称“EMP”)，将负责EMP亚洲地区所有样本的收集和鉴定，并对整个项目提供DNA提取、扩增、建库、宏基因组测序，以及研发生物信息学分析流程所需的计算资源。 EMP将对来自全球的20万个样本进
北京基因组所构建完成质体基因组结构变异数据库
多相催化是实现高效定向化学转化的关键技术，其中的一个重要基础科学问题是如何通过精确设计和调控催化活性位结构及所在环境，从而强化其定向催化功能并创造新型高效催化剂。近日，中国科学技术大学熊宇杰教授课题组和江俊教授课题组继在电催化体系中提出表面极化概念后,再次通过与黄伟新教授课题组合作，证实界面极化
中外科学家成功绘制并公开达尔文雀基因组图谱
“万种脊椎动物基因组计划”(G10K)联盟和深圳华大基因研究院于8月16日联合宣布勇地雀(Geospizafortis)基因组图谱绘制完成。勇地雀是最早由达尔文记载的生活在加拉帕戈斯群岛上的13种达尔文雀之一。据悉，勇地雀是G10K 联盟最早计划进行测序的100种脊椎动物之一。 勇地雀
北京基因组所开发系列特色科学数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心（BIG Data Center，BIGD）有七篇数据库文章在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表，并将于该刊2019年1月出版的数据库专刊中集中刊发。包括表观组关联分析知识库EWAS Atlas
北京基因组所开发系列特色科学数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心（BIG Data Center，BIGD）有七篇数据库文章在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表，并将于该刊2019年1月出版的数据库专刊中集中刊发。包括表观组关联分析知识库EWAS Atlas
分子生物学常用数据库汇总及推荐
分子生物学主要研究具体生物大分子在某一生物学行为过程中的表达变化、功能和作用方式；主要涉及基因的表达调控、蛋白相互作用、信号分子间的交互对话等。分子生物学实验常需要我们在具体实验前对所关注的基因的一些基本信息、可能受哪些因素调控、与哪些分子可能存在潜在的相互作用，可能参与哪些生物学行为等进行一些初步
Lal－Teer畜牧公司联合华大基因成功绘制水牛基因组图谱
2014年1月24日，孟加拉Lal Teer畜牧科技公司(孟加拉Lal Teer种业科技公司的联营公司，以下简称"Lal Teer")与华大基因联合宣布水牛基因组图谱绘制完成。该项科研成果将为深入了解水牛这一物种的起源、驯化过程及其品种选育等奠定重要的遗传学基础。 水牛，也叫印度水牛，
华大基因与亚洲癌症研究组织合作研究治癌
记者从深圳华大基因研究院获悉，2月17日，该院与亚洲癌症研究组织签署合作协议，共建伙伴关系。双方将合作开展亚洲最常见的两种癌症――肺癌和肝癌的基因组学研究，共同创建药物基因组癌症数据库，以加速药物发现进程及癌症新型治疗方法的研究。 据介绍，肺癌和肝癌是亚洲最常见的两种癌症。
科学家呼吁关注全球基因组数据库污染
样品处理有可能是导致DNA数据库广泛污染的最主要原因 2月16日发表在《公共科学图书馆·综合》（PLoS ONE）期刊上的一份研究报告称康涅狄格大学的遗传学家Mark Longo及同事发现由顶级公共测序机构提供的测序结果构建的基因组数据库中的大约1/5的细菌、植物和非灵长类动物基因
世界最大的自闭症基因组数据库公布
自闭症，或称为自闭症谱系障碍，是指包括了社会技能、重复行为、语言和非语言交流、以及与众不同的优势或差异等多表征型障碍。我们现在得知，自闭症分好多亚型，大多数由遗传和环境共同作用造成。据估计，每68名儿童中就有一人患有自闭症。虽然，目前自闭症的干预方法很多。但是大多数缺乏循证医学的证据。尚无最优治