两篇Nature技术文章介绍基因组组织
【摘要】近期两项最新的研究报道了染色体构象捕获领域的技术进展，第一篇文章描述了一种高分辨率4C-seq 新型工作流程和计算通道，第二篇则报告一种新策略，能同时消除Hi-C数据中多个背景来源。 染色体构象捕获（3C）技术正在改变我们对于基因组空间组织构架的理解。然而目前推测染色质相互作用，却受限于两个方面的困难：其一是生成高分辨率信号，其二是从多个背景来源中分辨信号。 近期两项最新的研究报道了这些方面的技术进展，第一篇文章描述了一种高分辨率4C-seq 新型工作流程和计算通道，第二篇则报告一种新策略，能同时消除Hi-C数据中多个背景来源。 虽然十年前我们就获得了人类基因组序列的线性图谱，但是对于其空间组织的破译，还才刚刚起步。最近的研究表明，远程基因组元件，如增强子和启动子，能通过染色质相互作用被带入其它区域，调控临近位置的基因转录。这打破了我们之前对于基因调控的理解，也指出了三维染色质结构的重要性。 ......阅读全文
高质量基因捕获测序如何实现？
近十几年来，NGS（二代测序技术）的快速发展使得DNA测序成本大幅降低，然而就现阶段而言，全基因组重测序的成本依然很高，且得到的海量数据分析速度缓慢，无法大规模地应用。靶向测序技术可以将感兴趣的基因组区域富集出来测序，单个样本测序数据产出少且分析速度较快，因此更能经济高效地发挥NGS技术的优势，广泛
澳发明新基因测序技术“捕获测序”有助快速诊断血癌
澳大利亚科学家发明了一种新的基因测序技术，其精度大大高于现有方法。它就像一台倍数更高的显微镜，可用于对基因组进行精细研究，并帮助快速诊断血癌（即白血病）。 这项技术被称为“捕获测序”，由新南威尔士大学和加文医学研究所的科研人员开发，发表在新一期英国《自然·方法学》杂志上。 新南威尔士大学日前
澳发明新基因测序技术“捕获测序”有助快速诊断血癌
澳大利亚科学家发明了一种新的基因测序技术，其精度大大高于现有方法。它就像一台倍数更高的显微镜，可用于对基因组进行精细研究，并帮助快速诊断血癌（即白血病）。 这项技术被称为“捕获测序”，由新南威尔士大学和加文医学研究所的科研人员开发，发表在新一期英国《自然·方法学》杂志上。 新南威尔士大学日前
科学家提出深度学习框架用于发现癌症中的新突变
全基因组染色质构象捕获技术（Hi-C技术）已被证明是检测人类基因组中结构变异（SVs）的一种有效方法。然而，目前能够使用Hi-C数据进行全范围检测SVs的算法一直缺乏。目前的方法只能在不太理想的分辨率下，识别染色体间易位和长距离染色体内SVs（>1 Mb）。美国西北大学范伯格医学院研究人员基于深
液相序列捕获系统与高通量测序
Nature Biotechnology 2009年2月封面文章:基于安捷伦寡核苷酸序列合成技术的液相序列捕获系统 – 高通量平行靶向测序的最佳解决方案来自美国麻省理工学院和哈佛大学Broad研究院的研究人员，利用安捷伦(Agilent Technologies)卓越的寡核苷酸序列合成技术，合成
Nature－Methods：两轮捕获+双重测序－成就史上最精准的测序！
传统的高通量测序会产生不少错误，掩盖基因组中的罕见突变。前不久科学家们开发了一种新测序法，能够成功从背景噪音中分离出信号，实现极为准确的测序。 肿瘤是异质性细胞的混合体，测序可以检测其中的罕见突变，但成本较高而且容易出现错误。华盛顿大学的研究团队为此开发了新测序技术，将靶序列纯化与高精度的DN
Y染色体的测序工作
美国科学家完成了人类Y染色体的基因测序，发现这个一向被认为脆弱的性染色体，自我保护能力比人们想象的更强。 这一成果有助于增进人们对男性不育症的了解，以及研究更好的诊断和治疗方法。它还将重新激起有关性别的进化历程的争论。 Y染色体内部存在一种独特的结构，使它在一定程度上能够自我修复有害的基因变
二代测序杂交捕获是100％结合吗
不是 有两种第二代杂交捕获检测技术(HC2)进行...DNA定量分析方法结合HC2检测筛查宫颈癌的敏感性和特异...度分别是100%、96.49%,HPG方法和DNA直接测序方法
X染色体的测序及研究
2003年6月，美国的研究人员在Nature杂志上发表了已完成的对人类Y染色体的详细分析。2005年3月17日，在Nature杂志上发表的一篇文章宣告基本完成对人类X染色体的全面分析。对X染色体的详细测序是在英国Wellcome Trust Sanger研究中心领导下，世界各地多所著名学院超过250
Y染色体的测序工作介绍
美国科学家完成了人类Y染色体的基因测序，发现这个一向被认为脆弱的性染色体，自我保护能力比人们想象的更强。 这一成果有助于增进人们对男性不育症的了解，以及研究更好的诊断和治疗方法。它还将重新激起有关性别的进化历程的争论。 Y染色体内部存在一种独特的结构，使它在一定程度上能够自我修复有害的基因变
概述x染色体的测序工作
2003年6月，美国的研究人员在Nature杂志上发表了已完成的对人类Y染色体的详细分析。 2005年3月17日，在Nature杂志上发表的一篇文章宣告基本完成对人类X染色体的全面分析。对X染色体的详细测序是在英国Wellcome Trust Sanger研究中心领导下，世界各地多所著名学院超
仅需10万个细胞！“升级版”HiC技术，大大降低建库门槛
作为遗传物质的载体，染色体在细胞中并不是随机分布的。近年来，越来越多的研究开始关注染色体的空间结构。大量证据表明，染色体构象与基因表达、DNA复制、DNA损伤修复以及基因组的稳定性密切相关。 Hi-C是近年发展起来的三维基因组学研究利器，由高通量测序技术（High-throughput seq
构象异构体的分子链构象
晶体中的高分子链构象晶体中的分子链构象有螺旋形构象、平面锯齿形构象等。1、两个原子或基团之间距离小于范德华半径之和时，将产生排斥作用。2、分子链在晶体中的构象，取决于分子链上所带基团的相互排斥或吸引作用的情况。3、有规立构高分子链在形成晶体时，在条件许可下总是尽量形成时能最低的构象形式。4、基本结构
两篇Nature技术文章介绍基因组组织
【摘要】近期两项最新的研究报道了染色体构象捕获领域的技术进展，第一篇文章描述了一种高分辨率4C-seq 新型工作流程和计算通道，第二篇则报告一种新策略，能同时消除Hi-C数据中多个背景来源。 染色体构象捕获（3C）技术正在改变我们对于基因组空间组织构架的理解。然而目前推测染色质相互作用，却
大麦6号染色体基因测序研究
2013年11月15日，成立于1875年的嘉士伯实验室和华大基因旗下子公司――深圳华大科技服务有限公司（简称“华大科技”）宣布，双方将联合开展大麦6号染色体基因组破译工作，旨在为培育大麦新品种提供具有价值的资源。 基因序列信息是开展快速及现代育种的核心，有助于挖掘有利遗传突变，加速农作物育种改
PNAS最新介绍测序组装染色体技术
你有没有试过在不知道最终图案的情况下玩拼图游戏?这正是一些基因组研究人员在尝试通过新一代DNA测序数据，拼接成染色体时所面临的同样问题。这些染色体能提供基因组组织和结构变异方面的信息，有助于解析进化历史。为了能拼凑出这些染色体来，科学家们可以通过物理或者遗传图谱完成，但是对于许多物种而言，这种指
什么是构象？
构象（conformation），有机化学的一个重要概念。最简单的构象分析建立在乙烷分子上。最重要的构象分析则是建立在环己烷上的构象分析。
构象的概念
构象（conformation），有机化学的一个重要概念。最简单的构象分析建立在乙烷分子上。最重要的构象分析则是建立在环己烷上的构象分析。
单核测序方法精确捕获潜在“致病”的人类大脑细胞类型
细胞是生物学的基本单位，研究人员正更加努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。单细胞测序是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组，更大更复杂的人类细胞基因组。根据加州大学旧金山分校（UCSF）对人死后脑组织的研究，发现特定脑细胞中基因活性的变化与自闭症患儿的严重程度有关。作者认为，
武大联合团队开发纳米孔靶向测序－快速“捕获”新冠病毒
武汉大学联合团队创新性开发了纳米孔靶向测序检测方法（NTS），能大幅提升病毒阳性检出率，并能实现当天同时检测新冠和其他10大类、40种常见呼吸道病毒并监测病毒突变。 3月7日，该团队在预印版平台medRxiv发表题为《纳米孔靶向测序精准全面检测新冠病毒以及其他呼吸道病毒》的研究论文。 既往
追根溯源：细说靶向重测序与扩增子捕获技术
追根溯源：细说靶向重测序与扩增子捕获技术 Thermo 与 Illumina合作的消息公布之后，在生物医学界投下了一颗重磅炸弹，Ion Ampliseq也一下子成为网络热搜词。Ion Ampliseq这个技术究竟是什么？它有什么独特之处？为什么这个技术会造成轰动性的效应呢？让我们追根溯源，
追根溯源：细说靶向重测序与扩增子捕获技术
追根溯源：细说靶向重测序与扩增子捕获技术 Thermo 与 Illumina合作的消息公布之后，在生物医学界投下了一颗重磅炸弹，Ion Ampliseq也一下子成为网络热搜词。Ion Ampliseq这个技术究竟是什么？它有什么独特之处？为什么这个技术会造成轰动性的效应呢？让我们追根溯源，
Cell：新技术揭开基因远距离调控与疾病关系
来自英国Babraham研究所的科学家发现了我们基因组中的结构与常见疾病的内在联系。利用Babraham研究所开创性的技术，研究结果能够解释大量遗传数据的生物学意义，将DNA序列的微小变化和疾病风险连接起来。发现这些未知的联系，将为设计新的药物和未来治疗包括类风湿关节炎和其他类型的自身免疫性疾病
基因组的三维结构
摘要： 阐明染色质复杂结构的技术有染色质构象捕获(chromatin conformation capture, 3C)及更高通量的衍生技术4C、5C，这些提供了长距离的染色质相互作用，但不能扩展到整个染色质相互反应组。在2009年末，两种新方法的迸发，有望绘出全基因组范围的相互作用图谱。
PCRfree的靶向捕获技术遇上PCRfree－PacBio－SMRT测序
高通量测序技术已经被广泛用于疾病基因组特征和分子机制研究，研究策略无非是全基因组测序或是靶向测序，在靶向测序中，常见的靶向富集技术有PCR扩增目的区域或基于探针的靶向捕获技术，但这两种方法都很难绕过一个关键步骤－PCR扩增，使得研究人员无法对原始的基因组区域进行测序，从而无法保证测序结果的真实性
安捷伦：用于RNA测序的文库制备与靶向序列捕获解决方案
简化的RNA和DNA测序解决方案，用于精简临床NGS 2020年9月1日，北京——安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布推出SureSelect XT HS2 RNA试剂盒。该解决方案采用模块化设计，为RNA 和 DNA样品提供了一种简单的平行分析方法，从而确保客户能够简化并整合其工作流程，而无
首个野生大豆高质量参考基因组被解析
近日，香港中文大学林汉明教授团队及华大基因等多家国内外机构合作完成了全球首个野生大豆高质量参考基因组解析，该成果为挖掘野生大豆遗传资源和改良、优化栽培大豆品种提供了重要工具。相关研究成果近日在线发表于《自然-通讯》。图片来源于网络 基因组信息是当前作物改良计划的重要基础。过往大豆基因组研究主要
RNA蛋白互作揭示视网膜母细胞瘤发生的染色体构象调控
上海交通大学医学院附属第九人民医院范先群教授主攻眼部肿瘤和眼眶外科，在基础研究和临床治疗方面取得突出成就。其带领的眼肿瘤团队利用ChIRP-MS技术（一种研究RNA-蛋白相互作用的技术手段）结合RNA-seq、ChIP等一系列体内体外实验对视网膜母细胞瘤新的作用机制进行了深入研究。研究发现肿瘤
lncRNA－ROR染色体构象调控葡萄膜黑色素瘤发生新机制
最近美国基因和细胞治疗学会官方期刊Molecular Therapy发表上海交通大学医学院附属第九人民医院范先群教授团队研究成果“A Cohesin-Mediated Intrachromosomal Loop Drives Oncogenic ROR lncRNA to Accelerate Tu
中丹将联合开展大麦染色体测序研究
丹麦嘉士伯实验室和中国深圳华大基因科技服务有限公司(简称华大科技)11月15日宣布，双方将联合开展大麦6号染色体测序研究，旨在为培育大麦新品种提供有价值的资源。 基因组测序是当今世界快速育种科技的核心工作，有助于挖掘有利的遗传突变，加速农作物育种改良。但大麦基因组非常复杂，测序工作挑战不小