SageHLS靶向捕获大片段DNA在测序解析神经精神疾病CNVs结...
SageHLS靶向捕获大片段DNA在测序解析神经精神疾病CNVs结构研究的应用在2020年的美国AGBT（基因组生物学与技术进展）大会上，由斯坦福大学实验室的Alexander Urban和Hanlee Ji主导的一项国际合作项目中，研究人员使用SageHLS超大片段核酸回收系统在结构复杂的人类染色体22q11.2基因组上捕获了一个发生Mb级缺失突变的染色体区域，该区域的缺失与多种神经发育和神经精神疾病有关。染色体22q11.2区域基因组的结构变异（SVs）是当前的研究难点，因为这些断点通常分布在3Mb区域内的4个片段重复序列/低拷贝重复序列中（segmental duplications / low copy repeats， 每个重复序列长度可达400kb）。传统的短读长测序由于片段重复序列之间的高度同源性，所以不能完全识别到这些SVs断点。 研究人员设计了一个HLS-CATCH（基因组大片段靶向捕获）程序，利用......阅读全文
SageHLS靶向捕获大片段DNA在测序解析神经精神疾病CNVs结...
SageHLS靶向捕获大片段DNA在测序解析神经精神疾病CNVs结构研究的应用在2020年的美国AGBT（基因组生物学与技术进展）大会上，由斯坦福大学实验室的Alexander Urban和Hanlee Ji主导的一项国际合作项目中，研究人员使用SageHLS超大片段核酸回收系统在结构复杂的人类染色
高分子量DNA的回收
SageHLS系统是美国Sage公司2017年新发布的平台，它可以直接从细胞样品中快速纯化高分子量DNA。Sage公司的首席科学官Chris Boles，一直在帮助研发团队开发SageHLS平台（HLS是高分子量DNA文库制备系统的缩写）。那么，高分子量DNA对于生命科学和生物医学研究有哪些
完整线粒体mtDNA提取神器SageHLS在测序合成的应用
有关线粒体DNA：线粒体是一种存在于大多数细胞中的由两层膜包被的细胞器，细胞中制造能量的结构，是细胞进行有氧呼吸的主要场所。线粒体病是遗传缺陷引起线粒体异常，致使ATP合成障碍、能量来源不足等导致的一组异质性病变，又称为线粒体细胞病。常见的线粒体疾病有Leber遗传性视神经病变（LHON）、线粒体脑
大片段DNA测序(>50KB)
大片段DNA的测序: 通过鸟枪法 (Shot Gun Sequencing) 测序 鸟枪法测序的操作方法1. 用限制酶切下目的片段的大片段Insert DNA, 并用Agarose凝胶电泳进行回收。2. 对回收的大片段DNA用物理方法 (如超声波等) 进行切断处理，然后用T4 DNA Polymer
长片段DNA如何设计测序引物
如果是测序引物的话，因为目前的测序技术一端只能到800bp左右，所以一对引物差不多能测1.5kb左右的片段，超出这个范围测出来的也不太可信了。所以如果你的目的片段在这个范围内，设计1对引物就行了，如果超出这个范围，比如说有6k左右，那就要设计四对引物，设计方法跟常规的一样，只是把握这个间隔就好了。1
新型DNA测序算法让“重复片段”不再神秘
美国华盛顿大学的一个研究小组称，他们使用了一种被称为“mrFAST”的新型DNA测序算法，可对基因的重复片段进行精确统计并对其作用作出初步判断。相关研究发表在8月30日出版的《自然·遗传学》杂志上。 据了解，截至2003年底，绝大部分的人类基因组已获得测定。但基因组中仍有许多的区域未获得测
武大联合团队开发纳米孔靶向测序－快速“捕获”新冠病毒
武汉大学联合团队创新性开发了纳米孔靶向测序检测方法（NTS），能大幅提升病毒阳性检出率，并能实现当天同时检测新冠和其他10大类、40种常见呼吸道病毒并监测病毒突变。 3月7日，该团队在预印版平台medRxiv发表题为《纳米孔靶向测序精准全面检测新冠病毒以及其他呼吸道病毒》的研究论文。 既往
追根溯源：细说靶向重测序与扩增子捕获技术
追根溯源：细说靶向重测序与扩增子捕获技术 Thermo 与 Illumina合作的消息公布之后，在生物医学界投下了一颗重磅炸弹，Ion Ampliseq也一下子成为网络热搜词。Ion Ampliseq这个技术究竟是什么？它有什么独特之处？为什么这个技术会造成轰动性的效应呢？让我们追根溯源，
追根溯源：细说靶向重测序与扩增子捕获技术
追根溯源：细说靶向重测序与扩增子捕获技术 Thermo 与 Illumina合作的消息公布之后，在生物医学界投下了一颗重磅炸弹，Ion Ampliseq也一下子成为网络热搜词。Ion Ampliseq这个技术究竟是什么？它有什么独特之处？为什么这个技术会造成轰动性的效应呢？让我们追根溯源，
PCRfree的靶向捕获技术遇上PCRfree－PacBio－SMRT测序
高通量测序技术已经被广泛用于疾病基因组特征和分子机制研究，研究策略无非是全基因组测序或是靶向测序，在靶向测序中，常见的靶向富集技术有PCR扩增目的区域或基于探针的靶向捕获技术，但这两种方法都很难绕过一个关键步骤－PCR扩增，使得研究人员无法对原始的基因组区域进行测序，从而无法保证测序结果的真实性
安捷伦：用于RNA测序的文库制备与靶向序列捕获解决方案
简化的RNA和DNA测序解决方案，用于精简临床NGS 2020年9月1日，北京——安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布推出SureSelect XT HS2 RNA试剂盒。该解决方案采用模块化设计，为RNA 和 DNA样品提供了一种简单的平行分析方法，从而确保客户能够简化并整合其工作流程，而无
不止于遗传病和癌症，靶向测序还有这些用途
二代测序（NGS）的快速发展加速了遗传病、癌症等领域的研究，其本身也作为一种更为先进的基因检测手段逐步走进临床。在NGS的众多技术中，靶向测序正在成为新时代的“宠儿”。遗传病诊断（WES/Panel）、肿瘤伴随诊断(肿瘤多基因Panel)、免疫治疗疗效预测（WES/Panel），这些NGS应用热点都
靶向捕获让ctDNA无处遁形
循环肿瘤DNA（ctDNA）是一类具备广泛应用前景的肿瘤标志物，可用于肿瘤发展及预后状态的无创测定。现有的ctDNA检测方法要根据每位癌症患者的情况来制定繁琐的检测步骤，且敏感度低，难以适用于广泛的临床应用。近期在Nature Medicine上发表的一篇文章中1，研究人员介绍了一种全新的ctDNA
靶向序列捕获和新一代测序前对石蜡包埋组织及...（一）
靶向序列捕获和新一代测序前对石蜡包埋组织及新鲜冷冻组织进行DNA质控靶向序列捕获和新一代测序前对福尔马林固定石蜡包埋组织及新鲜冷冻组织进行 DNA 质量控制 作者Melissa Huang Liu安捷伦科技有限公司美国加利福尼亚州拉霍亚Maria Celeste Ramirez安捷伦科技有限公司美国
《AJHG》：孤独症基因组计划发表遗传学发现
孤独症，又称自闭症，是儿童发育障碍中最为严重的疾病之一。据世界卫生组织估计，目前全世界“孤独症”儿童患者约3500万，中国约有60至180万患儿，也有学者认为目前中国可能有150万至780万患儿。 孤独症基因组计划(Autism Genome Project，AGP)是世界上最大的研究
液相序列捕获系统与高通量测序
Nature Biotechnology 2009年2月封面文章:基于安捷伦寡核苷酸序列合成技术的液相序列捕获系统 – 高通量平行靶向测序的最佳解决方案来自美国麻省理工学院和哈佛大学Broad研究院的研究人员，利用安捷伦(Agilent Technologies)卓越的寡核苷酸序列合成技术，合成
靶向序列捕获和新一代测序前对石蜡包埋组织及...（二）
捕获前扩增四个 DNA 样品按照样品前处理工作流程（图 1）进行进一步处理。对捕获前扩增样品进行五次 PCR 循环，然后采用 DNA 1000 试剂盒在 2100 生物分析仪上进行分析（图 3）。 图3. 使用 Agilent 2100 生物分析仪及安捷伦 DNA 1000 试剂盒分析所得的捕获前扩
安捷伦科技在杭州建成新的靶向序列捕获生产线
2021年8月4日，北京——安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布，公司已在位于浙江杭州的安捷伦生物建成了新一条 SureSelect 产品组合生产线。 作为二代测序（NGS）检测产品的行业领导者，安捷伦为客户的常规应用开发定制基因组合。交付周期是安捷伦极为看重的因素，其影响着公司为客户所提
科学家揭示II型拓扑异构酶捕获转运片段DNA的关键结构
II型DNA拓扑异构酶通过暂时切断“门片段DNA”（G-DNA），使另一条双链DNA（T-DNA）通过，从而解决复制、转录及染色体分离过程中产生的超螺旋与缠结问题，是维持染色体拓扑稳定性不可或缺的酶类。此前研究已部分解析了与G-DNA结合的II型拓扑异构酶结构，但对于T-DNA被酶捕获和转运这
【综述】2016年新一代测序技术
新一代测序几乎影响了生物学领域的每一个角落，科学家们用这一技术测序基因组、评估遗传学变异、定量基因表达、研究表观遗传学调控和探索微观生命。新一代测序市场如今异常繁荣，但开发者们并没有停下自己的脚步。在最近的基因组生物学技术进展年会（AGBT）上，各大公司纷纷推出了自己的新产品。这些创新旨在推动新
安捷伦推出首款商业化测序外显子靶向序列捕获试剂盒
安捷伦科技针对模式生物，推出世界首款 商业化下一代测序外显子靶向序列捕获试剂盒 2011 年 1 月 19 日，北京——安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日推出 ，这是全球首款可用于模式生物外显子靶向序列捕获的商业化系统，用以简化下一代测序实验。 日本 RIKEN
北大谢晓亮、黄岩谊教授PNAS开发单细胞测序新技术
来自北京大学的研究人员报告称，他们开发出了一种基于乳液的扩增方法来抑制扩增偏移检测单细胞拷贝数变异（CNV），同时以高精确度检测单核苷酸变异(SNV)。这一方法能够与各种扩增实验方案包括广泛使用的多重置换扩增(MDA)相兼容。这一重要的成果发布在9月4日的《美国国家科学院院刊》（PNAS）上。
Nature：科学家发现严重智力障碍诱因
日前，来自荷兰内梅亨大学医学中心的研究人员在《自然》（Nature）杂志上报告称，全基因组测序可以诊断重度智力障碍，但这些病人在其他测试中的结果都为阴性。重度智力障碍出现在 0.5% 的新生儿中，且具有不同的遗传背景，这意味着这种障碍的原因总体上还不为人所知。该研究发现了一些 DNA
DNA片段的连接技术
一、目的与原理DNA酶切片段的联接是两DNA片段相邻的5‘磷酸和3’羟基间可有连接酶催化形成磷酸二酯键，这个连接反应在体外一般都有大肠杆菌DNA连接酶和T4DNA连接酶催化，但是分子生物学试验中主要采用T4DNA连接酶，因该酶在正常条件下，即能完成连接反应。本实验拟通过T4DNA连接酶对酶切片断的连
DNA片段回收与纯化
质粒、噬菌体等经酶切，电泳；PCR产物经电泳后，常常需要对一些DNA电泳片段进行回收和纯化，用于亚克隆、探针标记等。DNA回收和纯化常用方法有压碎法、低融点琼脂糖法、冻融法等，也有现成的试剂盒供应。一、冻融法1. 紫外灯下仔细切下含待回收DNA的胶条，将切下的胶条（小于0.6g）捣碎，置于
DNA片段的回收实验
树脂回收法 微量柱法 液氮冻融法 常规方法 实验方法原理 本方法特别适合于PCR片段的回收，具有纯度高、操作简洁等特点，经此方法
DNA片段的回收实验
实验方法原理 本方法特别适合于PCR片段的回收，具有纯度高、操作简洁等特点，经此方法回收的片段可有效的用于重组载体构建。通过15分钟的纯化过程，PCR产物即能被有效地从含引物二聚体、非特异性扩增引物片断等混合物中分离出来，成为高度无盐的、不含其他大分子成分的纯化片断。在较宽的分子量范围内有较高的回收
DNA片段的制备方法
常用以下方法获得DNA片段：①用限制性核酸内切酶将高分子量DNA切成一定大小的DNA片段；②用物理方法(如超声波)取得DNA随机片段；③在已知蛋白质的氨基酸顺序情况下，用人工方法合成对应的基因片段；④从mRNA反转录产生cDNA。
克隆在原核载体的DNA片段的快速鉴定
实验方法原理 已转化的重组载体的细菌细胞或 λ 噬菌体颗粒可通过直接从培养皿上挑取菌落或噬菌斑获得，然后直接加入到 PCR 混合液中，这时 PCR 混合液中含有除了未加热稳定 DNA 聚合酶外的所有试剂，其中引物与所要鉴定的已克隆 DNA 片段的侧翼序列互补。实验材料 热稳定 DNA 聚合酶正义和反
外源DNA片段在质粒载体中的克隆实验
克隆法 实验方法原理 限制性内切酶可识别特定位点并切割DNA产生粘性末端或平端的外源片段，经DNA的纯化处理后用于连接反应；选择克隆载体pUC18多克隆位点上