专家指南：如何研究基因调控（三）
Q5：在定位蛋白-DNA相互作用时，为降低DNA污染和片段化所引起的假阳性，同时也避免太严格的数据过滤所引起的假阴性，您的主要方法是什么? Marc Facciotti(加州大学戴维斯分校)： 首先，从微生物的角度来看，我们选择对天然表达的转录因子开展ChIP实验。我们认为，这能够将与过表达质粒相关的假阳性降至最低。第二，我们不会完全相信任何自动化的峰检测算法。我们的策略是建立我们自己的自动化峰检测工具，它让假阴性降至最低，代价是一些假阳性峰也会被报告。随后，我们手动组织峰列表，避免明显的假阳性。这听上去似乎很耗时，但对于小的微生物基因组并非如此。与后面追踪和验证假线索所浪费的时间和头痛相比，前面花费的时间是值得的。 Kun Huang(俄亥俄州立大学)： 根据我的经验，关键是样品/文库制备步骤，我们与生物学家密切合作，以了解QC过程。根据我们对多个实验的观察，交联和超声处理步骤很关键，但没有得到足够......阅读全文
进化生物学家向美国加州大学递交辞呈－因涉嫌性骚扰
Francisco Ayala 图片来源：JACQUELYN MARTIN 著名的进化生物学家Francisco Ayala 7月1日向美国加州大学欧文分校递交辞呈。在此之前，Ayala于去年11月开始因涉嫌性骚扰接受调查，起因是受到4名生物科学学院女研究人员的投诉——两位教授
生物学术语基因组扫描的概念
中文名称基因组扫描英文名称genome scanning定 义从全基因组的遗传标记中寻找与特定性状或基因紧密连锁的标记，并在染色体上定位相关基因的方法。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
生物学术语基因组当量的概念
基因组当量是基因组文库容量的度量单位。基因组文库容量的度量单位，指文库中所有载体的插入片段总长度相当于基因组的总长度。
于军：从基因组生物学到精准医学
今年是“人类基因组计划”宣布完成10周年。选择2003年结束这个计划是为了纪念美国沃森和英国克里克两位生物学家发现DNA双螺旋结构50周年，而沃森博士正是这个宏大计划早期的实际推动者之一。 科学界往往以重要人物和他们的重要科学发现及技术发明为里程碑。基因组学应属于分子生物学范畴，其学科的真
推进后基因组时代物理生物学探索
5月7日~8日，科学与技术前沿论坛在中科院学术会堂召开，此次论坛的主题为“后基因组时代的物理生物学”。欧阳钟灿、郝柏林、陈润生、欧阳颀等多名来自全国各大高校和科研院所的院士和学者出席了此次论坛，并发表了主题演讲。 本次论坛召集人中科院院士杨玉良表示，上世纪末以来，生命科学获得了飞速发展，积累了
于军：从基因组生物学到精准医学
今年是“人类基因组计划”宣布完成10周年。选择2003年结束这个计划是为了纪念美国沃森和英国克里克两位生物学家发现DNA双螺旋结构50周年，而沃森博士正是这个宏大计划早期的实际推动者之一。 科学界往往以重要人物和他们的重要科学发现及技术发明为里程碑。基因组学应属于分子生物学范畴，其学科的真
《基因组生物学》：一种超级细菌的基因组测序完成
最近，英国桑格研究所（Wellcome Trust Sanger Institute）和布里斯托尔大学的研究者们共同完成了一种名为Steno的超级细菌的基因测序工作，研究结果显示，这是一种具有显著抗药性的生物体。对这种细菌基因组的了解将有助于研究者们发现如何应对这种具有独特抗药性的生物体。这一研究论
《基因组生物学》：孤独是一个分子
已经知道一个人的社交环境能够影响他的健康。与社会隔离的人往往死亡率较高。在最新一期的《Genome Biology》杂志上发表的首项此类研究中，来自美国加州大学洛杉矶分校的研究人员从慢性、严重孤独者的免疫细胞中发现了一种不同的基因表达模式。 这些发现揭示出社会孤立感与驱动炎症的基因活性改变有关。
PNAS打开基因组生物学的黑盒子
最近，美国佛罗里达州立大学、贝勒医学院和哈佛大学-麻省理工学院Broad研究所的科学家们，开辟了人类遗传学中一个鲜为人知的领域。相关研究结果发表在7月18日的《PNAS》杂志。 在这项研究中，研究人员表明，一条不活跃的X染色体上的一段不寻常的DNA重复序列，实际上对于这种女性特有的遗传现象的整
《PLoS生物学》：老鼠全基因组测序图公布
最新一期的开放存取的《公共科学图书馆·生物学》(PLoS Biology)杂志上，美国、英国和瑞典的研究人员公布了老鼠的全基因组测序图。老鼠成为继人类之后第二个完成全基因组测序的哺乳动物。 在对人类和老鼠的基因测序图进行综合性比较后，研究人员发现两者之间的遗传差异要比人们预想的大得多。老鼠
Biological Reviews:探明IgY基因组成和生物学功能
近日，西北农林科技大学张小莺教授领衔，与英国伦敦大学国王学院Sutton教授团队的一项国际合作成果《IgY： a key isotype in antibody evolution》在Biological Reviews期刊（IF=10.75）发表。 IgY，由两条重链（H）和轻链（L）组成，
攻克基因组测序难题－探究茶树生物学奥秘
我国现存最早的中医医药典籍《本草经》记载：“神农尝百草，日遇七十二毒，得荼（茶）而解之。”这说明了茶的神奇功效。茶树起源于我国的云南、四川等地，在从中国向世界各地数千年漫长传播历程里，与全球多元文化邂逅交融，发展形成了今天地球上复杂而美妙的茶文化。茶之所以广受欢迎，除了有迷人的香气和令人愉悦的滋
生物学术语基因组复杂度的概念
中文名称基因组复杂度英文名称genome complexity定 义衡量基因组所含信息量的参数，由单一序列的核苷酸数目表示。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
《PLoS生物学》：乳齿象线粒体基因组测定完成
这的确有些不可思议。德国科学家利用一颗远古牙齿化石，成功确定了乳齿象完整的线粒体基因组，这也是迄今为止科学家得到的最古老的线粒体基因组。该研究成果有望加深科学家对于象类分化的理解。相关论文发表在的7月24日的《PLoS生物学》上。 2800万年前出现的乳齿象是现代大象的近亲，它们大约有3米高，有和猛
基因组研究：揭示偏头痛的生物学根源
在偏头痛的研究中，研究人员第一次发现了新的5个遗传区域与偏头痛相关。这项研究为理解偏头痛的原因和生物因素打开了新的研究大门。 研究人员发现了12个与偏头痛相关的遗传区域。其中8个区域在控制脑电路中发挥着重要的作用，其中2个区域的相关基因主要作用为维持健康脑组织。这些信号通路的调节对于遗传易感性
《基因组生物学》：中外猪种骨骼肌研究
8月6日出版的英国《基因组生物学》（Genome Biology）期刊发表了中国农业科学院北京畜牧兽医研究所李奎教授课题组唐中林博士、李勇硕士等关于中外猪种骨骼肌生长发育生长差异分子机制的重要研究成果。 猪肉是人类动物蛋白的主要来源，我国是世界上生猪生产和猪肉消费的第一大国。我国种猪长期依赖进口，西
分子生物学篇之基因组DNA纯化
2007年刚过，各种年终汇总琳琅满目，生物通也将于未来一个多月里大摆生物技术饕餮盛宴，为读者带来前沿技术和信息的思维享受和满足--每日密集精选各厂家及经销商过去一年在中国大陆地区着力推广的重点产品文章或者上市的新产品新技术文章，将2007年当中生物通倍受瞩目的产品和技术一一呈递，打造精彩纷呈的生物技
《基因组生物学》—夏庆友小组—家蚕基因表达研究
日前，国际生物学权威期刊《基因组生物学》在线发表了西南大学蚕学与系统生物学研究所夏庆友教授领衔的课题组关于利用家蚕全基因组芯片分析家蚕多种组织基因表达特征的最新研究成果。 家蚕是重要的经济昆虫，既能用于蚕丝的生产、也能作为生物反应器生产外源蛋白；同时，家蚕也是鳞翅目昆虫生化、分子遗传以及基因组研究的
《基因组生物学》：慢性孤独会降低人体免疫功能
美国科学家最近研究发现，孤独可能会改变体内基因的表达，慢性孤独（chronically lonely）的人体内免疫系统的防御功能会因此降低。这一研究一旦确证，将有助于医生更好地防治那些会因孤独而恶化的疾病，比如心脏病、感染、与年龄有关的痴呆以及某些种类的癌症等。相关论文发表在《基因组生物学》上。 生
美加州大学威胁抵制《自然》杂志
为了抗议订阅价格大幅上涨，加州大学（UC）系统威胁要联合抵制自然出版集团（NPG）旗下的期刊。NPG对此做出了书面回应，其谴责UC图书馆的做法是一种“怂恿性”策略，并表示他们多年来一直享受大量折扣，这对NPG是不公平的。 6月8日，UC全体教职人员都收到了一封来自UC图书馆的信，信中
加州大学学者利用病毒对付痘痘
瞧好了，痤疮们，很快就会有一个新型武器来对付你们了：一种生活在我们皮肤上的无害病毒能自然搜寻，并找到引发青春痘的细菌，杀死它们。 这项研究由加州大学洛杉矶分校(UCLA)和匹兹堡大学的科学家们完成，并公布在9月25日美国微生物学会出版的mBio杂志上。 文章作者，加州大学洛杉矶分校首
全基因组测序的竹亚科及生物学性状的比较基因组学研究
禾本科（禾草）是被子植物最大科之一，约有12000种，是水稻、小麦、玉米等人类粮食和牲畜饲料的主要来源，也为人类提供了加工淀粉、制糖、酿酒、造纸、编织和建筑等方面的重要原料。同时，禾本科又是植物遗传学和基因组学研究的模式类群。竹亚科（竹子）是禾本科的12个亚科之一，与早熟禾亚科、稻亚科组成BOP
俄生物学家筛选出可降解石油的细菌基因组
莫斯科罗蒙诺索夫国立大学物理化学生物研究所在巴伦支海寻找到一种细菌，并从该细菌中筛选出可降解石油和其它环境污染物的基因组，相关成果发表在《Marine Genomics》学术期刊上。 Thalassolituus oleivorans细菌K–188型菌种是在巴伦支海水面收集到的，该菌种含有可
分子生物学：从基因组背后寻找疾病的根源
通过破译横跨非洲、亚欧及美洲地区数国逾1000人的基因组图谱，科学家已成功汇编了目前最详尽的有关人类基因变异的研究目录。这是一笔巨大的资源，它将有助于医学研究人员从基因角度来追溯全人类罕见和常见疾病的根源。 200名来自圣·路易斯华盛顿大学医学院及其他研究机构的科学家共同参与了这项“千人基
基因组学探究沙棘放线菌固氮生物学机制
沙棘是胡颓子科沙棘属落叶性灌木，其根部与放线菌共生固氮，适应缺水少肥的华北及西北贫瘠地区，是防风固沙功臣；其果实富含维生素C及黄酮等活性物质，是健康饮品的原料供给者；具有重要的生态和经济价值。 近日，《新植物学家》（New Phytologist）在线发表了来自中科院植物分子科学卓越创新中心
加州大学将获授权，CRISPRZL大战硝烟再起
基因编辑领域错综复杂的知识产权格局再起风云。 根据美国ZL商标局于2月8日发布的文件，美国加州大学于2013年3月申请的CRISPR-Cas9基础ZL（ZL申请号US13/842,859）将获授权。正式的ZL证书将在大约6到8周内发放。 “此次被授权的方法权利要求保护范围挺大，原核和真核、体
美国加州大学总校长Robert－Dynes宣布辞职
据美国《科学》杂志在线新闻报道，加州大学总校长罗伯特•戴恩斯（Robert Dynes）于8月13日宣布将辞去校长职务。在此之前的一年多的时间里，戴恩斯被指控给数十位大学高级管理人员过高的工资，调查结果已经确认这项指控基本属实。 今年64岁的物理学家戴恩斯在1990年离开贝尔实验
CRISPRZL衍生战：加州大学又起“幺蛾子”
加州大学诉讼当事人团队声称美国ZL审判和上诉委员会（U.S. Patent Trial and Appeal Board，PTAB）Broad研究所和其合作伙伴——哈佛大学和麻省理工学院。今年2月的裁决结果判定了Broad研究所的胜利，相比加州大学，Broad研究所将CRISPR运用在真核细胞，
陈柏仰博士Cell揭示DNA去甲基化动态
精子和卵子融合是动物个体发育的起点，不过这一过程并不仅仅是简单的融合。人们发现，在哺乳动物胚胎的早期发育中，全基因组的甲基化模式会发生明显的变化。在小鼠胚胎受精之前，雌雄生殖细胞具有较高的甲基化水平，受精后父源基因组迅速的发生主动去甲基化，而母源基因组发生被动的去甲基化。 为了了解人类生殖细胞
基因组学：将数字信息转化为生物学功能
优势 · 同时检测克隆和定量荧光标记---使用表现型筛选克隆 · 从加样、涂布到挑取完全自动化工作流程 · 从样品涂布到挑取、复制和重排记录并追踪样品数据 · 每天准确挑取超过30000个筛选到的克隆，效率>98% 美国能源部联合基因组研究所（